---

VMD (current) File Members

_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | y | z

Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- _ -

• __align : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C
• __declspec() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• __GLXextFuncPtr : ANARIRenderer.C
• __launch_bounds__() : CUDAQuickSurf.cu
• _to_str() : colvarmodule.C
• _to_str_vector() : colvarmodule.C
• _WIN32_WINNT : Win32OpenGLDisplayDevice.C

- a -

• aa_cb() : MainFltkMenu.C
• abAppend() : linenoise.c
• abFree() : linenoise.c
• abInit() : linenoise.c
• ABS : utilities.h
• access_tcl_atomsel() : TclCommands.C
• access_tcl_atomsel_obj() : TclCommands.C
• accessions_doc : py_molecule.C
• accumulate_color() : OptiXShaders.cu
• accumulation_buffer : OptiXShaders.cu
• acgridspacing : CUDAQuickSurf.cu
• acncells : CUDAQuickSurf.cu
• activate_doc : py_animate.C
• ACUTOFF : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• ADD : y.tab.h, AtomParser.C
• add() : Voltool.h, Voltool.C
• add_callback() : PythonTextInterp.C
• add_doc : py_menu.C, py_material.C
• add_link() : SpatialSearch.C
• add_rep_to_browser() : GraphicsFltkMenu.C
• add_volumetric_doc : py_molecule.C
• addangle_doc : py_topo.C
• addbond_doc : py_topo.C
• addData() : CUDAMeasureRDF.cu
• adddihed_doc : py_topo.C
• addimproper_doc : py_topo.C
• addmacro_doc : py_selection.C
• addrep_doc : py_molrep.C
• aexpfnx() : Orbital.C
• affinitize_threads() : VMDApp.C
• align_plane_with_axis() : MeasureSymmetry.C
• allmacro_doc : py_selection.C
• alloc_aligned_ptr() : Timestep.C
• ALLOC_ALIGNMASK : VMDDisplayList.C
• ALLOC_ALIGNMENT : VMDDisplayList.C
• alloc_cuda_array() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• alos() : hash.c
• alos_int() : inthash.c
• analyze_selection_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• analyze_selection_aligned_avx() : util_simd.C
• analyze_selection_aligned_avx2() : util_simd.C
• analyze_selection_aligned_dispatch() : utilities.h, util_simd.C
• AND : y.tab.h, AtomParser.C
• angle() : utilities.h, utilities.C
• angle_doc : py_topo.C, py_measure.C
• ANGLEGEOMCOL : GeometryList.C
• ANGMOM_X : QMTimestep.C
• ANGMOM_Y : QMTimestep.C
• ANGMOM_Z : QMTimestep.C
• ANGS_TO_BOHR : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, CUDAOrbital.cu
• animate_moddoc : py_animate.C
• animationDirName : Animation.h, Animation.C
• animationStyleName : Animation.h, Animation.C
• anterpolation() : msmpot_cubic.c
• any_hit_clip_sphere() : OptiXShaders.cu
• any_hit_opaque() : OptiXShaders.cu
• any_hit_transmission() : OptiXShaders.cu
• AO_off : OptiXShaders.cu
• AO_on : OptiXShaders.cu
• aoambient_cb() : DisplayFltkMenu.C
• aodirect_cb() : DisplayFltkMenu.C
• aomode_cb() : DisplayFltkMenu.C
• arcdistance() : utilities.h, utilities.C
• arm_sve_vecsize_32bits() : util_simd_SVE.C
• arm_sve_vecsize_64bits() : util_simd_SVE.C
• AS : y.tab.h, AtomParser.C
• as_constcharptr() : py_commands.h, py_commands.C
• as_int() : py_commands.h, py_commands.C
• as_pyint() : py_commands.h, py_commands.C
• as_pystring() : py_commands.h, py_commands.C
• assemble_cluster() : MeasureCluster.C
• ASSERT : msmpot_internal.h
• assign_atoms() : MeasureSymmetry.C
• assign_float_to_dest() : GaussianBlur.C
• AT_LEAST : TclGraphics.C
• atexit_registered : linenoise.c
• atom_bin_stats() : VolMapCreateILS.C
• atom_displ_from_mean_plane() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• ATOM_Q : msmpot_internal.h
• ATOM_SIZE : msmpot_internal.h
• ATOM_X : msmpot_internal.h
• ATOM_Y : msmpot_internal.h
• ATOM_Z : msmpot_internal.h
• AtomColorMenuName : AtomColor.h, AtomColor.C
• AtomColorName : AtomColor.h, AtomColor.C
• ATOMGEOMCOL : GeometryList.C
• ATOMHYDROGEN : Atom.h
• atominfo : CUDAVolCPotential.cu
• atomlist : SpatialSearch.C
• ATOMNORMAL : Atom.h
• ATOMNUCLEICBACK : Atom.h
• atomparser_node : AtomParser.h
• atomparser_result : AtomParser.h, AtomParser.C
• atomparser_string : AtomParser.h
• atomparser_stringtype : AtomParser.h
• atomparser_symbols : AtomParser.h, AtomLexer.C
• atomparser_yylookup() : AtomParser.h
• atomparser_yystring : AtomParser.h
• ATOMPROTEINBACK : Atom.h
• AtomRepInfo : AtomRep.h, AtomRep.C
• atoms : colvarscript_commands_colvar.h
• atomsel_all() : AtomSel.C
• atomsel_AsAtomSel() : py_commands.h, py_atomsel.C
• atomsel_backbonetype() : AtomSel.C
• atomsel_Check() : py_atomsel.C
• atomsel_custom_singleword() : AtomSel.h
• atomsel_dealloc() : py_atomsel.C
• atomsel_default_weights() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• Atomsel_Delete() : TclCommands.C
• atomsel_doc : py_atomsel.C
• atomsel_get() : py_atomsel.C
• atomsel_get_vel : AtomSel.C
• atomsel_getattro() : py_atomsel.C
• atomsel_getset : py_atomsel.C
• atomsel_gridindex0() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex1() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex2() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex3() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex4() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex5() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex6() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex7() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex_array() : AtomSel.C
• Atomsel_Init() : TclCommands.h, TclCommands.C
• atomsel_interp_volume0() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume1() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume2() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume3() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume4() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume5() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume6() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume7() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume_array() : AtomSel.C
• atomsel_iter() : py_atomsel.C
• atomsel_mapping : py_atomsel.C
• atomsel_name() : AtomSel.C
• atomsel_new() : py_atomsel.C
• atomsel_none() : AtomSel.C
• atomsel_repr() : py_atomsel.C
• atomsel_residuetype() : AtomSel.C
• atomsel_set() : TclCommands.C, py_atomsel.C
• ATOMSEL_SET_BAD_DATA : TclCommands.C
• ATOMSEL_SET_BADDATA2 : TclCommands.C
• atomsel_setattro() : py_atomsel.C
• atomsel_str() : py_atomsel.C
• atomsel_type() : AtomSel.C
• Atomsel_Type : py_commands.h, py_atomsel.C
• atomsel_volume0() : AtomSel.C
• atomsel_volume1() : AtomSel.C
• atomsel_volume2() : AtomSel.C
• atomsel_volume3() : AtomSel.C
• atomsel_volume4() : AtomSel.C
• atomsel_volume5() : AtomSel.C
• atomsel_volume6() : AtomSel.C
• atomsel_volume7() : AtomSel.C
• atomsel_volume_array() : AtomSel.C
• atomselect_doc : py_numeric.C
• atomselect_move() : TclCommands.C
• atomselect_moveby() : TclCommands.C
• atomselection_length() : py_atomsel.C
• atomselection_methods : py_atomsel.C
• atomselection_subscript() : py_atomsel.C
• atomSelParser_init() : AtomSel.h, AtomSel.C
• atypes_doc : py_topo.C
• autoupdate_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• autoupdate_doc : py_molrep.C
• average() : Voltool.h, Voltool.C
• axes_cb() : MainFltkMenu.C
• axes_moddoc : py_axes.C
• AXESCAPRAD : Axes.C
• axesloc : Axes.C
• AXESOCOL : Axes.C
• AXESRAD : Axes.C
• AXESRES : Axes.C
• AXESRODLEN : Axes.C
• AXESSPHRES : Axes.C
• AXESTCOL : Axes.C
• AXESTXTLEN : Axes.C
• AXESXCOL : Axes.C
• AXESYCOL : Axes.C
• AXESZCOL : Axes.C
• Axis : MeasureSymmetry.h

- b -

• backgroundmode_cb() : MainFltkMenu.C
• BACKSPACE : linenoise.c
• BASE_DISPLAYLIST_SIZE : VMDDisplayList.C
• basis_change() : MeasurePBC.C
• BDIMXY : msmpot_cuda_shortrng.cu
• BEGIN : AtomLexer.C
• beginCmdFile : vmd.C
• BEGMAP : Scene.h
• BEGREGCLRS : Scene.h
• behind_plane() : MeasureSymmetry.C
• BETASCALE : DrawMolItem.C
• bias : colvarscript_commands_bias.h
• bin() : colvarscript_commands_bias.h
• BIN_DEPTH : VolMapCreateILS.C, CUDAVolMapCreateILS.cu
• bin_evaluation() : msmpot_compute.c
• BIN_OVERFLOW_LIMIT : CUDAMeasureRDF.cu
• BIN_SHIFT : CUDAVolMapCreateILS.cu
• BIN_SIZE : VolMapCreateILS.C, CUDAVolMapCreateILS.cu
• BIN_SLOTSHIFT : CUDAVolMapCreateILS.cu
• BIN_SLOTSIZE : VolMapCreateILS.C, CUDAVolMapCreateILS.cu
• binomial() : QMData.C
• BLOCK_DIM_X : msmpot_cuda_shortrng.cu
• BLOCK_DIM_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• BLOCK_DIM_Z : msmpot_cuda_shortrng.cu
• block_sum_reduction() : CUDAMeasureQCP.cu
• BLOCK_X_DIM : CUDAWatershed.cu
• BLOCK_Y_DIM : CUDAWatershed.cu
• BLOCK_Z_DIM : CUDAWatershed.cu
• BLOCKDIM_X : CUDAGaussianBlur.cu
• BLOCKDIM_Y : CUDAGaussianBlur.cu
• BLOCKDIM_Z : CUDAGaussianBlur.cu
• BLOCKSIZE : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• BLOCKSIZEX : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu, CUDABench.cu
• BLOCKSIZEY : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• Bond : MeasureSymmetry.h
• bond_doc : py_topo.C, py_measure.C
• BONDGEOMCOL : GeometryList.C
• Bondlist : MeasureSymmetry.h
• bonds_doc : py_atomsel.C
• bondsearchthread() : BondSearch.C
• BONDSUMTOL : MeasureSymmetry.C
• BOOL : pcreinternal.h
• BRASTACK_SIZE : pcre.c
• breakup_filename() : utilities.h, utilities.C
• browserpopup_menu_behavior : MainFltkMenu.C
• BSHIFT : CUDAVolMapCreateILS.cu
• btypes_doc : py_topo.C
• build_set_values() : py_atomsel.C
• build_xyzr_from_coords() : CUDAMDFF.cu
• build_xyzr_from_sel() : CUDAMDFF.cu
• button_cb() : ToolFltkMenu.C
• BWITER : CUDABench.cu

- c -

• C1 : Orbital.C
• C2 : Orbital.C
• c_compiler_std() : c_compiler.h, c_compiler.c
• c_ddfunc : SymbolTable.h
• cacheNameStr : DisplayDevice.C
• calc_ac_cell_ids() : CUDAMDFF.cu
• calc_cc() : TclVoltool.C, CUDAMDFF.cu
• calc_densities() : CUDAMDFF.cu
• calc_density_bounds() : CUDAMDFF.cu
• calc_density_bounds_overlapping_map() : CUDAMDFF.cu
• calc_ffworld_normal() : OptiXShaders.cu
• calc_neighbors_kernel() : CUDAWatershed.cu
• calcGridPos() : CUDAMarchingCubes.cu
• calculate_angle() : Measure.h, Measure.C
• calculate_bond() : Measure.h, Measure.C
• calculate_dihed() : Measure.h, Measure.C
• calculate_histogram() : CUDAMeasureRDF.cu
• calculate_histogram_block() : CUDAMeasureRDF.cu
• CALCULATE_NEIGHBORS : Watershed.C
• CALCULATE_NEIGHBORS_CUDA : CUDAWatershed.cu
• calculate_rdf() : CUDAMeasureRDF.cu
• call_callbacks() : PythonTextInterp.C
• CallbackMethods : PythonTextInterp.C
• case_compare_numeric_macro : ParseTree.C
• case_compare_string_macro : ParseTree.C
• CAST_HACK : py_commands.h
• categories_doc : py_color.C
• cave_gl_init_fn() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• cave_renderer() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• cavedisplay : CaveRoutines.C
• CAVEMAGICINIT : CaveRoutines.C
• cavescene : CaveRoutines.C
• caveStereoNameStr : CaveDisplayDevice.C
• CAVEUSERWLOCK : CaveScene.C
• cb_cb() : MainFltkMenu.C
• cbdata : MainFltkMenu.C
• cbdict : PythonTextInterp.C
• cbit_digit : pcreinternal.h
• cbit_length : pcreinternal.h
• cbit_space : pcreinternal.h
• cbit_word : pcreinternal.h
• cbits_offset : pcreinternal.h
• cc : MDFF.C
• cc_sumreduction() : CUDAMDFF.cu
• cc_threaded() : MDFF.h, MDFF.C
• ccparms : MDFF.C
• cellStartEnd : CUDAQuickSurf.cu
• cenergy() : CUDAVolCPotential.cu
• center() : py_atomsel.C
• center_convert_single_soa() : MeasureQCP.C
• center_convert_soa() : MeasureQCP.C
• center_doc : py_trans.C, py_atomsel.C
• center_of_mass() : Measure.C
• centerperres_doc : py_atomsel.C
• centerperresidue() : py_atomsel.C
• cephesfastexpf() : Orbital.C
• CET_C2_data : ColorScaleTables.h
• CET_C4_data : ColorScaleTables.h
• CET_C6_data : ColorScaleTables.h
• CET_C7_data : ColorScaleTables.h
• CET_D11_data : ColorScaleTables.h
• CET_D12_data : ColorScaleTables.h
• CET_I1_data : ColorScaleTables.h
• CET_I2_data : ColorScaleTables.h
• CET_I3_data : ColorScaleTables.h
• CET_L16_data : ColorScaleTables.h
• CET_L17_data : ColorScaleTables.h
• CET_L18_data : ColorScaleTables.h
• CET_L19_data : ColorScaleTables.h
• CET_L20_data : ColorScaleTables.h
• CET_L3_data : ColorScaleTables.h
• CET_L8_data : ColorScaleTables.h
• CET_L9_data : ColorScaleTables.h
• CET_R2_data : ColorScaleTables.h
• change_doc : py_material.C
• changes_d : CUDAWatershed.cu
• CHARTCLASS : ColorFltkMenu.C
• CHDIR : colvarbias_meta.C
• check_canonical_form() : cmd_user.C
• check_escape() : pcre.c
• check_gpu_compute20() : CUDAMDFF.cu
• CHECK_MATCH : TclCommands.C
• check_mol() : Measure.h, Measure.C
• CHECK_RANGE : MoleculeGraphics.C
• CHECK_RENDER : cmd_render.C
• check_timesteps() : TclFastPBC.C
• checkfileextension() : SnapshotDisplayDevice.C, LibTachyonDisplayDevice.C, ImageIO.C
• cividis_data : ColorScaleTables.h
• CKACCUM : CUDAMDFF.cu
• clamp_color() : utilities.h
• clamp_int() : utilities.h
• classifyVoxel() : CUDAMarchingCubes.cu
• clear_accumulation_buffer() : OptiXShaders.cu
• clenergysrc : OpenCLVolCPotential.C
• CLERR : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• clip_ray_by_plane() : OptiXShaders.cu
• CLIP_VIEW_off : OptiXShaders.cu
• CLIP_VIEW_on : OptiXShaders.cu
• clorbitalsrc : OpenCLOrbital.C
• closest_hit_radiance_general() : OptiXShaders.cu
• cluster_get_fitrmsd() : MeasureCluster.C
• cluster_get_rgyrd() : MeasureCluster.C
• cluster_get_rmsd() : MeasureCluster.C
• cmd_animate_usage() : cmd_animate.C
• cmd_gettimestep() : tcl_commands.h, cmd_animate.C
• cmd_mol_list() : cmd_mol.C
• cmd_mol_usage() : cmd_mol.C
• cmd_profile_usage() : cmd_profile.C
• cmd_rawtimestep() : tcl_commands.h, cmd_animate.C
• cmd_vmdbench_usage() : cmd_vmdbench.C
• cmdFileUsesPython : vmd.C
• cmdList : ToolFltkMenu.C
• collinear() : VolMapCreateILS.C, MeasureSymmetry.C
• color_doc : py_molrep.C, py_graphics.C
• color_moddoc : py_color.C
• ColorMethods : py_color.C
• colorscale_auto_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• colorscale_minmax_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• colorScaleType : Scene.C
• colorupdate_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• colScaleMenuNames : Scene.C
• columns : GeometryFltkMenu.C
• colvar : colvarscript_commands_colvar.h
• colvar_obj() : colvarscript.h
• colvarbias_obj() : colvarscript.h
• COLVARPROXY_VERSION : colvarproxy_vmd_version.h
• colvarproxy_vmd_ptr : colvarproxy_vmd.C
• COLVARS_BUG_ERROR : colvarmodule.h
• COLVARS_DEBUG : colvarmodule.h
• COLVARS_ERROR : colvarmodule.h
• COLVARS_FILE_ERROR : colvarmodule.h
• COLVARS_INPUT_ERROR : colvarmodule.h
• COLVARS_MEMORY_ERROR : colvarmodule.h
• COLVARS_NO_SUCH_FRAME : colvarmodule.h
• COLVARS_NOT_IMPLEMENTED : colvarmodule.h
• COLVARS_OK : colvarscript_commands_colvar.h, colvarscript_commands_bias.h, colvarscript_commands.h, colvarmodule.h
• COLVARS_TCL : colvarproxy_tcl.h
• COLVARS_VERSION : colvars_version.h
• colvars_vmd_ptr : colvarproxy_vmd.C
• COLVARSCRIPT_COMMANDS_GLOBAL : colvarscript_commands.C
• COLVARSCRIPT_ERROR : colvarscript.h
• colvarscript_obj() : colvarscript.h
• COLVARSCRIPT_OK : colvarscript.h
• com_soa() : MeasureQCP.C
• combine_arguments() : utilities.h, utilities.C
• command : colvarscript_commands_bias.h
• commands : colvarscript_commands.h
• communicate_forces() : colvarscript_commands_colvar.h
• compactVoxels() : CUDAMarchingCubes.cu
• COMPARE : y.tab.h, AtomParser.C
• compare_atomic_basis() : QMData.C
• compare_plugin_name() : FileChooserFltkMenu.C
• compare_shells() : QMData.C
• compile_branch() : pcre.c
• compile_data : pcreinternal.h
• compile_regex() : pcre.c
• completeLine() : linenoise.c
• completionCallback : linenoise.c
• completionCallbackCtx : linenoise.c
• compoundmapper() : TclFastPBC.C
• compute_allatoms() : VolMapCreateILS.C
• compute_angle_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_bond_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_dihed_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_elect_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_imprp_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_norm2_stats() : colvarmodule_utils.h
• compute_occupancy_monoatom() : VolMapCreateILS.C
• compute_occupancy_multiatom() : VolMapCreateILS.C
• compute_pbcminmax() : MeasurePBC.C, Measure.h
• compute_vdw_energy() : Measure.h, Measure.C
• computefragcenters() : CUDAFastPBC.cu
• ComputeOccupancyMap : VolMapCreateILS.C
• ComputeOccupancyMap_calculate_slab() : VolMapCreateILS.C
• ComputeOccupancyMap_cleanup() : VolMapCreateILS.C
• ComputeOccupancyMap_setup() : VolMapCreateILS.C
• computepaddedsize() : OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• computeTriangleAreas() : CUDAMarchingCubes.cu
• cone_doc : py_graphics.C
• conf : colvarscript_commands.h
• connect_doc : py_imd.C
• connected_doc : py_imd.C
• const_atom_basis : CUDAOrbital.cu
• const_atompos : CUDAOrbital.cu
• const_basis_array : CUDAOrbital.cu
• const_binoffsets : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_bx_1 : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_by_1 : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_bz_1 : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_conformers : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_cutoff : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_excloffsets : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_extra : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_hx : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_hy : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_hz : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_inv_numconf : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_max_energy : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_min_excldist : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_min_occupancy : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_num_binoffsets : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_num_conformers : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_num_extras : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_num_prim_per_shell : CUDAOrbital.cu
• const_num_probes : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_num_shells_per_atom : CUDAOrbital.cu
• const_probevdwparms : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_shell_types : CUDAOrbital.cu
• const_vdwparms : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_wave_f : CUDAOrbital.cu
• const_x0 : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_y0 : CUDAVolMapCreateILS.cu
• const_z0 : CUDAVolMapCreateILS.cu
• constbuf : CUDAClearDevice.cu
• contacts() : py_atomsel.C
• contacts_doc : py_atomsel.C
• convert_bool() : py_commands.h, py_commands.C
• convert_color() : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMarchingCubes.cu
• convert_density() : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMDFF.cu
• convert_endpoints_to_matrix() : VrmlDisplayDevice.C
• convert_normal() : CUDAMarchingCubes.cu
• convert_type_and_assign_val() : CUDAGaussianBlur.cu
• convert_type_and_assign_val< float >() : CUDAGaussianBlur.cu
• convolution_x_kernel() : CUDAGaussianBlur.cu
• convolution_x_kernel_s() : CUDAGaussianBlur.cu
• convolution_y_kernel() : CUDAGaussianBlur.cu
• convolution_y_kernel_s() : CUDAGaussianBlur.cu
• convolution_z_kernel() : CUDAGaussianBlur.cu
• convolution_z_kernel_s() : CUDAGaussianBlur.cu
• copy_and_convert_kernel() : CUDASegmentation.cu
• copy_and_convert_type_cuda() : CUDASegmentation.h, CUDASegmentation.cu
• copy_array_from_gpu() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• copy_array_to_gpu() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• copy_atomic_basis() : QMData.C
• COPY_CONV_INST : CUDASegmentation.cu
• copy_doc : py_imd.C
• copy_shell_basis() : QMData.C
• copyatomstoconstbuf() : OpenCLVolCPotential.C, CUDAVolCPotential.cu
• copycoordstoconstbuff() : CUDAMeasureRDF.cu
• correction() : utilities.h, utilities.C
• correlationthread() : MDFF.C
• countIsoGrids() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• CPU_ARM64_AES : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_ASIMD : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_ASIMDDP : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_ASIMDFHM : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_ASIMDHP : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_ASIMDRDM : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_ATOMICS : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_CPUID : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_CRC32 : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_FP : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_HPFP : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_SHA1 : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_SHA2 : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_SHA3 : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_SHA512 : WKFThreads.h
• CPU_ARM64_SVE : WKFThreads.h
• CPU_AVX : WKFThreads.h
• CPU_AVX2 : WKFThreads.h
• CPU_AVX512CD : WKFThreads.h
• CPU_AVX512ER : WKFThreads.h
• CPU_AVX512F : WKFThreads.h
• CPU_AVX512PF : WKFThreads.h
• CPU_F16C : WKFThreads.h
• CPU_FMA : WKFThreads.h
• CPU_HT : WKFThreads.h
• CPU_HYPERVISOR : WKFThreads.h
• CPU_KNL : WKFThreads.h
• CPU_SMTDEPTH_UNKNOWN : WKFThreads.h
• CPU_SSE2 : WKFThreads.h
• CPU_SSE4_1 : WKFThreads.h
• CPU_UNKNOWN : WKFThreads.h
• create_Bspline_basis() : utilities.h
• create_modified_CR_spline_basis() : utilities.h
• CreateEmptyGrid() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• CreateProbGrid() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• createtool_cb() : ToolFltkMenu.C
• cremer_pople_params() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• cremer_pople_ring_color() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• cross_prod() : utilities.h, utilities.C
• CROSS_SCALE_FACTOR : DrawMolItem2.C
• CTRHEIGHT : GraphicsFltkReps.h
• CTRL_A : linenoise.c
• CTRL_B : linenoise.c
• CTRL_C : linenoise.c
• CTRL_D : linenoise.c
• CTRL_E : linenoise.c
• CTRL_F : linenoise.c
• CTRL_H : linenoise.c
• CTRL_K : linenoise.c
• CTRL_L : linenoise.c
• CTRL_N : linenoise.c
• CTRL_P : linenoise.c
• CTRL_T : linenoise.c
• CTRL_U : linenoise.c
• CTRL_W : linenoise.c
• CTRWIDTH : GraphicsFltkReps.h
• CTRWIDTHSM : GraphicsFltkReps.h
• ctype_digit : pcreinternal.h
• ctype_letter : pcreinternal.h
• ctype_meta : pcreinternal.h
• ctype_space : pcreinternal.h
• ctype_word : pcreinternal.h
• ctype_xdigit : pcreinternal.h
• ctypes_offset : pcreinternal.h
• cubic_interp() : Voltool.h
• cuda_find_energy_exclusions() : CUDAVolMapCreateILS.cu
• cuda_latcut() : msmpot_cuda_latcut.cu
• cuda_occupancy_monoatom() : CUDAVolMapCreateILS.cu
• cuda_occupancy_multiatom() : CUDAVolMapCreateILS.cu
• cuda_occupancy_thread() : CUDAVolMapCreateILS.cu
• cuda_shortrange() : msmpot_cuda_shortrng.cu
• cuda_shortrange_nonperiodic() : msmpot_cuda_shortrng.cu
• cudabusbw() : CUDABench.cu
• cudabusbwthread() : CUDABench.cu
• cudaenergythread() : CUDAVolCPotential.cu
• cudaglobmembw() : CUDABench.cu
• cudaglobmembwthread() : CUDABench.cu
• cudamaddgflops() : CUDABench.cu
• cudamaddthread() : CUDABench.cu
• CUDAMARCHINGCUBES_INTERNAL : CUDAMarchingCubes.cu
• cudaorbitalthread() : CUDAOrbital.cu
• cuedensity_cb() : DisplayFltkMenu.C
• cueend_cb() : DisplayFltkMenu.C
• cuemode_cb() : DisplayFltkMenu.C
• CUERR : msmpot_cuda.h, CUDAVolMapCreateILS.cu, CUDAVolCPotential.cu, CUDASpatialSearch.cu, CUDASort.cu, CUDASegmentation.cu, CUDAQuickSurf.cu, CUDAParPrefixOps.cu, CUDAOrbital.cu, CUDAMDFF.cu, CUDAGaussianBlur.cu, CUDAClearDevice.cu, CUDABench.cu
• cuestart_cb() : DisplayFltkMenu.C
• cuorbitalcachedglobmem() : CUDAOrbital.cu
• cuorbitalcachedglobmem_packed() : CUDAOrbital.cu
• cuorbitalcachedglobmem_packed_2x() : CUDAOrbital.cu
• cuorbitalcachedglobmem_packed_4x() : CUDAOrbital.cu
• cuorbitalcachedglobmem_packed_4x_3D() : CUDAOrbital.cu
• cuorbitalconstmem() : CUDAOrbital.cu
• cuorbitaltiledshared() : CUDAOrbital.cu
• cupdate_doc : py_molrep.C
• curframe_cb() : MainFltkMenu.C
• CURRENTAPIVERSION : MobileInterface.C
• currentColor : R3dDisplayDevice.C
• cursorBG : OpenGLDisplayDevice.C
• cursorFG : OpenGLDisplayDevice.C
• customArgv : vmd.C
• cvm : colvarmodule.h
• CVSCRIPT : colvarscript_commands_colvar.h, colvarscript_commands_bias.h, colvarscript_commands.h, colvarscript_commands_colvar.C, colvarscript_commands_bias.C, colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C, colvarscript.h, colvarscript.C
• CVSCRIPT_COMM_FN : colvarscript_commands_colvar.C, colvarscript_commands_bias.C, colvarscript_commands.C
• CVSCRIPT_COMM_FNAME : colvarscript_commands.h
• CVSCRIPT_COMM_INIT : colvarscript.C
• CVSCRIPT_COMM_PROTO : colvarscript_commands.h
• cvscript_command_arghelp() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvscript_command_full_help() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvscript_command_help() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvscript_command_n_args_max() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvscript_command_n_args_min() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvscript_command_names() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvscript_command_rethelp() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• CVSCRIPT_ENUM_COMM : colvarscript.h
• cvscript_n_commands() : colvarscript_commands.h, colvarscript_commands.C
• cvt_rgb4f_rgb3u() : ImageIO.h, ImageIO.C
• cvt_rgb4u_rgb3u() : ImageIO.h, ImageIO.C
• cvt_rgba4f_rgba4u() : ImageIO.C
• cylinder_array_bounds() : OptiXShaders.cu
• cylinder_array_color_bounds() : OptiXShaders.cu
• cylinder_array_color_intersect() : OptiXShaders.cu
• cylinder_array_intersect() : OptiXShaders.cu
• cylinder_buffer : OptiXShaders.cu
• cylinder_color_buffer : OptiXShaders.cu
• cylinder_doc : py_graphics.C
• cylinder_full() : OpenGLRenderer.C
• CYLINDER_LEADINGCAP : DispCmds.h
• CYLINDER_TRAILINGCAP : DispCmds.h

- d -

• D_SHELL : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• DASH_LENGTH : X3DDisplayDevice.C, WavefrontDisplayDevice.C, VrmlDisplayDevice.C, Vrml2DisplayDevice.C, TachyonDisplayDevice.C, RenderManDisplayDevice.C, RayShadeDisplayDevice.C, RadianceDisplayDevice.C, R3dDisplayDevice.C, POV3DisplayDevice.C, MayaDisplayDevice.C, LibTachyonDisplayDevice.C, GelatoDisplayDevice.C, ArtDisplayDevice.C
• DASHEDLINE : DispCmds.h
• data : AtomSel.C
• databases_doc : py_molecule.C
• datatype : CUDABench.cu
• DBEGINREPGEOMGROUP : DispCmds.h
• DBG : OSPRayRenderer.C, OSPRay2Renderer.C, NVENCMgr.C, ANARIRenderer.C
• DCLIPPLANE : DispCmds.h
• DCOLORINDEX : DispCmds.h
• DCOMMENT : DispCmds.h
• DCONE : DispCmds.h
• DCUBEARRAY : DispCmds.h
• DCYLINDER : DispCmds.h
• def_adv_light_pos : Scene.C
• DEF_BOND_RES : AtomRep.C
• DEF_CART_RES : AtomRep.C
• DEF_LIC_RES : AtomRep.C
• def_light_color : Scene.C
• def_light_on : Scene.C
• def_light_pos : Scene.C
• DEF_LINE_RES : AtomRep.C
• DEF_PBUFFER_XRES : OpenGLPbufferDisplayDevice.C
• DEF_PBUFFER_YRES : OpenGLPbufferDisplayDevice.C
• DEF_POINT_SIZE : AtomRep.C
• DEF_SNAPSHOT_FILENAME : SnapshotDisplayDevice.C
• DEF_SPH_RES : AtomRep.C
• DEFAULT_ATOMCOLOR : AtomColor.h
• DEFAULT_ATOMREP : AtomRep.h
• DEFAULT_ATOMSEL : VMDApp.C, MoleculeList.C
• DEFAULT_BIN_LENGTH : VolMapCreateILS.C
• DEFAULT_BINDEPTH : msmpot_internal.h
• DEFAULT_BINFILL : msmpot_internal.h
• DEFAULT_BINLENMAX : msmpot_internal.h
• DEFAULT_CUTOFF : msmpot_internal.h
• DEFAULT_DENSITY : msmpot_internal.h
• default_doc : py_material.C
• DEFAULT_ERRTOL : msmpot_internal.h
• DEFAULT_EXCL_DIST : VolMapCreateILS.C, CUDAVolMapCreateILS.cu
• DEFAULT_EXCL_ENERGY : VolMapCreateILS.C
• DEFAULT_HMIN : msmpot_internal.h
• DEFAULT_INTERP : msmpot_internal.h
• DEFAULT_OVER : msmpot_internal.h
• DEFAULT_RADIUS : X3DDisplayDevice.C, VrmlDisplayDevice.C, Vrml2DisplayDevice.C, TachyonDisplayDevice.C, RenderManDisplayDevice.C, RayShadeDisplayDevice.C, RadianceDisplayDevice.C, R3dDisplayDevice.C, POV3DisplayDevice.C, OSPRayDisplayDevice.C, OSPRay2DisplayDevice.C, OptiXDisplayDevice.C, LibTachyonDisplayDevice.C, LibGelatoDisplayDevice.C, GelatoDisplayDevice.C, ArtDisplayDevice.C, ANARIDisplayDevice.C
• DEFAULT_SPLIT : msmpot_internal.h
• defColorNames : Scene.C
• DEFINE_CLOSEST_HIT : OptiXShaders.cu
• defOpaque : MaterialList.C
• defScales : Scene.C
• defTransp : MaterialList.C
• DEGTORAD : utilities.h
• del_all_angle_doc : py_topo.C
• del_all_bond_doc : py_topo.C
• del_all_dihed_doc : py_topo.C
• del_all_improper_doc : py_topo.C
• del_callback() : PythonTextInterp.C
• del_doc : py_material.C
• del_volumetric_doc : py_molecule.C
• delangle_doc : py_topo.C
• delbond_doc : py_topo.C
• deldihed_doc : py_topo.C
• delete_doc : py_graphics.C
• deletetool_cb() : ToolFltkMenu.C
• delframe_doc : py_molecule.C
• delimproper_doc : py_topo.C
• delmacro_doc : py_selection.C
• delrep_doc : py_molrep.C
• density_add() : TclVoltool.C
• density_average() : TclVoltool.C
• density_binmask() : TclVoltool.C
• density_calc_cc() : TclVoltool.C
• density_clamp() : TclVoltool.C
• density_com() : TclVoltool.C
• density_correlate() : TclVoltool.C
• density_crop() : TclVoltool.C
• density_downsample() : TclVoltool.C
• density_histogram() : TclVoltool.C
• density_info() : TclVoltool.C
• density_mdff_potential() : TclVoltool.C
• density_move() : TclVoltool.C
• density_moveto() : TclVoltool.C
• density_multiply() : TclVoltool.C
• density_range() : TclVoltool.C
• density_rotate() : TclVoltool.C
• density_sadd() : TclVoltool.C
• density_save() : TclVoltool.C
• density_sigma() : TclVoltool.C
• density_smooth() : TclVoltool.C
• density_smult() : TclVoltool.C
• density_subtract() : TclVoltool.C
• density_supersample() : TclVoltool.C
• density_trim() : TclVoltool.C
• densitygrid : CUDAQuickSurf.cu
• densitythread() : QuickSurf.C
• depthcue_cb() : MainFltkMenu.C
• destroy_gpu() : CUDAWatershed.h, CUDAWatershed.cu
• detach_doc : py_imd.C
• dev_excl_scan_sum() : CUDAParPrefixOps.h, CUDAParPrefixOps.cu
• dev_excl_scan_sum_tmpsz() : CUDAParPrefixOps.h, CUDAParPrefixOps.cu
• dev_incl_scan_sum() : CUDAParPrefixOps.h, CUDAParPrefixOps.cu
• dev_incl_scan_sum< float >() : CUDAParPrefixOps.cu
• dev_incl_scan_sum_tmpsz() : CUDAParPrefixOps.h, CUDAParPrefixOps.cu
• dev_radix_sort_by_key() : CUDASort.h, CUDASort.cu
• dev_radix_sort_by_key_tmpsz() : CUDASort.h, CUDASort.cu
• diagonalize_matrix() : colvartypes.C
• DIAM_STENCIL : msmpot_cubic.c
• dict2geom() : py_label.C
• dihed_doc : py_topo.C, py_measure.C
• dihedral() : utilities.h, utilities.C
• DIHEDRALPLANE : MeasureSymmetry.C
• DIHEGEOMCOL : GeometryList.C
• dimensionality : colvarscript_commands_colvar.h
• disableRawMode() : linenoise.h, linenoise.c
• DISP_LIGHTS : Scene.h
• disp_moddoc : py_display.C
• DISPLAY_CAVE : vmd.C
• DISPLAY_CAVEFORMS : vmd.C
• DISPLAY_FREEVR : vmd.C
• DISPLAY_FREEVRFORMS : vmd.C
• DISPLAY_OGLPBUFFER : vmd.C
• DISPLAY_TEXT : vmd.C
• DISPLAY_USES_CAVE : vmd.C
• DISPLAY_USES_FREEVR : vmd.C
• DISPLAY_USES_GUI : vmd.C
• DISPLAY_USES_WINDOW : vmd.C
• DISPLAY_WIN : vmd.C
• DISPLAY_WINOGL : vmd.C
• displayDist : vmd.C
• displayHeight : vmd.C
• displayLoc : vmd.C
• DisplayMethods : py_display.C
• displaySize : vmd.C
• displayTypeNames : vmd.C
• DisplayTypes : vmd.C
• DispMenu : MainFltkMenu.C
• distance() : utilities.h, utilities.C
• distance2() : utilities.h
• DIV : y.tab.h, AtomParser.C
• DIV_BY_32 : CUDAWatershed.cu
• DLASTCOMMAND : DispCmds.h
• DLINE : DispCmds.h
• DLINEARRAY : DispCmds.h
• DLINESTYLE : DispCmds.h
• DLINEWIDTH : DispCmds.h
• DLITPOINTARRAY : DispCmds.h
• DM_ANTIALIASING : MainFltkMenu.C
• DM_AXES : MainFltkMenu.C
• DM_BACKGROUND : MainFltkMenu.C
• DM_DEPTHCUEING : MainFltkMenu.C
• DM_DISPSETTINGS : MainFltkMenu.C
• DM_FPS : MainFltkMenu.C
• DM_LASTMENUITEM : MainFltkMenu.C
• DM_LIGHT0 : MainFltkMenu.C
• DM_LIGHT1 : MainFltkMenu.C
• DM_LIGHT2 : MainFltkMenu.C
• DM_LIGHT3 : MainFltkMenu.C
• DM_ORTHOGRAPHIC : MainFltkMenu.C
• DM_PERSPECTIVE : MainFltkMenu.C
• DM_RENDERMODE : MainFltkMenu.C
• DM_RESETVIEW : MainFltkMenu.C
• DM_STAGE : MainFltkMenu.C
• DM_STEREO : MainFltkMenu.C
• DM_STEREOEYESWAP : MainFltkMenu.C
• DM_STOPROTATION : MainFltkMenu.C
• DMABUFPADSIZE : OpenCLVolCPotential.C, CUDAVolCPotential.cu
• DMATERIALOFF : DispCmds.h
• DMATERIALON : DispCmds.h
• dnorm() : DrawMolecule.C
• do_density_rotate() : TclVoltool.C
• DO_ONE_PLANE : CUDAVolMapCreateILS.cu
• do_rotate() : TclVoltool.C
• DODECAHEDRON : MeasureSymmetry.C
• dodecahedron() : VolMapCreateILS.C
• dof_ray() : OptiXShaders.cu
• doffnumber_cb() : DisplayFltkMenu.C
• doffocaldist_cb() : DisplayFltkMenu.C
• dofmode_cb() : DisplayFltkMenu.C
• dot() : CUDAMarchingCubes.cu
• dot_prod() : utilities.h
• DOUBLE_VSUB : TclVolMap.C
• doublefac() : QMData.C
• DPICKPOINT_ARRAY : DispCmds.h
• DPOINT : DispCmds.h
• DPOINTARRAY : DispCmds.h
• DPOLYLINEARRAY : DispCmds.h
• DPRINTF : pcre.c
• DQ_STRING : AtomParser.h
• draw_accumulation_buffer() : OptiXShaders.cu
• draw_accumulation_buffer_stub() : OptiXShaders.cu
• DRAW_FORCE_SCALE : DrawForce.C
• draw_letter_D() : VMDTitle.C
• draw_letter_M() : VMDTitle.C
• draw_letter_V() : VMDTitle.C
• draw_outsides() : VMDTitle.C
• draw_stroke() : VMDTitle.C
• DSHIFT : msmpot_cuda_shortrng.cu
• DSPHERE : DispCmds.h
• DSPHEREARRAY : DispCmds.h
• DSPHERERES : DispCmds.h
• DSPHERETYPE : DispCmds.h
• DSQUARE : DispCmds.h
• dstream_add() : Benchmark.C
• dstream_copy() : Benchmark.C
• dstream_init() : Benchmark.C
• dstream_scale() : Benchmark.C
• dstream_triad() : Benchmark.C
• DTEXT : DispCmds.h
• DTOEYE : DisplayDevice.C
• DTOPOINT : DisplayDevice.C
• DTRIANGLE : DispCmds.h
• DTRIMESH_C3F_N3F_V3F : DispCmds.h
• DTRIMESH_C4F_N3F_V3F : DispCmds.h
• DTRIMESH_C4U_N3B_V3F : DispCmds.h
• DTRIMESH_C4U_N3F_V3F : DispCmds.h
• DTRISTRIP : DispCmds.h
• dtypes_doc : py_topo.C
• dupframe_doc : py_molecule.C
• DVOLSLICE : DispCmds.h
• DVOLTEXOFF : DispCmds.h
• DVOLTEXON : DispCmds.h
• DVOLUMETEXTURE : DispCmds.h
• DWIREMESH : DispCmds.h

- e -

• e_pdb_beta : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_field : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_none : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_ntot : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_occ : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_x : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_y : colvarproxy_vmd.C
• e_pdb_z : colvarproxy_vmd.C
• ECHO : AtomLexer.C
• eighthtone : OpenGLStipples.h
• ElementSummary : MeasureSymmetry.h
• EMPTY_QUEUE : DrawMolItem2.C
• enableRawMode() : linenoise.h, linenoise.c
• ends() : Inform.h, Inform.C
• energythread() : VolCPotential.C
• ENTER : linenoise.c
• EOB_ACT_CONTINUE_SCAN : AtomLexer.C
• EOB_ACT_END_OF_FILE : AtomLexer.C
• EOB_ACT_LAST_MATCH : AtomLexer.C
• eofexit : vmd.C
• EQ : y.tab.h, AtomParser.C
• ERR1 : pcreinternal.h
• ERR10 : pcreinternal.h
• ERR11 : pcreinternal.h
• ERR12 : pcreinternal.h
• ERR13 : pcreinternal.h
• ERR14 : pcreinternal.h
• ERR15 : pcreinternal.h
• ERR16 : pcreinternal.h
• ERR17 : pcreinternal.h
• ERR18 : pcreinternal.h
• ERR19 : pcreinternal.h
• ERR2 : pcreinternal.h
• ERR20 : pcreinternal.h
• ERR21 : pcreinternal.h
• ERR22 : pcreinternal.h
• ERR23 : pcreinternal.h
• ERR24 : pcreinternal.h
• ERR25 : pcreinternal.h
• ERR26 : pcreinternal.h
• ERR27 : pcreinternal.h
• ERR28 : pcreinternal.h
• ERR3 : pcreinternal.h
• ERR4 : pcreinternal.h
• ERR5 : pcreinternal.h
• ERR6 : pcreinternal.h
• ERR7 : pcreinternal.h
• ERR8 : pcreinternal.h
• ERR9 : pcreinternal.h
• ERRMSG : msmpot_internal.h
• ERROR : msmpot_internal.h
• ERROR_STRING : msmpot.c
• ESC : linenoise.c
• ESC_A : pcreinternal.h
• ESC_B : pcreinternal.h
• ESC_b : pcreinternal.h
• ESC_D : pcreinternal.h
• ESC_d : pcreinternal.h
• ESC_REF : pcreinternal.h
• ESC_s : pcreinternal.h
• ESC_S : pcreinternal.h
• ESC_W : pcreinternal.h
• ESC_w : pcreinternal.h
• ESC_z : pcreinternal.h
• ESC_Z : pcreinternal.h
• escape_fltk_menustring() : VMDFltkMenu.h, VMDFltkMenu.C
• escapes : pcre.c
• evaltcl_doc : py_vmd.C
• evaluate_grid() : Orbital.h, Orbital.C
• evaluate_grid_avx2() : Orbital.C
• evaluate_grid_avx512er() : Orbital.C
• evaluate_grid_avx512f() : Orbital.C
• evaluate_grid_fast() : Orbital.h, Orbital.C
• evaluate_grid_neon() : Orbital.C
• evaluate_grid_sve() : Orbital_SVE.C, Orbital.C
• EVENT_COMMAND : MobileInterface.C
• EVENT_NON_TOUCH : MobileInterface.C
• EVENT_TOUCH_DOWN : MobileInterface.C
• EVENT_TOUCH_MOVE : MobileInterface.C
• EVENT_TOUCH_SOMEDOWN : MobileInterface.C
• EVENT_TOUCH_SOMEUP : MobileInterface.C
• EVENT_TOUCH_UP : MobileInterface.C
• event_tstate : py_vmd.C
• exception() : OptiXShaders.cu
• exit_doc : py_vmd.C
• EXP : y.tab.h, AtomParser.C
• EXPOBIAS : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• EXPOSHIFT : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• EXT_MENU_NAME : MainFltkMenu.C
• EXTERIORVOXEL : MeasureVolInterior.h
• EXTRACLRS : Scene.h
• EXTRACT_MAX : pcreinternal.h
• EXWITHIN : y.tab.h, AtomParser.C
• eyesep_cb() : DisplayFltkMenu.C

- f -

• F_SHELL : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• fac() : QMData.C, MeasureSymmetry.C
• FALSE : utilities.h, pcreinternal.h
• farclip_cb() : DisplayFltkMenu.C
• FastCalcRMSDAndRotation() : MeasureQCP.C, Measure.h
• FASTONESIDEDSPHERES : vmdsphere.frag
• fcc_offset : pcreinternal.h
• feature : colvarscript_commands_bias.h
• feature_count_ : colvarmodule_refs.h
• feature_paper_map_ : colvarmodule_refs.h
• file_menu_behavior : MainFltkMenu.C
• filenames_doc : py_molecule.C
• FILERENDERER_NOCLIP : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOCUEING : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOGEOM : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOMISCFEATURE : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOTEXT : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOTEXTURE : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOWARNINGS : FileRenderer.h
• filetypes_doc : py_molecule.C
• fill_atom_bins() : VolMapCreateILS.C
• fill_fltk_molchooser() : VMDFltkMenu.h, VMDFltkMenu.C
• fill_header() : VideoStream.C, imd.C
• fill_header_uievent() : VideoStream.C
• find_atom_from_name() : cmd_label.C
• find_cluster_thr() : MeasureCluster.C
• find_distance_exclusions() : VolMapCreateILS.C
• find_ellipse_coords() : VMDTitle.C
• find_energy_exclusions() : VolMapCreateILS.C
• find_first_selection_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• find_firstchar() : pcre.c
• find_fixedlength() : pcre.c
• find_groups_max_idx_cuda() : CUDASegmentation.h, CUDASegmentation.cu
• find_last_selection_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• find_max_values() : CUDASegmentation.cu
• find_max_values_shm() : CUDASegmentation.cu
• find_max_values_shm_2xl() : CUDASegmentation.cu
• find_max_values_shm_4xl() : CUDASegmentation.cu
• find_max_values_warpred() : CUDASegmentation.cu
• find_menu_from_string() : VMDFltkMenu.C
• find_minmax() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_minmax_all() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_minmax_selected() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_molecule() : TclCommands.C
• find_name_string_from_menuname() : GraphicsFltkMenu.C
• find_next_cluster() : MeasureCluster.C
• FIND_STEEPEST : ScaleSpaceFilter.C
• find_within() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_within_routine() : SpatialSearch.C
• finifunc : PluginMgr.C
• fio_fd : CUDAMeasureQCP.cu
• first_significant_code() : pcre.c
• fit() : TclVoltool.C
• fit_doc : py_atomsel.C
• fix_pbc_n_sqr() : Measure.C
• fixed_doc : py_trans.C
• FLEX_SCANNER : AtomLexer.C
• flint : VolMapCreateILS.C, QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolMapCreateILS.cu, CUDAOrbital.cu
• FLOATVAL : y.tab.h, AtomParser.C
• FLOPSPERATOMEVAL : VolCPotential.C, OpenCLVolCPotential.C, CUDAVolCPotential.cu
• FLOPSPERFMADD16 : CUDABench.cu
• FLOPSPERLOOP : CUDABench.cu
• fltk_rint() : GeometryFltkMenu.C
• FMADD16 : CUDABench.cu
• FMADD16COUNT : CUDABench.cu
• fmaf3() : CUDAMarchingCubes.cu
• focal_cb() : DisplayFltkMenu.C
• fog_color() : OptiXShaders.cu
• fog_coord() : OptiXShaders.cu
• FOG_off : OptiXShaders.cu
• FOG_on : OptiXShaders.cu
• force : colvarscript_commands_colvar.h
• force_cb() : ToolFltkMenu.C
• FORCE_SCALE : PickModeForce.C
• forceconstant_cb() : ToolFltkMenu.C
• forcescale_cb() : ToolFltkMenu.C
• forward_cb() : MainFltkMenu.C
• forward_doc : py_animate.C
• fpbc_exec_join() : FastPBC.h, FastPBC.C, CUDAFastPBC.cu
• fpbc_exec_join_cpu() : FastPBC.h, FastPBC.C
• fpbc_exec_recenter() : FastPBC.h, FastPBC.C, CUDAFastPBC.cu
• fpbc_exec_recenter_cpu() : FastPBC.h, FastPBC.C
• fpbc_exec_unwrap() : FastPBC.h, FastPBC.C, CUDAFastPBC.cu
• fpbc_exec_unwrap_cpu() : FastPBC.h, FastPBC.C
• fpbc_exec_wrapatomic() : FastPBC.h, FastPBC.C, CUDAFastPBC.cu
• fpbc_exec_wrapatomic_cpu() : FastPBC.h, FastPBC.C
• fpbc_exec_wrapcompound() : FastPBC.h, FastPBC.C, CUDAFastPBC.cu
• fpbc_exec_wrapcompound_cpu() : FastPBC.h, FastPBC.C
• fpbc_join() : TclFastPBC.C
• fpbc_recenter() : TclFastPBC.C
• fpbc_unwrap() : TclFastPBC.C
• fpbc_wrap() : TclFastPBC.C
• fps_cb() : MainFltkMenu.C
• fragment_data : AtomSel.C
• fragmentperatom() : CUDAFastPBC.cu
• fragwscale() : CUDAFastPBC.cu
• frame_delete_selector() : frame_selector.h, frame_selector.C
• frame_doc : py_atomsel.C
• frame_selector() : frame_selector.h, frame_selector.C
• framebuffer : OptiXShaders.cu
• free_cuda_array() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• free_gpu_temp_storage() : CUDASegmentation.h, CUDASegmentation.cu
• free_to_CAVE_memory() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• free_to_FreeVR_memory() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• freeCompletions() : linenoise.c
• freeHintsCallback : linenoise.c
• freeHintsCallbackCtx : linenoise.c
• freeHistory() : linenoise.c
• freevr_gl_init_fn() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• freevr_renderer() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• freevrdisplay : FreeVRRoutines.C
• freevrscene : FreeVRRoutines.C
• freevrStereoNameStr : FreeVRDisplayDevice.C
• FREEVRUSERWLOCK : FreeVRScene.C
• FROM : y.tab.h, AtomParser.C
• FS_ERROR : vmdfsinfo.c
• FS_IS_LOCAL : vmdfsinfo.c
• FS_IS_REMOTE : vmdfsinfo.c
• FS_IS_UNKNOWN : vmdfsinfo.c
• fstream_add() : Benchmark.C
• fstream_copy() : Benchmark.C
• fstream_init() : Benchmark.C
• fstream_scale() : Benchmark.C
• fstream_triad() : Benchmark.C
• FTP_FAILURE : Win32ftp.h
• FTP_SUCCESS : Win32ftp.h
• fullcirclearc() : GelatoDisplayDevice.C
• FUNC : y.tab.h, AtomParser.C

- g -

• G_SHELL : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• gaussdensity_cc() : CUDAMDFF.cu
• gaussdensity_diff() : CUDAMDFF.cu
• gaussdensity_fast() : CUDAMDFF.cu
• gaussdensity_sumabsdiff() : CUDAMDFF.cu
• gaussian1D_x_cuda() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• gaussian1D_y_cuda() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• gaussian1D_z_cuda() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• gaussian3D_cuda() : CUDAGaussianBlur.h
• GaussianBlur< float > : GaussianBlur.C
• GaussianBlur< unsigned char > : GaussianBlur.C
• GaussianBlur< unsigned short > : GaussianBlur.C
• gausslim_quality() : CUDAMDFF.cu
• GBLOCKSZX : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMDFF.cu
• GBLOCKSZY : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMDFF.cu
• GBLOCKSZZ : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMDFF.cu
• gcd() : msmpot_setup.c
• GE : y.tab.h, AtomParser.C
• generateTriangleColorNormal() : CUDAMarchingCubes.cu
• generateTriangleNormals() : CUDAMarchingCubes.cu
• generateTriangleVerticesSMEM() : CUDAMarchingCubes.cu
• generic_atom_boolean : AtomSel.C
• generic_atom_data : AtomSel.C
• generic_get_names() : P_UIVR.C
• generic_molinfo_data : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_pbc : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_pbc_set : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qm : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qm_arr : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qm_mat : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qm_string : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qmts_arr : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qmts_int : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_qmts_mat : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_set_data : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_simulation : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_simulation_set : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_wave_int : TclMolInfo.C
• generic_set_atom_data : AtomSel.C
• generic_set_sstruct_boolean : AtomSel.C
• generic_sstruct_boolean : AtomSel.C
• generic_tri_bounds() : OptiXShaders.cu
• geom2dict() : py_label.C
• GeomListPtr : GeometryList.h
• get_attribute_index() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• get_colorlist_doc : py_color.C
• get_colormap_doc : py_color.C
• get_colors_doc : py_color.C
• get_colvarscript_result() : colvarscript.h, colvarscript.C
• get_doc : py_display.C, py_atomsel.C
• get_force_norm2() : colvarmodule_utils.h
• get_frame_doc : py_molecule.C
• get_intersection_color() : OptiXShaders.cu
• get_intersection_normal() : OptiXShaders.cu
• get_molecule() : py_atomsel.C
• get_nearby_atom() : SpringTool.C
• get_overlap_matrix() : QMData.C
• get_periodic_doc : py_molecule.C
• get_pte_idx() : PeriodicTable.C
• get_pte_idx_from_string() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_pte_label() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_pte_mass() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_pte_vdw_radius() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_scale_doc : py_molrep.C
• get_smooth_doc : py_molrep.C
• get_tachyon_run_string() : TachyonDisplayDevice.C
• get_temporary_filename() : Stride.C
• get_top_doc : py_molecule.C
• get_transform_to_orthonormal_cell() : MeasurePBC.C, Measure.h
• get_verbose_flag() : OptiXRenderer.C
• get_visible_doc : py_molecule.C
• get_vmdapp() : py_commands.h, py_commands.C
• get_volumetric_doc : py_molecule.C
• get_weights_from_attribute() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• get_weights_from_tcl_list() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• getbonds() : py_atomsel.C
• getColumns() : linenoise.c
• getCursorPosition() : linenoise.c
• GETCWD : colvarbias_meta.C
• getfloat32() : MobileInterface.C
• getframe() : py_atomsel.C
• getint32() : MobileInterface.C
• getloc_doc : py_axes.C
• getmacro_doc : py_selection.C
• getmolid() : py_atomsel.C
• getOrderedInt() : CUDASegmentation.cu
• getOrderedInt< float >() : CUDASegmentation.cu
• getOrderedIntHost() : CUDASegmentation.cu
• getOrderedIntHost< float >() : CUDASegmentation.cu
• getvalues() : py_label.C
• GGRIDSZ : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMDFF.cu
• GIGABYTE : CUDAWatershed.cu
• GL_GLEXT_PROTOTYPES : OpenGLRenderer.h, OpenGLExtensions.h, glwin.c
• GLAPI : OpenGLExtensions.h
• GLATTACHOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLCACHE_FAIL : OpenGLCache.h
• glCacheNameStr : Win32OpenGLDisplayDevice.C, SDLOpenGLDisplayDevice.C, OpenGLPbufferDisplayDevice.C, OpenGLDisplayDevice.C, FltkOpenGLDisplayDevice.C
• GLCOMPILESHADERARB : OpenGLExtensions.h
• GLCREATEPROGRAMOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLCREATESHADEROBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLDELETEOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLDETACHOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLGETINFOLOGARB : OpenGLExtensions.h
• GLGETOBJECTPARAMETERIVARB : OpenGLExtensions.h
• GLGETUNIFORMLOCATIONARB : OpenGLExtensions.h
• GLLINKPROGRAMARB : OpenGLExtensions.h
• GLLOCKARRAYSEXT : OpenGLExtensions.h
• GLMULTIDRAWELEMENTSEXT : OpenGLExtensions.h
• glob_block_count : CUDAMeasureQCP.cu
• GLOOPS : CUDABench.cu
• GLPOINTPARAMETERFARB : OpenGLExtensions.h
• GLPOINTPARAMETERFVARB : OpenGLExtensions.h
• glPopMatrix() : OpenGLRenderer.C
• glRenderNameStr : Win32OpenGLDisplayDevice.C, SDLOpenGLDisplayDevice.C, OpenGLPbufferDisplayDevice.C, OpenGLDisplayDevice.C, FltkOpenGLDisplayDevice.C
• GLSHADERSOURCEARB : OpenGLExtensions.h
• glStereoNameStr : Win32OpenGLDisplayDevice.C, SDLOpenGLDisplayDevice.C, OpenGLPbufferDisplayDevice.C, OpenGLDisplayDevice.C, FltkOpenGLDisplayDevice.C
• GLTEXIMAGE3D : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM1FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM1IARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM2FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM3FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM4FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNLOCKARRAYSEXT : OpenGLExtensions.h
• GLUSEPROGRAMOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• glwin_alloc_init() : glwin.c
• glwin_compile_hmd_shaders() : glwin.c
• glwin_compile_shaders() : glwin.c
• glwin_create() : glwin.h, glwin.c
• glwin_destroy() : glwin.h, glwin.c
• glwin_destroy_shaders() : glwin.c
• glwin_draw_image() : glwin.h, glwin.c
• glwin_draw_image_rgb3u() : glwin.h, glwin.c
• glwin_draw_image_tex_rgb3u() : glwin.h, glwin.c
• glwin_draw_sphere_tex() : glwin.h, glwin.c
• GLWIN_ERROR : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_DELETE : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_DOWN : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_END : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_ESC : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F1 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F10 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F11 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F12 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F2 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F3 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F4 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F5 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F6 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F7 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F8 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_F9 : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_HOME : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_INSERT : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_LEFT : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_PAGE_DOWN : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_PAGE_UP : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_RIGHT : glwin.h
• GLWIN_EV_KBD_UP : glwin.h
• GLWIN_EV_MOUSE_LEFT : glwin.h
• GLWIN_EV_MOUSE_MIDDLE : glwin.h
• GLWIN_EV_MOUSE_MOVE : glwin.h
• GLWIN_EV_MOUSE_RIGHT : glwin.h
• GLWIN_EV_MOUSE_WHEELDOWN : glwin.h
• GLWIN_EV_MOUSE_WHEELUP : glwin.h
• GLWIN_EV_NONE : glwin.h
• GLWIN_EV_POLL_BLOCK : glwin.h
• GLWIN_EV_POLL_NONBLOCK : glwin.h
• GLWIN_EV_WINDOW_CLOSE : glwin.h
• glwin_fbo_target_bind() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fbo_target_create() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fbo_target_destroy() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fbo_target_draw_fbo() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fbo_target_draw_normal() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fbo_target_resize() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fbo_target_unbind() : glwin.h, glwin.c
• glwin_fctnptr : glwin.c
• glwin_fullscreen() : glwin.h, glwin.c
• glwin_get_lastevent() : glwin.h, glwin.c
• glwin_get_mousepointer() : glwin.h, glwin.c
• glwin_get_procaddress() : glwin.c
• glwin_get_spaceball() : glwin.h, glwin.c
• glwin_get_wininfo() : glwin.h, glwin.c
• glwin_get_winpos() : glwin.h, glwin.c
• glwin_get_winsize() : glwin.h, glwin.c
• glwin_handle_events() : glwin.h, glwin.c
• glwin_init_exts() : glwin.c
• GLWIN_NOT_IMPLEMENTED : glwin.h
• glwin_print_glsl_infolog() : glwin.c
• glwin_query_extension() : glwin.h, glwin.c
• glwin_query_vsync() : glwin.h, glwin.c
• glwin_reposition() : glwin.h, glwin.c
• glwin_resize() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spaceball_available() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_create_hmd_warp() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_destroy_hmd_warp() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_draw_hmd_warp() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_draw_prepare() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_draw_tex() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_update_hmd_warp() : glwin.h, glwin.c
• glwin_spheremap_upload_tex_rgb3u() : glwin.h, glwin.c
• GLWIN_STEREO_OFF : glwin.h
• GLWIN_STEREO_OVERUNDER : glwin.h
• GLWIN_SUCCESS : glwin.h
• glwin_swap_buffers() : glwin.h, glwin.c
• GLX_GLXEXT_PROTOTYPES : OpenGLExtensions.h, glwin.c
• glx_query_extension() : glwin.c
• glXGetProcAddress() : ANARIRenderer.C
• goto_doc : py_animate.C
• gpu_ooc_bench() : CUDAKernels.h, CUDABench.cu
• GPU_WARP_UPDATE : CUDAWatershed.cu
• GPU_X_ALIGNMASK : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• GPU_Y_ALIGNMASK : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• gpuglobmemcpybw() : CUDABench.cu
• gpuglobmemsetbw() : CUDABench.cu
• grab_CAVE_memory() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• grab_FreeVR_memory() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• gradient_t : colvarbias_abf.h
• graphics_menuitems : MainFltkMenu.C
• graphics_moddoc : py_graphics.C
• graphics_tcl() : TclGraphics.C, TclCommands.h
• GraphicsMethods : py_graphics.C
• GRID_CELL_EMPTY : CUDASpatialSearch.h, CUDASpatialSearch.cu
• GRID_DONE : msmpot_internal.h
• GRID_INDEX : msmpot_internal.h
• GRID_INDEX_CHECK : msmpot_internal.h
• GRID_INIT : msmpot_internal.h
• GRID_POINTER : msmpot_internal.h
• GRID_RESIZE : msmpot_internal.h
• GRID_TEMPLATE : msmpot_internal.h
• GRID_ZERO : msmpot_internal.h
• GRIDSIZEX : CUDABench.cu
• gridspacing : CUDAQuickSurf.cu
• GROUP_BLOCK_SIZE : CUDASegmentation.cu
• groups : colvarscript_commands_colvar.h
• GROWN_DISPLAYLIST_SIZE : VMDDisplayList.C
• GT : y.tab.h, AtomParser.C
• GTEXBLOCKSZZ : CUDAQuickSurf.cu
• GTEXUNROLL : CUDAQuickSurf.cu
• guassian3D_gpu() : CUDAWatershed.h
• GUI_WAVEF_EXCI_GROUND : QMData.h
• GUI_WAVEF_SPIN_ALPHA : QMData.h
• GUI_WAVEF_SPIN_BETA : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_CANON : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_CINAT : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_GEMINAL : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_LOCAL : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_MCSCFNAT : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_MCSCFOPT : QMData.h
• GUI_WAVEF_TYPE_OTHER : QMData.h
• GUNROLL : CUDAQuickSurf.cu, CUDAMDFF.cu

- h -

• h2float() : Hershey.C
• H_SHELL : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• halftone : OpenGLStipples.h
• handle_legacy_keywords() : py_molecule.C
• handle_vrpn_button() : P_VRPNButtons.C
• handle_vrpn_tracker() : P_VRPNTracker.C
• hash() : hash.c
• hash_delete() : hash.h, hash.c
• hash_destroy() : hash.h, hash.c
• hash_entries() : hash.h, hash.c
• HASH_FAIL : inthash.h, hash.h
• hash_init() : hash.h, hash.c
• hash_insert() : hash.h, hash.c
• HASH_LIMIT : inthash.c, hash.c
• hash_lookup() : hash.h, hash.c
• hash_node_t : hash.c
• hash_stats() : hash.h, hash.c
• hash_t : hash.h
• hashAtoms() : CUDASpatialSearch.cu
• HEADERSIZE : imd.C
• HEADLIGHT_off : OptiXShaders.cu
• HEADLIGHT_on : OptiXShaders.cu
• help : colvarscript_commands_bias.h
• help_cb() : MainFltkMenu.C
• help_constcharptr() : py_atomsel.C
• help_double() : py_atomsel.C
• help_int() : py_atomsel.C
• hersheyDrawInitLetter() : Hershey.h, Hershey.C
• hersheyDrawLetterOpenGL() : Hershey.h, Hershey.C
• hersheyDrawNextLine() : Hershey.h, Hershey.C
• hersheyFontData : Hershey.C
• hexahedron() : VolMapCreateILS.C
• hill_climb_kernel() : CUDASegmentation.cu
• hill_climb_merge_cuda() : CUDASegmentation.h, CUDASegmentation.cu
• hill_reilly_ring_color() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• hill_reilly_ring_colorscale() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• hill_reilly_ring_pucker() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• hintsCallback : linenoise.c
• hintsCallbackCtx : linenoise.c
• histogram() : Voltool.h, Voltool.C
• history : linenoise.c
• history_add_value() : colvar.C
• history_incr() : colvar.C
• history_len : linenoise.c
• history_max_len : linenoise.c
• hmd_compute_warped_coords() : glwin.c
• HMD_DIVCNT : glwin.c
• hmd_draw_eye_lines() : glwin.c
• hmd_draw_eye_texquads() : glwin.c
• hmd_frag : glwin.c
• hmd_vert : glwin.c
• HORIZONTALPLANE : MeasureSymmetry.C
• hotcold_gradient() : DrawRingsUtils.C
• hotcold_gradient_lerp() : DrawRingsUtils.C
• HSItoRGB() : VolumeTexture.C

- i -

• I_SHELL : QMData.h
• icosahedron_geodesic() : VolMapCreateILS.C
• idx2sub_tril() : MeasureQCP.C, CUDAMeasureQCP.cu
• imd_disconnect() : imd.h, imd.C
• IMD_DISCONNECT : imd.h
• IMD_ENERGIES : imd.h
• IMD_FCOORDS : imd.h
• imd_go() : imd.C
• IMD_GO : imd.h
• imd_handshake() : imd.h, imd.C
• IMD_HANDSHAKE : imd.h
• imd_htonl() : imd.C
• IMD_IOERROR : imd.h
• imd_kill() : imd.h, imd.C
• IMD_KILL : imd.h
• IMD_MDCOMM : imd.h
• imd_moddoc : py_imd.C
• imd_ntohl() : imd.C
• imd_pause() : imd.h, imd.C
• IMD_PAUSE : imd.h
• imd_readn() : VMDCollab.C, imd.C
• imd_recv_energies() : imd.h, imd.C
• imd_recv_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_recv_handshake() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header_nolengthswap() : imd.C
• imd_recv_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_send_energies() : imd.h, imd.C
• imd_send_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_send_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_trate() : imd.h, imd.C
• IMD_TRATE : imd.h
• imd_writen() : VMDCollab.C, imd.C
• imdreaderthread() : IMDSimThread.C
• IMDType : imd.h
• IMDType_t : imd.h
• IMDVERSION : imd.C
• impropers_doc : py_topo.C
• IndexType : msmpot_internal.h
• inferno_data : ColorScaleTables.h
• INFINITE_ORDER : MeasureSymmetry.C
• info_doc : py_graphics.C
• init_browserpopup_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_display_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_file_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_from_identity() : Voltool.C
• init_from_intersection() : Voltool.h, Voltool.C
• init_from_union() : Voltool.h, Voltool.C
• init_gpu() : CUDAWatershed.h, CUDAWatershed.cu
• init_gpu_on_device() : CUDAWatershed.h, CUDAWatershed.cu
• init_group_map() : CUDASegmentation.cu
• init_help_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_hist() : CUDAMeasureRDF.cu
• init_hist_f() : CUDAMeasureRDF.cu
• init_max_array() : CUDASegmentation.cu
• init_molecule_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_mouse_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_neighbor_offsets() : CUDAWatershed.cu
• init_new_volume() : Voltool.h, Voltool.C
• init_new_volume_molecule() : Voltool.h, Voltool.C
• initanimate() : py_commands.h, py_animate.C
• initatomsel() : py_commands.h, py_atomsel.C
• initaxes() : py_commands.h, py_axes.C
• initcolor() : py_commands.h, py_color.C
• initdisplay() : py_display.C, py_commands.h
• INITERROR : py_vmd.C
• initFilenames : vmd.C
• initFiletypes : vmd.C
• initfunc : PluginMgr.C
• initgraphics() : py_graphics.C, py_commands.h
• INITIAL : AtomLexer.C
• initimd() : py_imd.C, py_commands.h
• initlabel() : py_label.C, py_commands.h
• initmaterial() : py_material.C, py_commands.h
• initmeasure() : py_measure.C, py_commands.h
• initmolecule() : py_molecule.C, py_commands.h
• initmolrep() : py_molrep.C, py_commands.h
• initmouse() : py_mouse.C, py_commands.h
• initrender() : py_render.C, py_commands.h
• initselection() : py_selection.C, py_commands.h
• inittopology() : py_topo.C, py_commands.h
• inittrans() : py_trans.C, py_commands.h
• initvmd() : py_vmd.C, py_commands.h
• initvmdcallbacks() : PythonTextInterp.C, py_commands.h
• initvmdmenu() : py_menu.C, py_commands.h
• initvmdnumpy() : py_numeric.C, py_commands.h
• InnerProductSOA() : MeasureQCP.C
• INST_DESTROY_GPU : CUDAWatershed.cu
• INST_DEV_EXCL_SCAN_SUM : CUDAParPrefixOps.cu
• INST_DEV_EXCL_SCAN_SUM_TMPSZ : CUDAParPrefixOps.cu
• INST_DEV_RADIX_SORT_BY_KEY : CUDASort.cu
• INST_DEV_RADIX_SORT_BY_KEY_TMPSZ : CUDASort.cu
• INST_FIND_MAX_IDX_CUDA : CUDASegmentation.cu
• INST_GAUSSIAN_CUDA : CUDAGaussianBlur.cu
• INST_GET_RESULTS : Segmentation.C
• INST_HILL_CLIMB_MERGE_CUDA : CUDASegmentation.cu
• INST_INIT_GPU : CUDAWatershed.cu
• INST_INIT_GPU_ON_DEV : CUDAWatershed.cu
• INST_SCALE_SPACE : ScaleSpaceFilter.C
• INST_SEQ_GROUPS_CUDA : CUDASegmentation.cu
• INST_UPDATE_CUDA : CUDAWatershed.cu
• INST_WATERSHED : Watershed.C
• INST_WATERSHED_HILL_CLIMB_MERGE_CUDA : CUDASegmentation.cu
• INSTANCE_ALL : VMDDisplayList.h
• INSTANCE_NONE : VMDDisplayList.h
• INSTANCE_NOSELF : VMDDisplayList.h
• int32 : VMDCollab.C, imd.h
• INTERIORVOXEL : MeasureVolInterior.h
• INTERP_PARAMS : msmpot_setup.c
• interpolation() : msmpot_cubic.c
• interpolation_factored() : msmpot_cubic.c
• InterpParams : msmpot_setup.c
• intersectlines2D() : GelatoDisplayDevice.C
• inthash() : inthash.c
• inthash_delete() : inthash.h, inthash.c
• inthash_destroy() : inthash.h, inthash.c
• inthash_entries() : inthash.h, inthash.c
• inthash_init() : inthash.h, inthash.c
• inthash_insert() : inthash.h, inthash.c
• inthash_lookup() : inthash.h, inthash.c
• inthash_node_t : inthash.c
• inthash_stats() : inthash.h, inthash.c
• inthash_t : inthash.h
• intlist : MeasureCluster.C
• intstack_compact() : intstack.h, intstack.c
• intstack_create() : intstack.h, intstack.c
• intstack_destroy() : intstack.h, intstack.c
• intstack_empty() : intstack.h, intstack.c
• intstack_pop() : intstack.h, intstack.c
• intstack_popall() : intstack.h, intstack.c
• intstack_push() : intstack.h, intstack.c
• IntStackHandle : intstack.h
• INTVAL : y.tab.h, AtomParser.C
• invacgridspacing : CUDAQuickSurf.cu
• inverseboxsize() : CUDAFastPBC.cu
• is_active_doc : py_animate.C
• is_anchored() : pcre.c
• is_counted_repeat() : pcre.c
• IS_HYDROGEN : BaseMolecule.h
• is_pyint() : py_commands.h, py_commands.C
• is_pystring() : py_commands.h, py_commands.C
• IS_SET_ALL : msmpot_internal.h
• IS_SET_ANY : msmpot_internal.h
• IS_SET_X : msmpot_internal.h
• IS_SET_Y : msmpot_internal.h
• IS_SET_Z : msmpot_internal.h
• is_startline() : pcre.c
• isfloat() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• ISOCONTOUR_INTERNAL : Isocontour.C
• ISOSURFACE_INTERNAL : Isosurface.C
• isovalue : MeasureVolInterior.C
• isprime() : MeasureSymmetry.C
• isUnsupportedTerm() : linenoise.c
• it : colvarscript_commands_colvar.h
• iter_dealloc() : py_atomsel.C
• iter_len() : py_atomsel.C
• iter_methods : py_atomsel.C
• iter_next() : py_atomsel.C
• itertype : py_atomsel.C
• itypes_doc : py_topo.C

- j -

• jacobi() : Measure.C
• jitter_disc2f() : OptiXShaders.cu
• jitter_offset2f() : OptiXShaders.cu
• jitter_sphere3f() : OptiXShaders.cu
• JS_EPSILON : FreeVRDisplayDevice.C
• just_print_help : vmd.C

- k -

• k_candidates() : utilities.h, utilities.C
• keep_doc : py_imd.C
• kernel_d_c : CUDAGaussianBlur.cu
• KERNEL_MAX_SIZE : CUDAGaussianBlur.cu
• KERNTHREADS : CUDAMarchingCubes.cu
• KEY : y.tab.h, AtomParser.C
• KEY_ACTION : linenoise.c
• KEY_NULL : linenoise.c
• keyword_delimiters_right() : colvarparse.C
• kill_doc : py_imd.C

- l -

• label_add_doc : py_label.C
• label_del_doc : py_label.C
• label_moddoc : py_label.C
• label_size_doc : py_label.C
• label_thick_doc : py_label.C
• label_values_doc : py_label.C
• label_visible_doc : py_label.C
• LabelMethods : py_label.C
• LATENCYITER : CUDABench.cu
• latticecutoff() : msmpot_cubic.c
• layout_fr() : TclGraphLayout.C
• lcc_offset : pcreinternal.h
• LE : y.tab.h, AtomParser.C
• least_squares() : DrawMolItem.C
• legacy_atomsel_get() : py_atomsel.C
• legacy_atomsel_set() : py_atomsel.C
• length() : CUDAMarchingCubes.cu
• lerp() : CUDAMarchingCubes.cu
• lerp_color_range() : DrawRingsUtils.C
• letter_M_width() : VMDTitle.C
• letter_V_width() : VMDTitle.C
• lfac : msmpot_cuda_latcut.cu
• LG_SUBCUBESZ : msmpot_cuda_latcut.cu
• light_cb() : MainFltkMenu.C
• line_doc : py_graphics.C
• linenoise() : linenoise.h, linenoise.c
• LINENOISE_DEFAULT_HISTORY_MAX_LEN : linenoise.c
• LINENOISE_HISTORY_NEXT : linenoise.c
• LINENOISE_HISTORY_PREV : linenoise.c
• LINENOISE_MAX_LINE : linenoise.c
• linenoiseAddCompletion() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseAtExit() : linenoise.c
• linenoiseBeep() : linenoise.c
• linenoiseClearScreen() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseCompletions : linenoise.h
• linenoiseEdit() : linenoise.c
• linenoiseEditBackspace() : linenoise.c
• linenoiseEditDelete() : linenoise.c
• linenoiseEditDeletePrevWord() : linenoise.c
• linenoiseEditHistoryNext() : linenoise.c
• linenoiseEditInsert() : linenoise.c
• linenoiseEditMoveEnd() : linenoise.c
• linenoiseEditMoveHome() : linenoise.c
• linenoiseEditMoveLeft() : linenoise.c
• linenoiseEditMoveRight() : linenoise.c
• linenoiseFree() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseHintsCallback : linenoise.h
• linenoiseHistoryAdd() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseHistoryLoad() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseHistorySave() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseHistorySetMaxLen() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseMaskModeDisable() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseMaskModeEnable() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseNoTTY() : linenoise.c
• linenoisePrintKeyCodes() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseRaw() : linenoise.c
• linenoiseSetCompletionCallback() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseSetFreeHintsCallback() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseSetHintsCallback() : linenoise.h, linenoise.c
• linenoiseSetMultiLine() : linenoise.h, linenoise.c
• linklist_evaluation() : msmpot_compute.c
• linklist_hashing() : msmpot_compute.c
• list_doc : py_graphics.C
• listall_doc : py_render.C, py_material.C, py_label.C
• listattrs_doc : py_atomsel.C
• lndebug : linenoise.c
• loadAsMolecules : vmd.C
• loadnew_cb() : MainFltkMenu.C
• loadstate_cb() : MainFltkMenu.C
• loc_doc : py_menu.C
• LOG2EF : Orbital.C
• log_android() : androidvmdstart.h
• LOG_BDIM_X : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_BDIM_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_BDIM_Z : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_REGS_X : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_REGS_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_REGS_Z : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_REGSIZE : msmpot_cuda_shortrng.cu
• LOG_UNRL_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• logconsole_cb() : MainFltkMenu.C
• logfile_cb() : MainFltkMenu.C
• logoff_cb() : MainFltkMenu.C
• loop_doc : py_animate.C
• LT : y.tab.h, AtomParser.C

- m -

• macosxvmdstart() : macosxvmdstart.h
• madd_kernel() : CUDABench.cu
• MAGIC_NUMBER : pcreinternal.h
• magma_data : ColorScaleTables.h
• main() : vmdspheresprite.vert, vmdspheresprite.frag, vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert, vmd.frag, vmdmain.C
• MAINDENSITYLOOP : CUDAMDFF.cu
• MAINFLTKMENUHEIGHT : MainFltkMenu.C
• MAINFLTKMENUWIDTH : MainFltkMenu.C
• make_color_rgb4u() : OptiXShaders.cu
• make_float2() : CUDAOrbital.cu
• make_float3() : CUDAQuickSurf.cu
• make_float4() : CUDAOrbital.cu
• make_neighborlist() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• make_neighborlist_sym() : SpatialSearch.C
• make_spline_interpolation() : utilities.h
• make_spline_Q_matrix() : utilities.h
• make_spline_Q_matrix_noncontig() : utilities.h
• make_tcl_atomsel() : TclCommands.C
• malloc_from_CAVE_memory() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• malloc_from_FreeVR_memory() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• map_uniform_spacing() : CUDAMDFF.cu
• mapA_ss : MDFF.C
• mapA_sum : MDFF.C
• mapB_ss : MDFF.C
• mapB_sum : MDFF.C
• MAPCLRS : Scene.h
• MAPCOLOR : Scene.h
• markIsoGrid() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• mask() : TclVoltool.C
• MASK : msmpot_cuda_shortrng.cu
• MASK_REGS_X : msmpot_cuda_shortrng.cu
• MASK_REGS_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• MASK_REGS_Z : msmpot_cuda_shortrng.cu
• maskmode : linenoise.c
• mat : VMDQuat.C
• MAT : OpenGLRenderer.C
• MAT_AMBIENT : MaterialList.h
• MAT_DIFFUSE : MaterialList.h
• mat_doc : py_graphics.C
• MAT_MIRROR : MaterialList.h
• MAT_OPACITY : MaterialList.h
• MAT_OUTLINE : MaterialList.h
• MAT_OUTLINEWIDTH : MaterialList.h
• MAT_SHININESS : MaterialList.h
• MAT_SPECULAR : MaterialList.h
• MAT_TRANSMODE : MaterialList.h
• match() : pcre.c
• MATCH : y.tab.h, AtomParser.C
• match_data : pcreinternal.h
• match_ref() : pcre.c
• material_doc : py_molrep.C
• material_moddoc : py_material.C
• MaterialProperty : MaterialList.h
• MatrixFitRMS() : fitrms.h, fitrms.c
• mats_doc : py_graphics.C
• MATSWAP : Matrix4.C
• MAX : VolumetricData.C, Voltool.h, VolMapCreate.C, QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, QMData.C, MeasureRDF.C, Isosurface.C, CUDAMDFF.cu
• MAX_ALLOWABLE_ENERGY : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_ATOM_BASIS_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAX_ATOM_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAX_ATOMCOLOR_CMD : AtomColor.h
• MAX_ATOMPOS_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAX_ATOMREP_CMD : AtomRep.h
• MAX_ATOMREP_DATA : AtomRep.h
• MAX_ATOMSHELL_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAX_BASIS_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAX_BIN_DEPTH : msmpot_cuda_shortrng.cu
• MAX_BIN_VOLUME : VolMapCreateILS.C
• MAX_BINOFFSETS : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_BUTTONS : P_Buttons.h
• MAX_CONFORMERS : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_ENERGY : VolMapCreate.C
• MAX_EXCLOFFSETS : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_EXTRA_ATOMS : VolMapCreateILS.C
• MAX_EXTRAS : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_GRID_DIM : msmpot_cuda_latcut.cu
• MAX_KERNEL_SIZE : GaussianBlur.C
• MAX_MSG_SIZE : Inform.h
• MAX_PORT : MSMSInterface.C
• MAX_PROBES : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_SHELL_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAX_SPHERE_RES : OpenGLRenderer.C
• MAX_THREADBLOCKS : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_TIME_PER_KERNEL : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_UNIQUE_TYPES : VolMapCreateILS.C
• MAX_VDWPARMS : CUDAVolMapCreateILS.cu
• MAX_WAVEF_SZ : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAXATOMBONDS : Atom.h
• MAXATOMS : OpenCLVolCPotential.C, CUDAVolCPotential.cu
• MAXBIN : CUDAMeasureRDF.cu
• MAXBONDERRORS : BaseMolecule.C
• MAXCOLORS : Scene.h
• MAXGRIDDIM : SpatialSearch.C
• MAXLEVELS : msmpot_cuda_latcut.cu
• MAXLOGF : Orbital.C
• MAXLOOPS : CUDAClearDevice.cu
• MAXNUMF : Orbital.C
• MAXORDERCN : MeasureSymmetry.h
• MAXRINGSIZE : y.tab.h, AtomParser.C
• MAXSHELLCOUNT : OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MAXTHRDENS : CUDAQuickSurf.cu
• MAXTHRSORTHASH : CUDASpatialSearch.cu
• mcenter_doc : py_trans.C
• mdff_cc() : TclMDFF.h, TclMDFF.C
• mdff_sim() : TclMDFF.h, TclMDFF.C
• MEASURE_ANGLE : Measure.h
• measure_avpos() : Measure.h, Measure.C
• measure_avpos_perresidue() : Measure.C
• MEASURE_BOND : Measure.h
• measure_center() : Measure.h, Measure.C
• measure_center_perresidue() : Measure.h, Measure.C
• measure_cluster() : MeasureCluster.C, Measure.h
• measure_clustsize() : MeasureCluster.C, Measure.h
• MEASURE_DIHED : Measure.h
• measure_dipole() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_DIST_CUSTOM : Measure.h
• MEASURE_DIST_FITRMSD : Measure.h
• MEASURE_DIST_RGYRD : Measure.h
• MEASURE_DIST_RMSD : Measure.h
• MEASURE_ELECT : Measure.h
• measure_energy() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_ERR_BADATOMID : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADCUTOFF : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADFRAMERANGE : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADORDERINDEX : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADWEIGHTNUM : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADWEIGHTPARM : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADWEIGHTSUM : Measure.h
• MEASURE_ERR_GENERAL : Measure.h
• MEASURE_ERR_MISMATCHEDCNT : Measure.h
• MEASURE_ERR_MISMATCHEDMOLS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOATOMS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOCOM : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOFRAMEPOS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOFRAMES : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOMINMAXCOORDS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOMOLECULE : Measure.h
• MEASURE_ERR_NONNUMBERPARM : Measure.h
• MEASURE_ERR_NONZEROJACOBI : Measure.h
• MEASURE_ERR_NORADII : Measure.h
• MEASURE_ERR_NORGYR : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOSEL : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOTSUP : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOWEIGHT : Measure.h
• MEASURE_ERR_REPEATEDATOM : Measure.h
• MEASURE_ERR_RGYRMISMATCH : Measure.h
• MEASURE_ERR_ZEROGRIDSIZE : Measure.h
• measure_error() : Measure.h, Measure.C
• measure_error_messages : Measure.C
• measure_fit() : Measure.h, Measure.C
• measure_geom() : Measure.h, Measure.C
• measure_gofr() : Measure.h, Measure.C
• measure_gofr_orth() : Measure.C
• measure_hbonds() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_IMPRP : Measure.h
• measure_inertia() : Measure.h, Measure.C
• measure_minmax() : Measure.h, Measure.C
• measure_moddoc : py_measure.C
• measure_move() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_NOERR : Measure.h
• MEASURE_NUM_DIST : Measure.h
• measure_pbc2onc() : MeasurePBC.C, Measure.h
• measure_pbc_neighbors() : MeasurePBC.C, Measure.h
• measure_pointset_overlap() : MeasureSymmetry.h, MeasureSymmetry.C
• measure_rdf() : MeasureRDF.C, Measure.h
• measure_rgyr() : Measure.h, Measure.C
• measure_rmsd() : Measure.h, Measure.C
• measure_rmsd_perresidue() : Measure.h, Measure.C
• measure_rmsd_qcp() : MeasureQCP.C, Measure.h
• measure_rmsdmat_qcp() : MeasureQCP.C, Measure.h
• measure_rmsdmat_qcp_ooc() : MeasureQCP.C, Measure.h
• measure_rmsdmat_qcp_thread() : MeasureQCP.C, CUDAMeasureQCP.cu
• measure_rmsf() : Measure.h, Measure.C
• measure_rmsf_perresidue() : Measure.h, Measure.C
• measure_sasa() : Measure.h, Measure.C
• measure_sasa_perresidue() : Measure.h, Measure.C
• measure_sasa_thread() : Measure.C
• measure_sasalist() : Measure.h, Measure.C
• measure_sumweights() : Measure.h, Measure.C
• measure_surface() : MeasureSurface.C, Measure.h
• measure_surface_int() : MeasureSurface.C
• measure_trans_overlap() : MeasureSymmetry.h, MeasureSymmetry.C
• MEASURE_VDW : Measure.h
• measurecenter() : CUDAFastPBC.cu
• measurecenter_fullmass() : CUDAFastPBC.cu
• MEMCOALESCE : OrbitalJIT.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MEMCOAMASK : OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• MENU_ALWAYS_ON : MainFltkMenu.h
• menu_cb() : MainFltkMenu.C
• menu_moddoc : py_menu.C
• MENU_NEED_SEL : MainFltkMenu.h
• MENU_NEED_UNIQUE_SEL : MainFltkMenu.h
• MenuBehavior : MainFltkMenu.h
• MERGE_HILL_CLIMB : ScaleSpaceFilter.h
• MERGE_POLICY : ScaleSpaceFilter.h
• MERGE_WATERSHED_HILL_CLIMB : ScaleSpaceFilter.h
• MERGE_WATERSHED_OVERLAP : ScaleSpaceFilter.h
• methods : py_trans.C, py_topo.C, py_render.C, py_numeric.C, py_mouse.C, py_molrep.C, py_molecule.C, py_menu.C, py_measure.C, py_material.C, py_imd.C, py_axes.C, py_animate.C
• MGMAXDATASIZE : MoleculeGraphics.h
• midpoint() : utilities.h
• MIN : VolumetricData.C, Voltool.h, VolMapCreate.C, QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, QMData.C, MeasureVolInterior.C, MeasureRDF.C, Isosurface.C, CUDAMDFF.cu
• MIN_BIN_VOLUME : VolMapCreateILS.C
• min_dist_with_pbc() : Measure.C
• MIN_PORT : MSMSInterface.C
• MIN_SPHERE_RES : OpenGLRenderer.C
• MINATOMDIST : MeasureSymmetry.C
• MINBLOCKDENS : CUDAQuickSurf.cu
• MINBLOCKSORTHASH : CUDASpatialSearch.cu
• MINLOGF : Orbital.C
• minmax() : py_atomsel.C
• minmax_1fv_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• minmax_3fv_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• minmax_doc : py_atomsel.C
• minmax_selected_3fv_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• minmaxmean_1fv_aligned() : utilities.h, util_simd.C
• MINSIZEOF : MolFilePlugin.C
• miss_gradient_bg_sky_plane() : OptiXShaders.cu
• miss_gradient_bg_sky_sphere() : OptiXShaders.cu
• miss_solid_bg() : OptiXShaders.cu
• MLCAT_CHAINS : MoleculeList.h
• MLCAT_CONFORMATIONS : MoleculeList.h
• MLCAT_ELEMENTS : MoleculeList.h
• MLCAT_MOLECULES : MoleculeList.h
• MLCAT_NAMES : MoleculeList.h
• MLCAT_RESNAMES : MoleculeList.h
• MLCAT_RESTYPES : MoleculeList.h
• MLCAT_SEGNAMES : MoleculeList.h
• MLCAT_SPECIAL : MoleculeList.h
• MLCAT_SSTRUCT : MoleculeList.h
• MLCAT_SURFACES : MoleculeList.h
• MLCAT_TYPES : MoleculeList.h
• MLIST_USE_HASH : MoleculeList.h
• mlmode : linenoise.c
• MLOG2EF : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• mm_mul() : QMData.C
• mobile_listener_create() : MobileInterface.C
• mobile_listener_destroy() : MobileInterface.C
• mobile_listener_poll() : MobileInterface.C
• mobile_usage() : cmd_mobile.C
• MOD : y.tab.h, AtomParser.C
• mode_doc : py_mouse.C
• modrep_doc : py_molrep.C
• module_doc : py_selection.C
• mol_active_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_cancel_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_cancel_doc : py_molecule.C
• mol_delete_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_delete_doc : py_molecule.C
• mol_delete_ts_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_displayed_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_exists_doc : py_molecule.C
• mol_fixed_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_from_id() : py_graphics.C
• mol_fromsel_doc : py_molecule.C
• mol_listall_doc : py_molecule.C
• mol_load_doc : py_molecule.C
• mol_moddoc : py_molecule.C
• mol_name_doc : py_molecule.C
• mol_new_doc : py_molecule.C
• mol_num_doc : py_molecule.C
• mol_numatoms_doc : py_molecule.C
• mol_read_doc : py_molecule.C
• mol_rename_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_rename_doc : py_molecule.C
• mol_rot_doc : py_trans.C
• mol_scale_doc : py_trans.C
• mol_ssrecalc_doc : py_molecule.C
• mol_top_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_trans_doc : py_trans.C
• mol_write_doc : py_molecule.C
• molchooser_cb() : SaveTrajectoryFltkMenu.C
• molecule_menu_behavior : MainFltkMenu.C
• molecule_tcl() : TclMolInfo.C, TclCommands.h
• moleculerep_cb() : ToolFltkMenu.C
• molid_doc : py_atomsel.C
• molinfo_get() : TclMolInfo.C
• molinfo_set() : TclMolInfo.C
• mouse_cb() : MainFltkMenu.C
• mouse_moddoc : py_mouse.C
• mouse_usage() : cmd_mouse.C
• move() : TclVoltool.C
• move_doc : py_atomsel.C
• MOVE_FACTOR : FreeVRDisplayDevice.C
• move_light_cb() : MainFltkMenu.C
• moveby() : TclVoltool.C
• moveby_doc : py_atomsel.C
• MPLCOLORSCALETABSIZE : ColorScaleTables.h
• mrot_doc : py_trans.C
• mscale_doc : py_trans.C
• msgErr : Inform.C, Inform.h
• msgInfo : Inform.C, Inform.h
• msgWarn : Inform.C, Inform.h
• msmain() : MeasureSurface.C
• Msmpot : msmpot.h
• Msmpot_check_params() : msmpot_setup.c, msmpot_internal.h
• Msmpot_cleanup() : msmpot_setup.c, msmpot_internal.h
• Msmpot_compute() : msmpot_compute.c, msmpot.h
• Msmpot_compute_exact() : msmpot.h
• Msmpot_compute_longrng() : msmpot_internal.h, msmpot_compute.c
• Msmpot_compute_longrng_cubic() : msmpot_internal.h, msmpot_cubic.c
• Msmpot_compute_shortrng_bin_hashing() : msmpot_internal.h, msmpot_compute.c
• Msmpot_compute_shortrng_bin_neighborhood() : msmpot_internal.h, msmpot_compute.c
• Msmpot_compute_shortrng_bins() : msmpot_internal.h, msmpot_compute.c
• Msmpot_compute_shortrng_linklist() : msmpot_internal.h, msmpot_compute.c
• Msmpot_configure() : msmpot_setup.c, msmpot.h
• Msmpot_create() : msmpot.h, msmpot.c
• Msmpot_cuda_cleanup() : msmpot_cuda.h, msmpot_cuda.cu
• Msmpot_cuda_cleanup_latcut() : msmpot_cuda_latcut.cu, msmpot_cuda.h
• Msmpot_cuda_cleanup_shortrng() : msmpot_cuda_shortrng.cu, msmpot_cuda.h
• Msmpot_cuda_compute_latcut() : msmpot_cuda_latcut.cu
• Msmpot_cuda_compute_shortrng() : msmpot_cuda_shortrng.cu
• Msmpot_cuda_condense_qgrids() : msmpot_cuda_latcut.cu
• Msmpot_cuda_create() : msmpot_cuda.cu
• Msmpot_cuda_destroy() : msmpot_cuda.cu
• Msmpot_cuda_expand_egrids() : msmpot_cuda_latcut.cu
• Msmpot_cuda_setup() : msmpot_cuda.cu
• Msmpot_cuda_setup_latcut() : msmpot_cuda_latcut.cu, msmpot_cuda.h
• Msmpot_cuda_setup_shortrng() : msmpot_cuda_shortrng.cu, msmpot_cuda.h
• Msmpot_destroy() : msmpot.h, msmpot.c
• MSMPOT_ERROR_ASSERT : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_CUDA_DEVREQ : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_CUDA_KERNEL : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_CUDA_MALLOC : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_CUDA_MEMCPY : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_CUDA_SUPPORT : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_MALLOC : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_PARAM : msmpot.h
• Msmpot_error_string() : msmpot.h, msmpot.c
• MSMPOT_ERROR_SUPPORT : msmpot.h
• MSMPOT_ERROR_UNKNOWN : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_CUBIC : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_NONIC : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_NONIC4 : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_QUINTIC : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_QUINTIC2 : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_SEPTIC : msmpot.h
• MSMPOT_INTERP_SEPTIC3 : msmpot.h
• MSMPOT_INTERPMAX : msmpot.h
• Msmpot_set_defaults() : msmpot_setup.c, msmpot_internal.h
• Msmpot_setup() : msmpot_setup.c, msmpot_internal.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR2 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR3 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR4 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR5 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR6 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR7 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLIT_TAYLOR8 : msmpot.h
• MSMPOT_SPLITMAX : msmpot.h
• MSMPOT_SUCCESS : msmpot.h
• Msmpot_use_cuda() : msmpot.h, msmpot.c
• MsmpotRetcode : msmpot.h
• MsmpotRetcode_t : msmpot.h
• mtrans_doc : py_trans.C
• mtx : MeasureVolInterior.C, MDFF.C
• MULT : y.tab.h, AtomParser.C
• multiply() : Voltool.h, Voltool.C
• MUST_HAVE : TclGraphics.C
• myCreateWindow() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• myfit2() : Measure.C
• myfit3() : Measure.C
• myintptrtype : util_simd.C, Timestep.C
• myisnan() : Voltool.h
• MyMatrixFitRMS() : MeasureCluster.C
• myrt_rand() : OptiXShaders.cu
• MYRT_RAND_MAX : OptiXShaders.cu
• MYRT_RAND_MAX_INV : OptiXShaders.cu
• MYSGN : DrawMolItemVolume.C, DrawMolItemQuickSurf.C, DrawMolItemOrbital.C

- n -

• n : nr_jacobi.C
• NameListCharPtr : NameList.h
• NameListFloatPtr : NameList.h
• NameListIntPtr : NameList.h
• NameListStringPtr : NameList.h
• NAN : VolumetricData.C
• NBLOCK : CUDAMeasureRDF.cu
• NBLOCKHIST : CUDAMeasureRDF.cu
• NbrList : msmpot_cuda_shortrng.cu
• NBRLIST_MAXLEN : msmpot_cuda.h
• NbrListLen : msmpot_cuda_shortrng.cu
• NCONFPERLOOP : CUDAVolMapCreateILS.cu
• NCONSTBLOCK : CUDAMeasureRDF.cu
• NCUDABLOCKS : CUDAMeasureRDF.cu
• NE : y.tab.h, AtomParser.C
• nearclip_cb() : DisplayFltkMenu.C
• NEAREST : y.tab.h, AtomParser.C
• need_args() : P_SensorConfig.C
• neighbor_offsets_d : CUDAWatershed.cu
• NELEMS : msmpot.c
• NEQ : y.tab.h, AtomParser.C
• newvol : MDFF.C
• next_cb() : MainFltkMenu.C
• next_doc : py_animate.C
• nextpower2() : VolumeTexture.C
• NGE : y.tab.h, AtomParser.C
• nGroups_d : CUDASegmentation.cu
• NGT : y.tab.h, AtomParser.C
• ninesixteentone : OpenGLStipples.h
• NLE : y.tab.h, AtomParser.C
• NLISTSIZE : NameList.h
• NLT : y.tab.h, AtomParser.C
• NNE : y.tab.h, AtomParser.C
• NOMINMAX : ParseTree.C
• nonassoc : y.tab.h, AtomParser.C
• nopkernel() : CUDABench.cu
• norm() : utilities.h, utilities.C
• normal_atom_coord() : Measure.h, Measure.C
• normalize3d() : MeasureCluster.C, fitrms.c
• normalize_pmap() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• NOSKIP_IDENTICAL : MeasureSymmetry.h
• NOT : y.tab.h, AtomParser.C
• Nout : MeasureVolInterior.C
• NPTS : Measure.C
• NPY_NO_DEPRECATED_API : py_numeric.C
• nr_pte_entries : PeriodicTable.C
• NTHREADS : CUDAMarchingCubes.cu
• NTHREADSPERBLOCK : CUDAVolMapCreateILS.cu
• NTPB_TIMES_NCPL : CUDAVolMapCreateILS.cu
• NTPBSHIFT : CUDAVolMapCreateILS.cu
• NULL : utilities.h
• nullregion() : Win32Joystick.C
• num : AtomSel.C
• NUM_DISPLAY_TYPES : vmd.C
• num_doc : py_molrep.C
• NUM_MLCAT : MoleculeList.h
• NUM_N : CUDASegmentation.cu
• num_scalemethods : Scene.C
• NUM_TITLE_TYPES : vmd.C
• num_volumetric_doc : py_molecule.C
• numframes_doc : py_molecule.C
• NUMPOINTGROUPS : MeasureSymmetry.C
• numprimefactors() : MeasureSymmetry.C
• numvoxels : MeasureVolInterior.C, MDFF.C
• NVENCMGR_ERROR : NVENCMgr.h
• NVENCMGR_SUCCESS : NVENCMgr.h
• nx_ny_offset : ScaleSpaceFilter.C
• nx_ny_offset_d : CUDAWatershed.cu
• nx_nz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• nx_nz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• nx_offset : ScaleSpaceFilter.C
• nx_offset_d : CUDAWatershed.cu
• nx_py_offset : ScaleSpaceFilter.C
• nx_py_offset_d : CUDAWatershed.cu
• nx_pz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• nx_pz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• ny_nz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• ny_nz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• ny_offset : ScaleSpaceFilter.C
• ny_offset_d : CUDAWatershed.cu
• ny_pz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• ny_pz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• nz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• nz_offset_d : CUDAWatershed.cu

- o -

• obj_fastpbc() : TclFastPBC.C, TclCommands.h
• obj_getdoublearray() : TclVec.C
• obj_graphlayout() : TclGraphLayout.C, TclCommands.h
• obj_mdff_cc() : TclMDFF.C, TclCommands.h
• obj_measure() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• obj_segmentation() : TclSegmentation.C, TclCommands.h
• obj_transabout() : TclVec.C
• obj_transmult() : TclVec.C
• obj_transvec() : TclVec.C
• obj_transvecinv() : TclVec.C
• obj_vecadd() : TclVec.C
• obj_veclength() : TclVec.C
• obj_vecmean() : TclVec.C
• obj_vecscale() : TclVec.C
• obj_vecstddev() : TclVec.C
• obj_vecsub() : TclVec.C
• obj_vecsum() : TclVec.C
• obj_vectrans() : TclVec.C
• obj_volmap() : TclVolMap.C, TclCommands.h
• obj_voltool() : TclVoltool.C, TclCommands.h
• occthrparms : CUDAVolMapCreateILS.cu
• OCTAHEDRON : MeasureSymmetry.C
• octahedron() : VolMapCreateILS.C
• OF : y.tab.h, AtomParser.C
• offset_cb() : ToolFltkMenu.C
• offsetof : pcreinternal.h
• offsetreset_cb() : GeometryFltkMenu.C
• offsetTriangleVertices() : CUDAMarchingCubes.cu
• oglcolor : vmdspheresprite.vert, vmdspheresprite.frag, vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert, vmd.frag
• OGLERR : OpenGLRenderer.C
• oglnormal : vmd.vert, vmd.frag
• OK : msmpot_cuda.cu, msmpot_cubic.c
• once_doc : py_animate.C
• onoffstr() : OptiXRenderer.C
• OP_ALT : pcreinternal.h
• OP_ANY : pcreinternal.h
• OP_ASSERT : pcreinternal.h
• OP_ASSERT_NOT : pcreinternal.h
• OP_ASSERTBACK : pcreinternal.h
• OP_ASSERTBACK_NOT : pcreinternal.h
• OP_BRA : pcreinternal.h
• OP_BRAMINZERO : pcreinternal.h
• OP_BRAZERO : pcreinternal.h
• OP_CHARS : pcreinternal.h
• OP_CIRC : pcreinternal.h
• OP_CLASS : pcreinternal.h
• OP_COND : pcreinternal.h
• OP_CREF : pcreinternal.h
• OP_CRMINPLUS : pcreinternal.h
• OP_CRMINQUERY : pcreinternal.h
• OP_CRMINRANGE : pcreinternal.h
• OP_CRMINSTAR : pcreinternal.h
• OP_CRPLUS : pcreinternal.h
• OP_CRQUERY : pcreinternal.h
• OP_CRRANGE : pcreinternal.h
• OP_CRSTAR : pcreinternal.h
• OP_DIGIT : pcreinternal.h
• OP_DOLL : pcreinternal.h
• OP_END : pcreinternal.h
• OP_EOD : pcreinternal.h
• OP_EODN : pcreinternal.h
• OP_EXACT : pcreinternal.h
• OP_KET : pcreinternal.h
• OP_KETRMAX : pcreinternal.h
• OP_KETRMIN : pcreinternal.h
• OP_MINPLUS : pcreinternal.h
• OP_MINQUERY : pcreinternal.h
• OP_MINSTAR : pcreinternal.h
• OP_MINUPTO : pcreinternal.h
• OP_NOT : pcreinternal.h
• OP_NOT_DIGIT : pcreinternal.h
• OP_NOT_WHITESPACE : pcreinternal.h
• OP_NOT_WORD_BOUNDARY : pcreinternal.h
• OP_NOT_WORDCHAR : pcreinternal.h
• OP_NOTEXACT : pcreinternal.h
• OP_NOTMINPLUS : pcreinternal.h
• OP_NOTMINQUERY : pcreinternal.h
• OP_NOTMINSTAR : pcreinternal.h
• OP_NOTMINUPTO : pcreinternal.h
• OP_NOTPLUS : pcreinternal.h
• OP_NOTQUERY : pcreinternal.h
• OP_NOTSTAR : pcreinternal.h
• OP_NOTUPTO : pcreinternal.h
• OP_ONCE : pcreinternal.h
• OP_OPT : pcreinternal.h
• OP_PLUS : pcreinternal.h
• OP_QUERY : pcreinternal.h
• OP_REF : pcreinternal.h
• OP_REVERSE : pcreinternal.h
• OP_SOD : pcreinternal.h
• OP_STAR : pcreinternal.h
• OP_TYPEEXACT : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINPLUS : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINQUERY : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINSTAR : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINUPTO : pcreinternal.h
• OP_TYPEPLUS : pcreinternal.h
• OP_TYPEQUERY : pcreinternal.h
• OP_TYPESTAR : pcreinternal.h
• OP_TYPEUPTO : pcreinternal.h
• OP_UPTO : pcreinternal.h
• OP_WHITESPACE : pcreinternal.h
• OP_WORD_BOUNDARY : pcreinternal.h
• OP_WORDCHAR : pcreinternal.h
• openclenergythread() : OpenCLVolCPotential.C
• openclorbitalthread() : OpenCLOrbital.C
• OPENGL_CACHE_MODES : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_CACHE_OFF : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_CACHE_ON : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_ACROBAT3D : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_GLSL : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_MODES : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_NORMAL : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_ABOVEBELOW : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_ANAGLYPH : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_HDTVSIDE : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_LEFT : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_MODES : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_OFF : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_QUADBUFFER : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_RIGHT : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_SIDE : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_STENCIL_CHECKERBOARD : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_STENCIL_COLUMNS : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_STENCIL_ROWS : OpenGLRenderer.h
• OpenWin32Connection() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• operator *() : OptiXShaders.h, MeasureSurface.C, CUDAQuickSurf.cu, CUDAOrbital.cu, CUDAMarchingCubes.cu, colvarvalue.C
• operator *=() : CUDAOrbital.cu
• operator+() : JString.C, CUDAOrbital.cu, CUDAMDFF.cu, CUDAMarchingCubes.cu, colvarvalue.C
• operator+=() : CUDAQuickSurf.cu, CUDAOrbital.cu, CUDAMDFF.cu
• operator-() : CUDAOrbital.cu, CUDAMarchingCubes.cu, colvarvalue.C
• operator/() : MeasureSurface.C, colvarvalue.C
• operator<<() : colvarvalue.C, colvartypes.C, colvarmodule.h, colvarbias_meta.C
• operator>>() : colvarvalue.C, colvartypes.C, colvarparse.C, colvarmodule.h
• operator|() : colvarparse.h
• OptiXPrintRayStats() : OptiXRenderer.C
• OptiXWriteImage() : OptiXRenderer.C
• OR : y.tab.h, AtomParser.C
• ORBITAL_JIT_CUDA : OrbitalJIT.h
• orbital_jit_generate() : OrbitalJIT.h, OrbitalJIT.C
• ORBITAL_JIT_OPENCL : OrbitalJIT.h
• orbitalthread() : Orbital.C
• ORDER : RadianceDisplayDevice.C, ArtDisplayDevice.C
• orig_termios : linenoise.c
• ORT_AS_BUILD_MEM_HEURISTIC : OptiXRenderer.C
• ORT_RAY_STEP : OptiXShaders.cu
• ORT_RAY_STEP2 : OptiXShaders.cu
• ORT_TIME_COMBINE_MAX : OptiXShaders.cu
• ORT_TIME_NORMALIZATION : OptiXShaders.cu
• ORT_TRANS_USE_INCIDENT : OptiXShaders.cu
• ORT_USE_HW_TRIANGLES : OptiXRenderer.C
• ORT_USE_RAY_STEP : OptiXShaders.cu
• ORT_USE_SPHERES_HEARNBAKER : OptiXShaders.cu
• ORT_USE_TEMPLATE_SHADERS : OptiXShaders.h, OptiXRenderer.h
• orthogonal() : MeasureSymmetry.C
• orthonormal_basis() : MeasurePBC.C
• ORTMTABSZ : OptiXRenderer.h
• OUTLINE_off : OptiXShaders.cu
• OUTLINE_on : OptiXShaders.cu
• overlap_f() : QMData.C
• overlap_I() : QMData.C
• overlap_S12() : QMData.C
• overlap_S12_contracted() : QMData.C
• OVERLAPCUTOFF : MeasureSymmetry.C

- p -

• P_SHELL : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• PACKET_BUTTON : MobileInterface.C
• PACKET_CONNECT : MobileInterface.C
• PACKET_DISCONNECT : MobileInterface.C
• PACKET_HEARTBEAT : MobileInterface.C
• PACKET_ORIENT : MobileInterface.C
• PACKET_TOUCH : MobileInterface.C
• PADMASK : CUDAVolMapCreateILS.cu
• paper_bibtex_ : colvarmodule_refs.h
• paper_count_ : colvarmodule_refs.h
• paper_url_ : colvarmodule_refs.h
• PARSE_FOR_DEVICE : P_SensorConfig.C
• PARSE_FOR_NAMES : P_SensorConfig.C
• parse_frames() : DrawMolItem.C
• parse_minmax_args() : TclVolMap.C
• parse_timestep() : py_commands.h, py_commands.C
• parse_two_selections_return_weight() : py_atomsel.C
• parse_weight() : py_atomsel.C
• parseAtomselMacros() : vmd.C
• parseColorDefs() : vmd.C
• PARSEERROR : y.tab.h, AtomParser.C
• parseMaterialDefs() : vmd.C
• parseRestypes() : vmd.C
• PATHSEP : colvarbias_meta.C
• pause_doc : py_imd.C, py_animate.C
• PBC_NONE : VMDDisplayList.h
• PBC_NOSELF : VMDDisplayList.h
• PBC_OPX : VMDDisplayList.h
• PBC_OPY : VMDDisplayList.h
• PBC_OPZ : VMDDisplayList.h
• PBC_X : VMDDisplayList.h
• PBC_Y : VMDDisplayList.h
• PBC_Z : VMDDisplayList.h
• PBWITHIN : y.tab.h, AtomParser.C
• pcre : pcre.h
• PCRE_ANCHORED : pcre.h
• PCRE_CASELESS : pcre.h
• pcre_default_tables : pcretables.h
• PCRE_DOLLAR_ENDONLY : pcre.h
• PCRE_DOTALL : pcre.h
• PCRE_ERROR_BADMAGIC : pcre.h
• PCRE_ERROR_BADOPTION : pcre.h
• PCRE_ERROR_NOMATCH : pcre.h
• PCRE_ERROR_NOMEMORY : pcre.h
• PCRE_ERROR_NOSUBSTRING : pcre.h
• PCRE_ERROR_NULL : pcre.h
• PCRE_ERROR_UNKNOWN_NODE : pcre.h
• PCRE_EXTENDED : pcre.h
• PCRE_EXTRA : pcre.h
• pcre_extra : pcre.h
• PCRE_FIRSTSET : pcreinternal.h
• PCRE_IMS : pcreinternal.h
• PCRE_INGROUP : pcreinternal.h
• PCRE_MULTILINE : pcre.h
• PCRE_NOTBOL : pcre.h
• PCRE_NOTEOL : pcre.h
• PCRE_STARTLINE : pcreinternal.h
• PCRE_STUDY_MAPPED : pcreinternal.h
• PCRE_UNGREEDY : pcre.h
• PCRE_VERSION : pcreinternal.h
• pdb_field_str2enum() : colvarproxy_vmd.C
• perm : VMDQuat.C
• PERPENDICULAR_AXIS : MeasureSymmetry.h
• PFDHasStereo() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• pgdefinitions : MeasureSymmetry.C
• phantom_xyz() : CUDAMeasureRDF.cu
• PHI_FACTORED : msmpot_cubic.c
• PHONETACKER_H : PhoneTracker.h
• PHONG_DIVISOR : POV3DisplayDevice.C
• PI : colvartypes.h
• PI_F : GaussianBlur.C
• Plane : MeasureSymmetry.h
• plasma_data : ColorScaleTables.h
• plugincmp() : PluginMgr.C
• PluginList : PluginMgr.h
• pmap : MeasureVolInterior.C
• PNVENCODEAPICREATEINSTANCE : NVENCMgr.h, NVENCMgr.C
• point_doc : py_graphics.C
• POINTGROUP_C1 : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CI : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CINFV : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CN : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CNH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CNV : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CS : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DINFH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DN : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DND : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DNH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_I : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_IH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_KH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_O : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_OH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_S2N : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_T : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_TD : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_TH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_UNKNOWN : MeasureSymmetry.C
• POINTSPHERE : DispCmds.h
• poisson_sample_on_sphere() : utilities.h, utilities.C
• position_cb() : ToolFltkMenu.C
• positionscale_cb() : ToolFltkMenu.C
• POT_CONV : VolMapCreate.C
• POVRAY_BRAIN_DAMAGE_WORKAROUND : POV3DisplayDevice.C
• POVRAY_SCALEHACK : POV3DisplayDevice.C
• PRECOMP_1 : msmpot_cuda_latcut.cu
• PRELIMINARY_C2 : MeasureSymmetry.C
• prepare_texture_coordinates() : DrawMolItemVolume.C
• preserve_window() : VMDTkinterMenu.C
• prev_cb() : MainFltkMenu.C
• prev_doc : py_animate.C
• PRINCIPAL_AXIS : MeasureSymmetry.h
• print_arep_summary() : cmd_mol.C
• print_atom_info() : PickList.C
• print_Matrix4() : Matrix4.h, Matrix4.C
• print_mol_summary() : cmd_mol.C
• print_xyz() : utilities.h, utilities.C
• proc_features() : colvarscript_commands_bias.h
• process_pmap() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• PROFILE_INITIALIZE : ProfileHooks.h
• PROFILE_MAIN_THREAD : ProfileHooks.h
• PROFILE_MARK : ProfileHooks.h
• PROFILE_NAME_THREAD : ProfileHooks.h
• PROFILE_POP_RANGE : ProfileHooks.h
• PROFILE_PUSH_RANGE : ProfileHooks.h
• PROFILE_RANGE : ProfileHooks.h
• PROFILE_START : ProfileHooks.h
• PROFILE_STOP : ProfileHooks.h
• proj_cb() : MainFltkMenu.C
• prolongation() : msmpot_cubic.c
• PROTEINVOXEL : MeasureVolInterior.h
• pte_label : PeriodicTable.C
• pte_mass : PeriodicTable.C
• pte_vdw_radius : PeriodicTable.C
• ptrstack_compact() : ptrstack.h, ptrstack.c
• ptrstack_create() : ptrstack.h, ptrstack.c
• ptrstack_destroy() : ptrstack.h, ptrstack.c
• ptrstack_empty() : ptrstack.h, ptrstack.c
• ptrstack_pop() : ptrstack.h, ptrstack.c
• ptrstack_popall() : ptrstack.h, ptrstack.c
• ptrstack_push() : ptrstack.h, ptrstack.c
• PtrStackHandle : ptrstack.h
• PUBLIC_EXEC_OPTIONS : pcreinternal.h
• PUBLIC_OPTIONS : pcreinternal.h
• PUBLIC_STUDY_OPTIONS : pcreinternal.h
• PUSH_QUEUE : DrawMolItem2.C
• putbyte() : ImageIO.C
• putint() : ImageIO.C
• putshort() : ImageIO.C
• px_ny_offset : ScaleSpaceFilter.C
• px_ny_offset_d : CUDAWatershed.cu
• px_nz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• px_nz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• px_offset : ScaleSpaceFilter.C
• px_offset_d : CUDAWatershed.cu
• px_py_offset : ScaleSpaceFilter.C
• px_py_offset_d : CUDAWatershed.cu
• px_pz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• px_pz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• py_activate() : py_animate.C
• py_add() : py_material.C
• py_addmacro() : py_selection.C
• py_addmenu() : py_menu.C
• py_addrep() : py_molrep.C
• py_allmacros() : py_selection.C
• py_anim_goto() : py_animate.C
• py_array_from_obj() : py_commands.h, py_commands.C
• py_atomselect() : py_numeric.C
• py_categories() : py_color.C
• py_change() : py_material.C
• py_color() : py_graphics.C
• py_cone() : py_graphics.C
• py_copyunitcell() : py_imd.C
• py_cylinder() : py_graphics.C
• py_delete() : py_graphics.C
• py_delframe() : py_molecule.C
• py_delmacro() : py_selection.C
• py_delrep() : py_molrep.C
• py_dgtrans() : py_trans.C
• py_drotate() : py_trans.C
• py_dscale() : py_trans.C
• py_dstrans() : py_trans.C
• py_dtranslate() : py_trans.C
• py_dupframe() : py_molecule.C
• py_evaltcl() : py_vmd.C
• py_fit() : py_atomsel.C
• py_fix() : py_trans.C
• py_forward() : py_animate.C
• py_get() : py_display.C
• py_get_accessions() : py_molecule.C
• py_get_autoupdate() : py_molrep.C
• py_get_center() : py_trans.C
• py_get_color() : py_molrep.C
• py_get_colorlist() : py_color.C
• py_get_colormap() : py_color.C
• py_get_colors() : py_color.C
• py_get_colorupdate() : py_molrep.C
• py_get_databases() : py_molecule.C
• py_get_filenames() : py_molecule.C
• py_get_filetypes() : py_molecule.C
• py_get_frame() : py_molecule.C
• py_get_location() : py_axes.C
• py_get_material() : py_molrep.C
• py_get_periodic() : py_molecule.C
• py_get_physical_time() : py_molecule.C
• py_get_remarks() : py_molecule.C
• py_get_repname() : py_molrep.C
• py_get_rotation() : py_trans.C
• py_get_scale() : py_trans.C
• py_get_scaleminmax() : py_molrep.C
• py_get_selection() : py_molrep.C
• py_get_smoothing() : py_molrep.C
• py_get_style() : py_molrep.C
• py_get_top() : py_molecule.C
• py_get_trans() : py_trans.C
• py_get_vector() : py_commands.h, py_commands.C
• py_get_visible() : py_molrep.C, py_molecule.C
• py_getmacro() : py_selection.C
• py_hbonds() : py_atomsel.C
• py_hbonds_doc : py_atomsel.C
• py_imdconnect() : py_imd.C
• py_imdconnected() : py_imd.C
• py_imddetach() : py_imd.C
• py_imdkeep() : py_imd.C
• py_imdkill() : py_imd.C
• py_imdpause() : py_imd.C
• py_imdtransfer() : py_imd.C
• py_info() : py_graphics.C
• py_initializers : py_commands.h, py_commands.C
• py_is_active() : py_animate.C
• py_is_fixed() : py_trans.C
• py_is_shown() : py_trans.C
• py_label_add() : py_label.C
• py_label_delete() : py_label.C
• py_label_getvalues() : py_label.C
• py_label_textsize() : py_label.C
• py_label_textthickness() : py_label.C
• py_label_visible() : py_label.C
• py_line() : py_graphics.C
• py_list_attrs() : py_atomsel.C
• py_listall() : py_render.C, py_material.C, py_label.C, py_graphics.C
• py_location() : py_menu.C
• py_loop() : py_animate.C
• py_matdelete() : py_material.C
• py_material() : py_graphics.C
• py_materials() : py_graphics.C
• py_measure_angle() : py_measure.C
• py_measure_bond() : py_measure.C
• py_measure_dihed() : py_measure.C
• py_menushow() : py_menu.C
• py_modrep() : py_molrep.C
• py_mol_add_volumetric() : py_molecule.C
• py_mol_cancel() : py_molecule.C
• py_mol_del_volumetric() : py_molecule.C
• py_mol_delete() : py_molecule.C
• py_mol_drm_volumetric() : py_molecule.C
• py_mol_exists() : py_molecule.C
• py_mol_fromsel() : py_molecule.C
• py_mol_get_volumetric() : py_molecule.C
• py_mol_listall() : py_molecule.C
• py_mol_load() : py_molecule.C
• py_mol_name() : py_molecule.C
• py_mol_new() : py_molecule.C
• py_mol_num() : py_molecule.C
• py_mol_num_volumetric() : py_molecule.C
• py_mol_numatoms() : py_molecule.C
• py_mol_read() : py_molecule.C
• py_mol_rename() : py_molecule.C
• py_mol_ssrecalc() : py_molecule.C
• py_mol_write() : py_molecule.C
• py_molrep_num() : py_molrep.C
• py_mousemode() : py_mouse.C
• py_move() : py_atomsel.C
• py_moveby() : py_atomsel.C
• py_next() : py_animate.C
• py_numframes() : py_molecule.C
• py_nz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• py_nz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• py_offset : ScaleSpaceFilter.C
• py_offset_d : CUDAWatershed.cu
• py_once() : py_animate.C
• py_pause() : py_animate.C
• py_point() : py_graphics.C
• py_prev() : py_animate.C
• py_pz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• py_pz_offset_d : CUDAWatershed.cu
• py_registermenu() : py_menu.C
• py_rename() : py_material.C
• py_render() : py_render.C
• py_repindex() : py_molrep.C
• py_replace() : py_graphics.C
• py_reset_scaleminmax() : py_molrep.C
• py_resetview() : py_trans.C
• py_reverse() : py_animate.C
• py_rgyr() : py_atomsel.C
• py_rmsd() : py_atomsel.C
• py_rmsd_q() : py_atomsel.C
• py_rmsdmat_q() : py_atomsel.C
• py_rmsdperresidue() : py_atomsel.C
• py_rmsf() : py_atomsel.C
• py_rmsfperresidue() : py_atomsel.C
• py_rock() : py_animate.C
• py_rotate() : py_trans.C
• py_scale() : py_trans.C
• py_scale_max() : py_color.C
• py_scale_method() : py_color.C
• py_scale_methods() : py_color.C
• py_scale_midpoint() : py_color.C
• py_scale_min() : py_color.C
• py_scale_posterize() : py_color.C
• py_scale_reverse() : py_color.C
• py_sendforces() : py_imd.C
• py_set() : py_display.C
• py_set_autoupdate() : py_molrep.C
• py_set_center() : py_trans.C
• py_set_colorid() : py_color.C
• py_set_colormap() : py_color.C
• py_set_colors() : py_color.C
• py_set_colorupdate() : py_molrep.C
• py_set_default() : py_material.C
• py_set_frame() : py_molecule.C
• py_set_location() : py_axes.C
• py_set_periodic() : py_molecule.C
• py_set_physical_time() : py_molecule.C
• py_set_rotation() : py_trans.C
• py_set_scale() : py_trans.C, py_color.C
• py_set_scaleminmax() : py_molrep.C
• py_set_smoothing() : py_molrep.C
• py_set_top() : py_molecule.C
• py_set_trans() : py_trans.C
• py_set_visible() : py_molrep.C, py_molecule.C
• py_settings() : py_material.C
• py_show() : py_trans.C
• py_skip() : py_animate.C
• py_speed() : py_animate.C
• py_sphere() : py_graphics.C
• Py_ssize_t : py_atomsel.C
• py_stereomodes() : py_display.C
• py_style() : py_animate.C
• py_text() : py_graphics.C
• py_timestep() : py_numeric.C
• py_translate() : py_trans.C
• py_triangle() : py_graphics.C
• py_trinorm() : py_graphics.C
• py_update() : py_display.C, py_atomsel.C
• py_update_off() : py_display.C
• py_update_on() : py_display.C
• py_update_ui() : py_display.C
• py_velocities() : py_numeric.C
• py_vmdexit() : py_vmd.C
• py_vmdupdate() : py_vmd.C
• py_write() : py_atomsel.C
• PyInit_vmd() : PythonTextInterp.C
• pz_offset : ScaleSpaceFilter.C
• pz_offset_d : CUDAWatershed.cu

- q -

• qcp_soa_gpu() : CUDAMeasureQCP.cu
• qcp_soa_gpu_ooc() : CUDAMeasureQCP.h, CUDAMeasureQCP.cu
• QMCHARGE_ESP : QMData.h
• QMCHARGE_LOWDIN : QMData.h
• QMCHARGE_MULLIKEN : QMData.h
• QMCHARGE_NPA : QMData.h
• QMCHARGE_UNKNOWN : QMData.h
• QMDATA_BIGBUFSIZ : QMData.h
• QMDATA_BIGBUFSTRFMT : QMData.h
• QMDATA_BUFSIZ : QMData.h
• QMDATA_BUFSTRFMT : QMData.h
• QMSTATUS_FILE_TRUNCATED : QMData.h
• QMSTATUS_OPT_CONV : QMData.h
• QMSTATUS_OPT_NOT_CONV : QMData.h
• QMSTATUS_SCF_NOT_CONV : QMData.h
• QMSTATUS_UNKNOWN : QMData.h
• qsVol : MDFF.C
• quartertone : OpenGLStipples.h
• quat_rot_matrix() : glwin.c
• query_meminfo_ctx_devices() : OptiXRenderer.C
• quickpart() : QMTimestep.C
• quicksort() : QMTimestep.C
• quit_cb() : MainFltkMenu.C

- r -

• R_SMALL : MeasureCluster.C, fitrms.c
• R_STENCIL : msmpot_cubic.c
• RADTODEG : utilities.h
• RANGE : y.tab.h, AtomParser.C
• RAW_STRING : AtomParser.h
• rawmode : linenoise.c
• ray_sphere_clip_interval() : OptiXShaders.cu
• RaycastGrid() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• rayDir : MeasureVolInterior.C
• rayorigin : vmdsphere.vert, vmdsphere.frag
• rdf_cpu() : MeasureRDF.C
• rdf_gpu() : CUDAMeasureRDF.cu, CUDAKernels.h
• rdf_thread() : CUDAMeasureRDF.cu
• read_dssp_record() : Stride.C
• read_matrix() : TclMolInfo.C
• read_repeat_counts() : pcre.c
• read_stride_record() : Stride.C
• real_pcre : pcreinternal.h
• real_pcre_extra : pcreinternal.h
• rebuild_table() : hash.c
• rebuild_table_int() : inthash.c
• reductionthread() : QuickSurf.C
• REFL_off : OptiXShaders.cu
• REFL_on : OptiXShaders.cu
• refreshLine() : linenoise.c
• refreshMultiLine() : linenoise.c
• refreshShowHints() : linenoise.c
• refreshSingleLine() : linenoise.c
• REGBLACK : Scene.h
• REGBLUE : Scene.h
• REGBLUE2 : Scene.h
• REGCLRS : Scene.h
• REGCYAN : Scene.h
• regfunc : PluginMgr.C
• REGGREEN : Scene.h
• REGGREY : Scene.h
• REGICEBLUE : Scene.h
• REGION_SIZE : msmpot_cuda_shortrng.cu
• register_doc : py_menu.C
• REGLIME : Scene.h
• REGMAUVRE : Scene.h
• REGOCHRE : Scene.h
• REGORANGE : Scene.h
• REGPINK : Scene.h
• REGPURPLE : Scene.h
• REGRED : Scene.h
• REGSILVER : Scene.h
• REGSIZE_X : msmpot_cuda_shortrng.cu
• REGSIZE_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• REGSIZE_Z : msmpot_cuda_shortrng.cu
• REGSXY : msmpot_cuda_shortrng.cu
• REGTAN : Scene.h
• REGWHITE : Scene.h
• REGYELLOW : Scene.h
• reimage_xyz() : CUDAMeasureRDF.cu
• REJECT : AtomLexer.C
• remarks_doc : py_molecule.C
• remove_tcl_atomsel() : TclCommands.C
• rename_doc : py_material.C
• render_cb() : MainFltkMenu.C
• render_doc : py_render.C
• render_moddoc : py_render.C
• rendermode_cb() : MainFltkMenu.C
• renderNameStr : DisplayDevice.C
• rep_max : pcre.c
• rep_min : pcre.c
• rep_moddoc : py_molrep.C
• repchooser_cb() : SaveTrajectoryFltkMenu.C
• repindex_doc : py_molrep.C
• replace_doc : py_graphics.C
• replacefileextension() : WavefrontDisplayDevice.C
• repname_doc : py_molrep.C
• REPORT : msmpot_internal.h
• repositionfragments() : CUDAFastPBC.cu
• repserialnum : VMDApp.C
• reset_atomic_counter() : CUDAMDFF.cu
• reset_density() : TclVoltool.C
• reset_doc : py_trans.C, py_molrep.C
• reset_istream() : colvarbias_meta.C
• reset_origin() : TclVoltool.C
• resetview_cb() : MainFltkMenu.C
• RESNOTHING : Atom.h
• RESNUCLEIC : Atom.h
• RESPROTEIN : Atom.h
• RESTRICT : CUDASpatialSearch.cu, CUDAQuickSurf.cu, CUDAOrbital.cu, CUDAMeasureQCP.cu, CUDAMDFF.cu, CUDAMarchingCubes.cu, CUDABench.cu, Benchmark.C
• restriction() : msmpot_cubic.c
• result : colvarscript_commands_colvar.h
• RESWATERS : Atom.h
• return_segment_usage() : TclSegmentation.C
• reverse_cb() : MainFltkMenu.C
• reverse_doc : py_animate.C
• REVERSE_RAY_LENGTH : OptiXShaders.cu
• REVERSE_RAY_STEP : OptiXShaders.cu
• rgyr_doc : py_atomsel.C
• RIBBON_ERR_BADNUCLEIC : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_BADPURINE : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_BADPYRIMIDINE : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_MISSING_O1P_O2P : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_MISSING_PHOSPHATE : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_NOTENOUGH : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_PROTEIN_MESS : DrawMolItemRibbons.C
• ribbon_spline() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• ring_array_color_bounds() : OptiXShaders.cu
• ring_array_color_intersect() : OptiXShaders.cu
• ring_axes() : DrawRingsUtils.C
• ring_color_buffer : OptiXShaders.cu
• RINGSIZE : y.tab.h, AtomParser.C
• rmsd_doc : py_atomsel.C
• rmsd_q_doc : py_atomsel.C
• rmsdmat_q_doc : py_atomsel.C
• rmsdperres_doc : py_atomsel.C
• rmsf_doc : py_atomsel.C
• rmsfperres_doc : py_atomsel.C
• rock_doc : py_animate.C
• ROTATE : nr_jacobi.C, Measure.C
• rotate() : TclVoltool.C
• rotate_doc : py_trans.C
• round_to_integer() : colvarproxy_system.C
• RT_SHADOWS_OFF : OptiXShaders.h
• RT_SHADOWS_ON : OptiXShaders.h
• RT_SHADOWS_ON_REVERSE : OptiXShaders.h
• rtDeclareVariable() : OptiXShaders.cu
• RTERR : OptiXRenderer.C
• RTERR2 : OptiXRenderer.C
• RtShadowMode : OptiXShaders.h
• run_colvarscript_command() : colvarscript.h, colvarscript.C
• RUNTYPE_DYNAMICS : QMData.h
• RUNTYPE_ENERGY : QMData.h
• RUNTYPE_GRADIENT : QMData.h
• RUNTYPE_HESSIAN : QMData.h
• RUNTYPE_MEX : QMData.h
• RUNTYPE_OPTIMIZE : QMData.h
• RUNTYPE_PROPERTIES : QMData.h
• RUNTYPE_SADPOINT : QMData.h
• RUNTYPE_SURFACE : QMData.h
• RUNTYPE_UNKNOWN : QMData.h

- s -

• S_SHELL : QMData.h, OrbitalJIT.C, Orbital.C, OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• SAFESTRNCPY : MolFilePlugin.C
• SAME : y.tab.h, AtomParser.C
• same_double() : ParseTree.C
• same_int() : ParseTree.C
• same_string() : ParseTree.C
• sampleColors() : CUDAMarchingCubes.cu
• sampleVolume() : CUDAMarchingCubes.cu
• sasa() : py_atomsel.C
• sasa_doc : py_atomsel.C
• sasa_perresidue() : py_atomsel.C
• sasa_perresidue_doc : py_atomsel.C
• save_cb() : SaveTrajectoryFltkMenu.C
• savestate_cb() : MainFltkMenu.C
• SBALL_COMMAND_APP_SENSITIVITY : OpenGLDisplayDevice.h, glwin.c
• SBALL_COMMAND_APP_WINDOW : OpenGLDisplayDevice.h, glwin.c
• SBALL_COMMAND_NONE : OpenGLDisplayDevice.h, glwin.c
• scale_color() : Scene.C
• scale_doc : py_trans.C
• SCALE_FACTOR : RayShadeDisplayDevice.C
• scale_max_doc : py_color.C
• scale_method_doc : py_color.C
• scale_methods_doc : py_color.C
• scale_midpoint_doc : py_color.C
• scale_min_doc : py_color.C
• scale_posterize_doc : py_color.C
• scale_reverse_doc : py_color.C
• SCALE_TYPE_DIVERGENT : Scene.C
• SCALE_TYPE_TABULATED : Scene.C
• SCALE_TYPE_TABULATED_SRGB : Scene.C
• SCALEADD : DrawMolItem.C
• SCALESUM : DrawMolItem.C
• scaleTypes : Scene.C
• Scanning_Behaviors : P_SensorConfig.C
• SCEXP0 : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• SCEXP1 : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• SCEXP2 : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• SCEXP3 : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• SCEXP4 : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C, Orbital.C
• SCFTYPE_FF : QMData.h
• SCFTYPE_GVB : QMData.h
• SCFTYPE_MCSCF : QMData.h
• SCFTYPE_NONE : QMData.h
• SCFTYPE_RHF : QMData.h
• SCFTYPE_ROHF : QMData.h
• SCFTYPE_UHF : QMData.h
• SCFTYPE_UNKNOWN : QMData.h
• screend_cb() : DisplayFltkMenu.C
• screenh_cb() : DisplayFltkMenu.C
• segment_volume() : TclSegmentation.C
• select_doc : py_molrep.C
• select_tool_cb() : ToolFltkMenu.C
• select_tool_type_cb() : ToolFltkMenu.C
• selection_methods : py_selection.C
• selframe() : ParseTree.C
• SEND_ADDCLIENT : MobileInterface.C
• send_dgram() : MobileInterface.C
• SEND_HEARTBEAT : MobileInterface.C
• SEND_MESSAGE : MobileInterface.C
• SEND_REMOVECLIENT : MobileInterface.C
• SEND_SETACTIVECLIENT : MobileInterface.C
• SEND_SETMODE : MobileInterface.C
• sendforces_doc : py_imd.C
• sendmsg() : Inform.h, Inform.C
• SEQ : y.tab.h, AtomParser.C
• sequentialize_groups_cuda() : CUDASegmentation.h, CUDASegmentation.cu
• set_autoupdate_doc : py_molrep.C
• set_bool() : colvarparse.C
• set_cave_pointers() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• set_chooser_from_string() : VMDFltkMenu.h, VMDFltkMenu.C
• set_colorid_doc : py_color.C
• set_colormap_doc : py_color.C
• set_colors_doc : py_color.C
• set_cupdate_doc : py_molrep.C
• set_device() : msmpot_cuda.cu
• set_doc : py_display.C, py_atomsel.C
• set_force_data : AtomSel.C
• set_frame_doc : py_molecule.C
• set_freevr_pointers() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• set_gaussian_1D_kernel_cuda() : CUDAGaussianBlur.h, CUDAGaussianBlur.cu
• set_gpu_state() : CUDAWatershed.cu
• set_periodic_doc : py_molecule.C
• set_position_data : AtomSel.C
• set_result_colvarvalue() : colvarscript_commands_colvar.h
• set_result_int() : colvarscript_commands_bias.h
• set_scale_doc : py_molrep.C, py_color.C
• set_smooth_doc : py_molrep.C
• set_top_doc : py_molecule.C
• set_vel_data : AtomSel.C
• set_visible_doc : py_molrep.C, py_molecule.C
• set_vmdapp() : py_commands.h, py_commands.C
• set_vrjuggler_pointers() : VRJugglerRoutines.h, VRJugglerRoutines.C
• SET_X : msmpot_internal.h
• SET_Y : msmpot_internal.h
• SET_Z : msmpot_internal.h
• setbonds() : py_atomsel.C
• setfix_doc : py_trans.C
• setframe() : py_atomsel.C
• setfullscreen() : OpenGLDisplayDevice.C
• setloc_doc : py_axes.C
• setshow_doc : py_trans.C
• settime_doc : py_molecule.C
• settings_doc : py_material.C
• setup_bins() : msmpot_setup.c
• setup_cuda_filter() : CUDAGaussianBlur.h
• setup_domain() : msmpot_setup.c
• setup_hierarchy() : msmpot_setup.c
• setup_mapinterp() : msmpot_setup.c
• setup_mapinterpcoef_1d() : msmpot_setup.c
• setup_nonperiodic_hlevelparams_1d() : msmpot_setup.c
• setup_origin() : msmpot_setup.c
• setup_periodic_hlevelparams_1d() : msmpot_setup.c
• SetupOpenGL() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• seveneighthtone : OpenGLStipples.h
• SGE : y.tab.h, AtomParser.C
• SGT : y.tab.h, AtomParser.C
• shade_ambient_occlusion() : OptiXShaders.cu
• shade_light() : OptiXShaders.cu
• shader_template() : OptiXShaders.cu
• shadowmode_cb() : DisplayFltkMenu.C
• SHADOWS_off : OptiXShaders.cu
• SHADOWS_on : OptiXShaders.cu
• SHAREDSIZE : OpenCLOrbital.C, CUDAOrbital.cu
• SHINY_A : MaterialList.C
• SHINY_k : MaterialList.C
• SHMEMCOPY : msmpot_cuda_latcut.cu
• show_doc : py_trans.C, py_menu.C
• showTitle : vmd.C
• sighandler_t : vmd.C
• signed_angle() : VolMapCreateILS.C
• simenc_decode_frame() : VideoStream.C
• simenc_destroy() : VideoStream.C
• simenc_encode_frame() : VideoStream.C
• simenc_initialize() : VideoStream.C
• simenc_reconfig() : VideoStream.C
• simple_scalar_dist_functions : colvarcomp_rotations.C, colvarcomp_protein.C, colvarcomp_distances.C, colvarcomp_coordnums.C, colvarcomp_angles.C, colvarcomp_alchlambda.C, colvarcomp.h
• SIMPLE_TCL_OPT : tcl_commands.C
• sinfo : msmpot_cuda_latcut.cu
• SINGLE : y.tab.h, AtomParser.C
• size : MDFF.C
• skip_doc : py_animate.C
• SKIP_IDENTICAL : MeasureSymmetry.h
• SLE : y.tab.h, AtomParser.C
• slope3_lower() : Scene.C
• slope3_middle() : Scene.C
• slope3_upper() : Scene.C
• SLT : y.tab.h, AtomParser.C
• SNE : y.tab.h, AtomParser.C
• SOLIDLINE : DispCmds.h
• SOLIDSPHERE : DispCmds.h
• solve_position() : VMDTitle.C
• sortAtomsColorsGenCellLists() : CUDASpatialSearch.cu
• sortAtomsGenCellLists() : CUDASpatialSearch.cu
• sorted_color : CUDAQuickSurf.cu
• sorted_xyzr : CUDAQuickSurf.cu
• SP_P_SHELL : QMData.h
• SP_S_SHELL : QMData.h
• spaceball_attach() : glwin.c
• spaceball_clear_event() : OpenGLDisplayDevice.C, glwin.c
• spaceball_close() : OpenGLDisplayDevice.C, glwin.c
• spaceball_decode_event() : OpenGLDisplayDevice.C, glwin.c
• spaceball_enable() : OpenGLDisplayDevice.C
• spaceball_init_event() : OpenGLDisplayDevice.C, glwin.c
• spaceball_usage() : cmd_spaceball.C
• SPD_D_SHELL : QMData.h
• SPD_P_SHELL : QMData.h
• SPD_S_SHELL : QMData.h
• speed_cb() : MainFltkMenu.C
• speed_doc : py_animate.C
• SPEED_FACTOR : Animation.h
• sphere_array_bounds() : OptiXShaders.cu
• sphere_array_color_bounds() : OptiXShaders.cu
• sphere_array_color_intersect() : OptiXShaders.cu
• sphere_array_intersect() : OptiXShaders.cu
• sphere_buffer : OptiXShaders.cu
• sphere_color_buffer : OptiXShaders.cu
• sphere_doc : py_graphics.C
• sphere_fade_and_clip() : OptiXShaders.cu
• sphere_intersect_hearn_baker2() : OptiXShaders.cu
• SPHEREMAXRES : OpenGLRenderer.C, glwin.c
• spherepos : vmdsphere.vert, vmdsphere.frag
• sphereradsq : vmdsphere.vert, vmdsphere.frag
• spherical_cap() : MeasureRDF.C, Measure.C
• split_tcl_atomsel_info() : TclCommands.C
• splitline() : P_SensorConfig.C
• SPOLY : msmpot_internal.h
• SPRINGGEOMCOL : GeometryList.C
• SQ_STRING : AtomParser.h
• sqr : P_VRPNFeedback.C, R3dDisplayDevice.C
• SS_BETA : Residue.h
• SS_BRIDGE : Residue.h
• SS_COIL : Residue.h
• ss_from_dssp() : Stride.h, Stride.C
• ss_from_stride() : Stride.h, Stride.C
• SS_HELIX_3_10 : Residue.h
• SS_HELIX_ALPHA : Residue.h
• SS_HELIX_PI : Residue.h
• SS_TURN : Residue.h
• stage_cb() : MainFltkMenu.C
• STAGE_PANELS : Stage.C
• STAGEEVENCOL : Stage.C
• stageloc : Stage.C
• STAGEODDCOL : Stage.C
• start_cb() : MainFltkMenu.C
• startNewMolecule : vmd.C
• startNewMoleculeFlags : vmd.C
• startupFileStr : vmd.C
• state : colvarscript_commands_bias.h
• step_cb() : MainFltkMenu.C
• stereo_cb() : MainFltkMenu.C
• stereomodes_doc : py_display.C
• stereoNameStr : DisplayDevice.C
• stereoswap_cb() : MainFltkMenu.C
• stop_cb() : MainFltkMenu.C
• stoprotation_cb() : MainFltkMenu.C
• str_tokenize() : utilities.h, utilities.C
• stream_bench() : Benchmark.h, Benchmark.C
• STRFCTN : y.tab.h, AtomParser.C
• string : colvarscript_commands.h
• stringdup() : utilities.h, utilities.C
• stringtoupper() : utilities.h, utilities.C
• stripleadingfilepath() : WavefrontDisplayDevice.C
• stripslashes() : utilities.h, utilities.C
• STROKE_WIDTH : VMDTitle.C
• strupcmp() : utilities.h, utilities.C
• strupncmp() : utilities.h, utilities.C
• STRWORD : y.tab.h, AtomParser.C
• style_cb() : MainFltkMenu.C
• style_doc : py_molrep.C, py_animate.C
• SUB : y.tab.h, AtomParser.C
• SUB_JS_EPSILON : FreeVRDisplayDevice.C
• SUBCUBESZ : msmpot_cuda_latcut.cu
• subframe_count() : OptiXShaders.cu
• subtract() : Voltool.h, Voltool.C
• sumabsdiff_sumreduction() : CUDAMDFF.cu
• SWAP : Measure.C
• swap4() : VideoStream.C
• swap4_aligned() : MobileInterface.C, imd.C
• swap_header() : VideoStream.C, imd.C
• SWAP_ROWS : OpenGLRenderer.C
• SWAP_ROWS_DOUBLE : OpenGLRenderer.C
• SWAP_ROWS_FLOAT : OpenGLRenderer.C
• SWAPF : CUDAGaussianBlur.cu
• SWAPT : GaussianBlur.C
• swift_mpi_init() : tcl_commands.h, cmd_parallel.C
• SYMBOL_TABLE_FUNC : py_selection.C
• szAppName : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• szAppTitle : Win32OpenGLDisplayDevice.C

- t -

• TAB : linenoise.c
• tables_length : pcreinternal.h
• tachyon_run_string : TachyonDisplayDevice.C
• TACHYON_RUN_STRING : TachyonDisplayDevice.C
• TARGET_GRAB : P_Tool.h
• TARGET_TUG : P_Tool.h
• targetMap : MeasureVolInterior.C
• targetPmap : MeasureVolInterior.C
• targetVol : MeasureVolInterior.C, MDFF.C
• tbcatomic : CUDAMDFF.cu
• tcl_append_matrix() : TclVec.C, TclCommands.h
• tcl_colorinfo() : TclCommands.h, ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_categories() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_category() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_colors() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_index() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_max() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_num() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_rgb() : ColorInfo.C
• tcl_colorinfo_scale() : ColorInfo.C
• tcl_colvars() : colvarproxy_vmd.h, colvarproxy_vmd.C
• tcl_colvars_vmd_init() : colvarscript.C, colvarproxy_vmd.C
• tcl_commands_get_sel() : TclCommands.h, TclCommands.C
• tcl_get_array() : TclVec.C, TclCommands.h
• tcl_get_intarray() : TclVec.C, TclCommands.h
• tcl_get_matrix() : TclVec.C, TclCommands.h
• tcl_get_orders() : TclMeasure.C
• tcl_get_vecarray() : TclVec.C, TclCommands.h
• tcl_get_vector() : TclVec.C, TclCommands.h
• tcl_get_weights() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• tcl_graphics() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_color() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_cone() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_cylinder() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_delete() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_exists() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_info() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_line() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_material() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_materials() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_pickpoint() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_point() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_replace() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_sphere() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_spheretube() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_text() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_triangle() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_tricolor() : TclGraphics.C
• tcl_graphics_trinorm() : TclGraphics.C
• TCL_HELP : cmd_menu.C
• TCL_RET : cmd_display.C
• tcl_run_colvarscript_command() : colvarscript.C, colvarproxy_vmd.C
• tclhandler : vmd.C
• tea() : OptiXShaders.cu
• TEST_MBLOCK_EXCL : CUDAVolMapCreateILS.cu
• TEST_SHIFT_EXCL : CUDAVolMapCreateILS.cu
• testMap : MeasureVolInterior.C
• TETRAHEDRON : MeasureSymmetry.C
• texserialnum : VMDApp.C
• text_cmd_animate() : tcl_commands.h, cmd_animate.C
• text_cmd_axes() : tcl_commands.h, cmd_display.C
• text_cmd_collab() : tcl_commands.h, cmd_collab.C
• text_cmd_color() : tcl_commands.h, cmd_color.C
• text_cmd_display() : tcl_commands.h, cmd_display.C
• text_cmd_gopython() : tcl_commands.h, cmd_util.C
• text_cmd_imd() : tcl_commands.h, cmd_imd.C
• text_cmd_label() : tcl_commands.h, cmd_label.C
• text_cmd_light() : tcl_commands.h, cmd_display.C
• text_cmd_log() : tcl_commands.h
• text_cmd_material() : tcl_commands.h, cmd_material.C
• text_cmd_menu() : tcl_commands.h, cmd_menu.C
• text_cmd_mobile() : tcl_commands.h, cmd_mobile.C
• text_cmd_mol() : tcl_commands.h, cmd_mol.C
• text_cmd_mouse() : tcl_commands.h, cmd_mouse.C
• text_cmd_parallel() : tcl_commands.h, cmd_parallel.C
• text_cmd_play() : TclTextInterp.C
• text_cmd_plugin() : tcl_commands.h, cmd_plugin.C
• text_cmd_point_light() : tcl_commands.h, cmd_display.C
• text_cmd_profile() : tcl_commands.h, cmd_profile.C
• text_cmd_quit() : TclTextInterp.C
• text_cmd_render() : tcl_commands.h, cmd_render.C
• text_cmd_rock() : tcl_commands.h, cmd_trans.C
• text_cmd_rotate() : tcl_commands.h, cmd_trans.C
• text_cmd_rotmat() : tcl_commands.h, cmd_trans.C
• text_cmd_scale() : tcl_commands.h, cmd_trans.C
• text_cmd_sleep() : tcl_commands.h, cmd_util.C
• text_cmd_spaceball() : tcl_commands.h, cmd_spaceball.C
• text_cmd_stage() : tcl_commands.h, cmd_display.C
• text_cmd_tkrender() : tcl_commands.h, cmd_render.C
• text_cmd_tool() : tcl_commands.h, cmd_tool.C
• text_cmd_translate() : tcl_commands.h, cmd_trans.C
• text_cmd_user() : tcl_commands.h, cmd_user.C
• text_cmd_videostream() : tcl_commands.h, cmd_videostream.C
• text_cmd_vmdbench() : tcl_commands.h, cmd_vmdbench.C
• text_cmd_wait() : TclTextInterp.C
• text_doc : py_graphics.C
• textformat_cb() : GeometryFltkMenu.C
• textoffset_cb() : GeometryFltkMenu.C
• textsizeinputcb() : GeometryFltkMenu.C
• textsizeslidercb() : GeometryFltkMenu.C
• textthicknessinputcb() : GeometryFltkMenu.C
• textthicknessslidercb() : GeometryFltkMenu.C
• THBLEN : CUDAVolMapCreateILS.cu
• the_app : py_vmd.C
• this_bias : colvarscript_commands_bias.h
• this_colvar : colvarscript_commands_colvar.h
• thread_cc_sum() : CUDAMDFF.cu
• THREADSPERWARP : CUDAMeasureRDF.cu
• threequartertone : OpenGLStipples.h
• threshold : MDFF.C
• THROUGH : y.tab.h, AtomParser.C
• ThrustScanWrapperArea() : CUDAMarchingCubes.cu
• ThrustScanWrapperUint2() : CUDAMarchingCubes.cu
• tighten_bin_neighborhood() : VolMapCreateILS.C
• TILESIZEX : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• TILESIZEY : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• time_doc : py_molecule.C
• time_of_day() : utilities.h, utilities.C
• TIME_PER_MONOATOM_WORKUNIT : CUDAVolMapCreateILS.cu
• TIME_PER_MULTIATOM_WORKUNIT : CUDAVolMapCreateILS.cu
• TIMER : Segmentation.h
• timestep_doc : py_numeric.C
• TIMING : VolMapCreateILS.C
• TITLE_OFF : vmd.C
• TITLE_ON : vmd.C
• titleTypeNames : vmd.C
• TitleTypes : vmd.C
• toolrep_cb() : ToolFltkMenu.C
• toolrepCmdList : ToolFltkMenu.C
• topo_add_angle() : py_topo.C
• topo_add_bond() : py_topo.C
• topo_add_dihed() : py_topo.C
• topo_add_improp() : py_topo.C
• topo_angletypes() : py_topo.C
• topo_bondtypes() : py_topo.C
• topo_del_all_angles() : py_topo.C
• topo_del_all_bonds() : py_topo.C
• topo_del_all_dihed() : py_topo.C
• topo_del_all_impropers() : py_topo.C
• topo_del_angle() : py_topo.C
• topo_del_bond() : py_topo.C
• topo_del_dihed() : py_topo.C
• topo_del_improper() : py_topo.C
• topo_dihetypes() : py_topo.C
• topo_get_angle() : py_topo.C
• topo_get_bond() : py_topo.C
• topo_get_dihed() : py_topo.C
• topo_get_impro() : py_topo.C
• topo_imptypes() : py_topo.C
• topo_moddoc : py_topo.C
• TOTALBLOCKSZ : CUDAMDFF.cu
• trans_from_rotate() : Matrix4.h, Matrix4.C
• trans_moddoc : py_trans.C
• TRANS_off : OptiXShaders.cu
• TRANS_on : OptiXShaders.cu
• trans_overlap() : MeasureSymmetry.C
• transfer_doc : py_imd.C
• translate_doc : py_trans.C
• transvec() : Measure.C
• transvecinv() : Measure.C
• tri_degenerate() : utilities.h, utilities.C
• triangle_doc : py_graphics.C
• triangulate() : VolMapCreateILS.C
• tricolor_bounds() : OptiXShaders.cu
• tricolor_buffer : OptiXShaders.cu
• tricolor_intersect() : OptiXShaders.cu
• trimesh_c4u_n3b_v3f_bounds() : OptiXShaders.cu
• trimesh_c4u_n3b_v3f_buffer : OptiXShaders.cu
• trimesh_c4u_n3b_v3f_intersect() : OptiXShaders.cu
• trimesh_n3b_v3f_bounds() : OptiXShaders.cu
• trimesh_n3b_v3f_buffer : OptiXShaders.cu
• trimesh_n3b_v3f_intersect() : OptiXShaders.cu
• trimesh_n3f_v3f_bounds() : OptiXShaders.cu
• trimesh_n3f_v3f_buffer : OptiXShaders.cu
• trimesh_n3f_v3f_intersect() : OptiXShaders.cu
• trimesh_v3f_bounds() : OptiXShaders.cu
• trimesh_v3f_buffer : OptiXShaders.cu
• trimesh_v3f_intersect() : OptiXShaders.cu
• trinorm_doc : py_graphics.C
• TRUE : utilities.h, pcreinternal.h
• TSE_ANGLE : Timestep.h
• TSE_BOND : Timestep.h
• TSE_COUL : Timestep.h
• TSE_DIHE : Timestep.h
• TSE_EFIELD : Timestep.h
• TSE_HBOND : Timestep.h
• TSE_IMPR : Timestep.h
• TSE_KE : Timestep.h
• TSE_PE : Timestep.h
• TSE_PRESSURE : Timestep.h
• TSE_RESTRAINT : Timestep.h
• TSE_TEMP : Timestep.h
• TSE_TOTAL : Timestep.h
• TSE_UREY_BRADLEY : Timestep.h
• TSE_VDW : Timestep.h
• TSE_VOLUME : Timestep.h
• TSENERGIES : Timestep.h
• TUGGEOMCOL : GeometryList.C
• turbo_srgb_data : ColorScaleTables.h
• TURN_FACTOR : FreeVRDisplayDevice.C

- u -

• ull2float : CUDAMeasureRDF.cu
• UMINUS : y.tab.h, AtomParser.C
• unput : AtomLexer.C
• UNROLL_1 : msmpot_cuda_latcut.cu
• UNROLL_2 : msmpot_cuda_latcut.cu
• UNROLL_Y : msmpot_cuda_shortrng.cu
• UNROLLX : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• UNROLLY : OrbitalJIT.C, OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C, CUDAVolCPotential.cu, CUDAOrbital.cu
• unsupported_term : linenoise.c
• UNUSED : AtomRep.C
• unwrapatomic() : CUDAFastPBC.cu
• update_cuda() : CUDAWatershed.h, CUDAWatershed.cu
• update_cuda< int, float >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< int, unsigned char >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< int, unsigned short >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< long, float >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< long, unsigned char >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< long, unsigned short >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< short, float >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< short, unsigned char >() : CUDAWatershed.cu
• update_cuda< short, unsigned short >() : CUDAWatershed.cu
• update_doc : py_display.C, py_atomsel.C
• update_group_idx() : CUDASegmentation.cu
• update_group_map() : CUDASegmentation.cu
• update_groups_from_map() : CUDASegmentation.cu
• update_kernel() : CUDAWatershed.cu
• update_off_doc : py_display.C
• update_on_doc : py_display.C
• update_ui_doc : py_display.C
• UPDATE_VOXEL : Watershed.C
• UPDATE_VOXEL_CUDA : CUDAWatershed.cu
• uschar : pcreinternal.h
• USE_BIN_HASHING : msmpot_compute.c
• USE_ENERGY_EXCL : CUDAVolMapCreateILS.cu
• USE_FACTORED_GRID_TRANSFERS : msmpot_cubic.c
• USEOPENGL : glwin.c

- v -

• V : vmdspheresprite.vert, vmdspheresprite.frag, vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert, vmd.frag
• V4BLOCKSIZE : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4BLOCKSIZEX : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4BLOCKSIZEY : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4GPU_X_ALIGNMASK : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4GPU_Y_ALIGNMASK : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4TILESIZEX : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4TILESIZEY : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4UNROLLX : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• V4UNROLLY : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLOrbital.C
• valid_molid() : py_commands.h, py_commands.C
• valid_rep() : py_molrep.C
• vec_add() : utilities.h
• vec_copy() : utilities.h
• vec_incr() : utilities.h, DrawRingsUtils.C
• Vec_Init() : TclVec.C, TclCommands.h
• vec_lerp() : utilities.h
• vec_negate() : utilities.h
• vec_normalize() : utilities.h, utilities.C
• vec_scale() : utilities.h
• vec_scaled_add() : utilities.h
• vec_sub() : utilities.h
• vec_triad() : utilities.h
• vec_zero() : utilities.h
• VECPADMASK : Orbital.C
• VECPADSZ : Orbital.C
• VECTORIZEME : Benchmark.C
• vectrans() : utilities.h
• velocities_doc : py_numeric.C
• vertexInterp() : CUDAMarchingCubes.cu
• VERTICALPLANE : MeasureSymmetry.C
• VIDEOSTREAM_ERROR : VideoStream.h
• VIDEOSTREAM_SIMENCODER : VideoStream.C
• VIDEOSTREAM_SUCCESS : VideoStream.h
• videostream_usage() : cmd_videostream.C
• viridis_data : ColorScaleTables.h
• VISCLRS : Scene.h
• visible_doc : py_molrep.C
• VMD_1_PI : utilities.h
• VMD_1_PIF : utilities.h
• vmd_alloc : VMDApp.h, vmd.C
• vmd_anari_status_callback() : ANARIRenderer.C
• VMD_ANGS_TO_BOHR : utilities.h
• vmd_bond_search() : BondSearch.h, BondSearch.C
• vmd_bondsearch_thr() : BondSearch.h, BondSearch.C
• vmd_camera_cubemap() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_cubemap_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_cubemap_general() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_cubemap_stereo() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_cubemap_stereo_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_dome_general() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_dome_master() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_dome_master_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_dome_master_stereo() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_dome_master_stereo_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_equirectangular() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_equirectangular_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_equirectangular_general() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_equirectangular_stereo() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_equirectangular_stereo_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_oculus_rift() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_oculus_rift_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_oculus_rift_general() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_oculus_rift_stereo() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_oculus_rift_stereo_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_orthographic() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_orthographic_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_orthographic_general() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_orthographic_stereo() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_orthographic_stereo_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_perspective() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_perspective_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_perspective_general() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_perspective_stereo() : OptiXShaders.cu
• vmd_camera_perspective_stereo_dof() : OptiXShaders.cu
• vmd_cave_initialized_flag : CaveRoutines.C
• vmd_cave_is_initialized() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• VMD_CHECK_EVENTS : VMDApp.h
• vmd_check_stdin() : utilities.h, utilities.C
• vmd_cl_compile_kernel() : OpenCLUtils.h, OpenCLUtils.C
• vmd_cl_compile_kernel_file() : OpenCLUtils.C
• vmd_cl_context_num_devices() : OpenCLUtils.h, OpenCLUtils.C
• vmd_cl_create_command_queue() : OpenCLUtils.h, OpenCLUtils.C
• vmd_cl_get_platform_index() : OpenCLUtils.h, OpenCLUtils.C
• vmd_cl_print_platform_info() : OpenCLUtils.h, OpenCLUtils.C
• vmd_closedir() : VMDDir.h, VMDDir.C
• vmd_cross_3d() : OpenGLRenderer.C
• vmd_cuda_affinitize_threads() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_build_accel() : CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_build_density_atom_grid() : CUDASpatialSearch.h, CUDASpatialSearch.cu
• vmd_cuda_bus_bw() : CUDAKernels.h, CUDABench.cu
• vmd_cuda_calc_density() : CUDAMDFF.h, CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_cc_calc() : CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_compare_sel_refmap() : CUDAMDFF.h, CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_destroy_accel() : CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_device_props() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_devpool_clear_device_mem() : CUDAKernels.h, CUDAClearDevice.cu
• vmd_cuda_devpool_enable_P2P() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_devpool_latency() : CUDAKernels.h, CUDABench.cu
• vmd_cuda_devpool_setdevice() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_devpool_setdeviceonly() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_drv_runtime_compatible() : CUDAUtil.cu
• vmd_cuda_evaluate_occupancy_map() : CUDAVolMapCreateILS.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_evaluate_orbital_grid() : CUDAOrbital.h, CUDAOrbital.cu
• vmd_cuda_gaussdensity_calc() : CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_globmem_bw() : CUDAKernels.h, CUDABench.cu
• vmd_cuda_kernel_launch_dims() : CUDAMDFF.cu
• vmd_cuda_madd_gflops() : CUDAKernels.h, CUDABench.cu
• vmd_cuda_measure_latencies() : CUDAKernels.h, CUDABench.cu
• vmd_cuda_num_devices() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_peer_matrix() : CUDAUtil.cu, CUDAKernels.h
• vmd_cuda_vol_cpotential() : CUDAVolCPotential.cu, CUDAKernels.h
• vmd_dealloc : VMDApp.h, vmd.C
• VMD_DEFAULT_FONT_SCALE : Hershey.C
• vmd_delete_file() : utilities.h, utilities.C
• vmd_double_compare() : SelectionBuilder.C
• vmd_DrawConic() : OpenGLRenderer.C
• vmd_DrawSphere() : OpenGLRenderer.C
• vmd_file_is_executable() : VMDDir.h, VMDDir.C
• VMD_FILENAME_MAX : win32vmdstart.c, VMDDir.C, Surf.C
• vmd_finalize_tcl() : vmd.C
• VMD_FLCHART_WORKAROUND : GeometryFltkMenu.h
• vmd_float3_aos_to_soa() : CUDAMeasureQCP.cu
• vmd_float3_aos_to_soa_selected() : CUDAMeasureQCP.cu
• VMD_FS_ERROR : vmdfsinfo.h
• VMD_FS_IS_LOCAL : vmdfsinfo.h
• VMD_FS_IS_REMOTE : vmdfsinfo.h
• VMD_FS_IS_UNKNOWN : vmdfsinfo.h
• vmd_fstype_locality() : vmdfsinfo.h, vmdfsinfo.c
• vmd_ftpclient() : Win32ftp.h, Win32ftp.C
• vmd_gaussdensity_avx2() : QuickSurf_AVX2.C, QuickSurf.C
• vmd_gaussdensity_neon() : QuickSurf.C
• vmd_gaussdensity_opt() : QuickSurf.C
• vmd_gaussdensity_threaded() : QuickSurf.C
• vmd_get_avail_physmem_mb() : utilities.h, utilities.C
• vmd_get_avail_physmem_percent() : utilities.h, utilities.C
• vmd_get_total_physmem_mb() : utilities.h, utilities.C
• vmd_get_visual() : OpenGLDisplayDevice.C
• vmd_get_vmddir() : win32vmdstart.c
• vmd_getuid() : utilities.h, utilities.C
• vmd_gpu_selection_indexlist() : CUDAMeasureQCP.cu
• vmd_gridsearch1() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• vmd_gridsearch2() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• vmd_gridsearch3() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• vmd_gridsearch_bonds() : BondSearch.h, BondSearch.C
• VMD_IGNORE_EVENTS : VMDApp.h
• Vmd_Init() : TclCommands.h, tcl_commands.C
• vmd_initialize_tcl() : vmd.C
• vmd_int_compare() : SelectionBuilder.C
• vmd_invert_mat_4x4d() : OpenGLRenderer.C
• vmd_isatty() : TclTextInterp.C
• vmd_LookAt() : OpenGLRenderer.C
• vmd_mat_identity_4x4d() : OpenGLRenderer.C
• vmd_matmult_4x4d() : OpenGLRenderer.C
• vmd_matmultvec_4x4d() : OpenGLRenderer.C
• vmd_mattrans_d() : OpenGLRenderer.C
• VMD_MAX_CLIP_PLANE : VMDDisplayList.h
• vmd_measure_angle() : TclMeasure.C
• vmd_measure_avpos() : TclMeasure.C
• vmd_measure_bond() : TclMeasure.C
• vmd_measure_center() : TclMeasure.C
• vmd_measure_centerperresidue() : TclMeasure.C
• vmd_measure_cluster() : TclMeasure.C
• vmd_measure_clustsize() : TclMeasure.C
• vmd_measure_contacts() : TclMeasure.C
• vmd_measure_dihed() : TclMeasure.C
• vmd_measure_dipole() : TclMeasure.C
• vmd_measure_energy() : TclMeasure.C
• vmd_measure_fit() : TclMeasure.C
• vmd_measure_gofr() : TclMeasure.C
• vmd_measure_hbonds() : TclMeasure.C
• vmd_measure_inertia() : TclMeasure.C
• vmd_measure_inverse() : TclMeasure.C
• vmd_measure_minmax() : TclMeasure.C
• vmd_measure_pbc2onc_transform() : TclMeasure.C
• vmd_measure_pbc_neighbors() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rdf() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rgyr() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsd() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsd_qcp() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsdmat_qcp() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsdmat_qcp_ooc() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsdperresidue() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsf() : TclMeasure.C
• vmd_measure_rmsfperresidue() : TclMeasure.C
• vmd_measure_sasa() : TclMeasure.C
• vmd_measure_sasalist() : TclMeasure.C
• vmd_measure_sasaperresidue() : TclMeasure.C
• vmd_measure_sumweights() : TclMeasure.C
• vmd_measure_surface() : TclMeasure.C
• vmd_measure_symmetry() : TclMeasure.C
• vmd_measure_trans_overlap() : TclMeasure.C
• vmd_measure_volinterior() : TclMeasure.C
• vmd_moddoc : py_vmd.C
• vmd_mpi_barrier() : VMDMPI.h
• vmd_mpi_fini() : VMDMPI.h
• vmd_mpi_init() : VMDMPI.h
• vmd_mpi_nodeinfo() : VMDMPI.h
• vmd_mpi_nodescan() : VMDMPI.h
• VMD_MPI_TAG_ALLREDUCE_ARGLENGTH : cmd_parallel.C
• VMD_MPI_TAG_ALLREDUCE_PAYLOAD : cmd_parallel.C
• VMD_MPI_TAG_FOR_REQUEST : cmd_parallel.C
• vmd_msleep() : utilities.h, utilities.C
• vmd_opencl_compile_orbital_pgm() : OpenCLOrbital.C
• vmd_opencl_compile_volcpotential_pgm() : OpenCLVolCPotential.C
• vmd_opencl_create_orbital_handle() : OpenCLOrbital.C, OpenCLKernels.h
• vmd_opencl_destroy_orbital_handle() : OpenCLOrbital.C, OpenCLKernels.h
• vmd_opencl_evaluate_orbital_grid() : OpenCLOrbital.C, OpenCLKernels.h
• vmd_opencl_vol_cpotential() : OpenCLVolCPotential.C, OpenCLKernels.h
• vmd_opendir() : VMDDir.h, VMDDir.C
• vmd_ospray2_error_callback() : OSPRay2Renderer.C
• vmd_ospray2_status_callback() : OSPRay2Renderer.C
• vmd_ospray_error_callback() : OSPRayRenderer.C
• vmd_ospray_status_callback() : OSPRayRenderer.C
• VMD_PI : utilities.h
• VMD_PIF : utilities.h
• vmd_Project() : OpenGLRenderer.C
• vmd_qcp_innerprod_soa_blockperpair() : CUDAMeasureQCP.cu
• vmd_qcp_innerprod_soa_devicewide() : CUDAMeasureQCP.cu
• VMD_RAND_MAX : utilities.h
• vmd_random() : utilities.h, utilities.C
• vmd_random_gaussian() : utilities.h, utilities.C
• vmd_readdir() : VMDDir.h, VMDDir.C
• vmd_realloc : VMDApp.h, vmd.C
• vmd_resize_alloc() : VMDApp.h, vmd.C
• vmd_rt_ui_message() : LibTachyonDisplayDevice.C
• vmd_rt_ui_progress() : LibTachyonDisplayDevice.C
• vmd_set_cave_is_initialized() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• vmd_set_default_occ() : QMTimestep.h, QMTimestep.C
• vmd_set_vrjuggler_is_initialized() : VRJugglerRoutines.h, VRJugglerRoutines.C
• vmd_sleep() : utilities.h, utilities.C
• vmd_srandom() : utilities.h, utilities.C
• vmd_string_compare() : SelectionBuilder.C
• vmd_system() : utilities.h, utilities.C
• vmd_tempfile() : utilities.h, utilities.C
• vmd_transwin32mouse() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• VMD_TWOPI : utilities.h
• VMD_TWOPIF : utilities.h
• vmd_UnProject() : OpenGLRenderer.C
• VMD_USE_VMD_COLORCHOOSER : ColorFltkMenu.h
• vmd_username() : utilities.h, utilities.C
• vmd_vec_normalize_3d() : OpenGLRenderer.C
• vmd_volmap_compare() : TclVolMap.C
• vmd_volmap_ils() : TclVolMap.C
• vmd_volmap_new_fromtype() : TclVolMap.C
• vmd_vrjuggler_initialized_flag : VRJugglerRoutines.C
• vmd_vrjuggler_is_initialized() : VRJugglerRoutines.h, VRJugglerRoutines.C
• vmd_writebmp() : ImageIO.h, ImageIO.C
• vmd_writeppm() : ImageIO.h, ImageIO.C
• vmd_writergb() : ImageIO.h, ImageIO.C
• vmd_writetga() : ImageIO.h, ImageIO.C
• VMDANARIREPGROUPING : ANARIRenderer.C
• VMDAppMethods : py_vmd.C
• vmdbench_analyze_selection() : Benchmark.h, Benchmark.C
• vmdbench_minmax_1fv() : Benchmark.h, Benchmark.C
• vmdbench_minmax_3fv() : Benchmark.h, Benchmark.C
• vmdbench_minmaxmean_1fv() : Benchmark.h, Benchmark.C
• VMDCOLLAB_MSGSIZE : VMDCollab.C
• VMDCON_ALL : vmdconsole.h
• VMDCON_INFO : vmdconsole.h
• VMDCON_NONE : vmdconsole.h
• VMDCON_TEXT : vmdconsole.h
• VMDCON_UNDEF : vmdconsole.h
• VMDCON_WIDGET : vmdconsole.h
• VMDCUDA_COMPUTEMODE_DEFAULT : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_COMPUTEMODE_EXCLUSIVE : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_COMPUTEMODE_PROHIBITED : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_ERR_DRVMISMATCH : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_ERR_EMUDEVICE : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_ERR_GENERAL : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_ERR_NODEVICES : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_ERR_NONE : CUDAKernels.h
• VMDCUDA_ERR_SOMEDEVICES : CUDAKernels.h
• vmddevpoolcudalatencythread() : CUDABench.cu
• vmddevpoolcudatilelatencythread() : CUDABench.cu
• vmddevpoollatencythread() : CUDABench.cu
• vmddevpooltilelatencythread() : CUDABench.cu
• vmddlclose() : vmddlopen.h, vmddlopen.c
• vmddlerror() : vmddlopen.h, vmddlopen.c
• vmddlopen() : vmddlopen.h, vmddlopen.c
• vmddlsym() : vmddlopen.h, vmddlopen.c
• VMDENABLEORBITALGRIDBACKDOOR : DrawMolecule.h
• VMDEXTERNSTATIC : inthash.h, hash.h
• VMDFLTKTOOLTIP : VMDFltkMenu.h
• vmdfogmode : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• VMDFROPTIMIZED : GraphLayout.C
• VMDGENMTLFILE : WavefrontDisplayDevice.C
• VMDgetDisplayFrame() : vmd.h, vmd.C
• VMDgetDisplayTypeName() : vmd.h, vmd.C
• VMDGetOptions() : vmd.C
• VMDGLXextFuncPtr : OpenGLExtensions.h
• VMDHERSHEYFIXEDNUMERICS : Hershey.C
• vmdinfo_tcl() : tcl_commands.C
• VMDinitialize() : vmd.h, vmd.C
• VMDINTELSWR : OpenGLRenderer.C
• VMDLEANGUI : MainFltkMenu.h
• vmdlight0 : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight0H : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight1 : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight1H : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight2 : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight2H : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight3 : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlight3H : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdlightscale : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdmaterial : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• VMDMAXVERTEXBUFSZ : DispCmds.h
• VMDMENU_BROWSER_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_BROWSER_SEL : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_CHECKBOX_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_CHECKBOX_FG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_CHOOSER_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_CHOOSER_SEL : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_COLOR_BSLIDER : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_COLOR_GSLIDER : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_COLOR_RSLIDER : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_GEOM_ACTIVE : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_GEOM_INACTIVE : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MATSLIDER_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MATSLIDER_FG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MENU_SEL : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MOL_ACTIVE : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MOL_DISPLAYED : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MOL_FIXED : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MOL_INACTIVE : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MOL_NONDISPLAYED : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_MOL_NONFIXED : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_NEW_COLORSCHEME : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_POSITIONER_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_POSITIONER_SEL : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_REP_ACTIVE : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_REP_INACTIVE : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_SLIDER_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_SLIDER_FG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_SLIDER_SEL : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_VALUE_BG : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_VALUE_SEL : VMDFltkMenu.h
• VMDMENU_VALUE_SEL2 : VMDFltkMenu.h
• VMDMPI_INC : VMDMPI.h
• vmdopacity : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• VMDOPTIX_LIGHTUSEROBJS : OptiXShaders.h, OptiXRenderer.h
• VMDORBUSETHRPOOL : Orbital.h
• VMDOSPRAY_ENABLE_CYLINDERS : OSPRayDisplayDevice.h
• vmdoutline : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdoutlinewidth : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• VMDPBCSMOOTH : DrawMolItem.C
• vmdpcre_compile() : pcre.h, pcre.c
• vmdpcre_exec() : pcre.h, pcre.c
• vmdpcre_free : pcre.h, pcre.c
• vmdpcre_info() : pcre.h, pcre.c
• vmdpcre_malloc : pcre.h, pcre.c
• vmdpcre_version() : pcre.h, pcre.c
• vmdprojectionmode : vmdspheresprite.vert, vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert
• vmdprojparms : vmdsphere.frag
• VMDQCPUSESSE : MeasureQCP.C
• VMDQCPUSETHRPOOL : MeasureQCP.C
• VMDQSURFUSESSE : QuickSurf.C
• VMDreadInit() : vmd.h, vmd.C
• VMDreadStartup() : vmd.h, vmd.C
• VMDshutdown() : vmd.h, vmd.C
• vmdsock_accept() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_bind() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_connect() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_create() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_destroy() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_init() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_listen() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_read() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_selread() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_selwrite() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_shutdown() : vmdsock.h, vmdsock.c
• vmdsock_write() : vmdsock.h, vmdsock.c
• VMDSOCKINTERNAL : vmdsock.c
• vmdsort_double() : SelectionBuilder.C
• vmdsort_int() : SelectionBuilder.C
• vmdsort_string() : SelectionBuilder.C
• vmdspritesize : vmdspheresprite.vert
• VMDTclAsyncProc() : vmd.C
• VMDTclSigHandler() : vmd.C
• vmdtex0 : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• vmdtexturemode : vmdspheresprite.vert, vmdspheresprite.frag, vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert, vmd.frag
• VMDtitle() : vmd.C
• vmdtransmode : vmdspheresprite.frag, vmdsphere.frag, vmd.frag
• VMDupdateFltk() : vmd.h, vmd.C
• VMDUSEGETPROCADDRESS : OpenGLExtensions.h
• VMDUSEMSMPOT : VolMapCreate.h
• VMDUSESSE : util_simd.C
• vmdWindowProc() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• VMDWIREGL : OpenGLRenderer.C
• vnumpy_moddoc : py_numeric.C
• void() : linenoise.h
• voidkernel() : CUDABench.cu
• vol_com() : Voltool.h, Voltool.C
• vol_cpotential() : VolCPotential.h, VolCPotential.C
• vol_cpotential_cpu() : VolCPotential.C
• vol_move() : Voltool.h, Voltool.C
• vol_moveto() : Voltool.h, Voltool.C
• vol_probability() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• VolIn_CleanGrid() : MeasureVolInterior.C
• volin_threaded() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• volin_threaded_prob() : MeasureVolInterior.h, MeasureVolInterior.C
• volinparms : MeasureVolInterior.C
• VolInterior_CleanGrid() : MeasureVolInterior.h
• volinthread() : MeasureVolInterior.C
• volinthread_prob() : MeasureVolInterior.C
• volmap : MDFF.C
• volmap_write_dx_file() : VolMapCreate.h, VolMapCreate.C
• volmapA : MeasureVolInterior.C
• VOLMAPTOLERANCE : MeasureVolInterior.h
• volsz : CUDAQuickSurf.cu
• voltexmap : CUDAQuickSurf.cu
• VOXEL_BLOCK_SIZE : CUDASegmentation.cu
• voxel_coord() : Voltool.h
• VOXEL_GRADIENT_FAST : VolumetricData.h
• VOXEL_GRADIENT_FAST_IDX : VolumetricData.h
• vrjuggler_gl_init_fn() : VRJugglerRoutines.h, VRJugglerRoutines.C
• vrjuggler_renderer() : VRJugglerRoutines.h, VRJugglerRoutines.C
• vrjugglerdisplay : VRJugglerRoutines.C
• VRJugglerMAGICINIT : VRJugglerRoutines.C
• vrjugglerscene : VRJugglerRoutines.C
• vrjugglerStereoNameStr : VRJugglerDisplayDevice.C
• VRPN_CALLBACK : P_VRPNTracker.C, P_VRPNButtons.C
• VS_HEADER_NUM_DATAUNION : VideoStream.C
• VS_HEADERSIZE : VideoStream.C
• vs_htonl() : VideoStream.C
• vs_ntohl() : VideoStream.C
• VS_PROTOCOL_VERSION : VideoStream.C
• VSMsgHeader : VideoStream.C

- w -

• WAND_SENSOR : VRJugglerTracker.C, P_FreeVRTracker.C, FreeVRDisplayDevice.C
• WARP_LOG_SIZE : CUDAMeasureRDF.cu
• warp_sum_reduction() : CUDAMeasureQCP.cu
• watershed_hill_climb_merge_cuda() : CUDASegmentation.h, CUDASegmentation.cu
• WATERSHED_INTERNAL : Watershed.C, CUDAWatershed.cu, CUDAGaussianBlur.cu
• WAVE_BOYS : QMData.h
• WAVE_CANON : QMData.h
• WAVE_CINATUR : QMData.h
• WAVE_GEMINAL : QMData.h
• WAVE_MCSCFNAT : QMData.h
• WAVE_MCSCFOPT : QMData.h
• WAVE_MOAO : QMData.h
• WAVE_NAO : QMData.h
• WAVE_NATO : QMData.h
• WAVE_NBO : QMData.h
• WAVE_NHO : QMData.h
• WAVE_NLMO : QMData.h
• WAVE_PIPEK : QMData.h
• WAVE_PNAO : QMData.h
• WAVE_PNBO : QMData.h
• WAVE_PNHO : QMData.h
• WAVE_PNLMO : QMData.h
• WAVE_RUEDEN : QMData.h
• WAVE_UNKNOWN : QMData.h
• WHERE : y.tab.h, AtomParser.C
• which_display : vmd.C
• widths : MolBrowser.C, GraphicsFltkMenu.C
• win32vmdstart() : win32vmdstart.h, win32vmdstart.c
• WITHIN : y.tab.h, AtomParser.C
• WITHINBONDS : y.tab.h, AtomParser.C
• wkf_atomic_int_add_and_fetch() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_atomic_int_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_atomic_int_fetch_and_add() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_atomic_int_get() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_atomic_int_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_atomic_int_set() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_atomic_int_t : WKFThreads.h
• wkf_barrier_t : WKFThreads.h
• wkf_cond_broadcast() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cond_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cond_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cond_signal() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cond_t : WKFThreads.h
• wkf_cond_wait() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cpu_affinitylist() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cpu_capability_flags() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_cpu_caps_t : WKFThreads.h, VMDApp.h, utilities.h
• wkf_cpu_smt_depth() : WKFThreads.C
• wkf_msg_timer_create() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_msg_timer_destroy() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_msg_timer_timeout() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_mutex_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_mutex_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_mutex_lock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_mutex_spin_lock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_mutex_t : WKFThreads.h
• wkf_mutex_trylock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_mutex_unlock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_run_barrier_t : WKFThreads.h
• wkf_rwlock_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_rwlock_readlock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_rwlock_t : WKFThreads.h
• wkf_rwlock_unlock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_rwlock_writelock() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• WKF_SCHED_CONTINUE : WKFThreads.h
• WKF_SCHED_DONE : WKFThreads.h
• wkf_shared_iterator_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_shared_iterator_getfatalerror() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_shared_iterator_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_shared_iterator_next_tile() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_shared_iterator_set() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_shared_iterator_setfatalerror() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_shared_iterator_t : WKFThreads.h
• wkf_tasktile_t : WKFThreads.h
• wkf_thread_barrier() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_barrier_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_barrier_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_barrier_init_proc_shared() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_create() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_join() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_numphysprocessors() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_numprocessors() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_run_barrier : WKFThreads.C, WKFThreads.h
• wkf_thread_run_barrier_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_run_barrier_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_run_barrier_poll() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_set_self_cpuaffinity() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_setconcurrency() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_thread_t : WKFThreads.h
• wkf_threadlaunch() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadlaunch_getdata() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadlaunch_getid() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadlaunch_next_tile() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadlaunch_setfatalerror() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadlaunch_t : WKFThreads.h
• wkf_threadpool_create() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• WKF_THREADPOOL_DEVID_CPU : WKFThreads.h
• WKF_THREADPOOL_DEVLIST_CPUSONLY : WKFThreads.h
• wkf_threadpool_get_workercount() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_getfatalerror() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_launch() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_next_tile() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_poll() : WKFThreads.C
• wkf_threadpool_sched_dynamic() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_setfatalerror() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_t : WKFThreads.h, VMDApp.h
• wkf_threadpool_tile_failed() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_wait() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_worker_devscaletile() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_worker_getdata() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_worker_getdevid() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_worker_getdevspeed() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_worker_getid() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_worker_setdevspeed() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_threadpool_workerdata_t : WKFThreads.h
• WKF_THREADS_INC : WKFThreads.h
• wkf_tilestack_compact() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_tilestack_destroy() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_tilestack_empty() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• WKF_TILESTACK_EMPTY : WKFThreads.h
• wkf_tilestack_init() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_tilestack_pop() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_tilestack_popall() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_tilestack_push() : WKFThreads.h, WKFThreads.C
• wkf_timer_create() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_destroy() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_start() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_start_time() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_stop() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_stop_time() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_time() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timer_timenow() : WKFUtils.h, WKFUtils.C
• wkf_timerhandle : WKFUtils.h
• WKF_USEINTCPUID : WKFThreads.C
• WKF_UTILS_INC : WKFUtils.h
• WKFTHREAD_START_ROUTINE : WKFThreads.C
• wrap_cuda_get_gpucount() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_dlclose() : CUDAWrapNVML.cu
• wrap_dlopen() : CUDAWrapNVML.cu
• wrap_dlsym() : CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_create() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_destroy() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_get_cpu_affinity() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_get_fanpcnt() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_get_gpu_name() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_get_gpucount() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_get_power_usage() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_get_tempC() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvml_set_cpu_affinity() : CUDAWrapNVML.h, CUDAWrapNVML.cu
• wrap_nvmlDevice_t : CUDAWrapNVML.h
• wrap_nvmlReturn_enum : CUDAWrapNVML.h
• wrap_nvmlReturn_t : CUDAWrapNVML.h
• wrapatomic() : CUDAFastPBC.cu
• wrapcompound() : CUDAFastPBC.cu
• WRAPNVML_SUCCESS : CUDAWrapNVML.h
• write_bin_histogram_map() : VolMapCreateILS.C
• write_doc : py_atomsel.C
• write_file() : Voltool.h, Voltool.C
• write_image_file_rgb3u() : ImageIO.h, ImageIO.C
• write_image_file_rgb4f() : ImageIO.h, ImageIO.C
• write_image_file_rgb4u() : ImageIO.h, ImageIO.C
• write_image_file_rgba4f() : ImageIO.h, ImageIO.C
• write_image_file_rgba4u() : ImageIO.h, ImageIO.C
• write_le_int16() : ImageIO.C
• write_le_int32() : ImageIO.C
• write_matrix() : TclMolInfo.C
• write_ss_input_pdb() : Stride.h, Stride.C
• wt : msmpot_cuda_latcut.cu

- x -

• X_PADDING : CUDAGaussianBlur.cu
• XCONV_BLOCKDIM_X : CUDAGaussianBlur.cu
• XCONV_BLOCKDIM_Y : CUDAGaussianBlur.cu
• XCONV_BLOCKDIM_Z : CUDAGaussianBlur.cu
• xinput_close() : OpenGLDisplayDevice.C
• xinput_close_device() : OpenGLDisplayDevice.C
• xinput_decode_event() : OpenGLDisplayDevice.C
• xinput_device_decode_event() : OpenGLDisplayDevice.C
• xinput_enable() : OpenGLDisplayDevice.C
• xinput_open_device() : OpenGLDisplayDevice.C
• XNEG : Orbital.C
• XPOS : Orbital.C
• xyzj : CUDAMeasureRDF.cu

- y -

• YCONV_BLOCKDIM_X : CUDAGaussianBlur.cu
• YCONV_BLOCKDIM_Y : CUDAGaussianBlur.cu
• YCONV_BLOCKDIM_Z : CUDAGaussianBlur.cu
• YNEG : Orbital.C
• YPOS : Orbital.C
• yy_accept : AtomLexer.C
• YY_ALWAYS_INTERACTIVE : AtomLexer.C
• YY_AT_BOL : AtomLexer.C
• yy_base : AtomLexer.C
• YY_BREAK : AtomLexer.C
• YY_BUF_SIZE : AtomLexer.C
• YY_BUFFER_EOF_PENDING : AtomLexer.C
• YY_BUFFER_NEW : AtomLexer.C
• YY_BUFFER_NORMAL : AtomLexer.C
• YY_BUFFER_STATE : AtomLexer.C
• yy_c_buf_p : AtomLexer.C
• YY_CHAR : AtomLexer.C
• yy_chk : AtomLexer.C
• yy_current_buffer : AtomLexer.C
• YY_CURRENT_BUFFER : AtomLexer.C
• YY_DECL : AtomLexer.C
• yy_def : AtomLexer.C
• yy_did_buffer_switch_on_eof : AtomLexer.C
• YY_DO_BEFORE_ACTION : AtomLexer.C
• yy_ec : AtomLexer.C
• YY_END_OF_BUFFER : AtomLexer.C
• YY_END_OF_BUFFER_CHAR : AtomLexer.C
• YY_EXIT_FAILURE : AtomLexer.C
• YY_FATAL_ERROR : AtomLexer.C
• YY_FLEX_MAJOR_VERSION : AtomLexer.C
• YY_FLEX_MINOR_VERSION : AtomLexer.C
• YY_FLUSH_BUFFER : AtomLexer.C
• yy_hold_char : AtomLexer.C
• yy_init : AtomLexer.C
• YY_INPUT : AtomLexer.C
• yy_last_accepting_cpos : AtomLexer.C
• yy_last_accepting_state : AtomLexer.C
• yy_meta : AtomLexer.C
• YY_MORE_ADJ : AtomLexer.C
• yy_n_chars : AtomLexer.C
• yy_new_buffer : AtomLexer.C
• YY_NEW_FILE : AtomLexer.C
• YY_NO_INPUT : AtomLexer.C
• YY_NO_POP_STATE : AtomLexer.C
• YY_NO_PUSH_STATE : AtomLexer.C
• YY_NO_TOP_STATE : AtomLexer.C
• YY_NO_UNPUT : AtomLexer.C
• YY_NULL : AtomLexer.C
• YY_NUM_RULES : AtomLexer.C
• yy_nxt : AtomLexer.C
• YY_PROTO : AtomLexer.C
• YY_READ_BUF_SIZE : AtomLexer.C
• YY_RESTORE_YY_MORE_OFFSET : AtomLexer.C
• YY_RULE_SETUP : AtomLexer.C
• YY_SC_TO_UI : AtomLexer.C
• yy_set_bol : AtomLexer.C
• yy_set_interactive : AtomLexer.C
• yy_size_t : AtomLexer.C
• YY_START : AtomLexer.C
• yy_start : AtomLexer.C
• YY_START_STACK_INCR : AtomLexer.C
• YY_STATE_EOF : AtomLexer.C
• yy_state_type : AtomLexer.C
• YY_USE_CONST : AtomLexer.C
• YY_USE_PROTOS : AtomLexer.C
• yy_yys : AtomParser.C
• yy_yyv : AtomParser.C
• YYABORT : AtomParser.C
• YYACCEPT : AtomParser.C
• yyact : AtomParser.C
• YYBACKUP : AtomParser.C
• yychar : AtomParser.C
• yychk : AtomParser.C
• yyclearin : AtomParser.C
• yyconst : AtomLexer.C
• YYCONST : AtomParser.C
• YYCOPY : AtomParser.C
• YYDEBUG : AtomParser.C
• yydebug : AtomParser.C
• yydef : AtomParser.C
• YYENLARGE : AtomParser.C
• YYERRCODE : AtomParser.C
• yyerrflag : AtomParser.C
• yyerrok : AtomParser.C
• yyerror() : AtomParser.C
• YYERROR : AtomParser.C
• yyexca : AtomParser.C
• YYFLAG : AtomParser.C
• yyin : AtomLexer.C
• YYLAST : AtomParser.C
• yyleng : AtomLexer.C
• yyless : AtomLexer.C
• yylex() : AtomParser.C
• YYLEX : AtomParser.C
• yylval : y.tab.h, AtomParser.C
• YYMAXDEPTH : AtomParser.C
• yymaxdepth : AtomParser.C
• yymore : AtomLexer.C
• yynerrs : AtomParser.C
• YYNEW : AtomParser.C
• YYNPROD : AtomParser.C
• yyout : AtomLexer.C
• yypact : AtomParser.C
• yyparse() : SymbolTable.C, AtomParser.C
• yypgo : AtomParser.C
• yyps : AtomParser.C
• yypv : AtomParser.C
• yyr1 : AtomParser.C
• yyr2 : AtomParser.C
• YYRECOVERING : AtomParser.C
• yys : AtomParser.C
• yystate : AtomParser.C
• YYSTATE : AtomLexer.C
• yytabelem : AtomParser.C
• yyterminate : AtomLexer.C
• yytext : AtomLexer.C
• yytext_ptr : AtomLexer.C
• yytmp : AtomParser.C
• yyv : AtomParser.C
• yyval : AtomParser.C
• yywrap() : AtomParser.C

- z -

• z : CUDAQuickSurf.cu
• ZCONV_BLOCKDIM_X : CUDAGaussianBlur.cu
• ZCONV_BLOCKDIM_Y : CUDAGaussianBlur.cu
• ZCONV_BLOCKDIM_Z : CUDAGaussianBlur.cu
• zeroforce : PickModeForce.C
• ZNEG : Orbital.C
• ZPOS : Orbital.C

---