| angle_array | Parameters | |
| assign_angle_index(const char *, const char *, const char *, Angle *, int) | Parameters | |
| assign_bond_index(const char *, const char *, Bond *, bool *bond_found=nullptr) | Parameters | |
| assign_crossterm_index(const char *, const char *, const char *, const char *, const char *, const char *, const char *, const char *, Crossterm *) | Parameters | |
| assign_dihedral_index(const char *, const char *, const char *, const char *, Dihedral *, int, int) | Parameters | |
| assign_improper_index(const char *, const char *, const char *, const char *, Improper *, int) | Parameters | |
| assign_vdw_index(const char *, Atom *) | Parameters | |
| atom_type_name(Index a) | Parameters | inline |
| atom_type_name_str(Index a) const | Parameters | |
| bond_array | Parameters | |
| columnsize | Parameters | |
| crossterm_array | Parameters | |
| dihedral_array | Parameters | |
| done_reading_files(const bool addDrudeBond) | Parameters | |
| done_reading_structure() | Parameters | |
| get_angle_params(Real *k, Real *theta0, Real *k_ub, Real *r_ub, Index index) | Parameters | inline |
| get_bond_params(Real *k, Real *x0, Index index) | Parameters | inline |
| get_dihedral_multiplicity(Index index) | Parameters | inline |
| get_dihedral_params(Real *k, int *n, Real *delta, Index index, int mult) | Parameters | inline |
| get_improper_multiplicity(Index index) | Parameters | inline |
| get_improper_params(Real *k, int *n, Real *delta, Index index, int mult) | Parameters | inline |
| get_int_table_type(char *) | Parameters | |
| get_num_vdw_params(void) | Parameters | inline |
| get_table_pair_params(Index, Index, int *) | Parameters | |
| get_vdw_pair_params(Index ind1, Index ind2, Real *, Real *, Real *, Real *) | Parameters | |
| get_vdw_params(Real *sigma, Real *epsilon, Real *sigma14, Real *epsilon14, Index index) | Parameters | inline |
| gromacsPair_array | Parameters | |
| improper_array | Parameters | |
| Molecule class | Parameters | friend |
| nbthole_array | Parameters | |
| nbthole_pair_tree | Parameters | |
| NumAngleParams | Parameters | |
| NumBondParams | Parameters | |
| NumCosAngles | Parameters | |
| NumCrosstermParams | Parameters | |
| NumDihedralParams | Parameters | |
| numenerentries | Parameters | |
| NumGromacsPairParams | Parameters | |
| NumImproperParams | Parameters | |
| NumNbtholePairParams | Parameters | |
| NumTablePairParams | Parameters | |
| NumTableParams | Parameters | |
| NumVdwPairParams | Parameters | |
| NumVdwParams | Parameters | |
| NumVdwParamsAssigned | Parameters | |
| Parameters() | Parameters | |
| Parameters(SimParameters *, StringList *f) | Parameters | |
| Parameters(Ambertoppar *, BigReal) | Parameters | |
| Parameters(AmberParm7Reader::Ambertoppar *, BigReal) | Parameters | |
| Parameters(const GromacsTopFile *gf, Bool min) | Parameters | |
| print_angle_params() | Parameters | |
| print_bond_params() | Parameters | |
| print_crossterm_params() | Parameters | |
| print_dihedral_array() | Parameters | |
| print_dihedral_params() | Parameters | |
| print_improper_params() | Parameters | |
| print_nbthole_pair_params() | Parameters | |
| print_param_summary() | Parameters | |
| print_vdw_pair_params() | Parameters | |
| print_vdw_params() | Parameters | |
| read_charmm_parameter_file(char *) | Parameters | |
| read_ener_table(SimParameters *) | Parameters | |
| read_energy_type(FILE *, const int, BigReal *, const float, const float) | Parameters | |
| read_energy_type_bothcubspline(FILE *, const int, BigReal *, const float, const float) | Parameters | |
| read_energy_type_cubspline(FILE *, const int, BigReal *, const float, const float) | Parameters | |
| read_parameter_file(char *) | Parameters | |
| read_parm(Ambertoppar *, BigReal) | Parameters | |
| read_parm(AmberParm7Reader::Ambertoppar *, BigReal) | Parameters | |
| receive_Parameters(MIStream *) | Parameters | |
| rowsize | Parameters | |
| send_Parameters(MOStream *) | Parameters | |
| tab_pair_tree | Parameters | |
| table_ener | Parameters | |
| tablenumtypes | Parameters | |
| vdw_array | Parameters | |
| vdw_pair_tree | Parameters | |
| ~Parameters() | Parameters | |
