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VMD (current) Compound Members

_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | y | z | ~

Here is a list of all class members with links to the class documentation for each member:

- _ -

• _get_keyval_scalar_() : colvarparse
• _get_keyval_scalar_novalue_() : colvarparse
• _get_keyval_scalar_value_() : colvarparse
• _get_keyval_vector_() : colvarparse
• _needRedraw : DisplayDevice

- a -

• a : atomsel_iterobject, Msmpot_t
• a_length : Timestep
• aa_available() : DisplayDevice
• aa_enabled() : DisplayDevice
• aa_off() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• aa_on() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• aaAvailable : DisplayDevice
• aaEnabled : DisplayDevice
• aaPrevious : DisplayDevice
• aasamples : FileRenderList, FileRenderer
• abs_screen_loc_2D() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• abs_screen_loc_3D() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• abs_screen_pos() : DisplayDevice
• acc_force() : colvar_grid_gradient
• acc_force_weighted() : colvar_grid_gradient
• acc_value() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• acc_work : colvarbias_restraint_moving
• accelMD_enabled() : colvarproxy_system
• access_volume_gradient() : VolumetricData
• acf : colvar
• acf_colvar_name : colvar
• acf_coor : colvar
• acf_length : colvar
• acf_nframes : colvar
• acf_normalize : colvar
• acf_notset : colvar
• acf_offset : colvar
• acf_outfile : colvar
• acf_p2coor : colvar
• acf_stride : colvar
• acf_type : colvar
• acf_type_e : colvar
• acf_v_history : colvar
• acf_v_history_p : colvar
• acf_vel : colvar
• acf_x_history : colvar
• acf_x_history_p : colvar
• acos() : colvarmodule
• act_on_command() : Win32Joystick, VMDCollab, VideoStream, UIText, UIObject, ToolFltkMenu, Spaceball, SaveTrajectoryFltkMenu, RenderFltkMenu, UIVR, Mobile, MaterialFltkMenu, MainFltkMenu, IMDMgr, GraphicsFltkMenu, GeometryFltkMenu, FileChooserFltkMenu, DisplayFltkMenu, ColorFltkMenu
• activate() : MoleculeList
• activate_adv_light() : Scene
• activate_light() : Scene
• activate_materials() : FileRenderer
• activate_menus() : VMDApp
• active : UIObject, MoleculeList, DrawMolecule
• active_cvc_square_norm : colvar
• actual_radius : MolData
• actual_value() : colvar
• add : GridList, AtomList, IndexList, FileRenderList, colvarscript
• add_angle() : BaseMolecule
• add_atom() : Residue, atom_group
• add_atom_group_slot() : colvarproxy_atom_groups
• add_atom_id() : atom_group
• add_atom_name_residue_range() : atom_group
• add_atom_numbers() : atom_group
• add_atom_numbers_range() : atom_group
• add_atom_slot() : colvarproxy_atoms
• add_atoms() : BaseMolecule
• add_atoms_of_group() : atom_group
• add_bias_force() : colvar
• add_bias_force_actual_value() : colvar
• add_bond() : BaseMolecule, MolAtom
• add_bond_dupcheck() : BaseMolecule
• add_buttons() : Tool
• add_cent_trans() : Displayable
• add_cfunction() : SymbolTable
• add_child() : Displayable, colvardeps
• add_color_category() : Scene
• add_color_item() : Scene
• add_color_names() : MoleculeList
• add_colvar() : colvarbias
• add_cone() : MoleculeGraphics
• add_config() : colvarproxy
• add_constant() : colvar_grid< T >
• add_coor_file() : Molecule
• add_cterm() : BaseMolecule
• add_custom_singleword() : SymbolTable
• add_cylinder() : MoleculeGraphics
• add_dihedral() : BaseMolecule
• add_directional_light() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• add_edge() : GraphLayout
• add_elem() : colvarvalue
• add_energy() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system
• add_error_msg() : colvarscript, colvarproxy
• add_feedback() : Tool
• add_geometry() : GeometryList
• add_glob_trans() : Displayable
• add_grid() : colvar_grid< T >
• add_hill() : colvarbias_meta
• add_improper() : BaseMolecule
• add_index_group() : atom_group
• add_instance() : BaseMolecule
• add_keyword() : SymbolTable, colvarparse
• add_line() : MoleculeGraphics
• add_map_to_molecule() : VolMapCreateILS
• add_material() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, MaterialList, ANARIRender
• add_menu() : VMDApp
• add_molecule() : MoleculeList
• add_name() : NameList< T >
• add_pickable() : PickList
• add_pickpoint() : MoleculeGraphics
• add_plugin() : PluginMgr
• add_point() : MoleculeGraphics
• add_positional_light() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• add_rep() : MoleculeList, DrawMolecule
• add_rot() : Displayable
• add_singleword() : SymbolTable
• add_sphere() : MoleculeGraphics
• add_spheretube() : MoleculeGraphics
• add_stringfctn() : SymbolTable
• add_text() : MoleculeGraphics
• add_tool_with_USL() : UIVR
• add_tracker() : Tool
• add_triangle() : MoleculeGraphics
• add_tricolor() : MoleculeGraphics
• add_trinorm() : MoleculeGraphics
• add_volmap_slot() : colvarproxy_volmaps
• add_volume_data() : BaseMolecule
• add_wavefunction() : QMTimestep
• add_weight_matrix() : GraphLayout
• ADDBOND : PickModeList, Mouse
• addconstraint() : VRPNFeedback, Feedback
• addForce() : Molecule
• addforcefield() : VRPNFeedback, Feedback
• addLinkagePath() : SmallRingLinkages
• addNewClient() : Mobile
• addPath() : LinkageEdge
• addPersistentForce() : Molecule
• addplaneconstraint() : VRPNFeedback, Tool, Feedback
• address() : colvar_grid< T >
• addto_far_clip() : DisplayDevice
• addto_near_clip() : DisplayDevice
• adv_light_active() : Scene
• adv_light_attenuation() : Scene
• adv_light_color() : Scene
• adv_light_color_default() : Scene
• adv_light_get_attenuation() : Scene
• adv_light_get_spotlight() : Scene
• adv_light_highlighted() : Scene
• adv_light_pos() : Scene
• adv_light_pos_default() : Scene
• adv_light_spotlight() : Scene
• advLightState : FileRenderer
• after_restart : colvar
• ag_features : atom_group
• alch_Flambda() : colvar::alch_Flambda
• alch_lambda() : colvar::alch_lambda
• alignmat : ComputeOccupancyMap_t
• alive() : VRJugglerTracker, VRJugglerButtons, SpaceballTracker, SpaceballButtons, PhoneTracker, PhoneButtons, VRPNTracker, VRPNFeedback, VRPNButtons, VMDTracker, Tool, FreeVRTracker, FreeVRButtons, CaveTracker, CaveButtons, MobileTracker, MobileButtons
• allowed_keywords : colvarparse
• allselected : DispCmdPickPointArray
• alpha : Timestep, PerRayData_radiance
• alpha_angles() : colvar::alpha_angles
• ALT : DisplayDevice
• alternate_refs : colvardeps::feature_state
• ALTLOC : BaseMolecule
• altlocindex : MolAtom
• altlocNames : BaseMolecule
• ambient : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• anaface : NanoShaperFace, MSMSFace
• analyze() : colvarmodule, colvarbias, colvar, BaseMolecule
• ANARI_AO : ANARIRender
• ANARI_DEFAULT : ANARIRender
• ANARI_Global_Init() : ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• ANARI_Global_Shutdown() : ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• ANARI_MATTE : ANARIRender
• ANARI_NONE : ANARIRender
• ANARI_NVGL : ANARIRender
• ANARI_OBJ : ANARIRender
• ANARI_OSPRAY : ANARIRender
• ANARI_OTHER : ANARIRender
• ANARI_OWL : ANARIRender
• ANARI_PATHTRACER : ANARIRender
• ANARI_SCIVIS : ANARIRender
• ANARI_USD : ANARIRender
• ANARIDisplayDevice() : ANARIDisplayDevice
• ANARIRender() : ANARIRender
• angle() : colvar::angle
• angles : BaseMolecule
• ANGLES : BaseMolecule
• angleTypeNames : BaseMolecule
• angleTypes : BaseMolecule
• ANGLETYPES : BaseMolecule
• angstrom_to_internal() : colvarproxy_system
• angstrom_value_ : colvarproxy_system
• anim : VMDApp
• ANIM_DELETE : Command
• anim_dir() : Animation
• ANIM_DIRECTION : Command
• ANIM_DUP : Command
• ANIM_FORWARD : Animation
• ANIM_FORWARD1 : Animation
• ANIM_JUMP : Command
• ANIM_LOOP : Animation
• ANIM_NEW_FRAME : Command
• ANIM_NEW_NUM_FRAMES : Command
• ANIM_ONCE : Animation
• ANIM_PAUSE : Animation
• ANIM_READ : Command
• ANIM_REVERSE : Animation
• ANIM_REVERSE1 : Animation
• ANIM_ROCK : Animation
• ANIM_SKIP : Command
• ANIM_SPEED : Command
• ANIM_STYLE : Command
• anim_style() : Animation
• ANIM_TOTAL_DIRS : Animation
• ANIM_TOTAL_STYLES : Animation
• ANIM_WRITE : Command
• ANIMATE : Spaceball, Mobile
• Animation() : Animation
• animation_dir_name() : VMDApp
• animation_num_dirs() : VMDApp
• animation_num_styles() : VMDApp
• animation_set_dir() : VMDApp
• animation_set_frame() : VMDApp
• animation_set_speed() : VMDApp
• animation_set_stride() : VMDApp
• animation_set_style() : VMDApp
• animation_style_name() : VMDApp
• AnimDir : Animation
• AnimStyle : Animation
• ao_enabled() : DisplayDevice
• aoAmbient : DisplayDevice
• aoDirect : DisplayDevice
• aoEnabled : DisplayDevice
• aosamples : FileRenderList, FileRenderer
• apiInit() : M_VRJapp
• app : VRJugglerScene, VolMapCreate, UIObject, ctxt, SymbolTable, PyAtomSelObject, PickModeUser, PickModeMolLabel, PickModeAddBond, PickMode, ParseTree, GraphicsFltkMenu, DrawMolecule
• app_win : spaceballhandle
• append() : VMDDisplayList, SortableArray< T >, LinkagePath, SmallRing, ResizeArray< T >, Fragment, Displayable, CommandQueue
• append2() : ResizeArray< T >
• append2x3() : ResizeArray< T >
• append3() : ResizeArray< T >
• append3x3() : ResizeArray< T >
• append4() : ResizeArray< T >
• append9() : ResizeArray< T >
• append_frame() : DrawMolecule
• append_new_config() : colvarmodule
• append_text() : VMDApp
• append_trimesh_v3f_n3f_c3f() : OSPRayRenderer
• appendCommand() : VRJugglerSharedData, VRJugglerScene, M_VRJapp
• appendList() : PlainTextInterp
• appendlist() : ResizeArray< T >
• appendN() : ResizeArray< T >
• appendString() : PlainTextInterp
• application : VRJugglerScene
• applied_force() : colvar
• apply_atom_force() : colvarproxy_atoms
• apply_atom_group_force() : colvarproxy_atom_groups
• apply_colvar_force() : atom_group
• apply_constraints() : colvarvalue
• apply_force() : colvar::map_total, colvar::componentDisabled, colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::cartesian, colvar::rmsd, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::inertia_z, colvar::inertia, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance_pairs, colvar::distance_inv, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance_vec, colvar::distance, colvar::cvc, atom_group, atom
• apply_force_dE_dlambda() : colvarproxy_system
• apply_format_to_selected_labels() : GeometryFltkMenu
• apply_offset_to_selected_labels() : GeometryFltkMenu
• apply_translation() : atom_group
• apply_volmap_force() : colvarproxy_volmaps
• arclength : RibbonFrame
• argc : CmdToolCreate
• argc_m : VMDApp
• ARGS : colvarscript
• argv_m : VMDApp
• ArithmeticPathBase() : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• ArtDisplayDevice() : ArtDisplayDevice
• as_vector() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• asin() : colvarmodule
• aspathCV() : colvar::aspathCV
• aspect() : DisplayDevice
• Aspect : DisplayDevice
• aspectratio : FileRenderList, FileRenderer
• assign_rep() : Tool
• assign_wavef_id() : QMData
• asyncenginecount : cudadevprops
• atan2() : colvarmodule
• ATI : OpenGLExtensions
• atimes() : integrate_potential
• atom : atom, BaseMolecule, BinOfAtoms, Msmpot_t, colvarmodule
• atom0 : bond
• atom1 : bond
• atom_basis : orbthrparms
• atom_const_iter : colvarmodule
• atom_displayed() : DrawMolItem, DrawMolecule
• atom_formatted_name() : GeometryMol
• atom_fragment() : BaseMolecule
• atom_full_name() : GeometryMol
• atom_group : atom_group, colvarmodule
• atom_group_by_name() : colvarmodule
• atom_groups : colvar::cvc
• atom_groups_charges : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_coms : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_ids : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_masses : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_max_applied_force_ : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_new_colvar_forces : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_refcount : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_rms_applied_force_ : colvarproxy_atom_groups
• atom_groups_total_forces : colvarproxy_atom_groups
• atom_ids : colvar
• atom_iter : colvarmodule
• atom_pos : colvarmodule
• atom_residue() : BaseMolecule
• atom_sel_mol : atomsel_ctxt
• atom_short_name() : GeometryMol
• atom_weights : colvar::map_total
• atomColor : DrawMolItem
• AtomColor() : AtomColor
• AtomEntry() : AtomEntry
• ATOMFLAGS : BaseMolecule
• AtomGrid() : AtomGrid
• AtomGridCell() : AtomGridCell
• atomic_gradients : colvar
• atomicnum : densitythrparms, basis_atom_t
• atomicnumber : MolAtom
• ATOMICNUMBER : BaseMolecule
• atomids : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• AtomList() : AtomList
• atomNames : BaseMolecule
• atomparser_node() : atomparser_node
• atompos : orbthrparms
• atomRep : DrawMolItem
• AtomRep() : AtomRep
• atoms : enthrparms, SmallRing, Residue, enthrparms, colvar::map_total, colvar::cartesian, colvar::rmsd, colvar::orientation, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, atom_group
• atoms_charges : colvarproxy_atoms
• atoms_cog : colvar::orientation
• atoms_ids : colvarproxy_atoms, atom_group
• atoms_masses : colvarproxy_atoms
• atoms_max_applied_force_ : colvarproxy_atoms
• atoms_max_applied_force_id_ : colvarproxy_atoms
• atoms_new_colvar_forces : colvarproxy_atoms
• atoms_positions : colvarproxy_atoms
• atoms_refcount : colvarproxy_atoms
• atoms_rms_applied_force_ : colvarproxy_atoms
• atoms_total_forces : colvarproxy_atoms
• atomSel : PyAtomSelObject, DrawMolItem
• AtomSel() : AtomSel
• ATOMSEL_ADDMACRO : Command
• atomsel_ctxt() : atomsel_ctxt
• ATOMSEL_DELMACRO : Command
• atomSelParser : VMDApp
• AtomSelThr() : AtomSelThr
• atomType : MolAtom
• atomTypes : BaseMolecule
• attach_cylinder_array() : OSPRay2Renderer, ANARIRender
• attach_mesh() : OSPRay2Renderer, ANARIRender
• attach_sphere_array() : OSPRay2Renderer, ANARIRender
• attenuation : PerRayData_shadow
• auto_update() : GraphicsFltkMenu
• autobonds : FileSpec
• AUX : DisplayDevice
• avail : vmdwinjoystick
• available : colvardeps::feature_state
• average() : colvar_grid_gradient
• ax : ComputeOccupancyMap_t
• axes : VMDApp, Best, colvar::cartesian
• Axes() : Axes
• AXES_LOWERLEFT : Axes
• AXES_LOWERRIGHT : Axes
• AXES_ORIGIN : Axes
• axes_set_location() : VMDApp
• AXES_UPPERLEFT : Axes
• AXES_UPPERRIGHT : Axes
• AxesPos : Axes
• AXESPOS_TOTAL : Axes
• axis : Symmetry, vmd_cylinder_color, vmd_cylinder, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::inertia_z, colvar::distance_z, CmdRockOn, CmdRotate
• axis_norm : colvar::distance_z
• ay : ComputeOccupancyMap_t
• az : ComputeOccupancyMap_t
• azpathCV() : colvar::azpathCV

- b -

• b : abuf
• B2_LEFT : DisplayDevice
• B2_MIDDLE : DisplayDevice
• B2_RIGHT : DisplayDevice
• b_1site_force : colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle
• b_anisotropic : colvar::groupcoordnum, colvar::coordnum
• b_chg_centers : colvarbias_restraint_moving
• b_chg_force_k : colvarbias_restraint_moving
• b_debug_gradients : colvarmodule::rotation
• b_decoupling : colvarbias_restraint_moving
• b_delete_requested : colvarproxy
• b_dummy : atom_group
• b_equilibration : colvarbias_alb
• B_ESC : DisplayDevice
• B_F1 : DisplayDevice
• B_F10 : DisplayDevice
• B_F11 : DisplayDevice
• B_F12 : DisplayDevice
• B_F2 : DisplayDevice
• B_F3 : DisplayDevice
• B_F4 : DisplayDevice
• B_F5 : DisplayDevice
• B_F6 : DisplayDevice
• B_F7 : DisplayDevice
• B_F8 : DisplayDevice
• B_F9 : DisplayDevice
• b_group2_center_only : colvar::coordnum
• b_hard_coupling_range : colvarbias_alb
• b_hills_traj : colvarbias_meta
• b_history_files : colvarbias_reweightaMD
• B_LEFT : Mouse, DisplayDevice
• b_length : Timestep
• B_MIDDLE : Mouse, DisplayDevice
• B_NONE : Mouse
• b_output_centers : colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_alb
• b_output_coupling : colvarbias_alb
• b_output_energy : colvarbias
• b_output_grad : colvarbias_alb
• B_RIGHT : Mouse, DisplayDevice
• b_simulation_continuing : colvarproxy
• b_simulation_running : colvarproxy
• b_smp_active : colvarproxy_smp
• b_try_scalable : colvar::cvc
• b_use_cumulant_expansion : colvarbias_reweightaMD
• b_user_defined_fit : atom_group
• b_write_gradients : colvarbias_reweightaMD
• b_write_histogram : colvarbias_restraint_histogram
• BACKBONE : AtomColor
• backColor : FileRenderer
• backgradientbotcolor : FileRenderer
• backgradientenabled : FileRenderer
• backgradienttopcolor : FileRenderer
• background_mode() : Scene, DisplayDevice
• background_processing() : VMDApp
• background_processing_clear() : VMDApp
• background_processing_set() : VMDApp
• backgroundmode : DisplayDevice
• backup_file() : colvarproxy_io, colvarmodule
• BAD_RANGE : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• BaseMolecule() : BaseMolecule
• basis : shell_t
• basis_array : orbthrparms
• basis_string : QMData
• basisa : MolData
• basisb : MolData
• basisc : MolData
• bcopylatency : latthrparms
• BEADS : AtomRep
• begFrame : CoorPluginData, CmdAnimDelete, CmdAnimWriteFile
• begin() : atom_group
• beginrepgeomgroup() : WavefrontDisplayDevice, MayaDisplayDevice, FileRenderer
• best_perm_index : colvar::rmsd
• BETA : AtomColor
• beta : BaseMolecule, Timestep
• BFACTOR : BaseMolecule
• BGMode : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• bias_by_name() : colvarmodule
• bias_energy : colvarbias
• bias_temperature : colvarbias_meta
• bias_type : colvarbias
• biases : colvarmodule, colvar
• biases_active() : colvarmodule
• biasing_force_scaling_factors : colvarbias
• biasing_force_scaling_factors_bin : colvarbias
• bin : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t, colvarbias_histogram
• bin_count() : colvarbias
• bin_distance_from_boundaries() : colvar_grid< T >
• bin_num() : colvarbias
• bin_offsets : ComputeOccupancyMap_t
• bin_to_value_scalar() : colvar_grid< T >
• bin_zero : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• bincnt : ComputeOccupancyMap_t
• bincnt_zero : ComputeOccupancyMap_t
• bincount : Msmpot_t
• bindepth : Msmpot_t
• binfill : Msmpot_t
• binmask() : VolumetricData
• binoffsets : occthrparms_t
• block_total : MsmpotCuda_t
• blur() : GaussianBlur< IMAGE_T >
• boff : Msmpot_t
• boltzmann() : colvarproxy_system
• boltzmann_ : colvarproxy_system
• bonded() : MolAtom
• BONDORDERS : BaseMolecule
• bondorders() : BaseMolecule
• BONDRAD : AtomRep
• BONDRES : AtomRep
• BONDS : BaseMolecule, AtomRep
• bonds : MolAtom
• bondto : bondlist
• bondTo : MolAtom
• bondTypeNames : BaseMolecule
• BONDTYPES : BaseMolecule
• bondtypes() : BaseMolecule
• boundaries_non_periodic : colvarproxy_system
• boundaries_pbc_ortho : colvarproxy_system
• boundaries_pbc_triclinic : colvarproxy_system
• boundaries_type : colvarproxy_system
• Boundaries_type : colvarproxy_system
• boundaries_unsupported : colvarproxy_system
• boxatom : bondsearchthrparms
• boxby2 : gofrparms_t
• bucket : inthash_t, hash_t
• buf : linenoiseState
• buffer : mobilehandle
• bufferPreDraw() : M_VRJapp
• buflen : linenoiseState
• build() : AtomGrid
• build3Dmipmaps() : OpenGLRenderer
• build_atom_list() : colvar
• build_correlation_matrix() : colvarmodule::rotation
• bus : wrap_nvmlPciInfo_t
• bus_id_str : wrap_nvmlPciInfo_t
• buttonchanged : vmdwinjoystick
• buttonpressevent : xidevhandle
• buttonpresseventclass : xidevhandle
• buttonreleaseevent : xidevhandle
• buttonreleaseeventclass : xidevhandle
• buttons : vmdwinjoystick, mobilehandle, spaceballevent
• Buttons() : DisplayDevice, Buttons
• bx : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t
• bx_1 : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• Bxcrds : glwin_warp_hmd
• BY : CmdScale, CmdTranslate, CmdRotate, CmdRotMat
• by : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t
• by_1 : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• Bycrds : glwin_warp_hmd
• byOrTo : CmdScale, CmdTranslate, CmdRotate, CmdRotMat
• bytes : netint
• bz : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t
• bz_1 : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t

- c -

• C : elementsummary, colvarmodule::rotation
• c : flint_t, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, IsoSurface, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• c0 : vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor
• c1 : vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor
• c2 : vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor
• c_array() : colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• c_length : Timestep
• cache_mode() : DisplayDevice
• cache_name() : DisplayDevice
• cached_alch_lambda : colvarproxy_system
• cached_alch_lambda_changed : colvarproxy_system
• cacheMode : DisplayDevice
• cacheModes : DisplayDevice
• cacheNames : DisplayDevice
• cacheskip : Displayable, VMDDisplayList
• calc() : colvarmodule, colvar
• calc_1D_pmf() : UIestimator::UIestimator
• calc_acf() : colvar
• calc_apply_roto_translation() : atom_group
• calc_biases() : colvarmodule
• calc_center_of_geometry() : atom_group
• calc_center_of_mass() : atom_group
• calc_colvar_properties() : colvar
• calc_colvars() : colvarmodule
• calc_coor_acf() : colvar
• calc_cvc_gradients() : colvar
• calc_cvc_Jacobians() : colvar
• calc_cvc_total_force() : colvar
• calc_cvc_values() : colvar
• calc_cvcs() : colvar
• calc_density_map() : QuickSurf
• calc_dipole() : atom_group
• calc_energy() : colvarbias_meta, colvarbias
• calc_eyedir() : DisplayDevice
• calc_fit_gradients() : colvar::cvc, atom_group
• calc_force_invgrads() : colvar::rmsd, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_forces() : colvarbias_meta, colvarbias
• calc_frustum() : DisplayDevice
• calc_gradients() : colvar::map_total, colvar::componentDisabled, colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::cartesian, colvar::rmsd, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::inertia_z, colvar::inertia, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance_pairs, colvar::distance_inv, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance_vec, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_hills() : colvarbias_meta
• calc_hills_force() : colvarbias_meta
• calc_Jacobian_derivative() : colvar::rmsd, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_optimal_rotation() : colvarmodule::rotation
• calc_p2coor_acf() : colvar
• calc_pmf() : UIestimator::UIestimator
• calc_required_properties() : atom_group
• calc_runave() : colvar
• calc_scripted_forces() : colvarmodule
• calc_surf() : QuickSurf, CUDAQuickSurf
• calc_value() : colvar::map_total, colvar::componentDisabled, colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::cartesian, colvar::rmsd, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::inertia_z, colvar::inertia, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance_pairs, colvar::distance_inv, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance_vec, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_vel_acf() : colvar
• calculate() : GeometrySpring, GeometryMol, GeometryDihedral, GeometryBond, GeometryAngle
• calculate_all() : GeometryMol
• calculate_max_radius() : VolMapCreate
• calculate_minmax() : VolMapCreate
• calculate_mo() : Orbital
• calculateTexgenPlanes() : VolumeTexture
• CameraProjection : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• can_accumulate_data() : colvarbias
• can_read_angles() : MolFilePlugin
• can_read_bonds() : MolFilePlugin
• can_read_graphics() : MolFilePlugin
• can_read_metadata() : MolFilePlugin
• can_read_pagealigned_timesteps() : MolFilePlugin
• can_read_qm() : MolFilePlugin
• can_read_qm_timestep() : MolFilePlugin
• can_read_qm_timestep_metadata() : MolFilePlugin
• can_read_structure() : MolFilePlugin
• can_read_timestep_metadata() : MolFilePlugin
• can_read_timesteps() : MolFilePlugin
• can_read_volumetric() : MolFilePlugin
• can_write_angles() : MolFilePlugin
• can_write_bonds() : MolFilePlugin
• can_write_structure() : MolFilePlugin
• can_write_timesteps() : MolFilePlugin
• can_write_volumetric() : MolFilePlugin
• cancel() : Molecule
• cancelbutton : FrameSelector
• canmaphostmem : cudadevprops
• caps : vmdwinjoystick
• cartesian() : colvar::cartesian
• CartesianBasedPath() : colvar::CartesianBasedPath
• category : CmdColorItem
• category_index() : Scene
• category_item_index() : Scene
• category_item_name() : Scene
• category_item_value() : Scene
• category_name() : Scene
• CaveButtons() : CaveButtons
• CaveDisplayDevice() : CaveDisplayDevice
• CaveScene() : CaveScene
• CaveTracker() : CaveTracker
• cb() : PBCControls
• cbits : compile_data
• cCatStr : CmdColorName
• cColStr : CmdColorName
• cell : rdfthrparms
• cell_axes() : VolumetricData
• cell_dirs() : VolumetricData
• cell_lengths() : VolumetricData
• cell_volume() : VolumetricData
• cellIndex : GeometryMol
• cent_trans_off() : Displayable
• cent_trans_on() : Displayable
• cent_translating() : Displayable
• CENTER : PickModeList, Mouse
• center : colvarbias_meta::hill, VMDClipPlane, vmd_sphere_color, vmd_sphere, vmd_ring_color
• center_all_molecules() : MoleculeList
• center_from_top_molecule_reps() : MoleculeList
• center_of_geometry() : atom_group
• center_of_mass() : Symmetry, atom_group
• center_of_mass_scalar_gradient() : atom_group
• center_ref_pos() : atom_group
• center_top_molecule() : MoleculeList
• centers : colvarbias_meta::hill
• centers_incr : colvarbias_restraint_centers_moving
• cents : osp_sphere_array_color, anr_sphere_array_color
• centt : Displayable
• CHAIN : AtomColor
• chainindex : MolAtom
• chainNames : BaseMolecule
• change() : AtomSel, AtomRep, AtomColor
• change_center() : Displayable
• change_color() : DrawMolItem
• change_configuration() : colvarmodule, colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint_moving, colvarbias_restraint_k, colvarbias_restraint_centers, colvarbias_restraint, colvarbias
• change_instances() : DrawMolItem
• change_interp() : UIText
• change_material() : Displayable
• change_pbc() : DrawMolItem, DrawMolecule
• change_rep() : MoleculeList, DrawMolItem, DrawMolecule
• change_repcolor() : MoleculeList
• change_repmat() : MoleculeList
• change_repmethod() : MoleculeList
• change_repsel() : MoleculeList
• change_sel() : DrawMolItem
• change_ss() : DrawMolItem
• change_traj() : DrawMolItem
• change_ts() : DrawMolItem, DrawMolecule
• change_type() : UIVR
• charge : BaseMolecule, atom
• CHARGE : BaseMolecule, AtomColor
• check_ascii() : colvarparse
• check_atom_id() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_atoms
• check_bias_cmd_nargs() : colvarscript
• check_braces() : colvarparse
• check_cmd_nargs() : colvarscript
• check_colvar_cmd_nargs() : colvarscript
• check_consistency() : colvar_grid< T >
• check_cvc_range() : colvar
• check_enabled() : colvardeps
• check_event() : Win32Joystick, VMDCollab, VideoStream, UIText, UIObject, Spaceball, UIVR, Tool, Mouse, Mobile, IMDMgr, Animation
• check_events() : CommandQueue
• check_keywords() : colvarparse
• check_module_cmd_nargs() : colvarscript
• check_mol() : GeometryMol
• check_pickable() : MoleculeList
• check_plane() : Orbital
• check_positive_k : colvarbias_restraint_k
• check_sizes() : colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• check_types() : colvarvalue
• check_types_assign() : colvarvalue
• check_verbose_env() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• check_volmap_by_id() : colvarproxy_volmaps, colvarproxy_vmd
• check_volmap_by_name() : colvarproxy_volmaps
• checkpoint_freq : VolMapCreate
• checkpoint_name : VolMapCreate
• child() : Displayable
• child_index() : Displayable
• children : Displayable
• choose_buttons() : ToolFltkMenu
• choose_feedback() : ToolFltkMenu
• choose_tracker() : ToolFltkMenu
• chop() : JString
• Cinf : elementsummary
• cite_feature() : colvarmodule, usage
• cite_paper() : usage
• clamp() : VolumetricData
• Cleanup() : CUDAMarchingCubes
• clear() : Surf, Stack< T >, SmallRingLinkages, SmallRing, ResizeArray< T >, OpenGLRenderer, NanoShaperInterface, NameList< T >, MSMSInterface, IsoSurface, IsoContour, myFl_Chart, DisplayDevice, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >, colvarparse, colvarbias
• clear_all_lights() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• clear_angles() : BaseMolecule
• clear_atom() : colvarproxy_atoms
• clear_atom_group() : colvarproxy_atom_groups
• clear_bonds() : BaseMolecule
• clear_changed() : DisplayColor
• clear_cterms() : BaseMolecule
• clear_dihedrals() : BaseMolecule
• clear_error() : colvarmodule
• clear_error_msgs() : colvarproxy
• clear_impropers() : BaseMolecule
• clear_instances() : BaseMolecule
• clear_keyword_registry() : colvarparse
• clear_rep() : Tool
• clear_state_data() : colvarbias_meta, colvarbias_ti, colvarbias
• clear_str_result() : colvarscript
• clear_text() : VMDApp
• clear_volmap() : colvarproxy_volmaps, colvarproxy_vmd
• cli_connect() : VideoStream
• cli_connected() : VideoStream
• cli_decode_frame() : VideoStream
• cli_disconnect() : VideoStream
• cli_gethost() : VideoStream
• cli_getport() : VideoStream
• cli_listen() : VideoStream
• cli_send_keyboard() : VideoStream
• cli_send_rotate_by() : VideoStream
• cli_send_scale_by() : VideoStream
• cli_send_translate_by() : VideoStream
• cli_wait_msg() : VideoStream
• clientdata : wkf_threadlaunch_struct
• clip_center : FileRenderer
• clip_color : FileRenderer
• clip_mode : FileRenderer
• clip_normal : FileRenderer
• clip_width() : DisplayDevice
• ClipMode : OptiXRenderer
• clipplane() : VMDDisplayList, Displayable
• clipplanes : VMDDisplayList
• clockratekhz : cudadevprops
• clone() : VRJugglerTracker, VRJugglerButtons, SpaceballTracker, SpaceballButtons, PhoneTracker, PhoneButtons, VRPNTracker, VRPNFeedback, VRPNButtons, VMDTracker, FreeVRTracker, FreeVRButtons, Feedback, CaveTracker, CaveButtons, Buttons, MobileTracker, MobileButtons
• close_coor_file() : Molecule
• close_file() : WavefrontDisplayDevice, SnapshotDisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• close_input_stream() : colvarproxy_io
• close_input_streams() : colvarproxy_io
• close_output_stream() : colvarproxy_io
• close_output_streams() : colvarproxy_io
• close_traj_file() : colvarmodule
• closed() : SmallRing
• cmd_arg_shift() : colvarscript
• CMD_AXES : Command
• CMD_STAGE : Command
• CmdAddAtomSelMacro() : CmdAddAtomSelMacro
• CmdAnimDelete() : CmdAnimDelete
• CmdAnimDir() : CmdAnimDir
• CmdAnimDup() : CmdAnimDup
• CmdAnimJump() : CmdAnimJump
• CmdAnimNewFrame() : CmdAnimNewFrame
• CmdAnimNewNumFrames() : CmdAnimNewNumFrames
• CmdAnimSkip() : CmdAnimSkip
• CmdAnimSpeed() : CmdAnimSpeed
• CmdAnimStyle() : CmdAnimStyle
• CmdAnimWriteFile() : CmdAnimWriteFile
• cmdbuf : GraphicsFltkRep
• CmdColorChange() : CmdColorChange
• CmdColorItem() : CmdColorItem
• CmdColorName() : CmdColorName
• CmdColorScaleColors() : CmdColorScaleColors
• CmdColorScaleMethod() : CmdColorScaleMethod
• CmdColorScaleSettings() : CmdColorScaleSettings
• CmdDelAtomSelMacro() : CmdDelAtomSelMacro
• CmdDisplayAAOn() : CmdDisplayAAOn
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• CmdDisplayAxes() : CmdDisplayAxes
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• CmdIMDSimCommand : CmdIMDSim
• CmdLabelAdd() : CmdLabelAdd
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• CmdLabelDelete() : CmdLabelDelete
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• CmdLabelTextFormat() : CmdLabelTextFormat
• CmdLabelTextOffset() : CmdLabelTextOffset
• CmdLabelTextSize() : CmdLabelTextSize
• CmdLabelTextThickness() : CmdLabelTextThickness
• cmdList : Displayable
• CmdMaterialAdd() : CmdMaterialAdd
• CmdMaterialChange() : CmdMaterialChange
• CmdMaterialDefault() : CmdMaterialDefault
• CmdMaterialDelete() : CmdMaterialDelete
• CmdMaterialRename() : CmdMaterialRename
• CmdMenuExtensionAdd() : CmdMenuExtensionAdd
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• CmdMenuShow() : CmdMenuShow
• CmdMobileMode() : CmdMobileMode
• CmdMolActive() : CmdMolActive
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• CmdMolCancel() : CmdMolCancel
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• CmdMolFix() : CmdMolFix
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• CmdMolNumPeriodic() : CmdMolNumPeriodic
• CmdMolOn() : CmdMolOn
• CmdMolReanalyze() : CmdMolReanalyze
• CmdMolRename() : CmdMolRename
• CmdMolRep() : CmdMolRep
• CmdMolRepColorUpdate() : CmdMolRepColorUpdate
• CmdMolRepSelUpdate() : CmdMolRepSelUpdate
• CmdMolScaleMinmax() : CmdMolScaleMinmax
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• CmdMolTop() : CmdMolTop
• CmdMolVolume() : CmdMolVolume
• CmdMouseMode() : CmdMouseMode
• CmdPluginUpdate() : CmdPluginUpdate
• cmdq : vmd_opencl_orbital_handle
• cmdQueue : M_VRJapp, UIObject
• cmdqueue : GeometryMol
• CmdRender() : CmdRender
• CmdRenderOption() : CmdRenderOption
• CmdResetView() : CmdResetView
• CmdRockOff() : CmdRockOff
• CmdRockOn() : CmdRockOn
• CmdRotate() : CmdRotate
• CmdRotMat() : CmdRotMat
• CmdScale() : CmdScale
• CmdSpaceballMode() : CmdSpaceballMode
• cmdStr : AtomSel, AtomRep, AtomColor
• cmdText : Command
• CmdToolAddDevice() : CmdToolAddDevice
• CmdToolCallback() : CmdToolCallback
• CmdToolChange() : CmdToolChange
• CmdToolCreate() : CmdToolCreate
• CmdToolDelete() : CmdToolDelete
• CmdToolDeleteDevice() : CmdToolDeleteDevice
• CmdToolOffset() : CmdToolOffset
• CmdToolRep() : CmdToolRep
• CmdToolScale() : CmdToolScale
• CmdToolScaleForce() : CmdToolScaleForce
• CmdToolScaleSpring() : CmdToolScaleSpring
• CmdTranslate() : CmdTranslate
• Cmdtype : Command
• cNameStr : CmdColorName
• code : real_pcre
• coeff : prim_t
• coeffs : colvar::dihedPC
• COL_REGEN : DrawMolItem
• colindex_visible() : GraphicsFltkMenu
• collect_cvc_data() : colvar
• collect_cvc_gradients() : colvar
• collect_cvc_Jacobians() : colvar
• collect_cvc_total_forces() : colvar
• collect_cvc_values() : colvar
• collect_gradients() : colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::cvc
• collintol : Symmetry
• color : MoleculeList, VMDClipPlane, osp_positional_light, osp_directional_light, vmd_sphere_color, vmd_ring_color, vmd_cylinder_color, ort_positional_light, ort_directional_light, FileRenderer::AdvancedLightState, FileRenderer::LightState, DispCmdColorIndex, DepthSortObject, CmdColorChange, AtomColor, anr_positional_light, anr_directional_light
• COLOR : MoleculeGraphics, CmdMolChangeRepItem
• COLOR_ADD_ITEM : Command
• color_add_item() : VMDApp
• color_category() : VMDApp
• color_category_item() : VMDApp
• COLOR_CHANGE : Command
• color_change_name() : VMDApp
• color_change_namelist() : VMDApp
• color_change_rgb() : VMDApp
• color_change_rgblist() : VMDApp
• color_changed() : DisplayColor, Displayable
• color_default_value() : VMDApp, Scene
• color_get_from_name() : VMDApp
• color_get_restype() : VMDApp
• color_id() : DisplayColor
• color_index() : VMDApp, Scene, AtomColor
• color_mapping() : VMDApp
• COLOR_NAME : Command
• color_name() : VMDApp, Scene
• color_rgb_changed() : Displayable
• color_scale_changed() : Displayable
• COLOR_SCALE_COLORS : Command
• COLOR_SCALE_METHOD : Command
• COLOR_SCALE_SETTINGS : Command
• color_set_restype() : VMDApp
• color_value() : VMDApp, Scene
• colorCatIndex : MoleculeList
• colorData : DisplayDevice
• ColorFltkMenu() : ColorFltkMenu
• COLORID : AtomColor
• colorIndex : FileRenderer
• ColorMethod : AtomColor
• colors : densitythrparms, osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, CmdColorScaleColors, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color
• colorscale_method() : Scene
• colorscale_method_current() : VMDApp
• colorscale_method_index() : VMDApp
• colorscale_method_menuname() : VMDApp, Scene
• colorscale_method_name() : VMDApp, Scene
• colorscale_params() : VMDApp, Scene
• colorscale_setmethod() : VMDApp
• colorscale_setparams() : VMDApp
• colorscale_type() : Scene
• ColorscaleImage() : ColorscaleImage
• ColorscaleLumaChart() : ColorscaleLumaChart
• colortable : ColorScaleTypeInfo
• colortabsz : ColorScaleTypeInfo
• cols : osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, linenoiseState, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• colvar() : colvar
• colvar_array_size : colvarbias_histogram
• colvar_by_name() : colvarmodule
• colvar_centers : colvarbias_restraint_centers, colvarbias_alb
• colvar_distance() : colvarbias_restraint_harmonic_walls
• colvar_forces : colvarbias
• colvar_grid() : colvar_grid< T >
• colvar_grid_count() : colvar_grid_count
• colvar_grid_gradient() : colvar_grid_gradient
• colvar_grid_scalar() : colvar_grid_scalar
• colvar_sigmas : colvarbias_meta
• colvar_values : colvarbias
• colvarbias() : colvarbias
• colvarbias_abf() : colvarbias_abf
• colvarbias_alb() : colvarbias_alb
• colvarbias_histogram() : colvarbias_histogram
• colvarbias_meta : colvarbias_meta, colvarbias_meta::hill
• colvarbias_restraint() : colvarbias_restraint
• colvarbias_restraint_centers() : colvarbias_restraint_centers
• colvarbias_restraint_centers_moving() : colvarbias_restraint_centers_moving
• colvarbias_restraint_harmonic() : colvarbias_restraint_harmonic
• colvarbias_restraint_harmonic_walls() : colvarbias_restraint_harmonic_walls
• colvarbias_restraint_histogram() : colvarbias_restraint_histogram
• colvarbias_restraint_k() : colvarbias_restraint_k
• colvarbias_restraint_k_moving() : colvarbias_restraint_k_moving
• colvarbias_restraint_linear() : colvarbias_restraint_linear
• colvarbias_restraint_moving() : colvarbias_restraint_moving
• colvarbias_reweightaMD() : colvarbias_reweightaMD
• colvarbias_ti() : colvarbias_ti
• colvardeps() : colvardeps
• colvarmodule() : colvarmodule
• colvarparams() : colvarparams
• colvarparse() : colvarparse
• colvarproxy : colvarproxy, colvarscript, colvarmodule
• colvarproxy_atom_groups() : colvarproxy_atom_groups
• colvarproxy_atoms() : colvarproxy_atoms
• colvarproxy_io() : colvarproxy_io
• colvarproxy_replicas() : colvarproxy_replicas
• colvarproxy_script() : colvarproxy_script
• colvarproxy_smp() : colvarproxy_smp
• colvarproxy_system() : colvarproxy_system
• colvarproxy_tcl() : colvarproxy_tcl
• colvarproxy_vmd() : colvarproxy_vmd
• colvarproxy_volmaps() : colvarproxy_volmaps
• colvars : colvarproxy, colvarbias
• colvarscript : colvarscript, colvarmodule
• colvarvalue() : colvarvalue
• com_index() : GeometryMol
• Combinations() : Combinations
• COMBINE_AVG : VolMapCreate
• COMBINE_MAX : VolMapCreate
• COMBINE_MIN : VolMapCreate
• COMBINE_PMF : VolMapCreate
• COMBINE_STDEV : VolMapCreate
• CombineType : VolMapCreate
• combo : shell_t, Combinations
• combo_addframe() : VolMapCreate
• combo_begin() : VolMapCreate
• combo_end() : VolMapCreate
• combo_export() : VolMapCreate
• combolist : Combinations
• comIndex : GeometryMol
• COMM : colvarscript
• comm : colvarbias_meta
• Command() : Command
• command : colvarscript
• command_wanted() : UIObject
• CommandQueue() : CommandQueue
• commandQueue : VMDApp
• commandStrings : VRJugglerSharedData
• comment() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, PSDisplayDevice, POV3DisplayDevice, MayaDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• commentBuffer : DrawMolItem
• commit_rep() : ANARIRender
• communicate_forces() : colvarbias, colvar
• Communication : colvarbias_meta
• compare : JString
• compare_cvc() : colvar
• compare_wavef_guitype_to_type() : QMData
• CompileShaders() : OpenGLShader
• component : DrawMolecule, NanoShaperFace, MSMSFace
• component_from_pickable() : DrawMolecule
• componentDisabled() : colvar::componentDisabled
• components() : DrawMolecule
• compute() : VolMapCreateILS, Surf, IsoSurface, IsoContour, GraphLayout, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• compute_all() : VolMapCreate
• compute_coordnum() : colvar::coordnum
• compute_cumulant_expansion_factor() : colvarbias_reweightaMD
• compute_frame() : VolMapCreateCoulombPotentialMSM, VolMapCreateCoulombPotential, VolMapCreateDistance, VolMapCreateOccupancy, VolMapCreateInterp, VolMapCreateDensity, VolMapCreateMask, VolMapCreate
• compute_from_file() : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• compute_from_socket() : MSMSInterface
• compute_init() : VolMapCreateCoulombPotentialMSM, VolMapCreateCoulombPotential, VolMapCreateDistance, VolMapCreateOccupancy, VolMapCreateInterp, VolMapCreateDensity, VolMapCreateMask, VolMapCreate
• compute_max_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• compute_max_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• compute_max_volmaps_applied_force() : colvarproxy_volmaps
• compute_overlap_integrals() : QMData
• compute_overlap_matrix() : colvarmodule::rotation
• compute_rms_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• compute_rms_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• compute_rms_volmaps_applied_force() : colvarproxy_volmaps
• compute_selfcoordnum() : colvar::selfcoordnum
• compute_voldata() : colvarproxy_vmd
• compute_volmap() : colvarproxy_volmaps, colvarproxy_vmd
• compute_volume_gradient() : VolumetricData, BaseMolecule
• COMPUTED : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• computed_frames : VolMapCreate
• computeDerivatives() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• computeIsosurface() : CUDAMarchingCubes
• computemode : cudadevprops
• computeSurfaceArea() : CUDAMarchingCubes
• computeValue() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• CONE : MoleculeGraphics
• cone() : X3DDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, POV3DisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice
• cone_trunc() : RadianceDisplayDevice, FileRenderer
• config_changed() : colvarmodule
• config_key : colvar::cvc
• config_string : colvarparse
• CONFORMATION : AtomColor
• conformers : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• conjugate() : colvarmodule::quaternion
• connect() : VMDCollab, IMDMgr
• connected() : IMDMgr
• constant() : Matrix4
• constfactor : FileRenderer::AdvancedLightState
• contextInit() : M_VRJapp
• CONTROL : DisplayDevice
• convert() : symbol_data
• coord : AtomData
• CoorData() : CoorData
• CoorDataState : CoorData
• coordinates() : AtomSel
• coordnum() : colvar::coordnum
• coords : ComputeOccupancyMap_t, NanoShaperInterface, MSMSInterface, MolData
• CoorPluginData() : CoorPluginData
• copy() : LinkagePath, SmallRing
• copy_grid() : colvar_grid< T >
• COPYCELL_OFF : CmdIMDCopyUnitCell
• COPYCELL_ON : CmdIMDCopyUnitCell
• cos() : colvarmodule
• cos_theta() : colvarmodule::rotation
• cosine() : colvarmodule::quaternion
• count : MolData
• count_bonds() : BaseMolecule
• count_h : gofrparms_t
• count_i : gofrparms_t
• count_o_end : gofrparms_t
• count_o_start : gofrparms_t
• coupling_accum : colvarbias_alb
• coupling_rate : colvarbias_alb
• cov() : MoleculeGraphics, DrawMolecule
• cpDown : DisplayDevice
• CPK : AtomRep
• cpLeft : DisplayDevice
• cpRight : DisplayDevice
• cpu_only : ComputeOccupancyMap_t
• cpu_threadpool() : DrawMolecule
• cpucaps : VMDApp, densitythrparms, orbthrparms
• cpUp : DisplayDevice
• crds : qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• create() : Combinations
• create_cmd_list() : GeometrySpring, GeometryMol, GeometryDihedral, GeometryBond, GeometryAtom, GeometryAngle
• create_colorcmd() : GraphicsFltkMenu
• create_context() : OptiXRenderer
• create_inbufs() : NVENCMgr
• create_matcmd() : GraphicsFltkMenu
• create_multiframecmd() : GraphicsFltkMenu
• create_orbital() : QMData
• create_repcmd() : GraphicsFltkMenu
• create_selcmd() : GraphicsFltkMenu
• create_sorted_ids() : atom_group
• create_text() : CmdToolCallback, CmdToolDeleteDevice, CmdToolAddDevice, CmdToolRep, CmdToolOffset, CmdToolScaleSpring, CmdToolScaleForce, CmdToolScale, CmdToolDelete, CmdToolChange, CmdToolCreate, Command, CmdRockOff, CmdRockOn, CmdScale, CmdTranslate, CmdRotate, CmdRotMat, CmdRender, CmdPluginUpdate, CmdMolShowRep, CmdMolSmoothRep, CmdMolDrawFrames, CmdMolScaleMinmax, CmdMolShowInstances, CmdMolNumPeriodic, CmdMolShowPeriodic, CmdMolRename, CmdMolSSRecalc, CmdMolBondsRecalc, CmdMolReanalyze, CmdMolDeleteRep, CmdMolRepColorUpdate, CmdMolRepSelUpdate, CmdMolChangeRepItem, CmdMolChangeRep, CmdMolAddRep, CmdMolMaterial, CmdMolColor, CmdMolRep, CmdMolSelect, CmdMolTop, CmdMolOn, CmdMolFix, CmdMolActive, CmdMolDelete, CmdMolCancel, CmdMolLoad, CmdMenuShow, CmdMaterialDefault, CmdMaterialDelete, CmdMaterialChange, CmdMaterialRename, CmdMaterialAdd, CmdLabelTextFormat, CmdLabelTextOffset, CmdLabelTextThickness, CmdLabelTextSize, CmdLabelDelete, CmdLabelShow, CmdLabelAddspring, CmdLabelAdd, CmdIMDCopyUnitCell, CmdIMDRate, CmdIMDSim, CmdIMDConnect, CmdDisplayLightMove, CmdDisplayLightRot, CmdDisplayLightHL, CmdDisplayLightOn, CmdDisplayStageSize, CmdDisplayStagePanels, CmdDisplayStageLocation, CmdDisplayAxes, CmdDisplayDoFFocalDist, CmdDisplayDoFFNumber, CmdDisplayDoFOn, CmdDisplayAODirect, CmdDisplayAOAmbient, CmdDisplayAOOn, CmdDisplayShadowOn, CmdDisplayCueDensity, CmdDisplayCueEnd, CmdDisplayCueStart, CmdDisplayCueMode, CmdDisplayClip, CmdDisplayFPSOn, CmdDisplayBackgroundGradientOn, CmdDisplayCullingOn, CmdDisplayDepthcueOn, CmdDisplayAAOn, CmdDisplayScreenDistance, CmdDisplayScreenHeight, CmdDisplayFocallen, CmdDisplayEyesep, CmdDisplayProj, CmdDisplayRenderMode, CmdDisplayCacheMode, CmdDisplayStereoSwap, CmdDisplayStereo, CmdResetView, CmdColorItem, CmdColorScaleColors, CmdColorScaleSettings, CmdColorScaleMethod, CmdColorChange, CmdColorName, CmdAnimDup, CmdAnimDelete, CmdAnimWriteFile, CmdAnimSpeed, CmdAnimSkip, CmdAnimJump, CmdAnimStyle, CmdAnimDir
• create_tool() : ToolFltkMenu
• create_unique_basis() : QMData
• create_window() : VMDTkMenu
• crop() : VolumetricData
• crossing_threshold : colvarmodule::rotation
• cterms : BaseMolecule
• CTERMS : BaseMolecule
• ctx : vmd_opencl_orbital_handle, oglhandle
• ctxt() : ctxt
• ctypes : match_data, compile_data
• cube() : FileRenderer
• cube_array() : FileRenderer
• cubeindex : GRIDCELL, SQUARECELL
• cuda : VMDApp
• cuda_devpool() : DrawMolecule
• cuda_gpucount : wrap_nvml_handle
• cuda_nvml_device_id : wrap_nvml_handle
• CUDAAccel() : CUDAAccel
• CUDAMarchingCubes() : CUDAMarchingCubes
• CUDAQuickSurf() : CUDAQuickSurf
• CUE_EXP : DisplayDevice
• CUE_EXP2 : DisplayDevice
• CUE_LINEAR : DisplayDevice
• cue_mode_name() : DisplayDevice
• cueDensity : DisplayDevice
• cueEnd : DisplayDevice
• cueing_available() : DisplayDevice
• cueing_enabled() : DisplayDevice
• cueing_off() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• cueing_on() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• cueingAvailable : DisplayDevice
• cueingEnabled : DisplayDevice
• cueMode : DisplayDevice
• CueMode : DisplayDevice
• cueStart : DisplayDevice
• culling_available() : DisplayDevice
• culling_enabled() : DisplayDevice
• culling_off() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• culling_on() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• cullingAvailable : DisplayDevice
• cullingEnabled : DisplayDevice
• curColor : GeomListStruct
• curformat : FileRenderer
• curframe : gofrparms_t
• curpath : PluginMgr
• curr_material() : Displayable
• current : DrawMolecule, wkf_shared_iterator_struct
• current_bin() : colvarbias
• current_bin_scalar() : colvar_grid< T >
• current_bin_scalar_bound() : colvar_grid< T >
• current_bin_scalar_fraction() : colvar_grid< T >
• current_color_use() : AtomColor
• current_coupling : colvarbias_alb
• current_pick_mode() : PickModeList
• current_update_d : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• current_value_d : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• cursor : glxdata
• CursorCodes : DisplayDevice
• custom_singleword_name() : SymbolTable
• cutoff : ComputeOccupancyMap_t, clusterparms_t, occthrparms_t
• cv : colvar_grid< T >
• cv_addenergy : colvarscript
• cv_features : colvar
• cv_prec : colvarmodule
• cv_traj_freq : colvarmodule
• cv_traj_name : colvarmodule
• cv_traj_write_labels : colvarmodule
• cv_width : colvarmodule
• cvb_features : colvarbias
• CVBasedPath() : colvar::CVBasedPath
• cvc() : colvar::cvc
• cvc_features : colvar::cvc
• cvc_flags : colvar
• cvc_param_exists() : colvar
• cvcs : colvar
• cvec : linenoiseCompletions
• cx : glxdata
• cycle_x : Msmpot_t
• cycle_y : Msmpot_t
• cycle_z : Msmpot_t
• CYLINDER : MoleculeGraphics
• cylinder() : X3DDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, OpenGLRenderer, LibTachyonDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice
• cylinder_array() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• cylinder_array_color() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• cylinderRes : DisplayDevice
• cylinders : osp_cylinder_array_color
• cyls : osp_cylinder_array_color, anr_cylinder_array_color

- d -

• d : VMDDIR
• d_restraint_potential_dk() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint
• data : NameList< T >, VolumetricData, inthash_node_t, hash_node_t, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::matrix2d< T >::row, colvarmodule::vector1d< T >, colvar_grid< T >
• Data : NameList< T >
• data_array() : colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• data_begin_pos : colvarparse
• data_end_pos : colvarparse
• datarange() : VolumetricData
• dataset : GraphicsFltkRepVolumetric
• dataset_append() : GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumetric
• dataset_clear() : GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumetric
• dataset_flag : BaseMolecule
• datasetflags : BaseMolecule
• dcos_theta_dq() : colvarmodule::rotation
• deactivate_materials() : FileRenderer
• deactivate_uitext_stdin() : VMDApp
• debug() : colvarmodule
• debug_gradients() : colvar::cvc
• debug_gradients_step_size : colvarmodule
• decr_ref_count() : colvardeps
• decrease_depth() : colvarmodule
• default_beta() : BaseMolecule
• default_charge() : BaseMolecule
• default_color() : MoleculeList
• default_exec_string() : FileRenderer
• default_filename() : FileRenderer
• default_mass() : BaseMolecule
• default_material() : MoleculeList
• default_occup() : BaseMolecule
• default_radius() : BaseMolecule
• default_representation() : MoleculeList
• default_restart_frequency() : colvarproxy_io
• default_selection() : MoleculeList
• defaultColor : GeomListStruct
• defaultCommandLine : FileRenderer
• defaultFilename : FileRenderer
• defcolor : CmdColorItem
• define_adv_light() : Scene
• define_light() : Scene
• define_volume_texture() : TachyonDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• defValue : AtomRepDataInfo
• deg : CmdRockOn, CmdRotate
• del_all_molecules() : MoleculeList
• del_geometry() : GeometryList
• del_molecule() : MoleculeList
• del_rep() : MoleculeList, DrawMolecule
• delete_all() : MoleculeGraphics
• delete_basis_set() : QMData
• delete_features() : colvar::cvc, colvarbias, atom_group, colvar
• delete_frame() : DrawMolecule
• delete_hill() : colvarbias_meta
• delete_id() : MoleculeGraphics
• delete_material() : MaterialList, Displayable
• delete_requested() : colvarproxy
• delete_tool() : ToolFltkMenu
• deleteUnused() : OpenGLCache
• delr : rdfthrparms
• delta : VolMapCreate, gofrparms_t
• delta_grid() : colvar_grid< T >
• DeltaCounter() : DeltaCounter
• density : Msmpot_t, orbthrparms
• density_matrix() : Wavefunction
• depth : colvarmodule, watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >, PerRayData_radiance, glwin_fbo_target
• depth_s : colvarmodule
• depth_v : colvarmodule
• depthcue_set_density() : VMDApp
• depthcue_set_end() : VMDApp
• depthcue_set_mode() : VMDApp
• depthcue_set_start() : VMDApp
• DepthSortObject() : DepthSortObject
• description : colvardeps::feature, colvardeps
• destroy_context() : OSPRayRenderer, OptiXRenderer
• destroy_scene() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• detach() : IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim, IMDMgr
• DETACH : CmdIMDSim
• determinant() : colvarmodule::rmatrix
• determineClosestFrames() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dev : xidevhandle
• dev_bin : MsmpotCuda_t
• dev_dialbox : xinputhandle
• dev_maxpm : MsmpotCuda_t
• dev_nbins : MsmpotCuda_t
• dev_padmap : MsmpotCuda_t
• dev_spaceball : xinputhandle
• device : wrap_nvmlPciInfo_t
• device_asyncenginecount() : CUDAAccel
• device_canmaphostmem() : CUDAAccel
• device_clock_ghz() : CUDAAccel
• device_computemode() : CUDAAccel
• device_count() : OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, HMDMgr
• device_egrids : MsmpotCuda_t
• device_index() : CUDAAccel
• device_integratedgpu() : CUDAAccel
• device_kerneltimeoutenabled() : CUDAAccel
• device_list() : OptiXRenderer
• device_membytes() : CUDAAccel
• device_name() : VRJugglerTracker, VRJugglerButtons, SpaceballTracker, SpaceballButtons, PhoneTracker, PhoneButtons, VRPNTracker, VRPNFeedback, VRPNButtons, VMDTracker, FreeVRTracker, FreeVRButtons, Feedback, CaveTracker, CaveButtons, Buttons, MobileTracker, MobileButtons, CUDAAccel
• device_pageablememaccess() : CUDAAccel
• device_pageablememaccessuseshostpagetables() : CUDAAccel
• device_qgrids : MsmpotCuda_t
• device_sm_count() : CUDAAccel
• device_spdpfpperfratio() : CUDAAccel
• device_version_major() : CUDAAccel
• device_version_minor() : CUDAAccel
• deviceid : latthrparms, globmembwthrparms, busbwthrparms, maddthrparms, cudadevprops
• devid : wkf_threadpool_workerdata_struct
• devlist : wkf_threadpool_struct
• devnum : MsmpotCuda_t
• devpool_launch() : CUDAAccel
• devpool_wait() : CUDAAccel
• devs : vmd_opencl_orbital_handle, wrap_nvml_handle
• devspeed : wkf_threadpool_workerdata_struct
• dfdv1 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dfdv2 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dhlatusec : busbwthrparms
• dhmbsec : busbwthrparms
• diffuse : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• dihedPC() : colvar::dihedPC
• dihedral() : colvar::dihedral
• dihedrals : BaseMolecule
• dihedralTypeNames : BaseMolecule
• dihedralTypes : BaseMolecule
• dim : VMDTracker
• dimension() : VMDTracker, Tool
• dipole() : atom_group
• dipole_angle() : colvar::dipole_angle
• dipole_magnitude() : colvar::dipole_magnitude
• dipoleV : colvar::dipole_magnitude
• dir : osp_directional_light, DirectionalLight, ort_directional_light, anr_directional_light
• dirs : DirectionalLightList
• disable() : colvardeps
• disable_stencil_stereo() : OpenGLRenderer
• disconnect() : VMDCollab, IMDSim
• DISP_ANTIALIAS : Command
• DISP_AO : Command
• DISP_AO_AMBIENT : Command
• DISP_AO_DIRECT : Command
• DISP_BACKGROUNDGRADIENT : Command
• DISP_CACHEMODE : Command
• DISP_CLIP : Command
• DISP_CUEDENSITY : Command
• DISP_CUEEND : Command
• DISP_CUEMODE : Command
• DISP_CUESTART : Command
• DISP_CULLING : Command
• DISP_DEPTHCUE : Command
• DISP_DOF : Command
• DISP_DOF_FNUMBER : Command
• DISP_DOF_FOCALDIST : Command
• DISP_EYESEP : Command
• DISP_FOCALLEN : Command
• DISP_FPS : Command
• DISP_LIGHT_HL : Command
• DISP_LIGHT_MOVE : Command
• DISP_LIGHT_ON : Command
• DISP_LIGHT_ROT : Command
• DISP_PROJ : Command
• DISP_RENDERMODE : Command
• DISP_RESETVIEW : Command
• DISP_SCRDIST : Command
• DISP_SCRHEIGHT : Command
• DISP_SHADOW : Command
• DISP_STEREO : Command
• DISP_STEREOSWAP : Command
• DispCmdCylinder() : DispCmdCylinder
• display : VMDApp
• display_get_screen_distance() : VMDApp
• display_get_screen_height() : VMDApp
• display_get_size() : VMDApp
• display_line() : GeometryMol
• display_projection_is_perspective() : VMDApp
• display_set_aa() : VMDApp
• display_set_ao() : VMDApp
• display_set_ao_ambient() : VMDApp
• display_set_ao_direct() : VMDApp
• display_set_background_mode() : VMDApp
• display_set_cachemode() : VMDApp
• display_set_culling() : VMDApp
• display_set_depthcue() : VMDApp
• display_set_dof() : VMDApp
• display_set_dof_fnumber() : VMDApp
• display_set_dof_focal_dist() : VMDApp
• display_set_eyesep() : VMDApp
• display_set_farclip() : VMDApp
• display_set_focallen() : VMDApp
• display_set_fps() : VMDApp
• display_set_nearclip() : VMDApp
• display_set_position() : VMDApp
• display_set_projection() : VMDApp
• display_set_rendermode() : VMDApp
• display_set_screen_distance() : VMDApp
• display_set_screen_height() : VMDApp
• display_set_shadows() : VMDApp
• display_set_size() : VMDApp
• display_set_stereo() : VMDApp
• display_set_stereo_swap() : VMDApp
• display_string() : GeometryMol
• display_titlescreen() : VMDApp
• display_update() : VMDApp
• display_update_cb() : TextInterp
• display_update_on() : VMDApp
• display_update_status() : VMDApp
• display_update_ui() : VMDApp
• Displayable() : Displayable
• DisplayColor() : DisplayColor
• DisplayDevice() : DisplayDevice
• displayed() : MoleculeList, Displayable
• DisplayEye : DisplayDevice
• DisplayFltkMenu() : DisplayFltkMenu
• displaylistcache : OpenGLRenderer
• DisplayRocker() : DisplayRocker
• dist : DepthSortObject
• dist2() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::rmsd, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::inertia_z, colvar::inertia, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance_inv, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance_vec, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist2_grad() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion
• dist2_lgrad() : colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::rmsd, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::inertia_z, colvar::inertia, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance_inv, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance_vec, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist2_rgrad() : colvar::alch_Flambda, colvar::alch_lambda, colvar::rmsd, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::inertia_z, colvar::inertia, colvar::gyration, colvar::dipole_magnitude, colvar::distance_inv, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance_vec, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist_v : colvar::distance_z, colvar::distance
• dist_v_ortho : colvar::distance_xy
• distance() : colvar::distance
• distance_dir() : colvar::distance_dir
• distance_inv() : colvar::distance_inv
• distance_pairs() : colvar::distance_pairs
• distance_to_screen() : DisplayDevice
• distance_vec() : colvar::distance_vec
• distance_xy() : colvar::distance_xy
• distance_z() : colvar::distance_z
• divcnt : glwin_warp_hmd
• divergence : integrate_potential
• dL0_1 : colvarmodule::rotation
• dL0_2 : colvarmodule::rotation
• do_activate_adv_light() : FileRenderer
• do_activate_light() : OpenGLRenderer, FileRenderer, DisplayDevice
• do_callback() : PickSelectionEvent, GraphLabelEvent, LogfileEvent, HelpEvent, TimestepEvent, TrajectoryReadEvent, PickAtomCallbackEvent, PickGraphicsEvent, PickAtomEvent, PickValueEvent, SpaceballEvent, MobileDeviceCommandEvent, MobileStateChangedEvent, MobileEvent, MousePositionEvent, MouseModeEvent, MoleculeEvent, InitializeStructureEvent, FrameEvent, PythonEvalEvent, TclEvalEvent, UserKeyEvent, InterpEvent
• do_color_changed() : Stage, DisplayColor, GeometryList, FPS, DrawMolItem, DrawForce, Displayable, Axes
• do_color_rgb_changed() : DisplayColor, DrawMolItem, Displayable
• do_color_scale_changed() : DrawMolItem, Displayable
• do_dataset_append() : GraphicsFltkRepFieldLines, GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumeSlice, GraphicsFltkRepIsosurface, GraphicsFltkRepVolumetric
• do_dataset_clear() : GraphicsFltkRepFieldLines, GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumeSlice, GraphicsFltkRepIsosurface, GraphicsFltkRepVolumetric
• do_define_adv_light() : FileRenderer
• do_define_light() : OpenGLRenderer, FileRenderer, DisplayDevice
• do_dialog() : FrameSelector
• do_event() : SpringTool, TugTool, Tool, RotateTool, PrintTool, PinchTool, JoystickTool, GrabTool
• do_feature_side_effects() : colvardeps, atom_group, colvar
• do_off() : VMDTkMenu, VMDTkinterMenu, VMDFltkMenu, UIObject
• do_on() : VMDTkMenu, VMDTkinterMenu, VMDFltkMenu, UIObject
• do_reposition_window() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• do_reset() : GraphicsFltkRepFieldLines, GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumeSlice, GraphicsFltkRepIsosurface, GraphicsFltkRepSurf, GraphicsFltkRepQuickSurf, GraphicsFltkRepHBonds, GraphicsFltkRepNanoShaper, GraphicsFltkRepMSMS, GraphicsFltkRepSolvent, GraphicsFltkRepNewCartoon, GraphicsFltkRepCartoon, GraphicsFltkRepNewRibbons, GraphicsFltkRepRibbons, GraphicsFltkRepLicorice, GraphicsFltkRepVDW, GraphicsFltkRepPoints, GraphicsFltkRepCPK, GraphicsFltkRepDynamicBonds, GraphicsFltkRepBonds, GraphicsFltkRepLines, GraphicsFltkRep
• do_resize_window() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• do_save() : SaveTrajectoryFltkMenu
• do_start() : VRJugglerTracker, VRJugglerButtons, SpaceballTracker, SpaceballButtons, PhoneTracker, PhoneButtons, VRPNTracker, VRPNFeedback, VRPNButtons, VMDTracker, FreeVRTracker, FreeVRButtons, Feedback, CaveTracker, CaveButtons, Buttons, MobileTracker, MobileButtons
• do_update : AtomSel, AtomColor
• do_use_colors() : FileRenderer, DisplayDevice
• DoCell() : IsoContour
• DoCellGeneral() : IsoSurface
• doCent : Displayable
• doEvent() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• dof_enabled() : DisplayDevice
• dof_on() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• dofEnabled : DisplayDevice
• dofFNumber : DisplayDevice
• dofFocalDist : DisplayDevice
• doGlob : Displayable
• dograb() : Tool
• DoGridPosNorms() : IsoSurface
• doInit() : TextInterp, TclTextInterp
• domain : wrap_nvmlPciInfo_t
• DONE : CoorData
• done_waiting() : TclTextInterp
• doRot : Displayable
• doScale : Displayable
• doTkUpdate() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• DOTTED : AtomRep
• double_fctn : SymbolTableElement
• doublesided : DispCmdTriStrips
• downsample() : VolumetricData
• downshift : inthash_t, hash_t
• dpl_initialized : OpenGLRenderer
• dpy : glxdata, spaceballhandle, xinputhandle, oglhandle, spaceballhandle
• dpyScreen : glxdata
• dQ0_1 : colvarmodule::rotation
• dQ0_2 : colvarmodule::rotation
• draw() : VRJugglerScene, M_VRJapp, Scene, MainFltkMenu, My_Fl_Positioner, myFl_Chart, FreeVRScene, myglwindow, Displayable, ColorscaleLumaChart, ColorscaleImage, CaveScene
• draw_background_gradient() : OpenGLRenderer
• draw_finished() : VRJugglerScene, Scene
• draw_prepare() : Displayable
• drawbufs : glwin_fbo_target
• DrawForce() : DrawForce
• DrawMolecule() : DrawMolecule
• DrawMoleculeMonitor() : DrawMoleculeMonitor
• DrawMolItem() : DrawMolItem
• drawpixels_rgba4u() : OpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• DrawTool() : DrawTool
• drv_win : spaceballhandle
• dS_1 : colvarmodule::rotation
• dS_2 : colvarmodule::rotation
• dsdx : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dspin_angle_dq() : colvarmodule::rotation
• dt() : colvarproxy_system, colvarmodule
• dtool : Tool
• dummy_atom_pos : atom_group
• dump_fes : colvarbias_meta
• dump_fes_save : colvarbias_meta
• dump_replica_fes : colvarbias_meta
• dup() : Stack< T >
• duplicate_frame() : DrawMolecule
• dval : symbol_data, atomparser_node, YYSTYPE
• dx : Msmpot_t, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dxdr1 : colvar::dipole_angle, colvar::angle
• dxdr3 : colvar::dipole_angle, colvar::angle
• dy : Msmpot_t
• DYNAMICBONDS : AtomRep
• dz : Msmpot_t
• dzdv1 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dzdv2 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• dzdx : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >

- e -

• Eangle : IMDEnergies
• ebmeta : colvarbias_meta
• ebmeta_equil_steps : colvarbias_meta
• Ebond : IMDEnergies
• ed : colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum
• Edihe : IMDEnergies
• Eelec : IMDEnergies
• ef_anisotropic : colvar::coordnum
• ef_gradients : colvar::coordnum
• ef_null : colvar::coordnum
• ef_rebuild_pairlist : colvar::coordnum
• ef_use_pairlist : colvar::coordnum
• eh : Msmpot_t
• eigenvec : colvar::eigenvector
• eigenvec_invnorm2 : colvar::eigenvector
• eigenvector() : colvar::eigenvector
• Eimpr : IMDEnergies
• elem_indices : colvarvalue
• elem_sizes : colvarvalue
• elem_types : colvarvalue
• ELEMENT : AtomColor
• element_id() : MoleculeGraphics
• en : colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum
• en_prec : colvarmodule
• en_width : colvarmodule
• enable() : colvardeps
• enable_stencil_stereo() : OpenGLRenderer
• enabled : colvardeps::feature_state
• encache() : OpenGLCache
• end : atom_group, wkf_shared_iterator_struct, wkf_tasktile_struct
• end_clipgroup() : TachyonDisplayDevice, POV3DisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• end_match_ptr : match_data
• end_of_step() : colvarproxy, colvarmodule, colvarbias, colvar
• end_offset_top : match_data
• end_ring : LinkagePath
• end_subject : match_data
• endFrame : CoorPluginData, CmdAnimDelete, CmdAnimWriteFile
• endonly : match_data
• endtime : wkf_timer
• energy : colvarbias_meta::hill, Timestep
• energy_difference() : colvarmodule, colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint, colvarbias
• engine_ready() : colvarproxy
• engine_ready_ : colvarproxy
• entries : inthash_t, hash_t
• entropy() : colvar_grid_scalar
• Epot : IMDEnergies
• epotmap : Msmpot_t
• eq_and_lower_d : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• err : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• errcode : occthrparms_t
• error() : colvarproxy_vmd, colvarproxy, colvarmodule
• error_key_required() : colvarparse
• error_output : colvarproxy
• errorcode : match_data
• errorstack : wkf_threadpool_struct, wkf_threadpool_workerdata_struct
• errtol : Msmpot_t
• Etot : IMDEnergies
• euler_phi() : colvar::euler_phi
• euler_psi() : colvar::euler_psi
• euler_theta() : colvar::euler_theta
• ev_button_press : spaceballhandle
• ev_button_release : spaceballhandle
• ev_command : spaceballhandle
• ev_motion : spaceballhandle
• evalFile() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• evalString() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp, PlainTextInterp
• evaluate() : ParseTree
• evaluate_grid_point() : Orbital
• evclasses : xidevhandle
• evdev : oglhandle
• Evdw : IMDEnergies
• event : spaceballevent
• EventCodes : DisplayDevice
• eventdata : VSMsgHeader_t
• eventtype : VSMsgHeader_t
• evkey : oglhandle
• evval : oglhandle
• exci : wavef_signa_t
• excl_dist : ComputeOccupancyMap_t
• excl_energy : ComputeOccupancyMap_t
• exclude_feature_self() : colvardeps
• exclusions : ComputeOccupancyMap_t
• execCmd : FileRenderer
• execute_all() : CommandQueue
• exists : vmdwinjoystick
• exitFlag : VMDApp
• exp() : colvarmodule
• expand_atompos() : QMData
• expand_basis_array() : QMData
• expand_boundaries : colvar
• expand_grids : colvarbias_meta
• expon : prim_t
• exponent : colvar::distance_inv
• ext : OpenGLShader, OpenGLRenderer, oglhandle
• ext_force_k : colvar
• ext_gamma : colvar
• ext_mass : colvar
• ext_sigma : colvar
• extcmd : CmdRender
• extcutoff : ComputeOccupancyMap_t
• extend() : ResizeArray< T >
• extension() : MolFilePlugin
• extra : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• extra_type : atomparser_node
• extraflg : BaseMolecule
• extraflt : BaseMolecule
• extraint : BaseMolecule
• eye_dist() : DisplayDevice
• eyeDir : DisplayDevice
• eyeDist : DisplayDevice
• eyePos : DisplayDevice
• eyeSep : DisplayDevice
• eyesep() : DisplayDevice
• eyeSepDir : DisplayDevice
• eyzd : Msmpot_t
• ezd : Msmpot_t

- f -

• f : Surf, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, IsoSurface, IsoContour, flint_t, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, colvar, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• f_ag_active : colvardeps
• f_ag_atom_forces : colvardeps
• f_ag_center : colvardeps
• f_ag_center_origin : colvardeps
• f_ag_collect_atom_ids : colvardeps
• f_ag_explicit_gradient : colvardeps
• f_ag_fit_gradients : colvardeps
• f_ag_fitting_group : colvardeps
• f_ag_ntot : colvardeps
• f_ag_rotate : colvardeps
• f_ag_scalable : colvardeps
• f_ag_scalable_com : colvardeps
• f_cv_active : colvardeps
• f_cv_awake : colvardeps
• f_cv_collect_atom_ids : colvardeps
• f_cv_collect_gradient : colvardeps
• f_cv_corrfunc : colvardeps
• f_cv_custom_function : colvardeps
• f_cv_extended_Lagrangian : colvardeps
• f_cv_external : colvardeps
• f_cv_fdiff_velocity : colvardeps
• f_cv_gradient : colvardeps
• f_cv_grid : colvardeps
• f_cv_hard_lower_boundary : colvardeps
• f_cv_hard_upper_boundary : colvardeps
• f_cv_hide_Jacobian : colvardeps
• f_cv_homogeneous : colvardeps
• f_cv_Jacobian : colvardeps
• f_cv_Langevin : colvardeps
• f_cv_linear : colvardeps
• f_cv_lower_boundary : colvardeps
• f_cv_multiple_ts : colvardeps
• f_cv_ntot : colvardeps
• f_cv_output_applied_force : colvardeps
• f_cv_output_energy : colvardeps
• f_cv_output_total_force : colvardeps
• f_cv_output_value : colvardeps
• f_cv_output_velocity : colvardeps
• f_cv_periodic : colvardeps
• f_cv_reflecting_lower_boundary : colvardeps
• f_cv_reflecting_upper_boundary : colvardeps
• f_cv_runave : colvardeps
• f_cv_scalar : colvardeps
• f_cv_scripted : colvardeps
• f_cv_single_cvc : colvardeps
• f_cv_subtract_applied_force : colvardeps
• f_cv_total_force : colvardeps
• f_cv_total_force_calc : colvardeps
• f_cv_upper_boundary : colvardeps
• f_cvb_active : colvardeps
• f_cvb_apply_force : colvardeps
• f_cvb_awake : colvardeps
• f_cvb_bypass_ext_lagrangian : colvardeps
• f_cvb_calc_pmf : colvardeps
• f_cvb_calc_ti_samples : colvardeps
• f_cvb_get_total_force : colvardeps
• f_cvb_history_dependent : colvardeps
• f_cvb_ntot : colvardeps
• f_cvb_output_acc_work : colvardeps
• f_cvb_scalar_variables : colvardeps
• f_cvb_scale_biasing_force : colvardeps
• f_cvb_step_zero_data : colvardeps
• f_cvb_time_dependent : colvardeps
• f_cvb_write_ti_pmf : colvardeps
• f_cvb_write_ti_samples : colvardeps
• f_cvc_active : colvardeps
• f_cvc_collect_atom_ids : colvardeps
• f_cvc_com_based : colvardeps
• f_cvc_debug_gradient : colvardeps
• f_cvc_explicit_gradient : colvardeps
• f_cvc_gradient : colvardeps
• f_cvc_inv_gradient : colvardeps
• f_cvc_Jacobian : colvardeps
• f_cvc_lower_boundary : colvardeps
• f_cvc_ntot : colvardeps
• f_cvc_one_site_total_force : colvardeps
• f_cvc_pbc_minimum_image : colvardeps
• f_cvc_periodic : colvardeps
• f_cvc_scalable : colvardeps
• f_cvc_scalable_com : colvardeps
• f_cvc_scalar : colvardeps
• f_cvc_upper_boundary : colvardeps
• f_cvc_width : colvardeps
• f_old : colvar
• f_type_dynamic : colvardeps
• f_type_not_set : colvardeps
• f_type_static : colvardeps
• f_type_user : colvardeps
• fabs() : colvarmodule
• faces : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• fallend : FileRenderer::AdvancedLightState
• fallstart : FileRenderer::AdvancedLightState
• far_clip() : DisplayDevice
• farClip : DisplayDevice
• fatalerror : wkf_shared_iterator_struct
• fb : colvar
• fb_actual : colvar
• fbo : glwin_fbo_target
• fcc : compile_data
• fctn : wkf_run_barrier_struct, SymbolTableElement
• fctns : SymbolTable
• fdiff_velocity() : colvar
• feature() : colvardeps::feature
• feature_count_ : usage
• feature_paper_map_ : usage
• feature_report() : colvarmodule
• feature_state() : colvardeps::feature_state
• feature_states : colvardeps
• feature_type : colvardeps
• features() : colvardeps, colvar::cvc, colvarbias, atom_group, colvar
• features_atomgroup : colvardeps
• features_biases : colvardeps
• features_colvar : colvardeps
• features_cvc : colvardeps
• features_hash : colvarproxy
• Feedback() : Feedback
• FIELDLINEDELTA : AtomRep
• FIELDLINES : AtomRep
• FIELDLINESEEDUSEGRID : AtomRep
• FIELDLINESTYLE : AtomRep
• file_in_progress() : Molecule
• filebonds : FileSpec
• FileChooserFltkMenu() : FileChooserFltkMenu
• filedraw() : Scene
• filename : CmdRender
• fileName : CmdAnimWriteFile
• filerender_aasamples() : VMDApp
• filerender_aosamples() : VMDApp
• filerender_aspectratio() : VMDApp
• filerender_cur_format() : VMDApp
• filerender_default_filename() : VMDApp
• filerender_default_option() : VMDApp
• filerender_get_format() : VMDApp
• filerender_has_antialiasing() : VMDApp
• filerender_has_imagesize() : VMDApp
• filerender_imagesize() : VMDApp
• filerender_name() : VMDApp
• filerender_num() : VMDApp
• filerender_numformats() : VMDApp
• filerender_option() : VMDApp
• filerender_prettyname() : VMDApp
• filerender_render() : VMDApp
• filerender_set_format() : VMDApp
• filerender_shortname_from_prettyname() : VMDApp
• filerender_valid() : VMDApp
• FileRenderer() : FileRenderer
• FileRenderList() : FileRenderList
• FileSpec() : FileSpec
• fileType : CmdAnimWriteFile
• find() : ResizeArray< T >, FileRenderList, IdList, AtomColor
• find_3D_from_2D() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• find_atom_in_residue() : BaseMolecule
• find_attribute() : SymbolTable
• find_bonds_from_timestep() : BaseMolecule
• find_extensions() : OpenGLExtensions
• find_instance_images() : DisplayDevice
• find_optimal_grid() : Orbital
• find_pbc_cells() : DisplayDevice
• find_pbc_images() : DisplayDevice
• find_pretty_name() : FileRenderList
• find_recursion() : ParseTree
• find_renderer() : OpenGLExtensions
• find_short_name_from_pretty_name() : FileRenderList
• find_unique_bonds_from_timestep() : BaseMolecule
• find_wavef_id_from_gui_specs() : QMData
• findAtomBox() : AtomGrid
• findAtomsGrid() : MolData
• FindWithinData() : FindWithinData
• first : VMDDisplayList, FileSpec, qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• first_atom() : SmallRing
• first_atom_index : Msmpot_t
• first_cb() : FrameSelector
• first_char : real_pcre
• first_step : colvarbias_restraint_moving
• firstindex : DispCmdPickPointArray
• firstsel : AtomSel
• firstvalue : FrameSelector
• fit_gradients : atom_group
• fitting_group : atom_group
• fix() : MoleculeList, Displayable
• fixed() : MoleculeList, Displayable
• fixed_axis : colvar::distance_z
• fj : colvar
• flags : BaseMolecule, wkf_cpu_caps_struct
• flgatoms : FindWithinData
• flgs : FindWithinData
• floor() : colvarmodule
• flops_per_gridpoint() : Orbital
• FltkOpenGLDisplayDevice() : FltkOpenGLDisplayDevice
• flush_output_stream() : colvarproxy_io
• flush_output_streams() : colvarproxy_io
• FogMode : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• font1pxListBase : OpenGLRenderer
• fontNpxListBase : OpenGLRenderer
• force : Timestep
• force_constant() : colvar
• force_k : colvarbias_restraint_histogram, colvarbias_restraint_k
• force_k_incr : colvarbias_restraint_k_moving
• force_recalc() : DrawMolItem, DrawMolecule
• FORCEATOM : PickModeList, Mouse
• forced_stereo_draws() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• FORCEFRAG : PickModeList, Mouse
• forceoff() : VRPNFeedback, Tool, Feedback
• FORCERES : PickModeList, Mouse
• forcescale : Tool
• format : FileRenderList, FileRenderer, CmdLabelTextFormat
• formats : FileRenderer
• forward : RibbonFrame
• FPS() : FPS
• fps : VMDApp
• fr : colvar
• fragList : BaseMolecule
• Fragment() : Fragment
• fragment : BaseMolecule, Residue
• FRAGMENT : AtomColor
• FragmentShaderObject : OpenGLShader, glsl_shader
• frame() : DrawMolecule, Animation
• frame_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• frame_distances : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• frame_element_distances : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• frame_index : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• framebuffer_config() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• framebuffer_destroy() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• framebuffer_map_rgb4u() : OptiXRenderer
• framebuffer_resize() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• framebuffer_unmap() : OptiXRenderer
• framecount : VSMsgHeader_t
• framecrdsz : qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• FrameEvent() : FrameEvent
• frames_list : clusterparms_t
• FrameSelector() : FrameSelector
• frameSkip : CoorPluginData, CmdAnimDelete, CmdAnimWriteFile
• framespec : CmdMolDrawFrames
• free_children_deps() : colvardeps
• free_gpu_memory() : QuickSurf
• free_opengl_ctx() : OpenGLRenderer
• FreeVRButtons() : FreeVRButtons
• FreeVRDisplayDevice() : FreeVRDisplayDevice
• FreeVRScene() : FreeVRScene
• FreeVRTracker() : FreeVRTracker
• freeze() : VMDMenu
• from_simple_string() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• fromlen : mobilehandle
• fromMatrix() : Quat
• ft : colvar::cvc, colvar
• ft_reported : colvar
• FUNCTION : SymbolTableElement
• function_type : colvar::cvc
• function_types : colvar::cvc
• fval : eventdataunion

- g -

• g : GRIDCELL
• gamma : Timestep
• gaussian_blur() : VolumetricData
• gaussian_width : colvarbias_restraint_histogram
• GaussianBlur() : GaussianBlur< IMAGE_T >
• gausslim : densitythrparms
• gc : Msmpot_t
• GelatoDisplayDevice() : GelatoDisplayDevice
• generateChargeTexture() : VolumeTexture
• generateColorScaleTexture() : VolumeTexture
• generateContourLineTexture() : VolumeTexture
• generateHSVTexture() : VolumeTexture
• generateIndexTexture() : VolumeTexture
• generatePosTexture() : VolumeTexture
• GENERIC : OpenGLExtensions
• geom : osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• geom_list() : GeometryList
• geom_list_index() : GeometryList
• geom_list_name() : GeometryList
• geom_set_name() : GeometryMol
• GeometricPathBase() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• geometry : QMData
• GeometryAngle() : GeometryAngle
• GeometryAtom() : GeometryAtom
• GeometryBond() : GeometryBond
• GeometryDihedral() : GeometryDihedral
• GeometryFltkMenu() : GeometryFltkMenu
• GeometryList() : GeometryList
• geometryList : VMDApp
• GeometryMol() : GeometryMol
• GeometryMonitor() : GeometryMonitor
• GeometrySpring() : GeometrySpring
• geomList : GeomListStruct
• geomValue : GeometryMol
• get() : Combinations, AtomGrid, AtomGridCell, GridList, IndexList
• get_accelMD_factor() : colvarproxy_system
• get_accession() : Molecule
• get_additional_elements() : Symmetry
• get_alch_lambda() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system
• get_ambient() : MaterialList
• get_angletype() : BaseMolecule
• get_angular_momentum() : QMData
• get_angular_momentum_str() : QMData
• get_ao_ambient() : DisplayDevice
• get_ao_direct() : DisplayDevice
• get_APIsupported() : Mobile
• get_atom_applied_forces() : colvarproxy_atoms
• get_atom_charge() : colvarproxy_atoms
• get_atom_charges() : colvarproxy_atoms
• get_atom_group_charge() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_group_com() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_group_id() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_group_ids() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_group_mass() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_group_total_force() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_group_velocity() : colvarproxy_atom_groups
• get_atom_id() : colvarproxy_atoms
• get_atom_ids() : colvarproxy_atoms
• get_atom_lists() : colvar::cvc, colvar
• get_atom_mass() : colvarproxy_atoms
• get_atom_masses() : colvarproxy_atoms
• get_atom_position() : colvarproxy_atoms
• get_atom_positions() : colvarproxy_atoms
• get_atom_total_force() : colvarproxy_atoms
• get_atom_total_forces() : colvarproxy_atoms
• get_atom_types() : QMData
• get_atom_velocity() : colvarproxy_atoms
• get_avail_occupancies() : QMData
• get_avail_orbitals() : QMData
• get_axisorder() : Symmetry
• get_axistype() : Symmetry
• get_basis() : QMData
• get_bias_cmd_arg() : colvarscript
• get_button_names() : UIVR
• get_buttons() : Tool
• get_carthessian() : QMData
• get_category_item() : Scene
• get_cell() : AtomGrid
• get_charge_set() : QMTimestep
• get_charge_type() : QMTimestep
• get_charge_type_str() : QMTimestep
• get_cijk() : AtomGrid
• get_client_list() : Mobile
• get_clip_status() : VMDDisplayList
• get_cmd_arg() : colvarscript
• get_cmd_prefix() : colvarscript
• get_cmdline_help_summary() : colvarscript
• get_cna() : AtomGrid
• get_cnb() : AtomGrid
• get_cnc() : AtomGrid
• get_coeffs() : Wavefunction
• get_colorscale_colors() : VMDApp, Scene
• get_colorscale_minmax() : AtomColor
• get_colvar_cmd_arg() : colvarscript
• get_colvars_index() : colvar_grid< T >
• get_colvars_index_bound() : colvar_grid< T >
• get_command_arghelp() : colvarscript
• get_command_cmdline_help() : colvarscript
• get_command_cmdline_syntax() : colvarscript
• get_command_full_help() : colvarscript
• get_command_help() : colvarscript
• get_command_n_args_max() : colvarscript
• get_command_n_args_min() : colvarscript
• get_command_names() : colvarscript
• get_command_rethelp() : colvarscript
• get_component_by_name() : DrawMolecule
• get_component_name() : DrawMolecule
• get_config() : colvarparse, colvarmodule
• get_conformers() : VolMapCreateILS
• get_copyunitcell() : IMDMgr
• get_cuda_devpool() : CUDAAccel
• get_cue_density() : DisplayDevice
• get_cue_end() : DisplayDevice
• get_cue_mode() : DisplayDevice
• get_cue_start() : DisplayDevice
• get_custom_singleword() : SymbolTable
• get_cvc_param() : colvar
• get_cvc_param_grad() : colvar
• get_cvc_param_ptr() : colvar
• get_d2E_dlambda2() : colvarproxy_system
• get_data() : AtomRep
• get_database() : Molecule
• get_dE_dlambda() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system
• get_device_names() : UIVR
• get_diffuse() : MaterialList
• get_dihedraltype() : BaseMolecule
• get_dof_fnumber() : DisplayDevice
• get_dof_focal_dist() : DisplayDevice
• get_drawframes() : DrawMolItem
• get_elem() : colvarvalue
• get_element_summary() : Symmetry
• get_energy() : Wavefunction, colvarbias
• get_eofexit() : VMDApp
• get_error() : colvarmodule
• get_error_bit() : colvarmodule
• get_error_msgs() : colvarproxy
• get_excitation() : QMTimestep, Wavefunction
• get_eye_dir() : DisplayDevice
• get_eye_pos() : DisplayDevice
• get_eye_up() : DisplayDevice
• get_feedback() : Tool
• get_feedback_names() : UIVR
• get_file() : Molecule
• get_file_specs() : Molecule
• get_force() : PickModeForce
• get_frame() : DrawMolecule, colvarproxy_vmd, colvarproxy_io
• get_frame_value() : AtomSel
• get_grad() : integrate_potential
• get_gradients() : QMTimestep
• get_grid_axes() : Orbital
• get_grid_data() : Orbital
• get_gridsize() : Orbital
• get_highest_excitation() : QMData
• get_homo() : QMTimestep, Wavefunction
• get_ijk() : AtomGrid
• get_image() : GaussianBlur< IMAGE_T >
• get_image_d() : GaussianBlur< IMAGE_T >
• get_imagmodes() : QMData
• get_imdmol() : IMDMgr
• get_impropertype() : BaseMolecule
• get_inertia_axes() : Symmetry
• get_inertia_eigenvals() : Symmetry
• get_inertia_unique() : Symmetry
• get_info() : Wavefunction
• get_instances() : DrawMolItem
• get_intensities() : QMData
• get_interp() : TclTextInterp
• get_inthessian() : QMData
• get_keep_rate() : IMDMgr
• get_key_string_multi_value() : colvarparse
• get_key_string_value() : colvarparse
• get_keyval() : colvarparse
• get_keyval_feature() : colvardeps
• get_last_frame() : DrawMolecule
• get_link_key() : SmallRingLinkages
• get_list() : AtomGridCell
• get_lumo() : QMTimestep
• get_max_avail_orbitals() : QMData
• get_maxforce() : Feedback
• get_mirror() : MaterialList
• get_missing_elements() : Symmetry
• get_mode_str() : Spaceball, Mouse, Mobile
• get_module_cmd_arg() : colvarscript
• get_molid() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system
• get_move_mode() : Mobile
• get_multiplicity() : QMTimestep, Wavefunction
• get_na() : AtomGrid
• get_name() : VMDMenu
• get_nb() : AtomGrid
• get_nc() : AtomGrid
• get_new_frames() : Molecule
• get_next_ts() : IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim
• get_normalmodes() : QMData
• get_num_active_atom_groups() : colvarproxy_atom_groups
• get_num_active_atoms() : colvarproxy_atoms
• get_num_atoms() : QMData
• get_num_charge_sets() : QMTimestep
• get_num_coeffs() : QMTimestep, Wavefunction
• get_num_groups() : Segmentation
• get_num_imag() : QMData
• get_num_intcoords() : QMData
• get_num_occupied_double() : Wavefunction
• get_num_occupied_single() : Wavefunction
• get_num_orbitals() : QMTimestep, Wavefunction
• get_num_prim_per_shell() : QMData
• get_num_processes() : DisplayDevice
• get_num_scfiter() : QMTimestep
• get_num_shells() : QMData
• get_num_shells_per_atom() : QMData
• get_num_types() : QMData
• get_num_wavecoeff_per_atom() : QMData
• get_num_wavef() : QMTimestep
• get_numvoxels() : Orbital
• get_occupancies() : QMTimestep, Wavefunction
• get_offset() : VMDTracker
• get_opacity() : MaterialList
• get_orbenergies() : Wavefunction
• get_orbids() : Wavefunction
• get_orbital_id_from_index() : QMTimestep
• get_orbital_index_from_id() : QMTimestep
• get_orbital_label_from_gui_index() : QMData
• get_orbital_occ_energy() : QMTimestep
• get_orbitalenergy() : QMTimestep, Wavefunction
• get_orbitalids() : QMTimestep
• get_orientation() : Symmetry
• get_origin() : Orbital
• get_outline() : MaterialList
• get_outlinewidth() : MaterialList
• get_param() : colvarparams
• get_param_grad() : colvar::cvc
• get_param_grad_names() : colvarparams
• get_param_grad_ptr() : colvarparams
• get_param_names() : colvarparams
• get_param_ptr() : colvarparams
• get_pbc() : DrawMolItem
• get_pbc_images() : DrawMolItem
• get_planetype() : Symmetry
• get_plugin() : VMDApp
• get_pointgroup() : Symmetry
• get_port() : Mobile
• get_projection() : DisplayDevice
• get_radii_minmax() : BaseMolecule
• get_remarks() : Molecule
• get_rep_molid() : Tool
• get_rep_name() : Tool
• get_repserialnum() : VMDApp
• get_resolution() : Orbital
• get_results() : Segmentation
• get_rmsd() : Symmetry
• get_rot_quat() : HMDMgr
• get_rotreflectorder() : Symmetry
• get_rotrefltype() : Symmetry
• get_runtype_string() : QMData
• get_scale() : VMDTracker
• get_scfenergies() : QMTimestep
• get_scftype_string() : QMData
• get_shell_type_str() : QMData
• get_shininess() : MaterialList
• get_smoothing() : DrawMolItem
• get_specular() : MaterialList
• get_spin() : QMTimestep, Wavefunction
• get_state_params() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint_moving, colvarbias_restraint, colvarbias_meta, colvarbias_alb, colvarbias_ti, colvarbias
• get_statistics() : VolMapCreateILS
• get_status_string() : QMData
• get_targeted_atom() : Tool
• get_tcl_interp() : UIText, colvarproxy_tcl
• get_texserialnum() : VMDApp
• get_text() : VMDApp
• get_time_step_factor() : colvardeps
• get_tracker() : Tool
• get_tracker_names() : UIVR
• get_tracker_status() : Spaceball, Mobile
• get_trans_rate() : IMDMgr
• get_transform_from_cell() : Timestep
• get_transform_vectors() : Timestep
• get_transforms() : Timestep
• get_transmode() : MaterialList
• get_type() : Wavefunction, Molecule
• get_typestr() : Wavefunction
• get_unique_atom() : Symmetry
• get_value() : UIestimator::n_vector< T >, UIestimator::n_matrix
• get_vector() : colvarmodule::quaternion
• get_version_from_string() : colvarproxy
• get_vertex_ptrs() : GraphLayout
• get_volmap() : VolMapCreateILS
• get_volmap_id() : colvarproxy_volmaps
• get_volmap_id_from_name() : colvarproxy_volmaps
• get_volmap_ids() : colvar
• get_volmap_value() : colvarproxy_volmaps
• get_volume_data() : BaseMolecule
• get_wave_energy() : QMTimestep
• get_wave_offset() : QMData
• get_wavecoeffs() : QMTimestep
• get_wavef_index() : QMTimestep
• get_wavef_typestr() : QMTimestep
• get_wavefunction() : QMTimestep
• get_waveid() : QMTimestep
• get_wavenumbers() : QMData
• get_xyz() : AtomGrid
• GetActiveVoxelCount() : CUDAMarchingCubes
• getActualRadius() : MolData
• getbondorder() : BaseMolecule
• getbondtype() : BaseMolecule
• getdevice() : SensorConfig
• getdevices() : Tool
• getforcescale() : Tool
• gethost() : IMDMgr
• GetIsovalue() : CUDAMarchingCubes
• getleft_rot() : SensorConfig
• getline() : colvarmodule
• getline_nocomments() : colvarparse
• getLinkageEdge() : SmallRingLinkages
• getmaxforce() : SensorConfig
• GetMaxGridSize() : CUDAMarchingCubes
• getname() : SensorConfig
• getnames() : SensorConfig
• getNum() : GridList
• getnums() : SensorConfig
• getoffset() : Tool, SensorConfig
• getplace() : SensorConfig
• getpointers() : DispCmdPickPointArray, DispCmdWireMesh, DispCmdTriStrips, DispCmdTriMesh, DispCmdLitPointArray, DispCmdPointArray, DispCmdLatticeCubeArray, DispCmdSphereArray
• getport() : IMDMgr
• getRadius() : MolData
• getRawVoxels() : Watershed< GROUP_T, IMAGE_T >
• getright_rot() : SensorConfig
• getscale() : Tool, SensorConfig
• getSegmentedVoxels() : Watershed< GROUP_T, IMAGE_T >
• getsensors() : SensorConfig
• getSimState() : IMDSim
• getspringscale() : Tool
• getTargetScale() : Tool
• getTextFormat() : GeometryList
• getTextOffset() : GeometryList
• getTextSize() : GeometryList
• getTextThickness() : GeometryList
• getTextureID() : VolumeTexture
• getTextureMap() : VolumeTexture
• getTextureSize() : VolumeTexture
• gettool() : UIVR
• gettype() : SensorConfig, Command
• getUSL() : SensorConfig
• GetVertexCount() : CUDAMarchingCubes
• GetVoxelCount() : CUDAMarchingCubes
• getWandButton() : VRJugglerScene, M_VRJapp
• getWandRotMat() : VRJugglerScene, M_VRJapp
• getWandXYZ() : VRJugglerScene, M_VRJapp
• gflops : maddthrparms
• GLenum : OpenGLExtensions
• GLfloat : OpenGLExtensions
• GLint : OpenGLExtensions
• glob_trans_off() : Displayable
• glob_trans_on() : Displayable
• glob_translating() : Displayable
• globt : Displayable
• GLsizei : OpenGLExtensions
• glxsrv : OpenGLDisplayDevice
• gmName : GeometryMol
• goto_frame() : Animation
• grabs : Tool
• GrabTool() : GrabTool
• grad : atom
• gradient_finite_diff() : colvar_grid_scalar, colvar_grid_count
• gradients : integrate_potential
• graph_label_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• GraphicsFltkMenu() : GraphicsFltkMenu
• GraphicsFltkRep() : GraphicsFltkRep
• GraphicsFltkRepBeads() : GraphicsFltkRepBeads
• GraphicsFltkRepBonds() : GraphicsFltkRepBonds
• GraphicsFltkRepCartoon() : GraphicsFltkRepCartoon
• GraphicsFltkRepCPK() : GraphicsFltkRepCPK
• GraphicsFltkRepDotted() : GraphicsFltkRepDotted
• GraphicsFltkRepDynamicBonds() : GraphicsFltkRepDynamicBonds
• GraphicsFltkRepFieldLines() : GraphicsFltkRepFieldLines
• GraphicsFltkRepHBonds() : GraphicsFltkRepHBonds
• GraphicsFltkRepIsosurface() : GraphicsFltkRepIsosurface
• GraphicsFltkRepLicorice() : GraphicsFltkRepLicorice
• GraphicsFltkRepLines() : GraphicsFltkRepLines
• GraphicsFltkRepMSMS() : GraphicsFltkRepMSMS
• GraphicsFltkRepNanoShaper() : GraphicsFltkRepNanoShaper
• GraphicsFltkRepNewCartoon() : GraphicsFltkRepNewCartoon
• GraphicsFltkRepNewRibbons() : GraphicsFltkRepNewRibbons
• GraphicsFltkRepOrbital() : GraphicsFltkRepOrbital
• GraphicsFltkRepPoints() : GraphicsFltkRepPoints
• GraphicsFltkRepQuickSurf() : GraphicsFltkRepQuickSurf
• GraphicsFltkRepRibbons() : GraphicsFltkRepRibbons
• GraphicsFltkRepSolvent() : GraphicsFltkRepSolvent
• GraphicsFltkRepSurf() : GraphicsFltkRepSurf
• GraphicsFltkRepTrace() : GraphicsFltkRepTrace
• GraphicsFltkRepTube() : GraphicsFltkRepTube
• GraphicsFltkRepVDW() : GraphicsFltkRepVDW
• GraphicsFltkRepVolumeSlice() : GraphicsFltkRepVolumeSlice
• GraphicsFltkRepVolumetric() : GraphicsFltkRepVolumetric
• GraphLabelEvent() : GraphLabelEvent
• GraphLayout() : GraphLayout
• grid : colvarbias_histogram
• grid_count : colvarbias_reweightaMD
• grid_dV : colvarbias_reweightaMD
• grid_dV_square : colvarbias_reweightaMD
• grideners : enthrparms
• GridList() : GridList
• GridResCounter() : GridResCounter
• grids_freq : colvarbias_meta
• gridsize() : VolumetricData
• GRIDSPACING : AtomRep
• gridspacing : densitythrparms, MolData, enthrparms
• gross_atom_mulliken_pop() : QMData
• group : state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• group1 : colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::distance_pairs, colvar::distance_inv, colvar::distance
• group2 : colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle, colvar::distance_pairs, colvar::distance_inv, colvar::distance
• group3 : colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle
• group4 : colvar::dihedral
• groupcoordnum() : colvar::groupcoordnum
• growthrate : wkf_tilestack_t, ptrstack, intstack
• gspath() : colvar::gspath
• gspathCV() : colvar::gspathCV
• gsub() : JString
• guess() : Symmetry
• guess_filetype() : VMDApp
• Gxcrds : glwin_warp_hmd
• Gycrds : glwin_warp_hmd
• gyration() : colvar::gyration
• gzpath() : colvar::gzpath
• gzpathCV() : colvar::gzpathCV

- h -

• h_bond() : colvar::h_bond
• handle() : MolBrowser, myBrowser, myglwindow
• handlelist : PluginMgr
• hard_lower_boundaries : colvar_grid< T >
• hard_upper_boundaries : colvar_grid< T >
• has_aa : FileRenderer
• has_antialiasing() : FileRenderList, FileRenderer
• has_data : colvar_grid< T >, colvarbias
• has_imagesize() : FileRenderList, FileRenderer
• has_imgsize : FileRenderer
• has_inversion() : Symmetry
• has_orbital() : QMData
• has_parent_data : colvar_grid< T >
• has_structure() : BaseMolecule
• has_text() : Command
• has_value() : GeometryMol
• has_wavef_exci() : QMData
• has_wavef_guitype() : QMData
• has_wavef_signa() : QMData
• has_wavef_spin() : QMData
• hascompiledvertexarrayext : OpenGLExtensions
• hasgetvideosyncsgi : glwin_ext_fctns
• hasglarbtexnonpoweroftwo : OpenGLExtensions
• hasglfborendertarget : glwin_ext_fctns
• hasglfragmentshaderarb : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• hasglgeometryshader4arb : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• hasglpointparametersext : OpenGLExtensions
• hasglpointspritearb : OpenGLExtensions
• hasglsampleshadingarb : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• hasglshaderobjectsarb : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• hasglshadinglangarb : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• hasglvertexshaderarb : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• hash : NameList< T >
• hasmultidrawext : OpenGLExtensions
• hasmultisample : OpenGLExtensions
• hasrescalenormalext : OpenGLExtensions
• hasstencilbuffer : OpenGLExtensions
• hasstereo : OpenGLExtensions
• hastex2d : OpenGLRenderer, OpenGLExtensions
• hastex3d : OpenGLRenderer, OpenGLExtensions
• hasValue : GeometryMol
• have_one_sensor() : SensorConfig
• have_scripts : colvarproxy_script
• have_window : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice
• havefocus : glxdata, oglhandle
• havestencil : oglhandle
• hb : colvar::alpha_angles
• hb_coeff : colvar::alpha_angles
• HBONDS : AtomRep
• hdlatusec : busbwthrparms
• hdmbsec : busbwthrparms
• head : bondsearchthrparms
• headlight_onoff() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, ANARIRender
• HeadlightMode : OptiXRenderer
• height : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >, VSMsgHeader_t, simenc_handle, oglhandle
• HELP : colvarscript
• help_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• HelpEvent() : HelpEvent
• hide() : MoleculeList, myglwindow
• high : netint
• highest : netint
• highlight_adv_light() : Scene
• highlight_light() : Scene
• highlighted_molid : VMDApp
• highlighted_rep : DrawMolecule, VMDApp
• hill() : colvarbias_meta::hill
• hill_iter : colvarbias_meta
• hill_value : colvarbias_meta::hill
• hill_weight : colvarbias_meta
• hill_width : colvarbias_meta
• hills : colvarbias_meta
• hills_energy : colvarbias_meta
• hills_energy_gradients : colvarbias_meta
• hills_off_grid : colvarbias_meta
• hills_traj_file_name() : colvarbias_meta
• hist_to_pmf() : colvarbias_reweightaMD
• histarray : rdfthrparms
• history_freq : colvarbias_reweightaMD
• history_index : linenoiseState
• hlist : gofrparms_t
• hmd_fbo : glwin_warp_hmd
• HMDMgr() : HMDMgr
• hmin : Msmpot_t
• host : CmdIMDConnect
• host_egrids : MsmpotCuda_t
• host_lfac : MsmpotCuda_t
• host_qgrids : MsmpotCuda_t
• host_sinfo : MsmpotCuda_t
• host_wt : MsmpotCuda_t
• hx : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• hx_dx : Msmpot_t
• hy : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• hy_dy : Msmpot_t
• hz : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• hz_dz : Msmpot_t

- i -

• i : PointDistance, flint_t
• ID : DispCmdVolumeTexture
• id : Tool, BaseMolecule, atom
• idealcoor : Best
• idealpos() : Symmetry
• identity() : Quat, Matrix4
• IdList() : IdList
• ids() : atom_group
• iend : clusterparms_t
• ifd : linenoiseState
• ilist : gofrparms_t
• imagesize() : FileRenderList
• IMD_ATTACH : Command
• imd_connect() : VMDApp
• imd_connected() : VMDApp
• IMD_COPYUNITCELL : Command
• imd_disconnect() : VMDApp
• IMD_RATE : Command
• imd_sendforces() : VMDApp
• IMD_SIM : Command
• IMDMgr() : IMDMgr
• imdMgr : VMDApp
• IMDOFFLINE : IMDSim
• IMDPAUSED : IMDSim
• IMDRUNNING : IMDSim
• IMDSim() : IMDSim
• IMDSimBlocking() : IMDSimBlocking
• IMDSimThread() : IMDSimThread
• IMDSTARTING : IMDSim
• IMDStates : IMDSim
• imgheight : FileRenderer
• imgwidth : FileRenderer
• immersadeskflip : OpenGLRenderer
• importance : PerRayData_radiance
• impose() : Symmetry
• impropers : BaseMolecule
• improperTypeNames : BaseMolecule
• improperTypes : BaseMolecule
• inactivate() : MoleculeList
• incr() : colvar_grid< T >
• incr_count() : colvar_grid_count
• increase_depth() : colvarmodule
• increase_refcount() : colvarproxy_atoms
• increase_value() : UIestimator::n_vector< T >, UIestimator::n_matrix
• ind : Surf, osp_cylinder_array_color, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, osp_material, ort_material, Material, CmdMaterialDefault, anr_cylinder_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f, anr_material
• ind1 : GridSearchPair
• ind2 : GridSearchPair
• index : AtomEntry, atomsel_iterobject, AtomData, atom_group, atom, AtomRepDataInfo
• INDEX : AtomColor
• index_file_names : colvarmodule
• index_group_names : colvarmodule
• index_groups : colvarmodule
• index_id() : MoleculeGraphics
• index_ok() : colvar_grid< T >
• IndexList() : IndexList
• indices : osp_sphere_array_color, osp_cylinder_array_color, anr_cylinder_array_color
• indirect_lambda_biasing_force : colvarproxy_system
• inertia() : colvar::inertia
• inertia_z() : colvar::inertia_z
• info : vmdwinjoystick, wavef_signa_t
• info_id() : MoleculeGraphics
• Inform() : Inform
• init : OsgNavigator, VRJugglerScene, M_VRJapp, OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, NVENCMgr, DisplayDevice, colvarmodule::rotation, colvar::map_total, colvar::euler_theta, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::tilt, colvar::orientation_proj, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::cvc, colvarbias_restraint_histogram, colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint_moving, colvarbias_restraint_k, colvarbias_restraint_centers, colvarbias_restraint, colvarbias_meta, colvarbias_reweightaMD, colvarbias_histogram, colvarbias_alb, colvarbias_abf, colvarbias_ti, colvarbias, atom_group, colvar, MolAtom, watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >, group_t< IMAGE_T >
• init_angular_norm_factors() : QMData
• init_as_angle() : colvar::cvc
• init_as_distance() : colvar::cvc
• init_as_periodic_angle() : colvar::cvc
• init_atom() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_atoms
• init_atom_group() : colvarproxy_atom_groups
• init_atoms() : BaseMolecule
• init_basis() : QMData
• init_colorchooser() : GraphicsFltkMenu
• init_colors() : MoleculeList
• init_components() : colvar
• init_custom_function() : colvar
• init_dependencies() : colvardeps, colvar::cvc, colvarbias, atom_group, colvar
• init_ebmeta_params() : colvarbias_meta
• init_electrons() : QMData
• init_extended_Lagrangian() : colvar
• init_feature() : colvardeps
• init_from_boundaries() : colvar_grid< T >
• init_from_colvars() : colvar_grid< T >
• init_grid_parameters() : colvar
• init_grids() : colvarbias_ti
• init_materialchooser() : GraphicsFltkMenu
• init_materials() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• init_output_flags() : colvar
• init_positions_box() : GraphLayout
• init_positions_circle() : GraphLayout
• init_read() : MolFilePlugin
• init_replicas_params() : colvarbias_meta
• init_scalar_boundaries() : colvar::cvc
• init_stylechooser() : GraphicsFltkMenu
• init_tcl_pointers() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_tcl
• init_total_force_params() : colvar::cvc
• init_volmap_by_id() : colvarproxy_volmaps, colvarproxy_vmd
• init_volmap_by_name() : colvarproxy_volmaps
• init_well_tempered_params() : colvarbias_meta
• init_write() : MolFilePlugin
• initfunc : _py3_inittab
• initial_centers : colvarbias_restraint_centers_moving
• initialize() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• Initialize() : CUDAMarchingCubes
• initialize_structure_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• InitializeStructureEvent() : InitializeStructureEvent
• inner() : colvarmodule::quaternion
• inner_length : colvarmodule::matrix2d< T >
• inner_opt() : colvarvalue
• input_buffer() : colvarproxy_io
• input_buffer_ : colvarproxy_io
• input_prefix() : colvarproxy_io
• input_prefix_str : colvarproxy_io
• input_stream() : colvarproxy_io
• input_stream_error_ : colvarproxy_io
• input_stream_exists() : colvarproxy_io
• input_streams_ : colvarproxy_io
• inrad : vmd_ring_color
• INSERTION : BaseMolecule
• insertionstr : MolAtom
• instances : VMDDisplayList, CmdMolShowInstances, BaseMolecule
• instanceset : VMDDisplayList
• instereo : oglhandle
• inStereo : DisplayDevice
• int() : glwin_ext_fctns
• int_fctn : SymbolTableElement
• integer_power() : colvarmodule
• integral() : VolumetricData, colvar_grid_scalar
• integrate() : integrate_potential
• integrate_potential() : integrate_potential
• integratedgpu : cudadevprops
• INTELSWR : OpenGLExtensions
• intelswr : OpenGLRenderer
• internal_to_angstrom() : colvarproxy_system
• interp : VMDTkMenu, Msmpot_t
• INTERP_EVENT : Command
• InterpEvent() : InterpEvent
• interpolate() : colvarvalue
• intraFrame() : M_VRJapp
• inv : elementsummary
• invalidate_ss() : DrawMolecule
• invbx : Msmpot_t
• invby : Msmpot_t
• invbz : Msmpot_t
• inverse() : Matrix4, colvarmodule::rotation
• inversion : Best
• invert() : Quat
• io_available() : colvarproxy_io, colvarproxy
• is_a : SymbolTableElement
• is_available() : colvardeps
• is_changeable() : SymbolTable
• is_derivative() : colvarvalue
• is_dynamic() : colvardeps, colvardeps::feature
• is_enabled() : colvardeps
• IS_FLOAT : SymbolTableElement
• is_input : CoorPluginData
• IS_INT : SymbolTableElement
• is_not_set() : colvardeps
• is_orbital() : GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRep, AtomRep
• is_renderer_process() : DisplayDevice
• is_scalar() : colvarvalue
• is_spherical_top() : Symmetry
• is_static() : colvardeps, colvardeps::feature
• IS_STRING : SymbolTableElement
• is_symmetric_top() : Symmetry
• is_targeted() : Tool
• is_top() : MoleculeList
• is_user() : colvardeps, colvardeps::feature
• is_volumetric() : GraphicsFltkRepVolumetric, GraphicsFltkRep, AtomRep
• isbinwrap : Msmpot_t
• isConnected() : IMDSim
• isFixed : Displayable
• isgrabbing() : SpringTool, TugTool, Tool, RotateTool, PinchTool
• islongcutoff : Msmpot_t
• IsoContour() : IsoContour
• ISOLINETHICKNESS : AtomRep
• isOn : Displayable
• isOpened : FileRenderer
• isorep : isosurface_cbdata
• isort() : SortableArray< T >
• IsoSlider() : IsoSlider
• ISOSTEPSIZE : AtomRep
• ISOSURFACE : AtomRep
• IsoSurface() : IsoSurface
• isovalue : densitythrparms
• isperiodic : Msmpot_t
• istart : clusterparms_t
• isvalid : osp_material, ort_material, OpenGLShader, glwin_fbo_target, glsl_shader, anr_material
• it : colvarmodule, colvarbias_meta::hill
• it_restart : colvarmodule
• it_width : colvarmodule
• item() : SortableArray< T >
• items() : GeometryMol
• iter : wkf_threadlaunch_struct, wkf_threadpool_struct, wkf_threadpool_workerdata_struct
• ival : eventdataunion, symbol_data, atomparser_node, YYSTYPE
• ixs : glwin_warp_hmd
• iys : glwin_warp_hmd

- j -

• jacobi : colvarmodule::rotation
• Jacobian_derivative() : colvar::cvc
• jd : colvar::cvc
• JoystickTool() : JoystickTool
• JRegex() : JRegex
• JString() : JString

- k -

• k : Combinations
• kbseqlatency : latthrparms
• kbytesperframe : CoorPluginData
• kcal_mol_value_ : colvarproxy_system
• kconstmem : vmd_opencl_orbital_handle
• kconstmem_vec4 : vmd_opencl_orbital_handle
• KEEP : CmdIMDRate
• keep_hills : colvarbias_meta
• kernel : VRJugglerScene
• kernelexectimeoutenabled : cudadevprops
• kernlatency : latthrparms
• key : inthash_node_t, hash_node_t, atom_group
• key_already_set() : colvarparse
• key_lookup() : colvarparse
• key_not_set : colvarparse
• key_set_default : colvarparse
• key_set_mode : colvarparse
• key_set_modes : colvarparse
• key_set_user : colvarparse
• KEYWORD : SymbolTableElement
• keyword_delimiters_left : colvarparse
• keyword_delimiters_right : colvarparse
• keyword_double : SymbolTableElement
• keyword_int : SymbolTableElement
• keyword_single : SymbolTableElement
• keyword_string : SymbolTableElement
• keyword_stringfctn : SymbolTableElement
• kill() : Tool, IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim, IMDMgr
• KILL : CmdIMDSim
• kinetic_energy : colvar
• kstart : ComputeOccupancyMap_t
• kstop : ComputeOccupancyMap_t
• ktiledshared : vmd_opencl_orbital_handle

- l -

• l2norm() : integrate_potential
• LABEL_ADD : Command
• label_add() : VMDApp
• LABEL_ADDSPRING : Command
• LABEL_DELETE : Command
• label_delete() : VMDApp
• label_get_text_size() : VMDApp
• label_get_text_thickness() : VMDApp
• label_set_text_size() : VMDApp
• label_set_text_thickness() : VMDApp
• label_set_textformat() : VMDApp
• label_set_textoffset() : VMDApp
• LABEL_SHOW : Command
• label_show() : VMDApp
• LABEL_TEXTFORMAT : Command
• LABEL_TEXTOFFSET : Command
• LABEL_TEXTSIZE : Command
• LABEL_TEXTTHICKNESS : Command
• LABELANGLE : PickModeList, Mouse
• LABELATOM : PickModeList, Mouse
• LABELBOND : PickModeList, Mouse
• LABELDIHEDRAL : PickModeList, Mouse
• lambda : colvarmodule::rotation, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• lambda_exp : colvarbias_restraint_k_moving
• lambda_schedule : colvarbias_restraint_moving
• last : FileSpec, qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• last_atom() : SmallRing
• last_cb() : FrameSelector
• lastbtn : FltkOpenGLDisplayDevice
• lastevent : FltkOpenGLDisplayDevice
• lastkeycode : FltkOpenGLDisplayDevice
• lastres : DispCmdCylinder
• lastsel : AtomSel
• lastshader : OpenGLShader, glsl_shader
• lastvalue : FrameSelector
• lastzdelta : FltkOpenGLDisplayDevice
• latePreFrame() : M_VRJapp
• lcc : match_data, compile_data
• left : OpenGLRenderer, DisplayDevice, atomparser_node
• left_atom : LinkageEdge
• LEFTEYE : DisplayDevice
• len : VSMsgHeader_t, linenoiseCompletions, abuf, linenoiseState
• length : Vector3D, JString, bondlist, bond, IMDheader, colvarmodule::matrix2d< T >::row
• length2() : Vector3D
• let_go() : Tool
• LibGelatoDisplayDevice() : LibGelatoDisplayDevice
• LibTachyonDisplayDevice() : LibTachyonDisplayDevice
• LICORICE : AtomRep
• LIGHT : Mouse
• light_active() : Scene
• light_color() : Scene
• light_color_default() : Scene
• light_highlight() : VMDApp
• light_highlighted() : Scene
• light_move() : VMDApp
• light_on() : VMDApp
• light_pos() : Scene
• light_pos_default() : Scene
• light_rotate() : VMDApp
• light_scale : DepthSortObject
• lightState : FileRenderer
• likeness : clusterparms_t
• LINE : MoleculeGraphics
• line() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice
• line_array() : X3DOMDisplayDevice, X3DDisplayDevice, FileRenderer
• line_marker : colvarmodule
• linear : Best
• linearCombination() : colvar::linearCombination
• linearfactor : FileRenderer::AdvancedLightState
• LINES : AtomRep
• lineStyle : FileRenderer, DisplayDevice
• LINETHICKNESS : AtomRep
• lineWidth : FileRenderer, DisplayDevice
• LinkageEdge() : LinkageEdge
• LinkagePath() : LinkagePath
• links : SmallRingLinkages
• list_plugins() : VMDApp
• lk_nlevels : MsmpotCuda_t
• lk_padding : MsmpotCuda_t
• lk_srad : MsmpotCuda_t
• lm : hersheyhandle
• load() : X3DDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, FileRenderer
• load_atoms() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_atoms, colvarmodule
• load_coords() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_atoms, colvarmodule
• load_coords_xyz() : colvarmodule
• load_sharedlibrary_plugins() : PluginMgr
• load_static_plugins() : PluginMgr
• loadmatrix() : OpenGLRenderer, Matrix4, DisplayDevice
• LoadShader() : OpenGLShader
• loc_description() : Stage, Axes
• localization_orbital_change() : QMData
• localization_rotation_angle() : QMData
• location() : Stage, Axes
• locations() : Stage, Axes
• lock : wkf_run_barrier_struct, barrier_struct, atomic_int_struct, AtomSelThr
• log() : colvarproxy_vmd, colvarproxy, colvarmodule
• log_default_params() : colvarmodule
• log_gradient_finite_diff() : colvar_grid_count
• log_init_messages() : colvarmodule
• log_input_files() : colvarmodule
• log_level() : colvarmodule
• log_output_files() : colvarmodule
• log_user_params() : colvarmodule
• logfile_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• logfile_read() : VMDApp
• LogfileEvent() : LogfileEvent
• logn() : colvarmodule
• lookat() : Matrix4
• low : netint
• lower_boundaries : colvar_grid< T >
• lower_boundary : colvar::cvc, colvarbias_restraint_histogram, colvar
• lower_wall_k : colvarbias_restraint_harmonic_walls
• lower_walls : colvarbias_restraint_harmonic_walls
• lowest : netint
• lx : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t
• lx0 : Msmpot_t
• ly : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t
• ly0 : Msmpot_t
• lyzd : Msmpot_t
• lz : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t
• lz0 : Msmpot_t
• lzd : Msmpot_t

- m -

• M : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• m : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• M_VRJapp() : M_VRJapp
• m_x : CmdLabelTextOffset
• m_y : CmdLabelTextOffset
• magic_number : real_pcre
• main : colvarmodule, colvar::distance_z
• main_loop() : colvar::coordnum
• MainFltkMenu() : MainFltkMenu
• major : cudadevprops
• make_callbacks : UIObject
• make_top() : MoleculeList
• make_vrpn_address() : SensorConfig
• map : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• map_grid() : colvar_grid< T >
• map_total() : colvar::map_total
• mark_key_set_default() : colvarparse
• mark_key_set_user() : colvarparse
• markUnused() : OpenGLCache
• markUsed() : OpenGLCache
• mask : inthash_t, hash_t
• mass : BaseMolecule, atom
• MASS : BaseMolecule, AtomColor
• mat : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Matrix4, CmdMolMaterial, anr_material
• MAT : CmdMolChangeRepItem
• mat_ambient : FileRenderer
• mat_diffuse : FileRenderer
• mat_mirror : FileRenderer
• mat_opacity : FileRenderer
• mat_outline : FileRenderer
• mat_outlinewidth : FileRenderer
• mat_shininess : FileRenderer
• mat_specular : FileRenderer
• mat_transmode : FileRenderer
• match() : JRegex, colvarmodule::quaternion
• matching_state : colvarbias
• matcounter : MaterialList
• matData : FileRenderer
• MATERIAL : MoleculeGraphics
• material() : MoleculeList, MaterialList
• MATERIAL_ADD : Command
• material_add() : VMDApp
• MATERIAL_CHANGE : Command
• material_change() : VMDApp
• MATERIAL_DEFAULT : Command
• MATERIAL_DELETE : Command
• material_delete() : VMDApp
• material_index() : MaterialList
• material_name() : MaterialList
• MATERIAL_RENAME : Command
• material_rename() : VMDApp
• material_restore_default() : VMDApp
• material_shader_table_size() : OptiXRenderer
• MaterialClass : ANARIRender
• MaterialFltkMenu() : MaterialFltkMenu
• materialIndex : FileRenderer
• MaterialList() : MaterialList
• materialList : VMDApp
• MATERIALS : MoleculeGraphics
• materials_on : FileRenderer
• materialtag : VMDDisplayList
• matindex : osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• matlist : ctxt
• matrix() : colvarmodule::rotation
• matrix2d() : colvarmodule::matrix2d< T >
• Matrix4() : Matrix4
• max : ColorScale, CmdColorScaleSettings
• max2DtexSize : OpenGLRenderer
• max2DtexX : OpenGLRenderer
• max2DtexY : OpenGLRenderer
• max3DtexSize : OpenGLRenderer
• max3DtexX : OpenGLRenderer
• max3DtexY : OpenGLRenderer
• max3DtexZ : OpenGLRenderer
• max_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• max_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• max_atoms_applied_force_id() : colvarproxy_atoms
• max_avail_orbs : wavef_signa_t
• max_children : Displayable
• max_cluster : clusterparms_t
• max_cluster_size : clusterparms_t
• max_coord : VolMapCreate
• max_coupling_range : colvarbias_alb
• max_coupling_rate : colvarbias_alb
• max_dist : VolMapCreateDistance
• max_energy : occthrparms_t
• max_eyzd : Msmpot_t
• max_ezd : Msmpot_t
• max_idx : group_t< IMAGE_T >
• max_lyzd : Msmpot_t
• max_lzd : Msmpot_t
• max_phi_x : Msmpot_t
• max_phi_y : Msmpot_t
• max_phi_z : Msmpot_t
• max_primitives() : Orbital
• max_shell_type() : Orbital
• max_stack_size() : Stack< T >
• max_value : group_t< IMAGE_T >
• max_wave_f_count() : Orbital
• maxatoms : Msmpot_t
• MAXAXIS : Spaceball
• maxbin : Msmpot_t
• maxboff : Msmpot_t
• maxforce : Feedback
• maxframe : gofrparms_t, FrameSelector
• maxgridpts : MsmpotCuda_t
• maximum_value() : colvar_grid_scalar
• maxlevels : Msmpot_t, MsmpotCuda_t
• maxover : Msmpot_t
• maxpairs : bondsearchthrparms
• maxpm : MsmpotCuda_t
• maxrows : linenoiseState
• maxval : GraphicsFltkRepOrbital::minmax, GraphicsFltkRepVolumetric::minmax
• maxwts : MsmpotCuda_t
• MayaDisplayDevice() : MayaDisplayDevice
• mButton0 : M_VRJapp
• mButton1 : M_VRJapp
• mdff_potential() : VolumetricData
• mean() : VolumetricData
• mean_localization_measure() : QMData
• means : colvarbias_alb
• membytes : cudadevprops
• memcpygbsec : globmembwthrparms
• memory : QMData
• memsetgbsec : globmembwthrparms
• MemUsageAreaCalc() : CUDAMarchingCubes
• MemUsageMC() : CUDAMarchingCubes
• menu_add_extension() : VMDApp
• menu_id() : VMDApp
• menu_location() : VMDApp
• menu_move() : VMDApp
• menu_name() : VMDApp
• menu_remove_extension() : VMDApp
• menu_select_mol() : VMDApp
• MENU_SHOW : Command
• menu_show() : VMDApp
• menu_status() : VMDApp
• MENU_TK_ADD : Command
• MENU_TK_REMOVE : Command
• menuname : CmdMenuShow
• menupath : CmdMenuExtensionAdd
• merge() : ScaleSpaceFilter< GROUP_T, IMAGE_T >
• merge_with_watershed() : ScaleSpaceFilter< GROUP_T, IMAGE_T >
• MESAGL : OpenGLExtensions
• messagelabel : FrameSelector
• method : AtomRep, AtomColor, CmdRenderOption, CmdRender, CmdColorScaleColors, CmdColorScaleMethod
• mHead : M_VRJapp
• mid : ColorScale, CmdColorScaleSettings
• min : ColorScale, CmdColorScaleSettings
• min_coord : VolMapCreate
• min_excldist : occthrparms_t
• min_frame_index_1 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• min_frame_index_2 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• min_frame_index_3 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• minimum_pos_value() : colvar_grid_scalar
• minimum_value() : colvar_grid_scalar
• minmax() : GraphicsFltkRepOrbital::minmax, GraphicsFltkRepVolumetric::minmax
• minmaxlist : GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumetric
• minor : cudadevprops
• minval : GraphicsFltkRepOrbital::minmax, GraphicsFltkRepVolumetric::minmax
• mirror : VMDDisplayList, Material
• mlist : ctxt, sasathreadparms, MaterialList
• Mobile() : Mobile
• mobile_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• mobile_device_command_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• mobile_get_APIsupported() : VMDApp
• mobile_get_client_list() : VMDApp
• mobile_get_mode() : VMDApp
• mobile_get_network_port() : VMDApp
• mobile_get_tracker_status() : VMDApp
• MOBILE_MODE : Command
• mobile_network_port() : VMDApp
• mobile_sendMsg() : VMDApp
• mobile_set_activeClient() : VMDApp
• mobile_set_mode() : VMDApp
• mobile_state_changed_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• MobileButtons() : MobileButtons
• MobileDeviceCommandEvent() : MobileDeviceCommandEvent
• MobileEvent() : MobileEvent
• mobileMode : CmdMobileMode
• MobileTracker() : MobileTracker
• mode : VMDClipPlane
• model : osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f
• modify_atom_applied_forces() : colvarproxy_atoms
• modify_atom_charges() : colvarproxy_atoms
• modify_atom_group_applied_forces() : colvarproxy_atom_groups
• modify_atom_group_charges() : colvarproxy_atom_groups
• modify_atom_group_masses() : colvarproxy_atom_groups
• modify_atom_group_positions() : colvarproxy_atom_groups
• modify_atom_group_total_forces() : colvarproxy_atom_groups
• modify_atom_masses() : colvarproxy_atoms
• modify_atom_positions() : colvarproxy_atoms
• modify_atom_total_forces() : colvarproxy_atoms
• modify_features() : colvardeps, colvar::cvc, colvarbias, atom_group, colvar
• modify_str_result() : colvarscript
• modify_volume_data() : BaseMolecule
• module() : colvarscript
• mol : clusterparms_t
• MOL_ACTIVE : Command
• MOL_ADDREP : Command
• MOL_BONDRECALC : Command
• MOL_CANCEL : Command
• MOL_COLOR : Command
• MOL_DEL : Command
• MOL_DELETE : MoleculeEvent
• MOL_DELREP : Command
• MOL_DRAWFRAMES : Command
• MOL_FIX : Command
• mol_from_id() : MoleculeList
• mol_index_from_id() : MoleculeList
• MOL_MATERIAL : Command
• MOL_MODREP : Command
• MOL_MODREPITEM : Command
• MOL_NEW : MoleculeEvent, Command
• MOL_NUMPERIODIC : Command
• MOL_ON : Command
• MOL_REANALYZE : Command
• MOL_REGEN : MoleculeEvent, DrawMolItem
• MOL_RENAME : MoleculeEvent, Command
• MOL_REP : Command
• MOL_REPCOLORUPDATE : Command
• MOL_REPSELUPDATE : Command
• MOL_SCALEMINMAX : Command
• MOL_SELECT : Command
• MOL_SHOWPERIODIC : Command
• MOL_SHOWREP : Command
• MOL_SMOOTHREP : Command
• MOL_SSRECALC : Command
• MOL_TOP : MoleculeEvent, Command
• MOL_VOLUME : Command
• MolBrowser : MolBrowser, MainFltkMenu
• molchooser_activate_selection() : SaveTrajectoryFltkMenu
• MolData() : MolData
• Molecule() : Molecule
• molecule() : MoleculeList
• MOLECULE : AtomColor
• molecule_activate() : VMDApp
• molecule_add_instance() : VMDApp
• molecule_add_volumetric() : VMDApp
• molecule_addrep() : VMDApp
• molecule_bondsrecalc() : VMDApp
• molecule_cancel_io() : VMDApp
• molecule_changed_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• molecule_delete() : VMDApp
• molecule_delete_all() : VMDApp
• molecule_delete_all_instances() : VMDApp
• molecule_deleteframes() : VMDApp
• molecule_display() : VMDApp
• molecule_dupframe() : VMDApp
• molecule_fix() : VMDApp
• molecule_frame() : VMDApp
• molecule_from_selection_list() : VMDApp
• molecule_get_color() : VMDApp
• molecule_get_material() : VMDApp
• molecule_get_selection() : VMDApp
• molecule_get_style() : VMDApp
• molecule_id() : VMDApp
• molecule_index_from_id() : VMDApp
• molecule_is_active() : VMDApp
• molecule_is_displayed() : VMDApp
• molecule_is_fixed() : VMDApp
• molecule_load() : VMDApp
• molecule_make_top() : VMDApp
• molecule_modrep() : VMDApp
• molecule_name() : VMDApp
• molecule_new() : VMDApp
• molecule_num_instances() : VMDApp
• molecule_numatoms() : VMDApp
• molecule_numframes() : VMDApp
• molecule_orblocalize() : VMDApp
• molecule_reanalyze() : VMDApp
• molecule_rename() : VMDApp
• molecule_savetrajectory() : VMDApp
• molecule_set_color() : VMDApp
• molecule_set_dataset_flag() : VMDApp
• molecule_set_material() : VMDApp
• molecule_set_selection() : VMDApp
• molecule_set_style() : VMDApp
• molecule_ssrecalc() : VMDApp
• molecule_top() : VMDApp
• molecule_valid_id() : VMDApp
• MoleculeEvent() : MoleculeEvent
• moleculeGraphics() : DrawMolecule
• MoleculeGraphics() : MoleculeGraphics
• moleculeList : VMDApp
• MoleculeList() : MoleculeList
• moleculename : BaseMolecule
• MolEvent : MoleculeEvent
• MolFilePlugin() : MolFilePlugin
• molid : AtomSel, CmdToolRep, GeometryMonitor, CmdMolLoad, CmdIMDConnect
• molindex : GraphicsFltkMenu
• molinfo_frame_number : ctxt
• molinfo_get_id : ctxt
• molinfo_get_index : ctxt
• molinfo_get_string : ctxt
• molList : GeometryMol
• molname() : BaseMolecule
• molnamelabel : FrameSelector
• molrep_delete() : VMDApp
• molrep_get_by_name() : VMDApp
• molrep_get_clipplane() : VMDApp
• molrep_get_color() : VMDApp
• molrep_get_colorupdate() : VMDApp
• molrep_get_drawframes() : VMDApp
• molrep_get_instances() : VMDApp
• molrep_get_material() : VMDApp
• molrep_get_name() : VMDApp
• molrep_get_pbc() : VMDApp
• molrep_get_pbc_images() : VMDApp
• molrep_get_scaleminmax() : VMDApp
• molrep_get_selection() : VMDApp
• molrep_get_selupdate() : VMDApp
• molrep_get_smoothing() : VMDApp
• molrep_get_style() : VMDApp
• molrep_is_shown() : VMDApp
• molrep_numselected() : VMDApp
• molrep_reset_scaleminmax() : VMDApp
• molrep_set_clipcenter() : VMDApp
• molrep_set_clipcolor() : VMDApp
• molrep_set_clipnormal() : VMDApp
• molrep_set_clipstatus() : VMDApp
• molrep_set_color() : VMDApp
• molrep_set_colorupdate() : VMDApp
• molrep_set_drawframes() : VMDApp
• molrep_set_instances() : VMDApp
• molrep_set_material() : VMDApp
• molrep_set_pbc() : VMDApp
• molrep_set_pbc_images() : VMDApp
• molrep_set_scaleminmax() : VMDApp
• molrep_set_selection() : VMDApp
• molrep_set_selupdate() : VMDApp
• molrep_set_smoothing() : VMDApp
• molrep_set_style() : VMDApp
• molrep_show() : VMDApp
• monitor_crossings : colvarmodule::rotation
• monitors : GeometryMol
• motionevent : xidevhandle
• motioneventclass : xidevhandle
• Mouse() : Mouse
• MOUSE_MODE : Command
• mouse_pos_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• mouse_set_mode() : VMDApp
• MouseButton : Mouse
• mouseMode : CmdMouseMode
• mousemode_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• MouseModeEvent() : MouseModeEvent
• MousePositionEvent() : MousePositionEvent
• mouseSetting : CmdMouseMode
• mousex : oglhandle
• mouseX : DisplayDevice
• mousey : oglhandle
• mouseY : DisplayDevice
• MOVE : Mobile
• move() : VMDTkMenu, VMDTkinterMenu, VMDMenu, VMDFltkMenu
• move_adv_light() : Scene
• move_light() : Scene
• move_mode() : Spaceball, Mouse, Mobile
• MOVEATOM : PickModeList, Mouse
• MOVEFRAG : PickModeList, Mouse
• movefrom() : Wavefunction
• moveMode : vmdwinjoystick
• MoveMode : Win32Joystick, Spaceball, Mouse, Mobile
• MOVEMOL : PickModeList, Mouse
• MOVEREP : PickModeList, Mouse
• MOVERES : PickModeList, Mouse
• moveto() : VMDTracker
• mpblx : ComputeOccupancyMap_t
• mpbly : ComputeOccupancyMap_t
• mpblz : ComputeOccupancyMap_t
• mScene : VRJugglerTracker, VRJugglerButtons
• msgColvars : colvarproxy_vmd
• msgtp : gofrparms_t
• msmpot : MsmpotCuda_t
• MSMS : AtomRep
• MSMS_DIED : MSMSInterface
• MSMSInterface() : MSMSInterface
• MSOFTGDI : OpenGLExtensions
• mtx : wkf_shared_iterator_struct, wkf_tilestack_t
• mullikenpop() : QMData
• mult : Quat, colvar_grid< T >
• mult_scale() : Displayable
• multiple_replicas : colvarbias_meta
• multiplicity() : colvar_grid< T >
• multiply_constant() : colvar_grid< T >
• multitextureunits : OpenGLExtensions
• multmatrix() : X3DDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, OpenGLRenderer, Matrix4, FileRenderer, DisplayDevice
• multnorm3d() : Matrix4
• multplaneeq3d() : Matrix4
• multpoint3() : Quat
• multpoint3d() : Matrix4
• multpoint4d() : Matrix4
• multpointarray_3d() : Matrix4
• mute() : Inform
• mWand : M_VRJapp
• mx : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• my : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• my_color : GeometryMol
• my_depth_sort : DisplayDevice
• my_filename : FileRenderer
• My_Fl_Positioner() : My_Fl_Positioner
• myBrowser() : myBrowser
• myFl_Chart() : myFl_Chart
• myglwindow() : myglwindow
• mytag : PickModeForce
• mz : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t

- n -

• n : Surf, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, flint_t, Combinations, IsoSurface, TRIANGLE, CmdLabelTextFormat, CmdLabelTextOffset, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• n0 : vmd_trimesh_n3b_v3f, vmd_trimesh_n3f_v3f, vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor
• n1 : vmd_trimesh_n3b_v3f, vmd_trimesh_n3f_v3f, vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor
• n2 : vmd_trimesh_n3b_v3f, vmd_trimesh_n3f_v3f, vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor
• n_active_cvcs : colvar
• N_ARGS_MAX : colvarscript
• N_ARGS_MIN : colvarscript
• n_clients : wkf_run_barrier_struct, barrier_struct
• n_matrix() : UIestimator::n_matrix
• n_permutations : colvar::rmsd
• n_vector() : UIestimator::n_vector< T >
• n_waiting : wkf_run_barrier_struct, barrier_struct
• name : NameList< T >, MolFilePlugin, GeometryMol, FileRenderList, VolumetricData, ColorScale, _py3_inittab, CmdToolDeleteDevice, CmdToolAddDevice, PointGroupDefinition, DrawMolItem, DisplayDevice, cudadevprops, CoorData, colvar::cvc, colvarbias, atom_group, colvar, CmdMolLoad, CmdMenuExtensionRemove, CmdMenuExtensionAdd, CmdColorItem, AtomRepParamStruct
• NAME : AtomColor
• nameindex : MolAtom
• NameList() : NameList< T >
• names : NameList< T >
• NANOSHAPER_DIED : NanoShaperInterface
• NanoShaperInterface() : NanoShaperInterface
• nAtoms : BaseMolecule, AtomColor
• natoms : MolFilePlugin, densitythrparms, Msmpot_t, enthrparms
• natoms1 : rdfthrparms
• natoms2 : rdfthrparms
• nbins : rdfthrparms
• nblockhist : rdfthrparms
• nblocks : rdfthrparms
• nboff : Msmpot_t
• nbrlist : bondsearchthrparms
• nbx : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• nby : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• nbz : ComputeOccupancyMap_t, Msmpot_t, occthrparms_t
• ncmds : VMDDisplayList::VMDLinkIter
• nd : colvar_grid< T >
• near_clip() : DisplayDevice
• nearClip : DisplayDevice
• nearest_index() : Scene, FileRenderer
• need2flip : IMDSim
• need_find_bonds : BaseMolecule
• need_matrix_recalc() : Displayable
• need_secondary_structure() : DrawMolecule
• needRedraw() : DisplayDevice
• needUpdate() : Displayable
• network_port() : Mobile
• neuralNetwork() : colvar::neuralNetwork
• new_coords_ready : IMDSim
• new_count() : colvar_grid_count
• new_data : colvar_grid< T >
• new_hill_freq : colvarbias_meta
• new_hills_begin : colvarbias_meta
• new_hills_off_grid_begin : colvarbias_meta
• new_index() : colvar_grid< T >
• new_skip_list : clusterparms_t
• newB : CmdColorChange
• NEWCARTOON : AtomRep
• newDir : CmdAnimDir
• newFrame : CmdAnimJump
• newG : CmdColorChange
• newname : CmdMolRename
• newR : CmdColorChange
• NEWRIBBONS : AtomRep
• newSkip : CmdAnimSkip
• newSpeed : CmdAnimSpeed
• newStyle : CmdAnimStyle
• next : VMDDisplayList, MolFilePlugin, CoorPluginData, CoorData, GridSearchPairlist, GridSearchPair, inthash_node_t, hash_node_t
• next_atom_index : Msmpot_t
• next_frame() : Molecule
• next_molid() : VMDApp
• next_ts_available() : IMDSim
• next_update_d : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• next_value_d : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• nfragCyclic : BaseMolecule
• nfragList : BaseMolecule
• nFragments : BaseMolecule
• nhblock : rdfthrparms
• nimages : CmdMolNumPeriodic
• nlevels : Msmpot_t
• nm : CmdLabelTextFormat, CmdLabelTextOffset
• nNucleicFragments : BaseMolecule
• NO_AXES : Axes
• NO_CONNECTION : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• NO_EVAL : AtomSel
• NO_INITIALIZATION : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• NO_PARSE : AtomSel
• NO_PORTS : NanoShaperInterface, MSMSInterface
• NO_REGEN : DrawMolItem
• NO_STAGE : Stage
• NODATA : BaseMolecule
• node : YYSTYPE
• node_type : atomparser_node
• nodecount : VMDApp
• nodename : VMDApp
• noderank : VMDApp
• noforce : atom_group
• NONE : MoleculeGraphics
• norm : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::vector1d< T >, vmd_ring_color
• norm1 : DispCmdTriangle
• norm2 : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::vector1d< T >, DispCmdTriangle
• norm3 : DispCmdTriangle
• norm_fac : shell_t
• normal : VRJugglerDisplayDevice, OpenGLRenderer, FreeVRDisplayDevice, DisplayDevice, CaveDisplayDevice, VMDClipPlane, DispCmdVolSlice
• NORMAL : Spaceball
• normal_atom_coord() : GeometryMol
• NORMAL_CURSOR : DisplayDevice
• normalize() : IsoSurface
• normalize_basis() : QMData
• normalize_wavefunction() : Orbital
• norml : DispCmdSquare
• norms : osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, NanoShaperInterface, MSMSInterface, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• NOSTEREO : DisplayDevice
• notbol : match_data
• NOTDONE : CoorData
• noteol : match_data
• NOTHING : SymbolTableElement
• notify() : MaterialList, GeometryMonitor, DrawMolecule, DrawMoleculeMonitor
• nover : Msmpot_t
• npbc : VMDDisplayList
• npoints : DepthSortObject
• nproc : QMData
• nProteinFragments : BaseMolecule
• nr_linbcg_sym() : integrate_potential
• nResidues : BaseMolecule
• NS_SURF_BLOBBY : NanoShaperInterface
• NS_SURF_POCKETS : NanoShaperInterface
• NS_SURF_SES : NanoShaperInterface
• NS_SURF_SKIN : NanoShaperInterface
• nsamples : sasathreadparms
• nSegments : BaseMolecule
• nt : colvar_grid< T >
• nthreads : FindWithinData
• nu : InterpParams_t
• Num : NameList< T >
• num : Stack< T >, SortableArray< T >, LinkagePath, SmallRing, ResizeArray< T >, NameList< T >, MoleculeList, MaterialList, Fragment, FileRenderList, IdList, Animation, Timestep, symbol_data, CmdToolDeleteDevice, CmdToolAddDevice, CmdToolOffset, CmdToolScaleSpring, CmdToolScaleForce, CmdToolScale, CmdToolDelete, CmdToolChange, osp_cylinder_array_color, osp_sphere_array_color, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, Combinations, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• num_active_cvcs() : colvar
• num_angles() : BaseMolecule
• num_atoms : AtomSel
• num_atoms256 : AtomSel
• num_basis : QMData, orbthrparms
• num_biases() : colvarmodule
• num_biases_feature() : colvarmodule
• num_biases_type() : colvarmodule
• num_bin_offsets : ComputeOccupancyMap_t
• num_binoffsets : occthrparms_t
• num_cache_modes() : DisplayDevice
• num_cart_func : shell_t
• num_categories() : Scene
• num_category_items() : Scene
• num_children : Displayable
• num_clipplanes() : VMDApp
• num_color_categories() : VMDApp
• num_color_category_items() : VMDApp
• num_colors() : VMDApp, Scene
• num_colorscale_methods() : VMDApp, Scene
• num_conformers : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• num_coords : ComputeOccupancyMap_t
• num_cterms() : BaseMolecule
• NUM_CUE_MODES : DisplayDevice
• num_cue_modes() : DisplayDevice
• num_custom_singleword() : SymbolTable
• num_cvcs() : colvar
• num_devices() : CUDAAccel
• num_df() : colvarvalue
• num_dihedrals() : BaseMolecule
• num_dimensions() : colvarvalue, colvar
• num_display_processes : DisplayDevice
• num_electrons : QMData
• num_elements : MoleculeGraphics, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• num_extras : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• num_files() : Molecule
• num_images() : PBCControls
• num_impropers() : BaseMolecule
• num_in_library : PluginMgr
• num_instances() : BaseMolecule
• num_lights : PositionalLightList, DirectionalLightList
• num_lists() : GeometryList
• num_menus() : VMDApp
• num_molecules() : VMDApp
• num_molreps() : VMDApp
• num_prim_per_shell : orbthrparms
• num_probes : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• NUM_PROJECTIONS : DisplayDevice
• num_projections() : DisplayDevice
• num_regular_colors() : VMDApp, Scene
• num_render_modes() : DisplayDevice
• num_replicas() : colvarproxy_replicas
• num_shells : orbthrparms
• num_shells_per_atom : orbthrparms
• num_stereo_modes() : DisplayDevice
• num_tool_types() : UIVR
• num_tools() : UIVR
• num_types() : Orbital
• num_variables() : colvarmodule, colvar_grid< T >, colvarbias
• num_variables_feature() : colvarmodule
• num_vdwparms : occthrparms_t
• num_volume_data() : BaseMolecule
• num_wave_f : QMData, orbthrparms
• num_wavef_signa : QMData
• numatoms : orbthrparms
• numaxes() : Symmetry
• number_of_points() : colvar_grid< T >
• number_of_points_vec() : colvar_grid< T >
• numbonds : bondlist
• numcol : enthrparms
• numcoords : IMDSim
• numcubes : DispCmdLatticeCubeArray
• numdata : AtomRepParamStruct
• numfacets : DispCmdTriMesh
• numformats() : FileRenderList, FileRenderer
• numframes : DrawMolecule, clusterparms_t
• numinbox : bondsearchthrparms
• numItems : GeometryMol
• numlines : DispCmdWireMesh
• nummultisamples : OpenGLExtensions
• numpicks : DispCmdPickPointArray
• numplane : enthrparms
• numplanes() : Symmetry
• numpoints : DispCmdLitPointArray, DispCmdPointArray
• numprimaryaxes() : Symmetry
• numprims : shell_t
• numpt : enthrparms
• numrotreflect() : Symmetry
• numS2n() : Symmetry
• numsels : sasathreadparms
• numshells : basis_atom_t
• numspheres : DispCmdSphereArray
• numstrips : DispCmdTriStrips
• numstripverts : DispCmdTriStrips
• numtriangles : Surf, IsoSurface, IsoContour
• numtris : osp_trimesh_v3f_n3f_c3f
• numverts : osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, DispCmdWireMesh, DispCmdTriStrips, DispCmdTriMesh
• numvoxels : densitythrparms, orbthrparms
• nvenc : VMDApp
• NVENCMgr() : NVENCMgr
• NVIDIA : OpenGLExtensions
• nvml_cuda_device_id : wrap_nvml_handle
• nvml_dll : wrap_nvml_handle
• nvml_gpucount : wrap_nvml_handle
• nvml_pci_bus_id : wrap_nvml_handle
• nvml_pci_device_id : wrap_nvml_handle
• nvml_pci_domain_id : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetCount : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetCpuAffinity : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetFanSpeed : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetHandleByIndex : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetName : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetPciInfo : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetPowerUsage : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceGetTemperature : wrap_nvml_handle
• nvmlDeviceSetCpuAffinity : wrap_nvml_handle
• nvmlInit : wrap_nvml_handle
• nvmlShutdown : wrap_nvml_handle
• nvolsets : FileSpec
• nWaters : BaseMolecule
• nx : Msmpot_t, colvar_grid< T >
• nxc : colvar_grid< T >
• ny : Msmpot_t
• nz : Msmpot_t

- o -

• o : PointDistance
• obj_index() : GeometryMol
• obj_to_str() : colvarscript
• obj_to_str_vector() : colvarscript
• Object_type : colvarscript
• objIndex : GeometryMol
• OCCUP : AtomColor
• OCCUPANCY : BaseMolecule
• occupancy() : BaseMolecule
• ofd : linenoiseState
• OFF : Win32Joystick, Mobile
• off() : Displayable
• Off() : UIObject
• offset : CmdToolOffset
• offset_end : match_data
• offset_materialID : osp_cylinder_array_color
• offset_max : match_data
• offset_overflow : match_data
• offset_radius : osp_cylinder_array_color
• offset_v0 : osp_cylinder_array_color
• offset_v1 : osp_cylinder_array_color
• offset_vector : match_data
• ogl_acrobat3dcapture : OpenGLRenderer
• ogl_backcolor : OpenGLRenderer
• ogl_backgradient : OpenGLRenderer
• ogl_cachedebug : OpenGLRenderer
• ogl_cacheenabled : OpenGLRenderer
• ogl_cachelistbase : OpenGLRenderer
• ogl_clipmode : OpenGLRenderer
• ogl_fogmode : OpenGLRenderer
• ogl_glslmaterialindex : OpenGLRenderer
• ogl_glslprojectionmode : OpenGLRenderer
• ogl_glslserial : OpenGLRenderer
• ogl_glsltexturemode : OpenGLRenderer
• ogl_glsltoggle : OpenGLRenderer
• ogl_lightcolor : OpenGLRenderer
• ogl_lightingenabled : OpenGLRenderer
• ogl_lightpos : OpenGLRenderer
• ogl_lightstate : OpenGLRenderer
• ogl_mvmatrix : OpenGLRenderer
• ogl_pmatrix : OpenGLRenderer
• ogl_rendstateserial : OpenGLRenderer
• ogl_textMat : OpenGLRenderer
• ogl_transpass : OpenGLRenderer
• ogl_useblendedtrans : OpenGLRenderer
• ogl_useglslshader : OpenGLRenderer
• ogl_viewport : OpenGLRenderer
• oglambient : OpenGLRenderer
• ogldiffuse : OpenGLRenderer
• oglmajor : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• oglmaterialindex : OpenGLRenderer
• oglminor : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• oglopacity : OpenGLRenderer
• ogloutline : OpenGLRenderer
• ogloutlinewidth : OpenGLRenderer
• oglrelease : OpenGLExtensions, glwin_ext_fctns
• oglrenderer : OpenGLExtensions
• oglshininess : OpenGLRenderer
• oglspecular : OpenGLRenderer
• ogltransmode : OpenGLRenderer
• ok() : GeometryMol
• okbutton : FrameSelector
• oldpos : linenoiseState
• olist : gofrparms_t
• omega : InterpParams_t
• omp_lock_state : colvarproxy_smp
• on : Displayable, CmdToolCallback, FileRenderer::AdvancedLightState, FileRenderer::LightState, AtomSel
• On() : UIObject
• on256 : AtomSel
• ones() : colvarvalue
• onoff : CmdMolShowRep
• onoroff : CmdMolRepColorUpdate, CmdMolRepSelUpdate
• opacity : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• open_file() : WavefrontDisplayDevice, SnapshotDisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• open_session() : NVENCMgr
• open_traj_file() : colvarmodule
• open_window() : OpenGLDisplayDevice
• OpenGLCache() : OpenGLCache
• OpenGLDisplayDevice() : OpenGLDisplayDevice
• OpenGLExtensions() : OpenGLExtensions
• OpenGLPbufferDisplayDevice() : OpenGLPbufferDisplayDevice
• OpenGLRenderer() : OpenGLRenderer
• OpenGLShader() : OpenGLShader
• operator * : Vector3D, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rmatrix, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator *=() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator const char *() : JString
• operator cvm::quaternion() : colvarvalue
• operator cvm::real() : colvarvalue
• operator cvm::rvector() : colvarvalue
• operator delete() : VMDDisplayList, FreeVRScene, Displayable, CaveScene
• operator new() : VMDDisplayList, FreeVRScene, Displayable, CaveScene
• operator vector1d() : colvarmodule::matrix2d< T >::row
• operator!=() : JString
• operator+ : Vector3D, JString, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator+=() : JString, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator- : Vector3D, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator-=() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator/ : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator/=() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• operator< : PointDistance, JString, DepthSortObject, colvarbias_meta::hill
• operator<< : SmallRingLinkages, LinkageEdge, LinkagePath, SmallRing, Inform, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >, colvarbias_meta::hill
• operator<= : JString, colvarbias_meta::hill
• operator=() : Wavefunction, Matrix4, JString, DisplayDevice, colvarvalue, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarbias_meta::hill, atom, AtomRep, AtomColor
• operator== : ColorScale, NanoShaperFace, NanoShaperCoord, MSMSFace, MSMSCoord, JString, GraphicsFltkRepOrbital::minmax, GraphicsFltkRepVolumetric::minmax, colvarbias_meta::hill
• operator> : JString, DepthSortObject, colvarbias_meta::hill
• operator>= : JString, colvarbias_meta::hill
• operator>> : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::vector1d< T >, colvarparse::read_block
• operator[]() : SortableArray< T >, LinkagePath, SmallRing, ResizeArray< T >, Fragment, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::matrix2d< T >::row, colvarmodule::vector1d< T >, atom_group, IdList
• option : CmdRenderOption
• options : real_pcre_extra, real_pcre
• optix_version() : OptiXRenderer
• OptiXDisplayDevice() : OptiXDisplayDevice
• OptiXRenderer() : OptiXRenderer
• orb_pair_gross_atom_mulliken_pop() : QMData
• orbh : orbthrparms
• orbids : wavef_signa_t
• ORBITAL : AtomRep
• Orbital() : Orbital
• orbitalgrid : orbthrparms
• orbitalindex : GraphicsFltkRepOrbital
• orblocalize() : QMData
• orbocc : wavef_signa_t
• orbrep : orbital_cbdata
• order : bond, axis
• order_edge_atoms() : SmallRingLinkages
• orient : VRPNTrackerUserData, VMDTracker
• orientated : SmallRing
• orientation() : VMDTracker, Tool, RotateTool, colvar::orientation
• orientation_angle() : colvar::orientation_angle
• orientation_proj() : colvar::orientation_proj
• origin : VolumetricData, orbthrparms, MolData, RibbonFrame, orbthrparms
• ortho() : Matrix4
• ortho2() : Matrix4
• ORTHOGRAPHIC : DisplayDevice
• orthogtol : Symmetry
• OsgNavigator() : OsgNavigator
• OSPRay2DisplayDevice() : OSPRay2DisplayDevice
• OSPRay2Renderer() : OSPRay2Renderer
• OSPRay_Global_Init() : OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice
• OSPRay_Global_Shutdown() : OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice
• OSPRayDisplayDevice() : OSPRayDisplayDevice
• OSPRayRenderer() : OSPRayRenderer
• otheratoms : FindWithinData
• out_name : colvarbias_histogram
• out_name_dx : colvarbias_histogram
• outer() : colvarmodule::rvector
• outer_length : colvarmodule::matrix2d< T >
• outfile : FileRenderer
• outline : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• outlinewidth : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• output_freq : colvarbias
• output_prefix : colvarproxy_io, colvarmodule, colvarbias
• output_prefix_str : colvarproxy_io
• output_stream() : colvarproxy_io
• output_stream_error_ : colvarproxy_io
• output_stream_exists() : colvarproxy_io
• output_streams_ : colvarproxy_io
• output_traj() : colvarbias_meta::hill
• output_width() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::vector1d< T >
• outrad : vmd_ring_color
• over : Msmpot_t
• overlap : atom_group, axis, plane
• override_current_frame() : DrawMolecule

- p -

• p : GRIDCELL, TRIANGLE, SQUARECELL, LINE, hersheyhandle, colvarbias_restraint_histogram
• p2leg_opt() : colvarvalue
• p_diff : colvarbias_restraint_histogram
• pad : VolumetricData, vmd_sphere_color, vmd_ring_color, vmd_cylinder
• padaction : mobilehandle
• padcnt : qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• padding : PositionalLight, DirectionalLight
• padding1 : wkf_threadlaunch_struct, wkf_threadpool_workerdata_struct, wkf_run_barrier_struct, barrier_struct, atomic_int_struct
• padding2 : wkf_threadlaunch_struct, wkf_threadpool_workerdata_struct, wkf_run_barrier_struct, barrier_struct, atomic_int_struct
• padmap : MsmpotCuda_t
• padx : ComputeOccupancyMap_t, mobilehandle
• pady : ComputeOccupancyMap_t, mobilehandle
• padz : ComputeOccupancyMap_t
• page_align_sz : Timestep
• pageablememaccess : cudadevprops
• pageablememaccessuseshostpagetables : cudadevprops
• pair_localization_measure() : QMData
• pairdist : bondsearchthrparms
• pairlist : GridSearchPairlist, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum
• pairlist_freq : colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum
• pairlistmutex : bondsearchthrparms
• panels() : Stage
• paper_bibtex_ : usage
• paper_count_ : usage
• paper_url_ : usage
• par_barrier() : VMDApp
• par_name() : VMDApp
• par_rank() : VMDApp
• par_size() : VMDApp
• param_exists() : colvarparams
• param_grad_map : colvarparams
• param_map : colvarparams
• parent : Displayable
• parms : wkf_threadpool_workerdata_struct, wkf_run_barrier_struct
• parse : SymbolTable, atom_group, colvarmodule
• parse_analysis() : colvar
• parse_biases() : colvarmodule
• parse_colvars() : colvarmodule
• parse_config() : colvarmodule
• parse_deprecated : colvarparse
• parse_deprecation_warning : colvarparse
• parse_echo : colvarparse
• parse_echo_default : colvarparse
• parse_fitting_options() : atom_group
• parse_global_params() : colvarmodule
• parse_group() : colvar::cvc
• Parse_Mode : colvarparse
• parse_module_config() : colvarproxy
• parse_normal : colvarparse
• parse_null : colvarparse
• parse_override : colvarparse
• parse_params() : colvar_grid< T >
• parse_required : colvarparse
• parse_restart : colvarparse
• parse_silent : colvarparse
• PARSE_SUCCESS : AtomSel
• ParseTree() : ParseTree
• path : VMDTkMenu, LinkagePath
• paths : SmallRingLinkages, LinkageEdge
• pause() : IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim, IMDMgr
• PAUSE_OFF : CmdIMDSim
• PAUSE_ON : CmdIMDSim
• PAUSE_TOGGLE : CmdIMDSim
• pbc : VMDDisplayList, CmdMolShowPeriodic
• PBCControls() : PBCControls
• pci_device_id : wrap_nvmlPciInfo_t
• pci_subsystem_id : wrap_nvmlPciInfo_t
• pdhlatusec : busbwthrparms
• pdhmbsec : busbwthrparms
• period : spaceballevent, colvar::cvc, colvar
• periodic : MolData, colvar_grid< T >
• periodic_boundaries() : colvar
• PERSPECTIVE : DisplayDevice
• pervertexcolors : DispCmdTriMesh
• pervertexnormals : DispCmdTriMesh
• pfragCyclic : BaseMolecule
• pfragList : BaseMolecule
• pgm : vmd_opencl_orbital_handle
• phase : wkf_run_barrier_struct, barrier_struct
• phdlatusec : busbwthrparms
• phdmbsec : busbwthrparms
• phi : colvar::polar_theta, colvar::polar_phi
• phi_x : Msmpot_t
• phi_y : Msmpot_t
• phi_z : Msmpot_t
• PhoneButtons() : PhoneButtons
• PhoneTracker() : PhoneTracker
• physical_time : Timestep
• PHYSICALTIME : AtomColor
• PICK : PickModeList, Mouse
• pick() : DisplayDevice
• pick_atom_callback_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• pick_atom_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• pick_callback_clear() : PickList
• pick_check() : PickList
• pick_cmd_list() : Pickable, Displayable
• PICK_CURSOR : DisplayDevice
• pick_end() : PickList, Pickable, DrawMolItem
• PICK_EVENT : Command
• pick_graphics() : PickModeMolLabel, PickMode
• pick_graphics_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• pick_molecule_end() : PickModeUser, PickModeMove, PickModeMolLabel, PickModeCenter, PickModeAddBond, PickMode
• pick_molecule_move() : PickModeMove, PickModeMolLabel, PickModeForceFragment, PickModeForceResidue, PickModeForceAtom, PickModeCenter, PickMode
• pick_molecule_start() : PickModeUser, PickModeMove, PickModeMolLabel, PickModeForceFragment, PickModeForceResidue, PickModeForceAtom, PickModeCenter, PickModeAddBond, PickMode
• pick_move() : Stage, PickList, Pickable, DrawMolItem, Axes
• pick_point() : FileRenderer
• pick_selection_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• pick_start() : PickList, Pickable, MoleculeGraphics, DrawMolItem
• pick_value_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• pickable : PickEvent
• Pickable() : Pickable
• pickable_on() : Pickable, DrawMolItem, Displayable
• PickAtomCallbackEvent() : PickAtomCallbackEvent
• PickAtomEvent() : PickAtomEvent
• PickEvent() : PickEvent
• PickGraphicsEvent() : PickGraphicsEvent
• pickList : VMDApp
• PickList() : PickList
• PickMode() : PickMode
• PickModeAddBond() : PickModeAddBond
• PickModeAngles() : PickModeAngles
• PickModeAtoms() : PickModeAtoms
• PickModeBonds() : PickModeBonds
• PickModeCenter() : PickModeCenter
• PickModeDihedrals() : PickModeDihedrals
• PickModeForce() : PickModeForce
• PickModeForceAtom() : PickModeForceAtom
• PickModeForceFragment() : PickModeForceFragment
• PickModeForceResidue() : PickModeForceResidue
• pickModeList : VMDApp
• PickModeList() : PickModeList
• PickModeMolLabel() : PickModeMolLabel
• PickModeMove() : PickModeMove
• PickModeMoveAtom() : PickModeMoveAtom
• PickModeMoveFragment() : PickModeMoveFragment
• PickModeMoveMolecule() : PickModeMoveMolecule
• PickModeMoveRep() : PickModeMoveRep
• PickModeMoveResidue() : PickModeMoveResidue
• PickModeUser() : PickModeUser
• PICKPOINT : MoleculeGraphics
• PickSelectionEvent() : PickSelectionEvent
• PickValueEvent() : PickValueEvent
• PinchTool() : PinchTool
• PlainTextInterp() : PlainTextInterp
• planar : Best
• plane() : Symmetry
• planes : Best
• plen : linenoiseState
• plugin : CoorPluginData
• plugin_dlopen() : VMDApp
• plugin_update() : VMDApp
• PLUGIN_UPDATE : Command
• pluginlist : PluginMgr
• PluginMgr() : PluginMgr
• plugins() : PluginMgr
• pmx : MsmpotCuda_t
• pmy : MsmpotCuda_t
• pmz : MsmpotCuda_t
• POINT : MoleculeGraphics
• point() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice
• point_array() : X3DDisplayDevice, FileRenderer
• point_array_lit() : FileRenderer
• PointDistance() : PointDistance
• pointers : colvarmodule::matrix2d< T >
• pointgroup : Best
• pointgrouporder : Best
• POINTS : AtomRep
• points : DepthSortObject
• pointSize : FileRenderer
• pointSphereLists : OpenGLRenderer
• polar_phi() : colvar::polar_phi
• polar_theta() : colvar::polar_theta
• Polygonise() : IsoSurface, IsoContour
• polyline_array() : X3DOMDisplayDevice, X3DDisplayDevice, FileRenderer
• pop() : VrmlDisplayDevice, Stack< T >, ResizeArray< T >
• population_matrix() : Wavefunction
• port : CmdIMDConnect
• pos : Timestep, VRPNTrackerUserData, VMDTracker, osp_positional_light, PositionalLight, ort_positional_light, linenoiseState, FileRenderer::AdvancedLightState, FileRenderer::LightState, DispCmdPoint, atom, bondsearchthrparms, anr_positional_light
• POS : AtomColor
• pos1 : DispCmdCone, DispCmdSquare, DispCmdTriangle, DispCmdLine
• pos2 : DispCmdCone, DispCmdSquare, DispCmdTriangle, DispCmdLine
• pos3 : DispCmdSquare, DispCmdTriangle
• pos4 : DispCmdSquare
• pos_ptr : Timestep
• pos_r : DispCmdSphere
• position() : VMDTracker, Tool, RotateTool, JoystickTool
• position_derivative_inner() : colvarmodule::quaternion
• position_distance() : colvarproxy_system, colvarmodule
• positions() : atom_group
• positions_shifted() : atom_group
• posns : PositionalLightList
• post_run() : colvarproxy
• postag : DispCmdPickPoint
• posterize : CmdColorScaleSettings
• postFrame() : M_VRJapp
• POSX : AtomColor
• POSY : AtomColor
• POSZ : AtomColor
• potential_energy : colvar
• POV3DisplayDevice() : POV3DisplayDevice
• pow() : colvarmodule
• preFrame() : M_VRJapp
• prepare() : VRJugglerScene, VMDTitle, Stage, Scene, MoleculeGraphics, Molecule, GeometrySpring, GeometryList, FreeVRScene, FPS, DrawMolItem, DrawMolecule, DrawForce, DisplayRocker, Displayable, CaveScene, Axes
• prepare3D() : OpenGLRenderer, OpenGLDisplayDevice, FileRenderer, DisplayDevice
• prepareOpaque() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• prepareTrans() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• prepareVectors() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• pretty_name() : FileRenderList, FileRenderer
• prettyname() : MolFilePlugin
• prev_timestep : colvar
• prev_v_ext : colvar
• prev_x_ext : colvar
• previous_bin : colvarbias_reweightaMD
• previous_colvar_forces : colvarbias
• prim : shell_t
• print() : Combinations, AtomGrid
• print_atom_ids() : atom_group
• print_cuda_devices() : CUDAAccel
• print_input_atomic_data() : colvarproxy
• print_output_atomic_data() : colvarproxy
• print_properties() : atom_group
• print_state() : colvardeps
• print_total_forces_errning() : colvarmodule
• print_wavefunction() : Orbital
• PrintExtensions() : OpenGLExtensions
• PrintInfoLog() : OpenGLShader
• printMatrix() : Quat
• printQuat() : Quat
• PrintTool() : PrintTool
• probe_vdw_params : ComputeOccupancyMap_t
• probevdwparms : occthrparms_t
• proc_features() : colvarscript
• ProgramObject : OpenGLShader, glsl_shader
• project_hills() : colvarbias_meta
• Projection : DisplayDevice
• projection() : DisplayDevice
• projection_name() : DisplayDevice
• prompt : linenoiseState
• provide() : colvardeps
• proxy : colvarscript, colvarmodule
• PSDisplayDevice() : PSDisplayDevice
• ptr : VMDDisplayList::VMDLinkIter
• publicName : FileRenderer
• publicPrettyName : FileRenderer
• push() : VrmlDisplayDevice, Stack< T >
• putdata() : DispCmdPickPointArray, DispCmdPickPoint, DispCmdLineWidth, DispCmdLineType, DispCmdSphereType, DispCmdSphereRes, DispCmdVolumeTexture, DispCmdVolSlice, DispCmdText, DispCmdColorIndex, DispCmdCone, DispCmdCylinder, DispCmdWireMesh, DispCmdTriStrips, DispCmdTriMesh, DispCmdSquare, DispCmdTriangle, DispCmdPolyLineArray, DispCmdLineArray, DispCmdLine, DispCmdLitPointArray, DispCmdPointArray, DispCmdLatticeCubeArray, DispCmdSphereArray, DispCmdSphere, DispCmdPoint, DispCmdComment, DispCmdBeginRepGeomGroup
• px : Msmpot_t
• px0 : Msmpot_t
• px2 : Msmpot_t
• px3 : Msmpot_t
• py : Msmpot_t
• py0 : Msmpot_t
• py2 : Msmpot_t
• py3 : Msmpot_t
• python_cb() : TextInterp, PythonTextInterp
• PythonEvalEvent() : PythonEvalEvent
• PythonTextInterp() : PythonTextInterp
• pz : Msmpot_t
• pz0 : Msmpot_t
• pz2 : Msmpot_t
• pz3 : Msmpot_t

- q -

• q : colvarmodule::rotation
• q0 : colvarmodule::quaternion
• q1 : colvarmodule::quaternion
• q2 : colvarmodule::quaternion
• q3 : colvarmodule::quaternion
• q_old : colvarmodule::rotation
• qh : Msmpot_t
• qm_data : BaseMolecule
• qm_timestep : Timestep
• QMData() : QMData
• QMTimestep : QMTimestep, Wavefunction
• qsort() : SortableArray< T >
• qsurf : VMDApp
• qsurfrep : quicksurf_cbdata
• quadfactor : FileRenderer::AdvancedLightState
• Quat() : Quat
• quaternion() : colvarmodule::quaternion
• quaternion_value : colvarvalue
• QUERY : PickModeList, Mouse
• queue_events() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• QuickSurf() : QuickSurf

- r -

• r : colvar::polar_theta, colvar::polar_phi
• r0 : colvar::h_bond, colvar::groupcoordnum, colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum
• r0_vec : colvar::groupcoordnum, colvar::coordnum
• r12 : colvar::dihedral
• r2 : FindWithinData
• r21 : colvar::dipole_angle, colvar::angle
• r21l : colvar::dipole_angle, colvar::angle
• r23 : colvar::dihedral, colvar::dipole_angle, colvar::angle
• r23l : colvar::dipole_angle, colvar::angle
• r34 : colvar::dihedral
• R3dDisplayDevice() : R3dDisplayDevice
• RadianceDisplayDevice() : RadianceDisplayDevice
• radii : osp_sphere_array_color, bondsearchthrparms, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color
• radii_max : BaseMolecule
• radii_min : BaseMolecule
• radii_minmax_need_update : BaseMolecule
• RADIUS : BaseMolecule
• radius : BaseMolecule, osp_cylinder_array_color, vmd_sphere_color, vmd_sphere, vmd_cylinder_color, vmd_cylinder, MolData, GraphicsFltkRepVDW, GraphicsFltkRepBonds, DispCmdCone
• radius2 : DispCmdCone
• radius_scale : VolMapCreateDensity
• RadiusCounter() : RadiusCounter
• rads : osp_sphere_array_color, anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color
• radscale : densitythrparms
• rand_gaussian() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system, colvarmodule
• rank : colvarbias
• raw_data_in() : colvar_grid< T >
• raw_data_num() : colvar_grid< T >
• raw_data_out() : colvar_grid< T >
• RayGen : OptiXRenderer
• RayShadeDisplayDevice() : RayShadeDisplayDevice
• RayType : OptiXRenderer
• read_block() : colvarparse::read_block
• read_colvar() : colvarmodule
• read_config_file() : colvarmodule
• read_config_line() : colvarparse
• read_config_string() : colvarmodule
• read_data() : colvar::cvc
• read_event() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• read_from_file() : UIText
• read_hill() : colvarbias_meta
• read_index_file() : colvarmodule
• read_init() : UIText
• read_inputfiles() : UIestimator::UIestimator
• read_metadata() : MolFilePlugin
• read_multicol() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvar_grid< T >
• read_objects_state() : colvarmodule
• read_optional_structure() : MolFilePlugin
• read_position() : atom
• read_positions() : atom_group
• read_qm_data() : MolFilePlugin
• read_raw() : colvar_grid< T >
• read_rawgraphics() : MolFilePlugin
• read_replica_files() : colvarbias_meta
• read_restart() : colvarmodule, colvar_grid< T >
• read_state() : colvarbias, colvar
• read_state_data() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_meta, colvarbias_reweightaMD, colvarbias_histogram, colvarbias_ti, colvarbias
• read_state_data_key() : colvarbias
• read_state_prefix() : colvarbias
• read_state_string() : colvarbias
• read_structure() : MolFilePlugin
• read_timestep_pagealign_size() : MolFilePlugin
• read_total_force() : atom
• read_total_forces() : atom_group
• read_traj() : colvarmodule, colvar
• read_velocities() : atom_group
• read_velocity() : atom
• read_volumetric() : MolFilePlugin
• readData() : MolData
• reader() : IMDSimThread
• readFile() : MolData
• readObject() : VRJugglerSharedData
• readpixels_rgb3u() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• readpixels_rgba4u() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• ReadShaderSource() : OpenGLShader
• real : colvarmodule
• real_value : colvarvalue
• rebin_grids : colvarbias_meta
• recalc_bonds() : DrawMolecule
• recalc_mat() : Displayable
• recalc_ss() : DrawMolecule
• recentFrame : CoorPluginData
• reciprocal_cell_x : colvarproxy_system
• reciprocal_cell_y : colvarproxy_system
• reciprocal_cell_z : colvarproxy_system
• reComputeLambda() : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• record_database() : Molecule
• record_file() : Molecule
• record_remarks() : Molecule
• recount_hills_off_grid() : colvarbias_meta
• recurse() : Combinations
• ref1 : colvar::distance_z
• ref2 : colvar::distance_z
• ref_count : colvardeps::feature_state
• ref_p : colvarbias_restraint_histogram
• ref_pos : colvar::rmsd, colvar::orientation, colvar::eigenvector, atom_group
• ref_pos_cog : atom_group
• ref_quat : colvar::orientation
• reflectivity : osp_material, ort_material, anr_material
• regen_excitationlist() : GraphicsFltkRepOrbital
• regen_orbitallist() : GraphicsFltkRepOrbital
• regen_wavefunctypes() : GraphicsFltkRepOrbital
• RegenChoices : DrawMolItem
• register_atom_group() : colvar::cvc
• register_cb() : PluginMgr
• register_monitor() : DrawMolecule
• register_named_atom_group() : colvarmodule
• register_param() : colvarparams
• register_param_grad() : colvarparams
• register_proc() : VMDTkMenu
• register_UI() : CommandQueue
• register_windowproc() : VMDTkinterMenu
• rel_screen_pos() : FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• remove() : SortableArray< T >, ResizeArray< T >
• remove_all_children() : colvardeps
• remove_atom() : atom_group
• remove_child() : Displayable, colvardeps
• remove_custom_singleword() : SymbolTable
• remove_device() : Tool
• remove_file() : colvarproxy_io
• remove_last() : LinkagePath, SmallRing
• remove_menu() : VMDApp
• remove_pickable() : PickList
• remove_small_values() : colvar_grid< T >
• remove_tool() : UIVR
• remove_volume_data() : BaseMolecule
• removeAllClients() : Mobile
• removeClient() : Mobile
• rename() : Molecule
• rename_file() : colvarproxy_io
• rendenum : OpenGLExtensions
• RENDER : Command
• render() : VRJugglerDisplayDevice, SnapshotDisplayDevice, PSDisplayDevice, OpenGLRenderer, FreeVRDisplayDevice, FileRenderList, FileRenderer, DisplayDevice, CaveDisplayDevice
• render_compile_and_validate() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• render_done() : PSDisplayDevice, OpenGLRenderer, DisplayDevice
• render_mode() : DisplayDevice
• render_name() : DisplayDevice
• RENDER_OPTION : Command
• render_to_file() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• render_to_videostream() : OptiXRenderer
• renderer_process : DisplayDevice
• RenderFltkMenu() : RenderFltkMenu
• RenderManDisplayDevice() : RenderManDisplayDevice
• renderMode : DisplayDevice
• RenderMode : OSPRay2Renderer, ANARIRender
• renderModes : DisplayDevice
• renderNames : DisplayDevice
• reopen_replica_buffer_file() : colvarbias_meta
• REP : CmdMolChangeRepItem
• REP_REGEN : DrawMolItem
• repanr_context_stats() : ANARIRender
• RepChoice() : RepChoice
• RepChoiceSmall() : RepChoiceSmall
• repcmd() : GraphicsFltkRepFieldLines, GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumeSlice, GraphicsFltkRepIsosurface, GraphicsFltkRepSurf, GraphicsFltkRepQuickSurf, GraphicsFltkRepHBonds, GraphicsFltkRepNanoShaper, GraphicsFltkRepMSMS, GraphicsFltkRepSolvent, GraphicsFltkRepNewCartoon, GraphicsFltkRepCartoon, GraphicsFltkRepNewRibbons, GraphicsFltkRepRibbons, GraphicsFltkRepTube, GraphicsFltkRepLicorice, GraphicsFltkRepTrace, GraphicsFltkRepDotted, GraphicsFltkRepBeads, GraphicsFltkRepVDW, GraphicsFltkRepPoints, GraphicsFltkRepCPK, GraphicsFltkRepDynamicBonds, GraphicsFltkRepBonds, GraphicsFltkRepLines, GraphicsFltkRep
• repcontrols : GraphicsFltkMenu
• RepData : CmdMolChangeRepItem
• repdata : AtomRepParamStruct
• repData : CmdMolChangeRepItem
• RepDataNames : AtomRep
• repindex : GraphicsFltkMenu
• replace_id() : MoleculeGraphics
• replica : colvarbias_meta::hill
• replica_comm_barrier() : colvarproxy_replicas
• replica_comm_recv() : colvarproxy_replicas
• replica_comm_send() : colvarproxy_replicas
• replica_enabled() : colvarproxy_replicas
• replica_file_name : colvarbias_meta
• replica_hills_file : colvarbias_meta
• replica_hills_file_pos : colvarbias_meta
• replica_id : colvarbias_meta
• replica_index() : colvarproxy_replicas
• replica_list_file : colvarbias_meta
• replica_share() : colvarbias_meta, colvarbias
• replica_state_file : colvarbias_meta
• replica_state_file_in_sync : colvarbias_meta
• replica_update_freq : colvarbias_meta
• replicas : colvarbias_meta
• replicas_registry : colvarbias_meta
• replicas_registry_file : colvarbias_meta
• repList : DrawMolecule
• RepMethod : AtomRep
• repn : CmdMolShowRep, CmdMolSmoothRep, CmdMolDrawFrames, CmdMolScaleMinmax, CmdMolShowInstances, CmdMolNumPeriodic, CmdMolShowPeriodic, CmdMolDeleteRep, CmdMolRepColorUpdate, CmdMolRepSelUpdate, CmdMolChangeRepItem, CmdMolChangeRep
• repnum : CmdToolRep
• repNumber : DrawMolItem
• report() : usage
• report_context_stats() : OptiXRenderer
• reposition_window() : DisplayDevice
• reposp_context_stats() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer
• representation() : MoleculeList
• representation_index() : DrawMolItem
• request_actual_value() : colvar_grid< T >
• request_deletion() : colvarproxy_vmd, colvarproxy
• request_group1_gradients() : colvarmodule::rotation
• request_group2_gradients() : colvarmodule::rotation
• request_total_force() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system, colvarmodule
• require_cave_name() : SensorConfig
• require_feature_alt() : colvardeps
• require_feature_children() : colvardeps
• require_feature_self() : colvardeps
• require_freevr_name() : SensorConfig
• require_local() : SensorConfig
• require_volume_texture() : OpenGLRenderer
• requires_alt : colvardeps::feature
• requires_children : colvardeps::feature
• requires_exclude : colvardeps::feature
• requires_self : colvardeps::feature
• res : DispCmdSphereRes, DispCmdCone
• res0 : wrap_nvmlPciInfo_t
• res1 : wrap_nvmlPciInfo_t
• res2 : wrap_nvmlPciInfo_t
• res3 : wrap_nvmlPciInfo_t
• rescale_colorscale_minmax() : AtomColor
• rescale_voxel_value_range() : VolumetricData
• reset : Win32Joystick, UIObject, Spaceball, OpenGLShader, Mouse, Mobile, Inform, GraphicsFltkRep, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rmatrix, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >, colvarproxy_volmaps, colvarproxy, colvarproxy_atom_groups, colvarproxy_atoms, colvarmodule, colvar_grid< T >, colvarbias, CmdMolScaleMinmax
• reset_and_free() : VMDDisplayList
• reset_atoms_data() : atom_group
• reset_bias_force() : colvar
• reset_data() : atom
• reset_device_menus() : ToolFltkMenu
• reset_disp_list() : Displayable
• reset_index_groups() : colvarmodule
• reset_lights() : Scene
• reset_orientation() : HMDMgr
• reset_pbc_lattice() : colvarproxy_system
• reset_rep() : GraphicsFltkMenu
• reset_rotation() : colvarmodule::quaternion
• reset_state() : FileRenderer
• reset_tool_list() : ToolFltkMenu
• reset_transformation() : Displayable
• ResetViewPending : VMDApp
• reshape() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• resid : Residue, MolAtom
• RESID : AtomColor
• Residue() : Residue
• residue() : BaseMolecule
• residue_id : colvarmodule
• residueList : BaseMolecule
• residues : Fragment
• residueType : Residue, MolAtom
• resize() : colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• resize_window() : DisplayDevice
• ResizeArray() : ResizeArray< T >
• RESNAME : AtomColor
• resnameindex : MolAtom
• resNames : BaseMolecule
• resolution : GraphicsFltkRepVDW, GraphicsFltkRepBonds
• resolution_changed() : GraphicsFltkRepQuickSurf
• ResolutionCounter() : ResolutionCounter
• restart_frequency_engine : colvarproxy_io
• restart_keep_hills : colvarbias_meta
• restart_out_freq : colvarmodule
• restart_out_name : colvarmodule
• restart_output_prefix() : colvarproxy_io
• restart_output_prefix_str : colvarproxy_io
• restart_version() : colvarmodule
• restart_version_int : colvarmodule
• restart_version_number() : colvarmodule
• restart_version_str : colvarmodule
• restore_children_deps() : colvardeps
• restore_default() : MaterialList
• restraint_convert_k() : colvarbias_alb
• restraint_FE : colvarbias_restraint_k_moving
• restraint_force() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint, colvarbias_alb
• restraint_potential() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint, colvarbias_alb
• RESTYPE : AtomColor
• resTypes : MoleculeList
• result : barrier_struct, PerRayData_radiance
• returns_a : SymbolTableElement
• rev : CmdColorScaleSettings
• reverse() : SmallRing
• RGB3F : CUDAQuickSurf, CUDAMarchingCubes
• RGB4U : CUDAQuickSurf, CUDAMarchingCubes
• RIBBONS : AtomRep
• right : OpenGLRenderer, DisplayDevice, RibbonFrame, atomparser_node
• right_atom : LinkageEdge
• right_eye_dir() : DisplayDevice
• RIGHTEYE : DisplayDevice
• ring_array_color() : OptiXRenderer
• rm : hersheyhandle
• rmap_x : Msmpot_t
• rmap_y : Msmpot_t
• rmap_z : Msmpot_t
• rmatrix() : colvarmodule::rmatrix
• rmin : rdfthrparms
• rms_atom_groups_applied_force() : colvarproxy_atom_groups
• rms_atoms_applied_force() : colvarproxy_atoms
• rmsd : colvar::rmsd, Best
• rmsdmat : qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• ROCKOFF : Command
• ROCKON : Command
• root : Scene, MaterialList, oglhandle
• rootWindowID : glxdata
• rot : Matrix4, FileRenderer, DispCmdCylinder, colvar::orientation, atom_group
• rot_basis_quat() : HMDMgr
• rot_off() : Displayable
• rot_on() : Displayable
• rot_orient : VMDTracker
• rot_point_quat() : HMDMgr
• ROTATE : Mobile, Command
• rotate() : Quat, PickModeMoveRep, PickModeMoveMolecule, PickModeMoveFragment, PickModeMoveResidue, PickModeMoveAtom, PickModeMove, colvarmodule::rotation, colvarmodule::quaternion
• rotate_2x2_orbitals() : QMData
• rotate_axis() : Matrix4
• rotate_light() : Scene
• RotateTool() : RotateTool
• rotating() : Displayable
• rotation() : colvarmodule::rotation
• ROTATION : Win32Joystick, Mouse
• rotation_matrix() : colvarmodule::quaternion
• rotm : Displayable
• rotMat : CmdRotMat
• ROTMAT : Command
• rotmatrix : mobilehandle
• rotreflect() : Symmetry
• rotreflections : Best
• row : colvarmodule::matrix2d< T >::row, colvarmodule::matrix2d< T >
• rows : colvarmodule::matrix2d< T >
• rslt : wkf_run_barrier_struct
• rsltparms : wkf_run_barrier_struct
• RT_BACKGROUND_TEXTURE_SKY_ORTHO_PLANE : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_BACKGROUND_TEXTURE_SKY_SPHERE : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_BACKGROUND_TEXTURE_SOLID : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_CLIP_NONE : OptiXRenderer
• RT_CLIP_PLANE : OptiXRenderer
• RT_CLIP_SPHERE : OptiXRenderer
• RT_CUBEMAP : OptiXRenderer
• RT_DOME_MASTER : OptiXRenderer
• RT_EQUIRECTANGULAR : OptiXRenderer
• RT_FOG_EXP : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_FOG_EXP2 : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_FOG_LINEAR : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_FOG_NONE : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_HEADLIGHT_OFF : OptiXRenderer
• RT_HEADLIGHT_ON : OptiXRenderer
• RT_OCULUS_RIFT : OptiXRenderer
• RT_ORTHOGRAPHIC : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_PATHTRACER : OSPRay2Renderer
• RT_PERSPECTIVE : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_RAY_GEN_ACCUMULATE : OptiXRenderer
• RT_RAY_GEN_CLEAR_ACCUMULATION_BUFFER : OptiXRenderer
• RT_RAY_GEN_COPY_FINISH : OptiXRenderer
• RT_RAY_GEN_COUNT : OptiXRenderer
• RT_RAY_TYPE_COUNT : OptiXRenderer
• RT_RAY_TYPE_RADIANCE : OptiXRenderer
• RT_RAY_TYPE_SHADOW : OptiXRenderer
• RT_SCIVIS : OSPRay2Renderer
• RT_SHADOWS_OFF : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, ANARIRender
• RT_SHADOWS_ON : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, ANARIRender
• RT_VERB_DEBUG : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_VERB_MIN : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RT_VERB_TIMING : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• RtShadowMode : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, ANARIRender
• run() : colvarscript
• run_ave() : colvar
• run_colvar_callback() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_script
• run_colvar_gradient_callback() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_script
• run_force_callback() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_script
• run_tcl_script() : colvarmodule
• runave : colvar
• runave_length : colvar
• runave_outfile : colvar
• runave_stride : colvar
• runave_variance : colvar
• runbar : wkf_threadpool_struct
• runcommand() : UIObject, CommandQueue
• runtitle : QMData
• runtype : QMData
• rvector() : colvarmodule::rvector
• rvector_value : colvarvalue
• rx : mobilehandle, spaceballevent
• Rxcrds : glwin_warp_hmd
• ry : mobilehandle, spaceballevent
• Rycrds : glwin_warp_hmd
• rz : mobilehandle, spaceballevent

- s -

• S : elementsummary, colvarmodule::rotation
• s : wkf_tilestack_t, ptrstack, intstack, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, CmdScale, atomparser_string
• S_backup : colvarmodule::rotation
• S_eigval : colvarmodule::rotation
• S_eigvec : colvarmodule::rotation
• safely_read_restart : colvarbias_meta
• samples : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• sasalist : sasathreadparms
• save_state() : VMDApp, UIText
• saved_exec_string() : FileRenderer
• SaveTrajectoryFltkMenu() : SaveTrajectoryFltkMenu
• sball : glxdata, oglhandle
• sballevent : glxdata, oglhandle
• scalable_group_coms() : colvarproxy_atom_groups
• scalar_add() : VolumetricData
• SCALE : Command
• scale : Matrix4, FileRenderer, colvarbias_meta::hill, CmdToolScaleSpring, CmdToolScaleForce, CmdToolScale, Displayable
• scale_by() : VolumetricData
• SCALE_CURSOR : DisplayDevice
• scale_factor() : MoleculeGraphics, FileRenderer, DrawMolecule
• scale_off() : Displayable
• scale_on() : Displayable
• scale_radius() : FileRenderer
• scale_volume() : VolumetricData
• scalemax : CmdMolScaleMinmax
• scalemin : CmdMolScaleMinmax
• SCALEROTZ : Mobile
• ScaleSpaceFilter() : ScaleSpaceFilter< GROUP_T, IMAGE_T >
• SCALING : Win32Joystick, Spaceball, Mouse
• scaling() : Displayable
• scene : M_VRJapp, VMDApp, Displayable
• Scene() : Scene
• scene_resetview() : VMDApp
• scene_resetview_newmoldata() : VMDApp
• scene_rock() : VMDApp
• scene_rockoff() : VMDApp
• scene_rotate_by() : VMDApp
• scene_rotate_to() : VMDApp
• scene_scale_by() : VMDApp
• scene_scale_to() : VMDApp
• scene_stoprotation() : VMDApp
• scene_translate_by() : VMDApp
• scene_translate_to() : VMDApp
• scftype : QMData
• score_axis() : Symmetry
• score_inversion() : Symmetry
• score_plane() : Symmetry
• score_rotary_reflection() : Symmetry
• scramble_array() : AtomGrid
• screen_height() : DisplayDevice
• screenX : DisplayDevice
• screenY : DisplayDevice
• script : colvarproxy_script
• scripted_forces() : colvarmodule
• scripted_function : colvar
• scripting_after_biases : colvarmodule
• scrnum : oglhandle
• search() : JRegex
• segment() : Segmentation
• Segmentation() : Segmentation
• segments_d : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• SEGNAME : AtomColor
• segnameindex : MolAtom
• segNames : BaseMolecule
• SEL : CmdMolChangeRepItem
• sel : VolMapCreate, qcprmsdthreadparms, clusterparms_t, AtomSelThr, gpuqcprmsdthreadparms, CmdMolColor, CmdMolRep, CmdMolSelect
• SEL_REGEN : DrawMolItem
• selbuilder : GraphicsFltkMenu
• sele : atomparser_node
• select_atoms() : SaveTrajectoryFltkMenu
• select_tool() : ToolFltkMenu
• select_tool_type() : ToolFltkMenu
• selected : AtomSel
• selected_molid : SaveTrajectoryFltkMenu
• selection : MoleculeList, FileSpec, CoorPluginData
• SelectionBuilder() : SelectionBuilder
• selectiontext() : GraphicsFltkMenu
• selectmol() : VMDMenu, SaveTrajectoryFltkMenu, GraphicsFltkMenu, FileChooserFltkMenu
• self : orbital_cbdata, isosurface_cbdata, quicksurf_cbdata
• selfcoordnum() : colvar::selfcoordnum
• sellist : sasathreadparms
• selupdate : clusterparms_t
• send() : Inform
• send_alch_lambda() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system
• send_cylinder_buffer() : OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice
• send_forces() : IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim, IMDMgr
• send_sphere_buffer() : OptiXDisplayDevice
• send_triangle_buffer() : OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, ANARIDisplayDevice
• sendforce() : VRPNFeedback, Tool, Feedback
• sendMsgToClient() : Mobile
• SensorConfig() : SensorConfig
• seqnum : mobilehandle
• serial : VMDDisplayList
• set() : AtomGrid, AtomGridCell, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >::row
• set_aa_samples() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_aasamples() : FileRenderer
• set_activeClient() : Mobile
• set_alch_lambda() : colvarproxy_system
• set_alignsel() : VolMapCreateILS
• set_ambient() : MaterialList
• set_angletype() : BaseMolecule
• set_angular_momenta() : QMData
• set_angular_momentum() : QMData
• set_angular_momentum_str() : QMData
• set_ao_ambient() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, DisplayDevice, ANARIRender
• set_ao_direct() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, DisplayDevice, ANARIRender
• set_ao_mode() : DisplayDevice
• set_ao_samples() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_aosamples() : FileRenderer
• set_array() : DispCmdTriangle
• set_aspectratio() : FileRenderer
• set_autoupdate() : GraphicsFltkMenu
• set_backgradient() : OpenGLRenderer, FileRenderer, DisplayDevice
• set_background() : OpenGLRenderer, FileRenderer, DisplayDevice
• set_background_mode() : Scene, DisplayDevice
• set_bg_color() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_bg_color_grad_bot() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_bg_color_grad_top() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_bg_gradient() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_bg_gradient_botval() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_bg_gradient_topval() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_bg_mode() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_buttons() : UIVR
• set_cache_mode() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• set_callbacks() : UIObject
• set_camera_dof_fnumber() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_camera_dof_focal_dist() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_camera_projection() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_camera_stereo_convergence_dist() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_camera_stereo_eyesep() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_camera_zoom() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• set_carthessian() : QMData
• set_category_item() : Scene
• set_cent_trans() : Displayable
• set_charges() : QMTimestep
• set_checkbonds() : Symmetry
• set_checkpoint() : VolMapCreate
• set_clip_center() : VMDDisplayList, Displayable
• set_clip_color() : VMDDisplayList, Displayable
• set_clip_normal() : VMDDisplayList, Displayable
• set_clip_sphere() : OptiXRenderer
• set_clip_status() : VMDDisplayList, Displayable
• set_clipview_mode() : OptiXRenderer
• set_coeffs() : Wavefunction
• set_color() : X3DDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, RadianceDisplayDevice, MoleculeList, GeometryMol, FileRenderer
• set_color_rgb3fv() : IsoSurface
• set_color_value() : Scene
• set_color_voltex_rgb3fv() : IsoSurface
• set_colorscale_colors() : VMDApp, Scene
• set_colorscale_method() : Scene
• set_colorscale_minmax() : AtomColor
• set_colorscale_params() : Scene
• set_colorupdate() : GraphicsFltkMenu
• set_copyunitcell() : IMDMgr
• set_coupling : colvarbias_alb
• set_cue_density() : DisplayDevice
• set_cue_end() : DisplayDevice
• set_cue_mode() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, DisplayDevice, ANARIRender
• set_cue_start() : DisplayDevice
• set_cursor() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• set_cvc_flags() : colvar
• set_cvc_param() : colvar
• set_data() : NameList< T >, myFl_Chart
• set_dataset_flag() : BaseMolecule
• set_default_color() : MoleculeList
• set_default_material() : MoleculeList
• set_default_representation() : MoleculeList
• set_default_selection() : MoleculeList
• set_diffuse() : MaterialList
• set_dihedraltype() : BaseMolecule
• set_div() : integrate_potential
• set_dof_fnumber() : DisplayDevice
• set_dof_focal_dist() : DisplayDevice
• set_dof_mode() : DisplayDevice
• set_double_fctn : SymbolTableElement
• set_drawframes() : DrawMolItem
• set_dummy() : atom_group
• set_dummy_pos() : atom_group
• set_elem() : colvarvalue
• set_enabled() : colvardeps
• set_eofexit() : VMDApp
• set_error_bits() : colvarmodule
• set_exec_string() : FileRenderer
• set_eye_defaults() : DisplayDevice
• set_eye_dir() : DisplayDevice
• set_eye_dist() : DisplayDevice
• set_eye_pos() : DisplayDevice
• set_eye_up() : DisplayDevice
• set_eyesep() : DisplayDevice
• set_far_clip() : DisplayDevice
• set_fctn : SymbolTableElement
• set_feedback() : UIVR
• set_force() : PickModeForce
• set_force_scale() : UIVR
• set_forcescale() : ToolFltkMenu
• set_format() : FileRenderList, FileRenderer
• set_frame() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_io
• set_from_euler_angles() : colvarmodule::quaternion
• set_function_type() : colvar::cvc
• set_glob_trans() : Displayable
• set_gradients() : QMTimestep
• set_grid() : Orbital
• set_grid_stepsize() : GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepIsosurface
• set_grid_to_bbox() : Orbital
• set_gridspacing_multiplier() : GraphicsFltkRepQuickSurf
• set_headlight_onoff() : OptiXRenderer
• set_imagesize() : FileRenderer
• set_imagmodes() : QMData
• set_impropertype() : BaseMolecule
• set_instances() : DrawMolItem
• set_int_fctn : SymbolTableElement
• set_intensities() : QMData
• set_inthessian() : QMData
• set_keep_rate() : IMDMgr
• set_keyword_double : SymbolTableElement
• set_keyword_int : SymbolTableElement
• set_keyword_single : SymbolTableElement
• set_keyword_string : SymbolTableElement
• set_left_rot() : VMDTracker
• set_line_style() : OpenGLRenderer, FileRenderer
• set_line_width() : POV3DisplayDevice, OpenGLRenderer, FileRenderer
• set_material() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, MoleculeList, FileRenderer, ANARIRender
• set_max_stride() : Spaceball, Mobile
• set_maxenergy() : VolMapCreateILS
• set_maxforce() : Feedback
• set_maxnumatoms() : Symmetry
• set_minmax() : VolMapCreateILS, VolMapCreate
• set_mirror() : MaterialList
• set_mouse_callbacks() : VMDApp
• set_mouse_rocking() : VMDApp
• set_name() : VolumetricData, NameList< T >, MaterialList
• set_natoms() : MolFilePlugin
• set_near_clip() : DisplayDevice
• set_normalmodes() : QMData
• set_null_region() : Spaceball
• set_occupancies() : Wavefunction
• set_offset() : ToolFltkMenu, VMDTracker
• set_ones() : colvarvalue
• set_opacity() : MaterialList
• set_orbenergies() : Wavefunction
• set_orbids() : Wavefunction
• set_orbitalenergies() : QMTimestep
• set_outline() : MaterialList
• set_outlinewidth() : MaterialList
• set_overlaptol() : Symmetry
• set_param() : colvarparams, colvar::cvc
• set_pbc() : VolMapCreateILS, GraphicsFltkMenu, DrawMolItem
• set_pbc_images() : DrawMolItem
• set_persp() : OpenGLRenderer
• set_pick() : GeometrySpring, GeometryMol, GeometryDihedral, GeometryBond, GeometryAtom, GeometryAngle
• set_pick_mode() : PickModeList
• set_pick_selection() : GeometryMol
• set_pick_value() : GeometryMol
• set_position_scale() : UIVR
• set_positionscale() : ToolFltkMenu
• set_positive() : colvarmodule::quaternion
• set_probe() : VolMapCreateILS
• set_probe_symmetry() : VolMapCreateILS
• set_projection() : DisplayDevice
• set_radii_changed() : BaseMolecule
• set_random() : colvarvalue
• set_render_mode() : OpenGLRenderer, DisplayDevice
• set_render_option() : FileRenderList
• set_representation() : MoleculeList
• set_resolution() : Orbital
• set_result_colvarvalue() : colvarscript
• set_result_colvarvalue_vec() : colvarscript
• set_result_int() : colvarscript
• set_result_int_vec() : colvarscript
• set_result_long_int() : colvarscript
• set_result_long_int_vec() : colvarscript
• set_result_real() : colvarscript
• set_result_real_vec() : colvarscript
• set_result_rvector() : colvarscript
• set_result_rvector_vec() : colvarscript
• set_result_str() : colvarscript
• set_result_text() : colvarscript
• set_right_rot() : VMDTracker
• set_rocking() : Mouse
• set_rot() : Displayable
• set_scale() : VMDTracker, Displayable
• set_scfenergies() : QMTimestep
• set_screen_pos() : DisplayDevice
• set_selection() : SelectionBuilder, MoleculeList
• set_sensitivity() : Spaceball
• set_shadow_mode() : DisplayDevice
• set_shininess() : MaterialList
• set_single_fctn : SymbolTableElement
• set_size() : ResizeArray< T >
• set_sizes() : colvar_grid< T >
• set_smoothing() : DrawMolItem
• set_specular() : MaterialList
• set_sphere_mode() : OpenGLRenderer
• set_sphere_res() : OpenGLRenderer, FileRenderer
• set_sphere_style() : FileRenderer
• set_spring_scale() : UIVR
• set_springscale() : ToolFltkMenu
• set_state_params() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint_moving, colvarbias_restraint, colvarbias_meta, colvarbias_alb, colvarbias_ti, colvarbias
• set_stereo_mode() : VRJugglerDisplayDevice, OpenGLRenderer, FreeVRDisplayDevice, DisplayDevice, CaveDisplayDevice
• set_stereo_swap() : DisplayDevice
• set_string() : colvarparse
• set_string_fctn : SymbolTableElement
• set_target_bitrate_Mbps() : VideoStream
• set_target_frame_rate() : VideoStream
• set_target_temperature() : colvarproxy_system
• set_tcl_interp() : colvarproxy_tcl
• set_text() : VMDApp
• set_text_format() : GeometryMol
• set_text_offset() : GeometryMol
• set_text_size() : GeometryMol
• set_text_thickness() : GeometryMol
• set_toolrep() : ToolFltkMenu
• set_tracker() : UIVR
• set_trans_rate() : IMDMgr
• set_transform() : VolMapCreateILS
• set_transmode() : MaterialList
• set_transrate() : IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim
• set_unit_system() : colvarproxy_vmd, colvarproxy_system
• set_value() : colvar_grid< T >, colvar::cvc, UIestimator::n_vector< T >, UIestimator::n_matrix
• set_values() : GraphicsFltkRepFieldLines, GraphicsFltkRepOrbital, GraphicsFltkRepVolumeSlice, GraphicsFltkRepIsosurface, GraphicsFltkRepSurf, GraphicsFltkRepQuickSurf, GraphicsFltkRepHBonds, GraphicsFltkRepNanoShaper, GraphicsFltkRepMSMS, GraphicsFltkRepSolvent, GraphicsFltkRepNewCartoon, GraphicsFltkRepNewRibbons, GraphicsFltkRepRibbons, GraphicsFltkRepLicorice, GraphicsFltkRepVDW, GraphicsFltkRepPoints, GraphicsFltkRepCPK, GraphicsFltkRepDynamicBonds, GraphicsFltkRepBonds, GraphicsFltkRepLines, GraphicsFltkRep
• set_volume_axes() : VolumetricData
• set_volume_gradient() : VolumetricData
• set_volume_origin() : VolumetricData
• set_wavef_idtag() : QMTimestep
• set_wavefunction() : QMTimestep
• set_wavenumbers() : QMData
• set_weighted_gradient() : atom_group
• set_window_title() : OpenGLRenderer, OpenGLDisplayDevice
• set_zero_minimum() : integrate_potential
• setbondorder() : BaseMolecule
• setbondtype() : BaseMolecule
• setconstraint() : Tool
• setforcefield() : Tool
• setforcescale() : Tool
• setGridData() : VolumeTexture
• setids : FileSpec
• SetIsovalue() : CUDAMarchingCubes
• setoffset() : Tool
• setplaneconstraint() : Tool
• setscale() : Tool
• setScene() : M_VRJapp
• setspringscale() : SpringTool, TugTool, Tool, PinchTool
• setString() : TextInterp, TclTextInterp
• SetSubVolume() : CUDAMarchingCubes
• setTextFormat() : GeometryList
• setTextOffset() : GeometryList
• setTextSize() : GeometryList
• setTextThickness() : GeometryList
• setup() : colvarproxy_vmd, colvarproxy, colvar_grid< T >, colvar::cvc, atom_group, colvar
• setup_context() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• setup_initial_opengl_state() : OpenGLRenderer
• setup_input() : colvarmodule
• setup_output() : colvarmodule, colvarbias_meta, colvarbias
• setvalue() : RepChoiceSmall, RepChoice
• SetVolumeData() : CUDAMarchingCubes
• shadowEnabled : DisplayDevice
• ShadowMode : DisplayDevice
• shadows_enabled() : DisplayDevice
• SHADOWS_OFF : DisplayDevice
• shadows_on() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• SHADOWS_ON : DisplayDevice
• Shapes : MoleculeGraphics
• sharedData : M_VRJapp
• sharesLinkageEdges() : SmallRingLinkages
• shearstereo : OpenGLRenderer
• shell : basis_atom_t
• shell_symmetry : orbthrparms
• shell_types : orbthrparms
• SHIFT : DisplayDevice
• shift_state() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• shininess : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• ShortSlider() : ShortSlider
• show() : MoleculeList
• show_geometry() : GeometryList
• show_rep() : DrawMolecule
• show_repcontrols() : GraphicsFltkMenu
• show_stride_message() : VMDApp
• sigma : VolumetricData, Symmetry, elementsummary
• sigma_scale() : VolumetricData
• sigmas : colvarbias_meta::hill
• sign : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• simplegraphics : OpenGLRenderer
• simstate : IMDSim
• simulation_continuing() : colvarproxy
• simulation_running() : colvarproxy
• sin() : colvarmodule
• single_fctn : SymbolTableElement
• single_replica : colvarbias_meta
• singleword : atomsel_ctxt
• SINGLEWORD : SymbolTableElement
• sint : netint
• size : Stage, IndexList, colvarvalue, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >, colvarmodule, atom_group, wkf_tilestack_t, ptrstack, intstack, inthash_t, hash_t, DispCmdLitPointArray, DispCmdPointArray, CmdLabelTextSize
• sizeHints : glxdata
• sizes() : colvar_grid< T >
• skip() : MolFilePlugin, Animation
• skip_list : clusterparms_t
• slice() : colvarmodule::vector1d< T >
• sliceassign() : colvarmodule::vector1d< T >
• SmallRing() : SmallRing
• SmallRingLinkages() : SmallRingLinkages
• smcount : cudadevprops
• smp_biases_loop() : colvarproxy_smp
• smp_biases_script_loop() : colvarproxy_smp
• smp_colvars_loop() : colvarproxy_smp
• smp_enabled() : colvarproxy_smp
• smp_lock() : colvarproxy_smp
• smp_num_threads() : colvarproxy_smp
• smp_thread_id() : colvarproxy_smp
• smp_trylock() : colvarproxy_smp
• smp_unlock() : colvarproxy_smp
• smtdepth : wkf_cpu_caps_struct
• SnapshotDisplayDevice() : SnapshotDisplayDevice
• sock : IMDSim
• sockaddr : mobilehandle
• sockfd : mobilehandle
• solidSphereLists : OpenGLRenderer
• SOLVENT : AtomRep
• sort_items() : GeometryMol
• sort_orbitals() : QMTimestep, Wavefunction
• sort_wave_coefficients() : Wavefunction
• SortableArray() : SortableArray< T >
• sorted_atoms_ids : atom_group
• sorted_atoms_ids_map : atom_group
• sorted_cvc_values : colvar
• sorted_ids() : atom_group
• sorted_ids_map() : atom_group
• spaceball() : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice
• Spaceball() : Spaceball
• spaceball_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• spaceball_get_tracker_status() : VMDApp
• SPACEBALL_MODE : Command
• spaceball_set_mode() : VMDApp
• spaceball_set_null_region() : VMDApp
• spaceball_set_sensitivity() : VMDApp
• SpaceballButtons() : SpaceballButtons
• SpaceballEvent() : SpaceballEvent
• spaceballMode : CmdSpaceballMode
• SpaceballTracker() : SpaceballTracker
• spdpfpperfratio : cudadevprops
• spec : CmdMolLoad
• specular : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• speed() : Animation
• sphere() : X3DDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice
• SPHERE : MoleculeGraphics
• sphere_array() : TachyonDisplayDevice, OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• sphere_array_color() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• SphereList : OpenGLRenderer
• sphereMode : DisplayDevice
• spherepts : sasathreadparms
• SPHERERAD : AtomRep
• sphereres : DispCmdSphereArray
• SPHERERES : AtomRep
• sphereRes : DisplayDevice
• sphereResolution : FileRenderer
• sphereStyle : FileRenderer
• SPHERETUBE : MoleculeGraphics
• sphericaltop : Best
• spin : wavef_signa_t
• spin_angle() : colvarmodule::rotation, colvar::spin_angle
• spline_basis : DrawMolItem
• split : Msmpot_t
• split_string() : colvarparse
• spotdir : FileRenderer::AdvancedLightState
• spoton : FileRenderer::AdvancedLightState
• springscale : Tool
• SpringTool() : SpringTool
• sqrt() : colvarmodule
• square() : RenderManDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice
• srad : sasathreadparms
• srv_check_ui_event() : VideoStream
• srv_connect() : VideoStream
• srv_connected() : VideoStream
• srv_disconnect() : VideoStream
• srv_get_last_event_type() : VideoStream
• srv_get_last_keyboard() : VideoStream
• srv_get_last_rotate_by() : VideoStream
• srv_get_last_scale_by() : VideoStream
• srv_get_last_translate_by() : VideoStream
• srv_gethost() : VideoStream
• srv_getport() : VideoStream
• srv_listen() : VideoStream
• srv_process_all_events() : VideoStream
• srv_send_frame() : VideoStream
• ssd : colvarbias_alb
• sstruct : Residue
• st : atomparser_string
• Stack() : Stack< T >
• stack_size() : Stack< T >
• stage : VMDApp, colvarbias_restraint_moving
• Stage() : Stage
• STAGE_BEHIND : Stage
• STAGE_LEFT : Stage
• STAGE_LOWER : Stage
• STAGE_ORIGIN : Stage
• STAGE_RIGHT : Stage
• stage_set_location() : VMDApp
• stage_set_numpanels() : VMDApp
• stage_set_size() : VMDApp
• STAGE_UPPER : Stage
• StagePos : Stage
• STAGEPOS_TOTAL : Stage
• start : VMDTracker, Feedback, Buttons, wkf_shared_iterator_struct, wkf_tasktile_struct, vmd_cylinder_color, vmd_cylinder
• start_after_steps : colvarbias_reweightaMD
• start_bits : real_pcre_extra
• start_clipgroup() : TachyonDisplayDevice, POV3DisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• start_ring : LinkagePath
• start_rocking() : DisplayRocker
• start_subject : match_data
• start_tug() : SpringTool, TugTool, PinchTool
• starting_force_k : colvarbias_restraint_k_moving
• startserver() : VMDCollab
• stat : Buttons
• state() : Buttons, PBCControls
• state_file_prefix() : colvarmodule
• state_file_step : colvarbias
• state_keyword : colvarbias
• status : QMData
• steal_sensor() : Tool
• stencil : InterpParams_t
• step : qcprmsdthreadparms, gpuqcprmsdthreadparms
• step_absolute() : colvarmodule
• step_number : colvarmodule
• step_relative() : colvarmodule
• StepCounter() : StepCounter
• steps : CmdRockOn, CmdRotate
• stereo_mode() : DisplayDevice
• stereo_name() : DisplayDevice
• stereo_swap() : DisplayDevice
• stereodrawforced : OpenGLExtensions
• stereoModes : DisplayDevice
• stereoNames : DisplayDevice
• stereoSwap : DisplayDevice
• STLDisplayDevice() : STLDisplayDevice
• stop_rocking() : DisplayRocker
• stop_rotation() : Mouse
• STOPROT : Command
• stopserver() : VMDCollab
• store() : AtomGrid
• storeData() : AtomList
• storeFile() : AtomList
• str : CmdMolChangeRepItem
• str_result() : colvarscript
• str_result_ : colvarscript
• stride : FileSpec
• stridevalue : FrameSelector
• string_fctn : SymbolTableElement
• STRINGFCTN : SymbolTableElement
• stringfctn_fctn : SymbolTableElement
• strip_values() : colvarparse
• STRUCTURE : AtomRep, AtomColor
• subcube_total : MsmpotCuda_t
• sum : colvarvalue, colvarmodule::vector1d< T >, barrier_struct
• summary : PointGroupDefinition
• sup_coeff : colvar::cvc
• sup_np : colvar::cvc
• super_load() : FileRenderer
• super_materials() : FileRenderer
• super_multmatrix() : FileRenderer
• super_rot() : FileRenderer
• super_scale() : FileRenderer
• super_set_color() : FileRenderer
• super_set_material() : FileRenderer
• super_translate() : FileRenderer
• supersample() : VolumetricData
• supports_gui() : VRJugglerDisplayDevice, OpenGLRenderer, OpenGLPbufferDisplayDevice, DisplayDevice
• surf : anr_cylinder_array_color, anr_sphere_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• Surf() : Surf
• SURF : AtomRep
• surface_type : NanoShaperFace, MSMSFace
• sval : symbol_data
• sW : colvarbias_meta::hill
• swap() : SortableArray< T >
• swap4_aligned() : IMDSim
• switching_function() : colvar::coordnum
• symbol_data() : symbol_data
• SymbolTable() : SymbolTable
• SymbolTableElement() : SymbolTableElement
• symdesc : SymbolTableElement
• symmetrictop : Best
• Symmetry() : Symmetry
• symtype : SymbolTableElement
• sz : gpuseg_temp_storage

- t -

• T : IMDEnergies
• t : DispCmdVolSlice
• t_name : yytoktype
• t_val : yytoktype
• table : atomsel_ctxt
• tables : real_pcre
• TachyonDisplayDevice() : TachyonDisplayDevice
• tag : PickEvent, DispCmdPickPoint
• target() : Tool
• target_centers : colvarbias_restraint_centers_moving
• target_dist : colvarbias_meta
• target_equil_steps : colvarbias_restraint_k_moving
• target_force_k : colvarbias_restraint_k_moving
• target_nstages : colvarbias_restraint_moving
• target_nsteps : colvarbias_restraint_moving
• target_temperature() : colvarproxy_system
• target_temperature_ : colvarproxy_system
• tcl_available() : colvarproxy_tcl
• tcl_cb() : TextInterp, TclTextInterp
• tcl_get_str() : colvarproxy_tcl
• tcl_interp_ : colvarproxy_tcl
• tcl_run_colvar_callback() : colvarproxy_tcl
• tcl_run_colvar_gradient_callback() : colvarproxy_tcl
• tcl_run_file() : colvarproxy_tcl
• tcl_run_force_callback() : colvarproxy_tcl
• tcl_run_script() : colvarproxy_tcl
• TclEvalEvent() : TclEvalEvent
• TclTextInterp() : TclTextInterp
• test_dataset_flag() : BaseMolecule
• testloops : latthrparms, maddthrparms
• tex : glwin_fbo_target
• texmap : DispCmdVolumeTexture
• texmode : DispCmdVolSlice
• TEXT : MoleculeGraphics
• text : X3DOMDisplayDevice, X3DDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, Inform, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, DepthSortObject
• text_format() : GeometryMol
• text_offset() : GeometryMol
• TextInterp() : TextInterp
• textinterp_change() : VMDApp
• texturecache : OpenGLRenderer
• theta : colvar::dihedPC, colvar::alpha_angles, colvar::polar_theta, colvar::polar_phi
• theta_ref : colvar::alpha_angles
• theta_tol : colvar::alpha_angles
• thickness : GraphicsFltkRepRibbons, CmdLabelTextThickness
• thrdensitymaps : densitythrparms
• threadcount : wkf_threadlaunch_struct, wkf_threadpool_workerdata_struct, clusterparms_t, gofrparms_t, bondsearchthrparms
• threadid : wkf_threadlaunch_struct, wkf_threadpool_workerdata_struct, clusterparms_t, gofrparms_t, bondsearchthrparms
• threads : wkf_threadpool_struct
• threshold : MolData
• THROB : AtomColor
• thrpool : wkf_threadpool_workerdata_struct, VMDApp
• thrvoltexmaps : densitythrparms
• ti_avg_forces : colvarbias_ti
• ti_bin : colvarbias_ti
• ti_count : colvarbias_ti
• ti_system_forces : colvarbias_ti
• tid : FindWithinData
• tilt() : colvar::tilt
• time_dependent_biases() : colvarmodule
• time_step_factor : colvardeps
• timer : wkfmsgtimer
• Timestep() : Timestep
• timestep() : AtomSel
• TIMESTEP : AtomColor
• timestep_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• TimestepEvent() : TimestepEvent
• timesteps : Timestep
• tm : Displayable, CoorPluginData
• tmp_d : gpuseg_temp_storage
• TO : CmdScale, CmdTranslate, CmdRotate, CmdRotMat
• to_camel() : JString
• to_lower_cppstr() : colvarparse
• to_simple_string() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, colvarmodule::matrix2d< T >, colvarmodule::vector1d< T >
• to_str() : colvarmodule
• togglepause() : IMDMgr
• tolerance : colvar::selfcoordnum, colvar::coordnum
• Tool() : Tool
• TOOL_ADD_DEVICE : Command
• TOOL_CALLBACK : Command
• TOOL_CHANGE : Command
• tool_change_type() : VMDApp
• tool_create() : VMDApp
• TOOL_CREATE : Command
• tool_delete() : VMDApp
• TOOL_DELETE : Command
• TOOL_DELETE_DEVICE : Command
• tool_location_update() : Tool
• tool_name() : UIVR
• TOOL_OFFSET : Command
• TOOL_REP : Command
• TOOL_SCALE : Command
• TOOL_SCALE_FORCE : Command
• TOOL_SCALE_SPRING : Command
• tool_set_force_scale() : VMDApp
• tool_set_position_scale() : VMDApp
• tool_set_spring_scale() : VMDApp
• tool_type() : UIVR
• ToolFltkMenu() : ToolFltkMenu
• toolnum : CmdToolRep
• top : Stack< T >, MoleculeList, wkf_tilestack_t, ptrstack, intstack
• top_backref : real_pcre
• top_bracket : real_pcre
• TOTAL : Command, AtomRep, AtomColor
• total_bias_energy : colvarmodule
• TOTAL_BUTTONS : DisplayDevice
• total_charge : atom_group
• total_force : colvar::cvc, atom_group, colvar, atom
• total_force_requested : colvarproxy_system
• total_forces() : atom_group
• total_forces_enabled() : colvarproxy_system
• total_forces_same_step() : colvarproxy_system
• total_frames : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• total_mass : atom_group
• total_shells() : Orbital
• totalcharge : QMData
• totalframes : CoorPluginData
• totb : FindWithinData, bondsearchthrparms
• touchcnt : mobilehandle
• touchid : mobilehandle
• TouchMode : Mobile
• TRACE : AtomRep
• TRACKER : Spaceball, Mobile
• trajectory_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• TrajectoryReadEvent() : TrajectoryReadEvent
• TRANS_CURSOR : DisplayDevice
• transcnt : PerRayData_radiance
• TRANSFER : CmdIMDRate
• transformed_atom_coord() : GeometryMol
• translate() : PickModeMoveRep, PickModeMoveMolecule, PickModeMoveFragment, PickModeMoveResidue, PickModeMoveAtom, PickModeMove, Matrix4, FileRenderer
• TRANSLATE : Mobile, Command
• TRANSLATION : Win32Joystick, Mouse
• transMat : FileRenderer, DisplayDevice
• transmode : VMDDisplayList, osp_material, ort_material, Material, anr_material
• transpose() : Matrix4, colvarmodule::rmatrix
• transvec() : Matrix4
• transvecinv() : Matrix4
• transX : VMDDisplayList
• transXinv : VMDDisplayList
• transY : VMDDisplayList
• transYinv : VMDDisplayList
• transZ : VMDDisplayList
• transZinv : VMDDisplayList
• TRIANGLE : MoleculeGraphics
• triangle() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, STLDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice, ANARIDisplayDevice
• TRICOLOR : MoleculeGraphics
• tricolor() : X3DDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, R3dDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ANARIDisplayDevice
• tricolor_list() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• trifan_singlecolor() : FileRenderer
• trimesh_c3f_n3f_v3f() : FileRenderer
• trimesh_c4n3v3() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• trimesh_c4u_n3b_v3f() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• trimesh_c4u_n3f_v3f() : OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• trimesh_n3b_v3f() : OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• trimesh_n3f_v3f() : OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• trimesh_n3fopt_v3f() : OptiXDisplayDevice, FileRenderer
• trimesh_singlecolor() : FileRenderer
• trimesh_v3f() : OptiXRenderer
• TRINORM : MoleculeGraphics
• tristrip() : X3DOMDisplayDevice, X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayRenderer, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2Renderer, OSPRay2DisplayDevice, OptiXRenderer, OptiXDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ANARIRender, ANARIDisplayDevice
• tristrip_singlecolor() : FileRenderer
• truncatelastn() : ResizeArray< T >
• TS_LAST : AtomSel
• TS_NOW : AtomSel
• ts_page_align_sz : CoorPluginData
• tstep : IMDEnergies
• TUBE : AtomRep
• tug() : Tool
• TugTool() : TugTool
• turnOn : CmdMenuShow
• tx : mobilehandle, spaceballevent
• ty : mobilehandle, spaceballevent
• TYPE : AtomColor
• Type : colvarvalue
• type : colvarvalue, VSMsgHeader_t, ColorScaleTypeInfo, shell_t, wavef_signa_t, symbol_data, CmdToolChange, CmdToolCreate, axis, plane, IMDheader, DispCmdLineType, DispCmdSphereType, colvardeps::feature, CmdMolLoad
• type_3vector : colvarvalue
• type_all : colvarvalue
• type_checking() : colvarvalue
• type_desc() : colvarvalue
• type_keyword() : colvarvalue
• type_name() : SpringTool, TugTool, Tool, RotateTool, PrintTool, PinchTool, JoystickTool, GrabTool
• type_notset : colvarvalue
• type_quaternion : colvarvalue
• type_quaternionderiv : colvarvalue
• type_scalar : colvarvalue
• type_unit3vector : colvarvalue
• type_unit3vectorderiv : colvarvalue
• type_vector : colvarvalue
• typecode() : NameList< T >
• typeindex : MolAtom
• tz : wkf_timer, mobilehandle, spaceballevent

- u -

• UIestimator() : UIestimator::UIestimator
• UIObject() : UIObject
• UIText() : UIText
• uiText : VMDApp
• uivr : VMDApp
• UIVR() : UIVR
• uivs : VMDApp
• undef_op() : colvarvalue
• unfix() : MoleculeList, Displayable
• unfreeze() : VMDMenu
• ungrab() : Tool
• uniq_resid : MolAtom
• unique_name() : GeometryMol
• uniquegmName : GeometryMol
• unit() : colvarmodule::rvector
• unit_cell_x : colvarproxy_system
• unit_cell_y : colvarproxy_system
• unit_cell_z : colvarproxy_system
• units : colvarproxy_system
• unmute() : Inform
• unpause() : IMDSimThread, IMDSimBlocking, IMDSim, IMDMgr
• unregister_monitor() : DrawMolecule
• unregister_named_atom_group() : colvarmodule
• unregister_UI() : CommandQueue
• unset_dataset_flag() : BaseMolecule
• unsupported_op() : colvarscript
• up : RibbonFrame
• upcase() : JString
• update() : VRJugglerTracker, OsgNavigator, VRJugglerDisplayDevice, VRJugglerButtons, SpaceballTracker, SpaceballButtons, PhoneTracker, PhoneButtons, VRPNTracker, VRPNFeedback, VRPNButtons, VMDTracker, FreeVRTracker, FreeVRButtons, Feedback, CaveTracker, CaveButtons, Buttons, OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, MolBrowser, MobileTracker, MobileButtons, AtomSelThr, IMDSimBlocking, IMDSim, HMDMgr, PBCControls, GeometryMol, FreeVRDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, FileRenderer, DisplayDevice, colvarbias_restraint_histogram, colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint_moving, colvarbias_restraint, colvarbias_meta, colvarbias_reweightaMD, colvarbias_histogram, colvarbias_alb, colvarbias_abf, colvarbias_ti, colvarbias, UIestimator::UIestimator, CaveDisplayDevice
• update_acc_work() : colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving
• update_active_cvc_square_norm() : colvar
• update_atomic_properties() : colvarproxy_vmd
• update_avail_orbs() : QMData
• update_bias() : colvarbias_meta
• update_calls : colvarbias_alb
• update_centers() : colvarbias_restraint_centers_moving
• update_charge() : atom
• update_colvar_forces() : colvarmodule
• update_completion_list() : TclTextInterp
• update_cvc_config() : colvar
• update_cvc_flags() : colvar
• update_div_local() : integrate_potential
• update_div_neighbors() : integrate_potential
• update_engine_parameters() : colvarmodule
• update_exec_cmd() : TachyonDisplayDevice, FileRenderer
• update_extended_Lagrangian() : colvar
• update_forces_energy() : colvar
• update_freq : colvarbias_alb
• update_grid_data() : colvarbias_meta
• update_grid_params() : colvarbias_meta
• update_input() : colvarproxy_vmd, colvarproxy
• update_lists() : OpenGLRenderer
• update_macrobrowser() : SelectionBuilder
• update_mass() : atom
• update_material() : Displayable
• update_molchooser() : GraphicsFltkMenu
• update_output() : colvarproxy
• update_output_filename() : UIestimator::UIestimator
• update_pbc() : GraphicsFltkMenu
• update_pbc_lattice() : colvarproxy_system
• update_rendering_state() : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• update_rep() : GraphicsFltkMenu
• update_repbrowser() : GraphicsFltkMenu
• update_repindex() : GraphicsFltkMenu
• update_replicas_registry() : colvarbias_meta
• update_replist() : ToolFltkMenu
• update_scaleimage() : ColorFltkMenu
• update_selection() : SelectionBuilder, GraphicsFltkMenu
• update_shader_uniforms() : OpenGLRenderer
• update_status : colvarbias_meta
• update_system_forces() : colvarbias_ti
• update_toolrep_choosers() : ToolFltkMenu
• update_total_charge() : atom_group
• update_total_mass() : atom_group
• updated_charges() : colvarproxy_atoms
• updated_charges_ : colvarproxy_atoms
• updated_masses() : colvarproxy_atoms
• updated_masses_ : colvarproxy_atoms
• UpdateDisplay : VMDApp
• updateDistanceToReferenceFrames() : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• updatetime : wkfmsgtimer
• upDir : DisplayDevice
• upid : mobilehandle
• upper_boundaries : colvar_grid< T >
• upper_boundary : colvar::cvc, colvarbias_restraint_histogram, colvar
• upper_wall_k : colvarbias_restraint_harmonic_walls
• upper_walls : colvarbias_restraint_harmonic_walls
• usage() : usage
• usage_ : colvarmodule
• use_actual_value : colvar_grid< T >
• use_bias : colvarscript
• use_color() : MoleculeGraphics
• use_colors() : DisplayDevice
• use_colorscale_auto() : GraphicsFltkMenu
• use_colorscale_minmax() : GraphicsFltkMenu
• use_colvar : colvarscript
• use_context() : ParseTree
• use_grids : colvarbias_meta
• use_material() : MoleculeGraphics
• use_materials() : MoleculeGraphics
• use_module : colvarscript
• use_molecule() : SelectionBuilder
• use_scripted_forces : colvarmodule
• use_second_closest_frame : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• use_third_closest_frame : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• use_z_square : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• UseColor() : CUDAMarchingCubes
• used : Buttons
• usepbc : rdfthrparms
• user : Timestep
• USER : Win32Joystick, Spaceball, Mobile, AtomColor
• user2 : Timestep
• USER2 : AtomColor
• user3 : Timestep
• USER3 : AtomColor
• user4 : Timestep
• USER4 : AtomColor
• user_minmax : VolMapCreate
• userkey_cb() : TextInterp, TclTextInterp, PythonTextInterp
• userKeyDesc : VMDApp
• UserKeyEvent() : UserKeyEvent
• userKeys : VMDApp
• USERPOINT : Mouse
• uses_colorscale() : AtomColor
• UseShader() : OpenGLShader
• USL : CmdToolCreate

- v -

• v : Surf, osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, axis, plane, IsoSurface, IsoContour, DispCmdVolSlice, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• v0 : vmd_trimesh_v3f, vmd_trimesh_n3b_v3f, vmd_trimesh_n3f_v3f, vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor, DispCmdVolumeTexture
• v1 : vmd_trimesh_v3f, vmd_trimesh_n3b_v3f, vmd_trimesh_n3f_v3f, vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor, DispCmdVolumeTexture, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v12 : colvar::distance_xy
• v13 : colvar::distance_xy
• v1v1 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v1v3 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v1v4 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v2 : vmd_trimesh_v3f, vmd_trimesh_n3b_v3f, vmd_trimesh_n3f_v3f, vmd_trimesh_c4u_n3b_v3f, vmd_tricolor, DispCmdVolumeTexture, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v2v2 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v3 : DispCmdVolumeTexture, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v3v3 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v4 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v4v4 : GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• v_ext : colvar
• v_fdiff : colvar
• v_reported : colvar
• val : atomic_int_struct, GRIDCELL, SQUARECELL
• value : GeometryMol, colvar_grid< T >, colvar::cvc, colvarbias_meta::hill, colvar, state_t< GROUP_T, IMAGE_T >
• value_input() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvar_grid< T >
• value_output() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid< T >
• value_to_bin_scalar() : colvar_grid< T >
• value_to_bin_scalar_bound() : colvar_grid< T >
• value_to_bin_scalar_fraction() : colvar_grid< T >
• value_type : colvarvalue
• valuePos : GeometryMol
• variables() : colvarmodule, colvarbias
• variables_active() : colvarmodule
• variables_active_smp() : colvarmodule
• variables_active_smp_items() : colvarmodule
• VDW : AtomRep
• vdw_params : ComputeOccupancyMap_t
• vdw_type : ComputeOccupancyMap_t
• vdwparms : occthrparms_t
• vdwtype : AtomPosType
• vector1d() : colvarmodule::vector1d< T >
• vector1d_value : colvarvalue
• vector_gradient_finite_diff() : colvar_grid_scalar
• vector_value() : colvar_grid_gradient
• vel : Timestep, atom
• velocities() : atom_group
• VELOCITY : AtomColor
• velocity() : colvar
• verbose : densitythrparms
• Verbosity : OSPRayRenderer, OSPRay2Renderer, OptiXRenderer, ANARIRender
• version() : colvarmodule
• version_int : colvarproxy
• version_number() : colvarproxy, colvarmodule
• version_string : QMData
• vertex : NanoShaperFace, MSMSFace
• vertexfusion() : IsoSurface
• VertexInterp() : IsoSurface, IsoContour
• VertexShaderObject : OpenGLShader, glsl_shader
• verts : osp_trimesh_v3f_n3f_c3f, anr_cylinder_array_color, anr_trimesh_v3f_n3f_c3f
• vertsrads : osp_cylinder_array_color
• video_frame_force_Iframe() : VideoStream
• video_frame_pending() : VideoStream
• VideoStream() : VideoStream
• visible_name() : FileRenderer
• VMD : colvarscript
• vmd : colvarproxy_vmd
• vmd_choose_file() : VMDApp
• VMDApp() : VMDApp
• vmdapp : DisplayDevice
• VMDClipPlane() : VMDClipPlane
• vmdcollab : VMDApp
• VMDCollab() : VMDCollab
• VMDDisplayList() : VMDDisplayList
• VMDexit() : VMDApp
• VMDFltkMenu() : VMDFltkMenu
• vmdGetProcAddress() : OpenGLExtensions
• VMDinit() : VMDApp
• VMDMenu() : VMDMenu
• vmdmol : colvarproxy_vmd
• vmdmol_frame : colvarproxy_vmd
• vmdmolid : colvarproxy_vmd
• vmdQueryExtension() : OpenGLExtensions
• vmdQueryGLVersion() : OpenGLExtensions
• VMDTempFile() : VMDTempFile
• VMDTitle() : VMDTitle
• VMDTkinterMenu() : VMDTkinterMenu
• VMDTkMenu() : VMDTkMenu
• VMDTracker() : VMDTracker
• VMDupdate() : VMDApp
• void() : OpenGLExtensions
• void_fctn : SymbolTableElement
• vol : IsoSurface, IsoContour
• volindex_update() : GraphicsFltkMenu
• volindex_visible() : GraphicsFltkMenu
• volmap : VolMapCreate
• volmap_flag_gradients : colvarproxy_volmaps
• volmap_flag_null : colvarproxy_volmaps
• volmap_flag_use_atom_field : colvarproxy_volmaps
• volmap_id : colvar::map_total
• volmap_ids_ : colvar
• volmap_index : colvar::map_total
• volmap_name : colvar::map_total
• VolMapCreate() : VolMapCreate
• VolMapCreateCoulombPotential() : VolMapCreateCoulombPotential
• VolMapCreateCoulombPotentialMSM() : VolMapCreateCoulombPotentialMSM
• VolMapCreateDensity() : VolMapCreateDensity
• VolMapCreateDistance() : VolMapCreateDistance
• VolMapCreateILS() : VolMapCreateILS
• VolMapCreateInterp() : VolMapCreateInterp
• VolMapCreateMask() : VolMapCreateMask
• VolMapCreateOccupancy() : VolMapCreateOccupancy
• volmaps_available() : colvarproxy_volmaps
• volmaps_ids : colvarproxy_volmaps
• volmaps_max_applied_force_ : colvarproxy_volmaps
• volmaps_new_colvar_forces : colvarproxy_volmaps
• volmaps_refcount : colvarproxy_volmaps
• volmaps_rms_applied_force_ : colvarproxy_volmaps
• volmaps_values : colvarproxy_volmaps
• VOLSLICE : AtomRep
• VolTexFormat : CUDAQuickSurf, CUDAMarchingCubes
• VOLUME : AtomColor
• volume_index() : AtomColor
• volume_texture_off() : TachyonDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• volume_texture_on() : TachyonDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, FileRenderer
• volumeList : BaseMolecule
• VolumeTexture() : VolumeTexture
• VolumetricData() : VolumetricData
• voxel_coord() : VolumetricData
• voxel_coord_from_cartesian_coord() : VolumetricData
• voxel_gradient_fast() : VolumetricData
• voxel_gradient_from_coord() : VolumetricData
• voxel_gradient_interpolate() : VolumetricData
• voxel_gradient_interpolate_from_coord() : VolumetricData
• voxel_gradient_safe() : VolumetricData
• voxel_index_from_coord() : VolumetricData
• voxel_value() : VolumetricData
• voxel_value_from_coord() : VolumetricData
• voxel_value_from_coord_safe() : VolumetricData
• voxel_value_interpolate() : VolumetricData
• voxel_value_interpolate_from_coord() : VolumetricData
• voxel_value_interpolate_from_coord_safe() : VolumetricData
• voxel_value_safe() : VolumetricData
• voxelsize : orbthrparms
• VRJugglerButtons() : VRJugglerButtons
• VRJugglerDisplayDevice() : VRJugglerDisplayDevice
• VRJugglerScene() : VRJugglerScene
• VRJugglerTracker() : VRJugglerTracker
• Vrml2DisplayDevice() : Vrml2DisplayDevice
• VrmlDisplayDevice() : VrmlDisplayDevice
• VRPNButtons() : VRPNButtons
• VRPNFeedback() : VRPNFeedback
• VRPNTracker() : VRPNTracker
• vs_connect() : VMDApp
• vs_connected() : VMDApp
• vs_disconnect() : VMDApp
• VS_EV_KEYBOARD : VideoStream
• VS_EV_NONE : VideoStream
• VS_EV_ROTATE_BY : VideoStream
• VS_EV_SCALE_BY : VideoStream
• VS_EV_TRANSLATE_BY : VideoStream
• VSEventDev : VideoStream
• vSize : DisplayDevice
• vx : vmdwinjoystick
• vy : vmdwinjoystick
• vz : vmdwinjoystick

- w -

• W : colvarbias_meta::hill
• wait() : TclTextInterp
• WAIT_ALL : FileSpec
• WAIT_BACK : FileSpec
• WAIT_CURSOR : DisplayDevice
• wait_cv : wkf_run_barrier_struct, barrier_struct
• waitfor : FileSpec
• WaitFor : FileSpec
• waitForKernelStop() : VRJugglerScene
• want_command() : UIObject
• warningflags : FileRenderer
• wasgrabbing : Tool
• Watershed() : Watershed< GROUP_T, IMAGE_T >
• watershed() : Watershed< GROUP_T, IMAGE_T >
• wave_f : orbthrparms
• WAVEFNCEXCITATION : AtomRep
• wavefncexcitation : GraphicsFltkRepOrbital
• WAVEFNCSPIN : AtomRep
• wavefncspin : GraphicsFltkRepOrbital
• WAVEFNCTYPE : AtomRep
• wavefnctype : GraphicsFltkRepOrbital
• WavefrontDisplayDevice() : WavefrontDisplayDevice
• Wavefunction() : Wavefunction
• weight : colvarbias_meta::hill, VolMapCreateInterp, VolMapCreateDensity, axis, plane
• weight_mutable : VolMapCreateInterp, VolMapCreateDensity
• weight_string : VolMapCreateInterp, VolMapCreateDensity
• weights : clusterparms_t, colvar_grid_gradient, colvarbias_histogram, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• well_tempered : colvarbias_meta
• where() : VMDTkMenu, VMDTkinterMenu, VMDMenu, VMDFltkMenu
• which_frame : AtomSel, atomsel_ctxt
• whichEye : DisplayDevice
• whichFrame : CmdAnimDup
• whichMol : CmdMolShowRep, CmdMolSmoothRep, CmdMolDrawFrames, CmdMolScaleMinmax, CmdMolShowInstances, CmdMolNumPeriodic, CmdMolShowPeriodic, CmdMolRename, CmdMolVolume, CmdMolSSRecalc, CmdMolBondsRecalc, CmdMolReanalyze, CmdMolDeleteRep, CmdMolRepColorUpdate, CmdMolRepSelUpdate, CmdMolChangeRepItem, CmdMolChangeRep, CmdMolAddRep, CmdMolTop, CmdMolOn, CmdMolFix, CmdMolActive, CmdMolDelete, CmdMolCancel, CmdAnimDup, CmdAnimDelete, CmdAnimWriteFile
• white_space : colvarparse
• width : watershed_gpu_state_t< GROUP_T, IMAGE_T >, VSMsgHeader_t, simenc_handle, oglhandle, DispCmdLineWidth, colvar::cvc, colvarbias_restraint_histogram, colvar
• widths : colvar_grid< T >
• win : xinputhandle, oglhandle
• Win32Joystick() : Win32Joystick
• WIN_KBD : DisplayDevice
• WIN_KBD_DELETE : DisplayDevice
• WIN_KBD_DOWN : DisplayDevice
• WIN_KBD_END : DisplayDevice
• WIN_KBD_ESCAPE : DisplayDevice
• WIN_KBD_F1 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F10 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F11 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F12 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F2 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F3 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F4 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F5 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F6 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F7 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F8 : DisplayDevice
• WIN_KBD_F9 : DisplayDevice
• WIN_KBD_HOME : DisplayDevice
• WIN_KBD_INSERT : DisplayDevice
• WIN_KBD_LEFT : DisplayDevice
• WIN_KBD_PAGE_DOWN : DisplayDevice
• WIN_KBD_PAGE_UP : DisplayDevice
• WIN_KBD_RIGHT : DisplayDevice
• WIN_KBD_UP : DisplayDevice
• WIN_LEFT : DisplayDevice
• WIN_MIDDLE : DisplayDevice
• WIN_MOUSEX : DisplayDevice
• WIN_MOUSEY : DisplayDevice
• WIN_NOEVENT : DisplayDevice
• WIN_REDRAW : DisplayDevice
• WIN_RIGHT : DisplayDevice
• WIN_WHEELDOWN : DisplayDevice
• WIN_WHEELUP : DisplayDevice
• window() : Matrix4
• windowID : glxdata
• windowProc : VMDTkMenu
• winsize : CmdMolSmoothRep
• wiregl : OpenGLRenderer
• WIREGL : OpenGLExtensions
• wiremesh() : FileRenderer
• wmDeleteWindow : oglhandle
• Workarounds : ANARIRender
• workercount : wkf_threadpool_struct
• workerdata : wkf_threadpool_struct
• wrap() : colvar_grid< T >, colvar::euler_psi, colvar::euler_phi, colvar::spin_angle, colvar::dihedral, colvar::polar_phi, colvar::distance_z, colvar::cvc, colvar
• wrap_center : colvar::cvc, colvar
• wrap_edge() : colvar_grid< T >
• wrap_string() : colvarmodule
• wrap_xyz() : AtomGrid
• wrapCoords() : MolData
• write_1D_integral() : colvar_grid_gradient
• write_1D_pmf() : UIestimator::UIestimator
• write_acf() : colvar
• write_cindexmaterial() : X3DDisplayDevice
• write_colormaterial() : X3DDisplayDevice
• write_count() : colvarbias_reweightaMD
• write_cumulant_expansion_pmf() : colvarbias_reweightaMD
• write_dx_file() : VolMapCreate
• write_exponential_reweighted_pmf() : colvarbias_reweightaMD
• write_files() : UIestimator::UIestimator
• write_header() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, STLDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, PSDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice, ANARIDisplayDevice
• write_interal_data() : UIestimator::UIestimator
• write_map() : VolMapCreateILS, VolMapCreate
• write_multicol() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvar_grid< T >
• write_opendx() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvar_grid< T >
• write_output_files() : colvarmodule, colvarbias_restraint_histogram, colvarbias_meta, colvarbias_reweightaMD, colvarbias_histogram, colvarbias_ti, colvarbias, colvar
• write_params() : colvar_grid< T >
• write_pmf() : colvarbias_meta
• write_raw() : colvar_grid< T >
• write_replica_state_file() : colvarbias_meta
• write_restart() : colvarmodule, colvar_grid< T >
• write_restart_file() : colvarmodule
• write_restart_string() : colvarmodule
• write_state() : colvarbias, colvar
• write_state_data() : colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_meta, colvarbias_reweightaMD, colvarbias_histogram, colvarbias_ti, colvarbias
• write_state_prefix() : colvarbias
• write_state_string() : colvarbias
• write_state_to_replicas() : colvarbias_meta, colvarbias
• write_structure() : MolFilePlugin
• write_timestep() : MolFilePlugin
• write_trailer() : X3DDisplayDevice, WavefrontDisplayDevice, VrmlDisplayDevice, Vrml2DisplayDevice, TachyonDisplayDevice, STLDisplayDevice, RenderManDisplayDevice, RayShadeDisplayDevice, RadianceDisplayDevice, R3dDisplayDevice, PSDisplayDevice, POV3DisplayDevice, OSPRayDisplayDevice, OSPRay2DisplayDevice, OptiXDisplayDevice, MayaDisplayDevice, LibTachyonDisplayDevice, LibGelatoDisplayDevice, GelatoDisplayDevice, FileRenderer, ArtDisplayDevice, ANARIDisplayDevice
• write_traj() : colvarmodule, colvarbias_restraint_histogram, colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint, colvarbias_alb, colvarbias, colvar
• write_traj_files() : colvarmodule
• write_traj_label() : colvarmodule, colvarbias_restraint_histogram, colvarbias_restraint_linear, colvarbias_restraint_harmonic_walls, colvarbias_restraint_harmonic, colvarbias_restraint_k_moving, colvarbias_restraint_centers_moving, colvarbias_restraint, colvarbias_alb, colvarbias, colvar
• write_volumetric() : MolFilePlugin
• writehead() : UIestimator::UIestimator
• writeObject() : VRJugglerSharedData
• wrot : glwin_warp_hmd
• wsx : glwin_warp_hmd
• wsy : glwin_warp_hmd

- x -

• x : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice, AtomPosType, AtomEntry, NanoShaperCoord, MSMSCoord, Vector3D, XYZ, XY, colvarmodule::rvector, colvar::cvc, colvar, CmdTranslate
• x0 : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• X3DDisplayDevice() : X3DDisplayDevice
• X3DOMDisplayDevice() : X3DOMDisplayDevice
• x_ext : colvar
• x_history : colvar
• x_history_p : colvar
• x_old : colvar::cvc, colvar
• x_reported : colvar
• x_restart : colvar
• xad : IsoSurface
• xax : IsoSurface, IsoContour
• xaxis : VolumetricData
• xb : FindWithinData
• xcrds : glwin_warp_hmd
• xinp : glxdata
• xmax : Msmpot_t
• xmin : Msmpot_t
• xOrig : DisplayDevice
• xpos : oglhandle
• xrange : vmdwinjoystick
• xsize : VolumetricData, DispCmdVolumeTexture
• xSize : DisplayDevice
• xx : colvarmodule::rmatrix
• xy : colvarmodule::rmatrix
• xytotb : FindWithinData
• xyz : FindWithinData, osp_sphere_array_color, rdfthrparms, anr_sphere_array_color
• xyz2array : rdfthrparms
• xyz_reader_use_count : colvarmodule
• xyzr : densitythrparms, osp_sphere_array_color
• xz : colvarmodule::rmatrix

- y -

• y : OpenGLPbufferDisplayDevice, OpenGLDisplayDevice, FltkOpenGLDisplayDevice, DisplayDevice, AtomPosType, AtomEntry, Vector3D, XYZ, XY, colvarmodule::rvector, CmdTranslate
• y0 : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• yad : IsoSurface
• yax : IsoSurface, IsoContour
• yaxis : VolumetricData
• yb : FindWithinData
• ycrds : glwin_warp_hmd
• ymax : Msmpot_t
• ymin : Msmpot_t
• yn : CmdMolOn, CmdMolFix, CmdMolActive
• yOrig : DisplayDevice
• ypos : oglhandle
• yrange : vmdwinjoystick
• ySize : DisplayDevice
• ysize : VolumetricData, DispCmdVolumeTexture
• yx : colvarmodule::rmatrix
• yy : colvarmodule::rmatrix
• yy_at_bol : yy_buffer_state
• yy_buf_pos : yy_buffer_state
• yy_buf_size : yy_buffer_state
• yy_buffer_status : yy_buffer_state
• yy_ch_buf : yy_buffer_state
• yy_fill_buffer : yy_buffer_state
• yy_input_file : yy_buffer_state
• yy_is_interactive : yy_buffer_state
• yy_is_our_buffer : yy_buffer_state
• yy_n_chars : yy_buffer_state
• yz : colvarmodule::rmatrix

- z -

• z : AtomPosType, AtomEntry, Vector3D, XYZ, colvarmodule::rvector, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >, CmdTranslate
• z0 : ComputeOccupancyMap_t, occthrparms_t
• zad : IsoSurface
• zax : IsoSurface, IsoContour
• zaxis : VolumetricData
• zb : FindWithinData
• zDist : DisplayDevice
• zero_values() : Timestep
• zeroforce() : VRPNFeedback, Feedback
• zmax : Msmpot_t
• zmin : Msmpot_t
• zrange : vmdwinjoystick
• zsize : VolumetricData, DispCmdVolumeTexture
• zx : colvarmodule::rmatrix
• zy : colvarmodule::rmatrix
• zz : colvarmodule::rmatrix, GeometricPathCV::GeometricPathBase< element_type, scalar_type, path_type >

- ~ -

• ~alch_Flambda() : colvar::alch_Flambda
• ~alch_lambda() : colvar::alch_lambda
• ~alpha_angles() : colvar::alpha_angles
• ~ANARIDisplayDevice() : ANARIDisplayDevice
• ~ANARIRender() : ANARIRender
• ~angle() : colvar::angle
• ~ArithmeticPathBase() : ArithmeticPathCV::ArithmeticPathBase< element_type, scalar_type, path_type >
• ~ArtDisplayDevice() : ArtDisplayDevice
• ~atom() : atom
• ~atom_group() : atom_group
• ~AtomColor() : AtomColor
• ~AtomGrid() : AtomGrid
• ~AtomGridCell() : AtomGridCell
• ~AtomList() : AtomList
• ~atomparser_node() : atomparser_node
• ~AtomRep() : AtomRep
• ~AtomSel() : AtomSel
• ~AtomSelThr() : AtomSelThr
• ~Axes() : Axes
• ~BaseMolecule() : BaseMolecule
• ~Buttons() : Buttons
• ~cartesian() : colvar::cartesian
• ~CaveDisplayDevice() : CaveDisplayDevice
• ~CaveScene() : CaveScene
• ~CmdAnimWriteFile() : CmdAnimWriteFile
• ~CmdColorChange() : CmdColorChange
• ~CmdColorItem() : CmdColorItem
• ~CmdColorName() : CmdColorName
• ~CmdColorScaleMethod() : CmdColorScaleMethod
• ~CmdDisplayAxes() : CmdDisplayAxes
• ~CmdDisplayCacheMode() : CmdDisplayCacheMode
• ~CmdDisplayCueMode() : CmdDisplayCueMode
• ~CmdDisplayProj() : CmdDisplayProj
• ~CmdDisplayRenderMode() : CmdDisplayRenderMode
• ~CmdDisplayStageLocation() : CmdDisplayStageLocation
• ~CmdDisplayStereo() : CmdDisplayStereo
• ~CmdIMDConnect() : CmdIMDConnect
• ~CmdLabelAdd() : CmdLabelAdd
• ~CmdLabelTextFormat() : CmdLabelTextFormat
• ~CmdLabelTextOffset() : CmdLabelTextOffset
• ~CmdMaterialAdd() : CmdMaterialAdd
• ~CmdMaterialChange() : CmdMaterialChange
• ~CmdMaterialDelete() : CmdMaterialDelete
• ~CmdMaterialRename() : CmdMaterialRename
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