VMD-L Mailing List

From: nahren manuel (meetnahren_at_yahoo.com)
Date: Fri Jul 29 2011 - 09:44:38 CDT

Dear VMD users, I want to restrain two atoms.A(index 6, OL) and B(index 17, NR). ATOM      1  CL  ALA     1      16.626  18.862  20.798  1.00  1.00                       ATOM      5  CLP ALA     1      17.760  19.029  19.867  1.00  0.17            ATOM      6  OL  ALA     1      17.642  19.725  18.875  1.00  1.17                       ATOM     14  HB3 ALA     1      19.962  17.574  17.698  1.00 28.91            ATOM     15  CRP ALA     1      20.897  19.618  19.502  1.00  0.15            ATOM     16  OR  ALA     1      21.893  19.687  20.187  1.00  1.63            ATOM     17  NR  ALA     1      20.489  20.661  18.782  1.00  0.77       I move atom 6 to origin using $sel moveby "-17.642  -19.725  -18.875"   ATOM      5  CLP ALADX   1     -0.700  0.540 -0.850  0.00  0.00        ATOM      6  OL  ALADX   1      0.000  0.000  0.000  0.00  0.00           ATOM     15  CRP ALADX   1     -4.070 -1.100 -0.090  0.00  0.00               ATOM     17  NR  ALADX   1     -4.200 -2.080  0.850  0.00  0.00        I want translate the above to have somethings like (irrespective of coordinates of other atoms)      ATOM      6  OL  ALADX   1      0.000  0.000  0.000  0.00  0.00                         ATOM     17  NR  ALADX   1      x.xxx  0.000 0.000 0.00  0.00 So that I can apply restraint between the atoms 6 and 17 along X-axis. Best regards, nahren